genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20514316--20514423	53	2.0	53	91	7	175	45	11	12	30	1.77
20515263--20515550	148	1.9	148	86	1	407	27	22	20	29	1.98
20519749--20519792	21	2.1	21	87	8	63	38	4	4	52	1.42
20525139--20525192	27	2.0	27	96	0	99	33	7	16	42	1.76
20531635--20531680	15	3.3	13	80	14	56	6	8	0	84	0.77
20536991--20537032	20	2.0	21	90	4	68	57	11	0	30	1.35
20536991--20537032	22	1.9	22	85	9	59	57	11	0	30	1.35
20537425--20537456	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
20537548--20537637	29	3.0	29	81	14	94	31	10	14	44	1.78
20537772--20537840	31	2.3	30	82	9	86	43	15	7	33	1.75
20549044--20549081	18	2.1	18	85	9	51	65	5	0	28	1.14
20552232--20552301	33	2.1	33	97	0	131	21	21	18	38	1.93
20552469--20552534	18	3.6	18	72	8	53	33	0	0	66	0.92
20553283--20553317	11	3.5	10	88	11	54	71	0	0	28	0.86
20559663--20559699	16	2.3	16	90	0	56	13	8	5	72	1.24
20564265--20564304	21	1.9	21	90	10	64	60	7	12	20	1.56
20564927--20564992	32	2.1	32	94	2	116	31	0	0	68	0.90
20566063--20566087	7	3.6	7	100	0	50	28	0	12	60	1.32
20566912--20566981	25	2.8	25	86	2	104	45	2	11	40	1.55
20566977--20567025	18	2.7	18	96	0	89	51	22	0	26	1.49
20567002--20567282	29	9.3	29	75	16	230	43	27	1	27	1.62
20566984--20567084	29	4.1	23	73	24	82	44	25	0	28	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20567017--20567147	64	2.0	64	95	0	235	43	28	0	27	1.60
20567124--20567211	18	5.3	18	75	18	93	46	26	0	27	1.53
20567101--20567245	46	3.1	47	95	3	265	46	26	0	26	1.53
20566977--20567269	93	3.1	92	75	11	317	45	26	1	27	1.60
20567017--20567276	64	4.2	64	70	22	201	43	28	1	26	1.62
20567277--20567400	55	2.3	55	95	2	223	40	11	5	42	1.64
20569945--20570169	123	1.8	123	94	1	398	31	21	16	30	1.96
20573265--20573309	23	2.0	21	83	8	54	40	15	11	33	1.83
20573324--20573383	31	2.0	31	83	9	79	46	13	3	36	1.60
20575247--20575284	13	3.0	13	88	3	51	36	0	0	63	0.95
20588851--20588938	45	2.0	45	90	0	140	37	0	11	51	1.38
20588906--20588963	25	2.3	25	93	0	98	41	0	13	44	1.44
20591726--20591991	41	6.5	41	97	0	469	21	27	21	30	1.98
20593275--20593384	40	2.8	39	81	2	130	39	16	21	22	1.92
20593634--20593678	21	2.1	22	87	4	65	26	48	2	22	1.62
20596149--20596182	18	1.9	18	94	5	61	38	5	0	55	1.24
20597550--20597776	43	5.3	42	81	6	233	22	17	31	27	1.97
20597846--20597887	22	1.9	22	100	0	84	50	19	14	16	1.79
20597845--20597899	21	2.5	22	88	2	85	45	23	16	14	1.84
20605062--20605159	39	2.5	39	78	6	117	42	21	20	15	1.88
20605288--20605504	41	5.3	41	77	9	167	15	26	23	35	1.94
20605253--20605504	82	3.1	81	86	5	330	15	25	22	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20607144--20607249	52	2.0	52	92	0	176	35	10	11	42	1.75
20607319--20607370	27	1.9	27	84	0	68	42	0	9	48	1.36
20608219--20608245	11	2.5	11	100	0	54	25	18	0	55	1.43
20610163--20610215	21	2.5	21	84	9	72	39	1	1	56	1.21
20610263--20610708	16	26.9	16	68	21	169	45	18	2	33	1.61
20610279--20610765	9	56.3	9	70	17	277	45	18	2	33	1.63
20610300--20610340	13	2.8	15	85	14	59	46	19	0	34	1.50
20610328--20610520	34	5.1	38	74	13	125	47	18	1	33	1.56
20610392--20610761	25	14.5	25	72	15	201	45	19	2	32	1.65
20610412--20610510	52	1.9	52	91	0	162	47	22	0	30	1.51
20610412--20610776	43	8.7	41	69	18	168	45	19	2	32	1.64
20610492--20610706	59	3.6	59	94	1	367	45	18	3	33	1.65
20610455--20610738	118	2.4	119	82	8	389	44	19	3	32	1.66
20610479--20610738	59	4.4	59	90	3	335	44	18	3	33	1.67
20613748--20613807	29	2.1	29	93	0	102	23	38	16	21	1.93
20617042--20617229	98	1.9	97	95	1	340	33	18	18	28	1.95
