genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.88.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25686797--25686849	25	2.2	25	78	18	60	52	7	3	35	1.48
25690192--25690331	59	2.4	57	78	3	138	47	13	13	25	1.80
25696504--25696626	39	3.1	40	82	5	151	35	18	21	23	1.95
25698434--25698522	46	1.9	46	82	8	110	32	24	17	24	1.97
25704685--25704839	49	3.1	49	66	15	147	22	21	23	32	1.98
25704703--25704857	49	3.1	49	66	15	147	21	23	23	31	1.98
25704549--25705093	50	11.0	50	64	11	233	22	21	24	31	1.98
25704549--25705368	100	8.2	100	87	3	939	23	21	22	31	1.98
25705028--25705207	50	3.6	50	76	3	146	26	20	22	31	1.98
25707159--25707212	28	2.0	27	88	0	72	14	18	12	51	1.73
25708088--25708133	23	2.0	23	95	0	83	26	15	32	26	1.95
25714199--25714254	27	2.1	27	96	0	103	33	30	14	21	1.93
25717059--25717202	72	2.0	72	98	0	279	29	25	22	22	1.99
25718856--25718891	14	2.5	15	90	4	56	0	11	44	44	1.39
25725162--25725441	140	2.0	140	95	0	506	37	10	8	43	1.70
25728496--25728664	50	3.4	50	72	3	160	29	21	25	23	1.99
25728525--25728698	50	3.5	50	72	3	152	30	20	25	23	1.98
25728496--25728682	100	1.9	100	87	0	275	28	22	24	23	1.99
25728692--25728935	132	1.8	132	86	3	357	29	18	22	29	1.97
25728692--25728963	132	2.1	132	83	4	352	29	18	23	28	1.97
25728977--25729401	44	9.7	44	82	8	517	31	14	24	29	1.94
25728994--25729403	89	4.7	87	83	8	501	32	14	23	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25728977--25729375	133	3.0	130	82	8	479	31	14	24	30	1.94
25729869--25729912	17	2.5	17	85	3	52	40	34	18	6	1.77
25730922--25730984	21	3.0	21	79	11	74	26	4	6	61	1.40
25731049--25731108	25	2.5	24	81	8	68	40	5	1	53	1.33
25731145--25731169	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
25732001--25732057	28	2.0	28	96	0	105	15	10	24	49	1.76
25734339--25734387	15	3.3	15	83	8	55	44	2	6	46	1.39
25736890--25737182	114	2.6	113	78	3	277	25	22	27	24	2.00
25740829--25740865	19	1.9	19	94	0	65	27	13	29	29	1.94
25741024--25741418	148	2.7	146	77	8	370	25	14	23	36	1.93
25741088--25741418	146	2.2	146	80	6	364	25	15	22	35	1.94
25743718--25743796	40	2.0	40	82	0	95	39	18	16	25	1.91
25743916--25744095	41	4.4	41	89	5	267	15	23	30	30	1.95
25743916--25744137	41	5.3	43	83	11	223	17	23	28	31	1.97
25743916--25744137	82	2.6	82	84	7	270	17	23	28	31	1.97
25743910--25744171	82	3.1	82	80	6	215	18	22	27	30	1.98
25744177--25744210	18	1.9	17	88	5	50	29	2	8	58	1.43
25744625--25744686	22	2.9	21	80	4	61	22	0	35	41	1.54
25749483--25749516	16	2.1	16	88	0	50	35	0	8	55	1.31
25749585--25749913	42	7.7	43	80	2	315	25	15	27	31	1.96
25749609--25749913	85	3.6	86	82	5	354	25	16	27	30	1.97
25749625--25749913	128	2.3	126	79	7	316	25	16	28	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25750301--25750362	20	3.2	20	86	4	90	48	8	4	38	1.54
25750334--25750434	37	2.7	37	83	6	123	47	10	6	34	1.66
25750444--25750841	34	12.1	34	71	14	268	44	22	2	30	1.66
25750448--25750834	9	44.8	9	72	10	281	44	22	2	30	1.66
25750444--25750841	129	3.1	129	99	0	778	44	22	2	30	1.66
25756344--25756414	21	3.4	21	80	0	88	30	18	46	4	1.68
25756737--25756850	43	2.7	43	90	1	176	33	21	21	22	1.97
25758675--25758729	11	5.0	11	76	14	51	10	5	18	65	1.42
25758860--25758918	26	2.3	27	82	5	68	38	0	1	59	1.08
25761321--25761360	19	2.1	19	90	0	62	55	0	2	42	1.13
25762903--25762950	22	2.2	22	85	3	62	64	4	6	25	1.35
25765352--25765392	20	2.0	20	90	0	64	46	19	2	31	1.63
25770615--25770674	31	1.9	32	83	16	81	46	11	0	41	1.40
25772998--25773104	42	2.5	42	83	4	135	32	25	17	24	1.97
25776166--25776369	67	3.0	67	88	0	291	26	22	14	35	1.93
25778119--25778148	9	3.3	9	90	0	51	36	23	0	40	1.55
