genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19077881--19077922	22	2.0	22	90	4	68	45	14	4	35	1.66
19078391--19078424	14	2.3	15	90	5	52	44	17	5	32	1.73
19079094--19079149	21	2.7	21	88	0	85	26	8	35	28	1.87
19079259--19079293	9	3.8	9	88	7	52	45	0	0	54	0.99
19079258--19079288	10	3.2	10	90	9	55	38	0	0	61	0.96
19087482--19087542	30	2.0	31	83	3	79	34	0	44	21	1.53
19091285--19091325	15	2.7	15	96	0	73	17	24	4	53	1.63
19094516--19094555	16	2.5	16	91	0	62	27	25	7	40	1.82
19096424--19096520	43	2.3	43	87	0	131	34	31	16	17	1.92
19098625--19098678	24	2.3	24	83	3	74	46	16	14	22	1.84
19100154--19100179	11	2.4	11	100	0	52	69	0	15	15	1.20
19102665--19102695	5	6.0	5	96	3	53	77	0	0	22	0.77
19103141--19103197	23	2.5	24	77	13	66	66	7	0	26	1.17
19103231--19103283	22	2.5	21	84	6	63	67	5	3	22	1.28
19103247--19103290	15	2.9	15	80	6	52	65	6	2	25	1.28
19105952--19105977	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
19110685--19110740	12	4.7	12	72	14	53	55	3	1	39	1.28
19116492--19116542	18	2.9	18	68	8	52	41	3	3	50	1.39
19117500--19117574	30	2.6	26	76	16	69	54	0	0	45	0.99
19121138--19121175	12	3.2	12	88	0	58	42	36	21	0	1.53
19121914--19121970	3	19.0	3	90	0	60	42	33	22	1	1.64
19121915--19121973	15	3.9	15	88	0	82	44	33	20	1	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19121924--19121973	18	2.8	18	87	0	73	46	34	18	2	1.60
19123423--19123472	5	10.4	5	80	8	50	74	0	22	4	0.99
19123414--19123482	10	7.7	9	76	11	54	73	1	21	2	1.04
19127841--19127873	13	2.5	13	90	0	57	39	27	0	33	1.57
19131366--19131427	19	3.3	19	80	11	65	38	0	6	54	1.26
19133344--19133368	6	4.2	6	100	0	50	36	0	48	16	1.46
19133409--19133486	29	2.7	29	76	13	81	30	3	48	16	1.64
19133548--19133673	30	4.2	30	90	0	198	51	2	10	35	1.49
19133845--19133897	21	2.5	21	93	0	88	30	37	9	22	1.86
19148426--19148567	71	2.0	71	91	2	232	35	18	16	29	1.93
19148825--19149133	154	2.0	154	99	0	609	58	4	7	29	1.45
19151276--19151434	83	1.9	83	90	2	257	27	24	19	28	1.99
19151569--19151945	50	7.5	50	71	2	272	24	20	23	32	1.98
19151431--19151955	200	2.7	197	87	4	722	24	20	22	33	1.97
19151537--19151955	100	4.2	100	88	0	640	23	19	22	34	1.97
19153486--19153930	50	8.9	50	71	3	322	24	19	23	32	1.97
19153465--19153930	100	4.7	100	88	1	700	23	20	23	32	1.98
19154801--19154833	17	1.9	17	93	0	57	0	15	3	81	0.80
19155267--19155319	9	5.8	9	80	12	63	1	0	11	86	0.64
19155267--19155319	24	2.3	23	90	6	81	1	0	11	86	0.64
19155270--19155320	15	3.3	15	89	10	68	1	0	11	86	0.66
19158208--19158562	71	5.0	71	98	0	674	36	18	15	29	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19159304--19159340	20	1.9	18	89	10	56	70	5	5	18	1.27
19159507--19159543	20	1.9	18	89	10	56	70	5	5	18	1.27
19159200--19159610	203	2.0	203	99	0	813	58	6	10	24	1.55
19159767--19159796	15	1.9	16	93	6	53	56	0	3	40	1.16
19163923--19163964	20	2.1	20	86	0	57	47	0	7	45	1.30
19166137--19166174	19	2.0	19	85	10	51	31	5	2	60	1.33
19176410--19176461	24	2.2	24	85	0	68	53	9	3	32	1.51
19178382--19178433	24	2.2	24	82	0	59	51	9	5	32	1.58
19184809--19184855	24	2.0	24	100	0	94	29	17	19	34	1.94
19187165--19187189	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
19188576--19188600	3	8.3	3	100	0	50	32	36	0	32	1.58
19197299--19197349	9	5.7	9	92	0	84	23	7	21	47	1.77
19197409--19197502	9	10.4	9	92	0	125	24	8	24	42	1.82
19200482--19200521	11	3.6	11	82	0	53	82	0	17	0	0.67
19200482--19200519	16	2.4	16	86	0	58	84	0	15	0	0.63
19201966--19202710	89	8.4	89	81	3	549	28	20	23	27	1.99
19201947--19202316	88	4.2	88	88	1	526	27	18	23	29	1.98