20617682--20617732	21	2.4	21	86	0	66	37	17	41	3	1.68
20617761--20617819	21	2.8	21	73	0	64	35	15	40	8	1.77
20618126--20618638	43	11.9	43	84	2	636	23	21	24	30	1.99
20628336--20628447	26	4.1	26	76	17	93	63	2	2	31	1.22
20628341--20628447	27	3.9	27	76	17	103	63	2	2	30	1.23
20628438--20628484	21	2.1	23	88	7	71	55	6	0	38	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20628297--20628559	9	27.6	9	67	18	74	60	3	3	32	1.31
20629415--20629462	23	2.0	24	84	4	62	43	4	6	45	1.48
20629551--20629595	20	2.4	19	85	7	56	31	0	2	66	1.04
20629563--20629600	20	1.9	20	94	0	67	28	0	5	65	1.14
20637681--20637785	54	1.9	54	82	0	129	19	30	20	29	1.97
20641628--20641696	10	6.9	10	73	17	54	62	0	1	36	1.04
20641644--20641715	9	7.4	9	73	18	56	69	0	1	29	0.97
20641605--20641744	40	3.6	39	80	9	153	65	0	2	32	1.04
20641630--20641726	50	1.9	51	95	4	180	62	0	2	35	1.07
20641671--20641746	30	2.8	28	83	13	95	67	0	1	31	0.99
20641650--20641751	50	2.3	40	80	20	100	69	0	1	28	0.99
20643517--20643570	26	2.0	27	92	3	92	38	3	5	51	1.43
20645794--20645834	3	13.7	3	94	0	73	31	0	2	65	1.05
20647538--20647573	17	2.1	17	89	5	54	19	2	11	66	1.35
20654642--20654698	25	2.3	25	84	0	69	38	17	26	17	1.92
20662098--20662156	25	2.4	25	88	0	82	35	20	27	16	1.94
20669769--20669813	22	2.0	24	91	8	76	24	22	0	53	1.46
20670115--20670147	12	2.8	12	100	0	66	0	24	0	75	0.80
20670108--20670152	12	3.0	16	72	27	53	0	26	0	73	0.84
20670197--20670233	19	1.9	19	100	0	74	10	16	2	70	1.27
20672434--20672460	10	2.7	10	100	0	54	22	29	18	29	1.97
20673131--20673167	15	2.4	15	95	4	65	16	29	0	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20678172--20678218	16	2.9	16	87	6	60	0	12	10	76	1.02
20680136--20680165	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
20687547--20687706	79	2.0	79	86	0	221	43	14	6	35	1.72
20704087--20704138	21	2.5	21	87	3	70	23	19	32	25	1.97
20708445--20708500	5	11.2	5	83	11	62	21	0	1	76	0.87
20712400--20712424	11	2.3	11	100	0	50	60	0	24	16	1.36
20717975--20717999	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
20718743--20718813	21	3.4	22	84	9	78	30	1	1	66	1.09
20718755--20718820	21	3.0	21	89	10	89	34	1	0	63	1.04
20718762--20718846	25	3.6	25	83	9	90	32	4	1	61	1.24
20722197--20722371	65	2.7	64	85	5	219	33	16	18	32	1.93
20722366--20722398	16	2.1	16	94	0	57	33	21	0	45	1.52
20727239--20727302	25	2.7	23	81	11	83	18	20	25	35	1.95
20735209--20735711	47	10.6	47	95	1	853	29	30	8	31	1.87
20735209--20735711	96	5.3	94	94	1	853	29	30	8	31	1.87
20766395--20766464	16	4.4	16	92	0	95	32	0	34	32	1.58
20766405--20766466	32	1.9	32	93	0	106	35	0	35	29	1.58
20766443--20766537	45	2.1	44	88	1	136	32	6	27	33	1.82
20766697--20766731	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
20770909--20771059	44	3.4	44	94	0	257	31	21	15	30	1.95
20775726--20775762	17	2.1	18	90	5	58	29	24	0	45	1.53
20777997--20778030	16	2.2	16	89	5	52	35	8	5	50	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20788670--20788945	50	5.6	50	84	3	233	22	28	20	28	1.98
20788777--20788945	48	3.5	48	88	3	223	22	30	20	27	1.98
20788827--20788967	48	2.9	48	87	2	158	23	29	20	26	1.99
20791173--20791227	28	2.0	28	100	0	110	18	18	10	52	1.73
20791780--20791847	30	2.2	31	84	2	84	26	17	7	48	1.73
20807994--20808018	7	3.6	7	100	0	50	28	0	0	72	0.86
20808699--20808759	29	2.1	29	100	0	122	21	3	29	45	1.67
20809858--20809918	30	2.0	31	90	6	99	34	1	4	59	1.29
20810224--20810264	18	2.3	18	86	0	55	26	0	7	65	1.18
20812070--20812177	53	2.0	53	87	0	153	25	9	20	45	1.80

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