genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16611625--16611691	19	3.6	18	76	11	55	40	0	4	55	1.20
16611644--16611696	26	2.0	27	85	7	74	43	0	3	52	1.19
16617519--16617577	31	1.9	31	92	0	100	45	13	8	32	1.74
16624903--16624947	6	7.5	6	100	0	90	48	15	0	35	1.45
16631190--16631447	27	9.6	27	82	7	267	43	19	15	21	1.88
16631847--16631905	29	1.9	32	86	10	88	33	15	10	40	1.81
16631910--16631981	34	2.1	35	82	5	85	26	22	22	29	1.99
16639204--16639236	16	2.0	17	94	5	59	51	0	24	24	1.48
16650220--16650249	13	2.3	13	94	0	51	6	10	10	73	1.25
16651820--16651878	30	2.0	30	82	0	73	30	20	15	33	1.93
16651987--16652071	29	3.0	29	77	13	79	35	22	17	24	1.95
16653680--16653725	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
16654357--16654448	45	2.0	45	87	6	123	29	9	26	33	1.88
16662267--16662336	13	5.2	13	70	16	54	70	0	24	5	1.09
16662269--16662316	19	2.5	20	82	3	62	72	0	22	4	1.01
16662269--16662335	21	3.3	22	81	10	65	71	0	22	5	1.07
16662307--16662347	21	2.0	21	85	0	55	65	2	24	7	1.30
16666505--16666550	21	2.1	22	84	4	58	67	2	23	6	1.25
16666584--16666650	33	1.9	33	82	8	80	47	8	31	11	1.71
16667707--16667754	24	2.0	24	100	0	96	29	25	25	20	1.99
16681401--16681441	17	2.4	18	80	12	50	43	0	0	56	0.99
16689610--16689739	40	3.2	40	81	2	127	33	13	25	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16694480--16694527	23	2.1	23	84	7	62	18	6	8	66	1.39
16694747--16694804	22	2.7	22	94	5	102	12	34	50	3	1.57
16697498--16697541	23	1.9	24	81	9	56	52	4	2	40	1.34
16698334--16698373	20	2.0	20	90	9	64	42	0	37	20	1.52
16698337--16698389	20	2.9	17	81	15	54	43	0	32	24	1.55
16701714--16701767	16	3.5	15	73	12	56	62	3	3	29	1.29
16702461--16702498	9	4.2	9	89	0	58	39	21	10	28	1.86
16702593--16702636	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
16704355--16704469	40	2.9	40	81	2	142	19	27	17	35	1.94
16704454--16704538	40	2.1	40	84	0	107	21	34	20	24	1.97
16704463--16704570	20	5.4	20	71	8	76	13	33	23	29	1.93
16706377--16706545	3	58.0	3	81	5	123	1	37	0	60	1.09
16709233--16709944	260	2.7	259	91	1	1115	34	10	13	41	1.79
16717456--16717506	6	8.7	6	76	20	54	68	0	1	29	1.00
16717875--16717914	16	2.4	17	87	8	64	72	12	0	15	1.12
16719862--16719891	11	2.6	11	94	5	51	36	3	0	60	1.14
16729807--16729854	15	3.2	15	81	0	51	56	0	43	0	0.99
16731353--16731441	34	2.7	33	92	3	151	46	22	12	19	1.83
16737778--16737861	42	2.0	42	100	0	168	45	9	11	33	1.73
16741322--16741373	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
16743292--16743343	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
16743477--16743545	16	4.3	16	75	0	75	44	5	23	26	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16743722--16743845	58	2.1	58	86	2	169	53	3	0	42	1.22
16749986--16750100	30	3.8	30	92	0	176	44	7	21	26	1.79
16750009--16750091	15	5.5	15	68	11	62	45	8	20	25	1.79
16754687--16754794	15	7.2	15	69	12	87	43	7	23	25	1.79
16754680--16754794	30	3.8	30	97	0	203	44	6	23	25	1.78
16766685--16766724	17	2.3	18	91	8	66	50	2	2	45	1.28
16767781--16767834	21	2.6	21	76	23	60	40	7	0	51	1.30
16767943--16767980	14	2.7	15	84	12	53	42	5	0	52	1.24
16768846--16768881	17	2.1	18	89	5	56	16	13	11	58	1.63
16776198--16776315	61	1.9	61	85	0	164	28	19	26	25	1.99
16777976--16778035	17	3.6	17	74	19	56	40	16	15	28	1.89
16779471--16779503	17	2.0	17	88	5	50	51	6	0	42	1.26
16783463--16783505	18	2.4	18	88	0	59	44	44	2	9	1.49
16783609--16783684	9	8.4	9	85	0	107	25	11	21	42	1.86
16783865--16783924	30	2.0	31	86	3	86	23	38	0	38	1.55
16784182--16784228	17	2.8	16	73	20	51	31	2	8	57	1.41
