genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13266568--13267019	199	2.3	199	83	2	557	33	22	18	25	1.96
13268598--13268660	25	2.6	25	80	10	76	31	7	3	57	1.43
13268843--13268884	16	2.7	16	82	10	52	28	4	2	64	1.26
13268907--13268939	10	3.2	10	91	8	57	39	0	0	60	0.97
13268907--13268937	11	2.9	11	95	4	55	38	0	0	61	0.96
13268916--13268956	14	2.9	15	86	10	52	29	0	7	63	1.21
13274126--13274173	22	2.2	22	88	7	71	75	2	0	22	0.91
13274124--13274158	18	1.9	18	88	11	54	77	0	0	22	0.78
13274134--13274163	12	2.4	13	94	5	53	80	0	0	20	0.72
13275013--13275062	23	2.2	23	85	0	64	52	8	0	40	1.31
13281268--13281491	101	2.2	101	99	0	439	34	22	12	30	1.91
13282079--13282966	40	22.3	40	98	1	1698	37	14	10	37	1.81
13283183--13283523	44	7.9	44	73	9	224	29	22	19	29	1.98
13285017--13285050	15	2.3	15	95	5	61	0	0	11	88	0.52
13285011--13285051	15	2.7	16	85	11	59	2	0	9	87	0.62
13285016--13285052	8	4.8	8	86	6	58	0	0	10	89	0.49
13289530--13289724	98	2.0	98	95	0	354	36	25	10	27	1.89
13290398--13290446	26	2.0	25	88	8	73	55	4	8	32	1.48
13290799--13290937	70	2.0	70	97	2	262	42	20	10	25	1.85
13291239--13291283	22	2.0	22	86	4	63	42	13	6	37	1.70
13291262--13291403	19	7.4	19	88	3	221	38	14	10	36	1.81
13300836--13300895	31	1.9	32	83	10	79	30	40	6	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13302828--13302863	16	2.2	16	95	0	63	36	13	11	38	1.81
13304899--13304932	15	2.2	16	89	5	52	41	8	0	50	1.34
13308923--13308963	21	2.0	21	85	0	55	14	9	12	63	1.52
13313379--13313455	9	8.4	9	84	8	93	41	27	9	22	1.83
13313886--13314006	39	3.1	39	90	0	197	35	12	21	30	1.90
13316865--13316900	12	3.0	12	91	0	54	27	2	16	52	1.57
13320160--13320224	33	2.0	33	100	0	130	56	6	15	21	1.60
13322333--13322458	62	2.0	62	92	0	207	44	12	11	31	1.78
13329716--13329745	12	2.4	12	94	5	51	53	3	0	43	1.17
13333294--13333339	23	2.0	23	100	0	92	34	13	8	43	1.74
13333176--13333479	159	1.9	159	99	0	599	27	20	17	34	1.95
13335670--13335715	11	4.0	12	78	16	53	23	32	2	41	1.67
13335668--13335723	22	2.5	21	81	16	60	25	28	3	42	1.71
13335683--13335782	51	2.0	51	90	4	157	26	25	3	46	1.67
13336293--13336378	42	2.0	42	88	0	127	24	15	32	27	1.95
13336967--13336999	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
13337650--13337689	18	2.2	18	86	0	53	17	30	5	47	1.69
13338209--13338939	22	33.9	22	81	7	788	42	29	1	27	1.63
13338239--13338939	21	32.8	21	83	5	750	42	28	0	27	1.61
13338209--13338939	43	16.9	43	82	5	811	42	29	1	27	1.63
13339038--13339204	37	4.4	38	65	15	112	43	9	6	40	1.63
13338943--13339221	114	2.4	114	97	0	522	43	9	6	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13342232--13342774	127	4.3	126	91	1	822	29	23	16	30	1.96
13342232--13342774	253	2.2	251	89	2	820	29	23	16	30	1.96
13345108--13345132	5	5.0	5	100	0	50	0	0	40	60	0.97
13353547--13353590	16	2.8	16	82	0	61	56	2	2	38	1.24
13353623--13353704	38	2.2	38	97	0	155	39	2	3	54	1.31
13353737--13353858	60	2.0	60	87	3	174	54	13	0	31	1.46
13353846--13354012	27	7.2	21	75	16	86	53	13	0	31	1.44
13353899--13354086	19	9.7	19	67	22	90	54	12	0	33	1.38
13353899--13353982	27	3.1	27	96	0	150	52	11	0	35	1.38
13353923--13354074	67	2.4	60	81	10	153	55	11	0	32	1.35
13355951--13355999	19	2.6	18	78	9	53	51	2	2	44	1.24
13355986--13356058	30	2.5	28	82	10	85	56	5	0	38	1.23
13356093--13356147	25	2.1	25	83	12	67	41	1	3	52	1.29
13358691--13358766	3	24.0	3	78	12	64	63	3	5	27	1.34
13359237--13359287	22	2.3	22	93	0	84	9	45	27	17	1.80
13363922--13363957	19	1.9	18	94	5	63	58	0	5	36	1.22
13363922--13364981	251	4.3	249	78	11	1040	45	7	9	37	1.64