19201990--19202571	177	3.3	177	82	3	645	28	21	23	27	1.99
19201949--19202710	177	4.3	177	78	5	585	28	20	23	27	1.99
19202903--19203120	44	4.8	44	77	5	177	33	19	20	27	1.97
19207184--19207216	17	1.9	17	93	0	57	9	6	12	72	1.26
19208388--19208430	22	1.9	23	85	4	61	32	4	20	41	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19215065--19215108	21	2.0	21	86	4	61	54	2	0	43	1.12
19215483--19215730	124	2.0	124	100	0	496	36	4	20	38	1.72
19217743--19218098	133	2.7	133	82	2	437	37	13	18	30	1.89
19218116--19218254	39	3.6	39	77	3	127	41	15	22	21	1.90
19218109--19218252	78	1.8	78	80	0	171	42	13	22	21	1.88
19223045--19223154	54	2.0	54	98	0	211	25	17	19	38	1.93
19232608--19232887	69	4.1	67	81	4	317	33	25	20	20	1.96
19232611--19232883	137	2.0	137	84	2	361	34	25	20	19	1.96
19232891--19232930	21	1.9	21	89	0	62	42	27	17	12	1.85
19232980--19233238	58	4.5	58	87	1	349	34	20	10	34	1.87
19237543--19237589	19	2.5	19	100	0	94	36	19	4	40	1.71
19241078--19241105	8	3.5	8	100	0	56	53	0	0	46	1.00
19242052--19242203	43	3.5	42	78	7	164	30	23	17	27	1.97
19242092--19242193	42	2.4	43	83	6	118	30	25	17	26	1.97
19243277--19243301	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
19254041--19254097	18	3.1	19	73	14	57	22	22	0	54	1.45
19258183--19258227	22	2.0	23	86	4	65	53	2	0	44	1.13
19261305--19261402	40	2.6	38	75	4	99	29	27	18	24	1.98
19262378--19262417	21	1.9	21	85	10	55	35	5	37	22	1.76
19262546--19262730	48	3.9	48	81	7	214	31	16	21	31	1.95
19262548--19262726	96	1.9	96	85	2	252	30	16	21	31	1.95
19262686--19262808	42	2.9	43	85	2	167	31	13	21	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19262706--19262808	44	2.4	43	86	3	145	32	14	23	30	1.94
19266471--19266556	35	2.4	35	77	9	93	24	22	26	26	2.00
19267069--19267102	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
19268934--19268975	22	1.9	22	85	9	59	47	11	4	35	1.61
19271099--19271233	30	4.6	29	78	5	110	42	20	12	23	1.86
19273398--19273527	60	2.2	60	98	0	251	36	24	8	30	1.85
19273397--19273497	29	3.4	29	64	5	85	35	24	8	30	1.86
19273427--19273527	31	3.3	31	65	5	89	37	24	7	29	1.84
19274144--19274186	18	2.5	17	77	7	52	74	0	0	25	0.82
19274335--19274419	28	2.8	32	82	14	115	36	4	0	58	1.19
19274312--19274522	9	22.0	9	70	13	86	34	2	3	58	1.31
19274335--19274428	30	3.1	30	83	11	113	37	4	0	58	1.18
19274474--19274532	18	3.3	17	85	7	73	25	0	5	69	1.09
19274473--19274531	10	6.3	9	82	9	66	23	0	5	71	1.06
19274469--19274544	9	8.3	9	72	24	54	25	1	7	65	1.27
19282374--19282436	20	3.1	20	71	11	56	36	14	30	19	1.91
19302022--19302214	50	3.7	50	84	6	226	25	21	29	23	1.99
19302028--19302214	100	1.8	103	83	6	254	26	20	29	23	1.99
19302463--19302506	4	11.0	4	80	0	52	50	4	25	20	1.67
19302463--19302513	12	4.2	12	82	0	66	49	5	25	19	1.71
19308538--19308578	19	2.2	19	90	0	64	24	24	0	51	1.49
19309649--19309710	31	2.0	31	93	0	106	27	16	25	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19314627--19314662	18	2.0	18	94	0	63	55	19	16	8	1.66
19318896--19318923	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
19320517--19321404	443	2.0	443	98	0	1713	46	11	13	28	1.77
19322870--19322908	15	2.6	15	91	0	60	15	7	35	41	1.76
19325829--19325876	20	2.5	20	86	3	62	33	14	8	43	1.75
19326708--19326915	91	2.3	91	88	0	292	29	23	14	32	1.95
19331158--19331191	7	4.7	7	88	3	50	2	11	0	85	0.71
19333591--19333637	24	2.0	24	87	8	69	51	2	8	38	1.45
19336697--19336721	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
19340543--19340598	28	2.0	27	86	13	78	39	0	23	37	1.55

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