16784566--16784596	5	6.2	5	100	0	62	22	19	19	38	1.93
16786566--16786681	61	2.0	60	87	5	173	49	5	4	41	1.45
16799419--16799502	29	2.9	28	83	11	105	34	2	0	63	1.08
16799470--16799498	11	2.5	12	94	5	51	41	3	0	55	1.17
16799439--16799518	39	2.0	39	88	11	117	38	2	0	58	1.11
16801265--16801349	41	2.1	41	95	0	152	24	14	23	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16802423--16802451	13	2.1	14	93	6	51	34	0	24	41	1.55
16805276--16805300	13	1.9	13	100	0	50	40	8	20	32	1.81
16805366--16805411	17	2.7	17	82	0	56	39	0	0	60	0.97
16805395--16805458	11	6.4	11	74	20	52	35	1	0	62	1.05
16805387--16805471	38	2.2	39	93	2	145	34	1	0	64	1.01
16805441--16805496	22	2.5	21	80	11	58	37	0	3	58	1.15
16807249--16807290	21	2.0	21	85	0	57	42	0	16	40	1.48
16807669--16807715	24	2.0	24	87	8	69	10	23	21	44	1.83
16808084--16808148	25	2.6	25	76	9	78	21	24	20	33	1.97
16808807--16808844	2	19.0	2	94	0	67	2	0	47	50	1.15
16811463--16811492	13	2.3	13	94	0	51	36	3	10	50	1.53
16817420--16817478	25	2.4	25	80	2	66	15	30	18	35	1.92
16817575--16817633	25	2.4	24	86	8	75	18	32	16	32	1.94
16817594--16817641	25	1.9	25	95	0	87	18	29	20	31	1.97
16820336--16820367	5	6.4	5	100	0	64	40	0	0	59	0.97
16834903--16834945	19	2.2	20	84	12	54	58	4	0	37	1.19
16834903--16834952	20	2.5	20	81	12	59	58	8	0	34	1.28
16836976--16837405	153	2.8	155	86	2	580	33	14	12	39	1.83
16836933--16837393	78	6.0	78	86	1	590	33	14	12	39	1.84
16843057--16843310	70	3.6	69	80	3	294	25	23	21	29	1.99
16843057--16843310	140	1.8	140	84	3	350	25	23	21	29	1.99
16858298--16858360	27	2.4	26	82	7	74	39	30	6	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16858400--16858437	14	2.7	14	95	0	67	21	2	31	44	1.66
16869286--16869444	35	4.5	35	86	0	201	18	13	32	36	1.89
16870933--16871049	25	4.6	26	71	12	82	33	19	26	20	1.97
16871144--16871190	24	2.0	24	86	0	67	34	19	29	17	1.94
16884631--16884752	45	2.7	46	79	3	142	25	20	27	26	1.99
16884846--16885223	44	8.8	42	70	12	227	30	21	20	26	1.98
16884723--16885145	129	3.3	129	86	3	550	30	21	21	26	1.98
16885066--16885251	85	2.2	85	88	1	264	30	20	19	29	1.97
16885497--16885541	18	2.4	18	82	13	56	82	8	4	4	0.94
16889086--16889125	17	2.3	18	87	8	57	75	5	7	12	1.18
16888860--16889207	183	2.0	173	89	6	536	42	13	10	33	1.78
16890082--16890167	23	3.1	29	62	21	76	52	10	9	27	1.66
16890083--16890192	53	2.1	53	96	0	202	53	11	8	26	1.65
16891480--16891528	25	2.0	25	95	0	89	30	8	18	42	1.79
16892935--16893021	42	2.2	39	80	11	104	55	5	9	29	1.55
16893028--16893083	22	2.5	22	85	0	85	44	8	5	41	1.58
16894655--16894892	115	2.1	115	98	0	458	31	13	14	39	1.85
16895035--16895079	19	2.5	17	85	7	54	37	2	0	60	1.09
16900374--16900399	3	8.7	3	100	0	52	69	30	0	0	0.89
16908500--16908633	36	3.9	35	72	13	107	29	30	14	26	1.95
16908497--16908646	66	2.3	66	85	0	192	28	30	14	26	1.95
16911384--16911941	37	15.2	38	73	9	353	28	15	17	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16911453--16911938	149	3.3	148	80	7	512	28	15	17	38	1.90
16911398--16911941	112	5.0	109	78	8	430	28	16	17	38	1.91
16911764--16911823	28	2.1	28	84	0	75	28	15	20	36	1.92
16912604--16912643	20	2.0	20	95	0	71	62	0	0	37	0.95
16921212--16921350	69	2.0	69	90	2	217	42	10	17	29	1.83
16928526--16928669	69	2.1	68	82	6	166	29	18	23	27	1.98
16928570--16928715	68	2.1	68	81	5	170	28	18	24	28	1.98
16928636--16928804	80	2.1	80	83	2	214	26	19	28	26	1.99
16943031--16943094	14	4.4	14	72	20	51	65	7	1	25	1.28
16945586--16946277	346	2.0	345	96	0	1285	30	23	18	27	1.98

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