13363937--13364981	491	2.1	483	81	8	1154	45	7	9	37	1.65
13364469--13364928	244	1.9	243	84	5	621	46	7	8	37	1.63
13364775--13364842	12	5.8	12	73	19	54	44	2	5	47	1.42
13365964--13366009	21	2.2	21	84	3	58	65	2	2	30	1.16
13367655--13367778	26	4.8	26	87	1	162	20	16	25	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13367655--13367766	51	2.2	51	87	3	154	20	16	26	36	1.93
13369574--13369600	13	2.1	13	100	0	54	55	14	7	22	1.64
13374827--13374879	27	2.0	27	84	0	70	49	1	5	43	1.37
13374854--13374913	19	3.1	19	71	20	52	58	0	8	33	1.28
13375780--13375841	26	2.5	26	80	12	76	45	1	1	51	1.20
13375817--13375857	18	2.3	19	88	12	61	43	0	2	53	1.13
13375775--13375872	44	2.2	45	83	1	126	42	1	4	52	1.27
13375898--13375942	23	1.9	24	82	13	58	37	0	6	55	1.26
13378654--13378761	54	2.0	54	87	0	153	26	21	21	30	1.98
13383942--13383989	21	2.3	21	85	7	62	27	25	8	39	1.84
13389120--13389153	17	2.1	16	88	5	50	0	29	0	70	0.87
13400999--13402426	714	2.0	712	85	2	1938	29	21	17	31	1.96
13404389--13404779	126	3.1	125	89	1	588	28	16	16	38	1.91
13404876--13404941	34	1.9	34	87	0	96	43	13	0	42	1.44
13404885--13404966	34	2.4	34	85	4	103	39	18	0	42	1.50
13404936--13404996	25	2.4	25	83	0	77	34	18	1	45	1.59
13411743--13411781	14	2.8	14	84	0	51	61	0	5	33	1.18
13413613--13413656	18	2.4	18	88	7	63	38	45	2	13	1.56
13413686--13413724	12	3.3	11	89	10	51	69	10	0	20	1.17
13413807--13413873	9	7.4	9	78	6	73	29	11	17	40	1.86
13413807--13413873	27	2.5	27	85	4	82	29	11	17	40	1.86
13427633--13427715	25	3.3	25	77	0	85	30	24	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13428593--13428632	20	2.1	19	85	4	53	27	5	5	62	1.37
13433775--13434009	50	4.6	50	80	4	213	23	28	21	26	1.99
13437891--13437916	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
13438077--13438144	32	2.1	32	86	10	95	41	0	11	47	1.40
13440981--13441042	18	3.4	18	67	20	56	20	6	8	64	1.43
13441200--13441233	16	2.1	16	100	0	68	23	52	5	17	1.66
13449612--13449658	24	2.0	24	100	0	94	55	4	12	27	1.56
13453818--13454825	502	2.0	503	91	0	1642	39	21	11	26	1.88
13468005--13468111	55	1.9	55	92	0	178	38	16	19	25	1.93
13471358--13471430	37	1.9	37	84	13	96	31	23	2	42	1.68
13471418--13471461	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
13471556--13471746	51	3.8	50	77	4	204	31	29	15	23	1.95
13478637--13478704	20	3.4	21	76	15	72	17	36	13	32	1.89
13478623--13478705	40	2.1	40	86	4	114	16	34	14	33	1.90
13478630--13478728	40	2.5	40	83	6	112	19	35	12	33	1.88
13485163--13485213	23	2.2	23	85	0	66	21	21	27	29	1.99
13492195--13492292	23	4.3	23	93	2	171	20	22	26	30	1.98
13492197--13492285	45	2.0	45	97	0	169	19	23	26	30	1.98
13494335--13494367	7	4.7	7	96	0	57	15	12	3	69	1.30
13494299--13494338	19	2.1	19	100	0	80	15	10	0	75	1.05
13495516--13495581	31	2.1	31	82	0	78	28	24	19	27	1.99
13495586--13495644	31	1.9	31	100	0	118	25	25	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13495624--13495850	50	4.5	50	92	0	364	26	22	15	35	1.94
13498302--13498364	20	3.0	20	72	22	58	50	4	0	44	1.23
13498306--13498348	20	2.2	20	87	8	61	53	2	0	44	1.13
13500401--13500471	32	2.2	32	97	0	133	14	0	26	59	1.36
13505141--13505192	18	2.9	18	80	5	52	28	0	5	65	1.16
13511726--13511752	7	3.9	7	100	0	54	44	0	11	44	1.39
13515142--13515166	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
13516941--13516982	22	1.9	22	100	0	84	19	21	9	50	1.75
13523311--13523370	17	3.4	17	73	13	66	36	5	0	58	1.20
13523313--13523414	19	5.4	19	67	13	66	37	6	0	55	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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