25778110--25778148	18	2.2	18	90	0	60	35	28	0	35	1.58
25779339--25779394	29	1.9	29	85	0	76	30	3	0	66	1.09
25785527--25785554	13	2.2	13	100	0	56	32	32	14	21	1.93
25789825--25789871	24	2.0	23	84	12	60	36	0	14	48	1.44
25790007--25790146	40	3.5	40	76	6	151	30	17	22	30	1.97
25793521--25793556	17	2.1	17	94	0	63	27	13	33	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25794208--25794244	16	2.3	16	95	0	65	37	5	32	24	1.78
25794413--25794702	120	2.4	120	96	1	537	52	4	1	42	1.28
25823025--25823221	65	3.0	65	99	0	385	49	13	18	18	1.79
25832927--25833021	49	1.9	49	97	0	181	42	23	12	22	1.87
25836011--25836119	57	1.9	57	90	3	175	30	20	26	22	1.98
25841759--25841850	3	30.3	3	70	6	60	30	6	3	59	1.38
25842378--25842793	109	3.8	109	92	0	609	29	16	18	35	1.93
25845412--25845543	65	2.0	65	98	0	255	50	12	18	18	1.78
25860580--25860623	20	2.3	19	84	4	52	68	4	2	25	1.20
25872220--25872319	53	2.0	49	92	7	164	34	6	46	14	1.69
25887238--25887413	41	4.3	41	92	0	298	28	18	28	24	1.98
25888977--25889010	17	1.9	18	88	5	52	52	14	23	8	1.69
25889003--25889065	32	1.9	33	84	9	85	47	3	4	44	1.40
25890951--25891003	20	2.7	20	88	8	74	60	3	0	35	1.15
25890952--25891018	20	3.3	19	78	18	64	59	1	0	38	1.06
25892540--25892582	22	1.9	23	85	4	61	41	2	4	51	1.35
25893669--25893703	16	2.1	16	89	5	52	42	5	0	51	1.25
25923309--25923418	55	2.0	55	98	0	211	49	22	7	20	1.74
25926492--25926528	18	2.1	18	100	0	74	32	21	21	24	1.98
25934165--25934305	45	3.1	45	98	0	273	46	11	8	33	1.70
25940580--25940604	11	2.3	11	100	0	50	48	0	8	44	1.32
25940655--25940693	17	2.2	18	95	4	71	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25942435--25942559	40	3.2	40	73	7	121	26	16	23	33	1.96
25944104--25944129	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
25944788--25944830	9	4.9	9	78	16	54	34	0	6	58	1.25
25945183--25945278	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
25946648--25946702	20	2.8	20	80	0	56	45	27	18	9	1.79
25951308--25951442	49	2.8	49	91	2	227	44	14	14	27	1.83
25951573--25951670	43	2.3	43	87	0	142	19	15	19	45	1.85
25954821--25954879	22	2.7	23	84	5	68	57	3	1	37	1.25
25954863--25954928	11	6.4	11	73	21	54	60	0	3	36	1.12
25954851--25954936	39	2.2	40	93	6	158	63	0	2	33	1.07
25960014--25960057	21	2.1	21	100	0	88	31	9	13	45	1.75
25966272--25966328	20	2.8	20	79	10	62	33	1	1	63	1.15
25966265--25966327	20	3.2	20	75	20	60	33	1	3	61	1.21
25977176--25977221	24	1.9	24	86	8	67	39	0	2	58	1.10
25987820--25987896	40	1.9	39	84	10	102	33	24	19	22	1.97
26002097--26002186	42	2.2	42	80	7	105	18	27	26	26	1.98
26008057--26008186	67	1.9	67	98	0	251	31	14	10	43	1.78
26015617--26015680	9	6.8	9	76	13	58	67	1	3	28	1.15
26015621--26015680	3	19.7	3	76	10	50	66	1	3	28	1.17
26015618--26015680	21	3.1	21	75	11	69	66	1	3	28	1.16
26015686--26015718	15	2.1	16	88	5	50	72	3	3	21	1.11
26017233--26017328	43	2.2	44	90	1	149	30	25	11	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26017320--26017705	88	4.4	88	69	10	241	27	25	18	27	1.98
26017389--26017733	44	7.8	44	70	10	229	28	25	18	28	1.98
26017348--26018356	132	7.6	132	87	4	1399	28	24	18	29	1.98
26017348--26018356	397	2.5	397	92	1	1643	28	24	18	29	1.98
26017348--26018187	44	19.1	45	64	17	169	28	23	18	29	1.98
26018757--26019363	44	13.8	44	66	13	241	28	24	18	28	1.98
26018695--26019361	132	5.1	132	93	0	1118	28	24	18	28	1.98
26021106--26021221	56	2.0	59	90	5	184	51	11	17	19	1.75
26021676--26021715	21	1.9	21	89	0	62	65	7	15	12	1.47
26023604--26023643	19	2.0	20	85	4	55	47	7	20	25	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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