genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1876230--1876264	18	1.9	18	88	0	52	25	5	14	54	1.62
1880006--1880052	24	2.0	24	87	8	69	38	4	27	29	1.76
1881944--1882020	33	2.3	33	84	4	102	38	20	12	27	1.89
1887108--1887183	23	3.3	23	96	0	143	21	21	26	31	1.98
1887313--1887385	38	1.9	37	86	8	103	45	1	21	31	1.61
1893209--1893336	27	4.7	27	82	6	161	42	19	16	21	1.89
1893209--1893349	54	2.6	54	89	2	203	43	18	15	21	1.87
1893507--1893561	26	2.1	26	89	0	83	21	20	23	34	1.97
1900614--1900678	28	2.4	28	87	7	89	41	13	18	26	1.88
1901002--1901072	33	2.1	34	81	2	81	23	22	25	28	2.00
1907834--1907893	6	10.3	6	79	13	72	18	1	0	80	0.80
1907834--1907888	13	4.1	13	82	15	67	18	1	0	80	0.81
1907839--1907893	22	2.4	24	87	6	78	18	1	0	80	0.81
1907834--1907896	29	2.2	29	88	8	94	19	1	0	79	0.82
1910586--1910624	21	2.0	20	85	10	53	28	15	2	53	1.55
1915919--1915949	4	8.0	4	92	7	55	51	0	0	48	1.00
1920249--1920452	100	2.0	100	98	0	390	33	15	11	39	1.83
1921234--1921282	18	2.8	18	79	14	66	34	8	0	57	1.29
1921415--1921471	30	1.9	29	89	3	87	31	14	3	50	1.59
1925663--1925749	11	7.8	11	75	14	72	82	9	4	3	0.91
1926182--1926214	17	1.9	17	88	11	50	84	0	12	3	0.72
1926563--1926759	108	1.8	108	86	4	290	25	16	9	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1927652--1929037	46	30.1	46	93	1	2131	25	16	26	32	1.96
1929259--1929934	44	15.8	44	66	12	271	31	21	20	25	1.98
1929251--1929937	128	5.4	128	90	0	1043	31	22	20	25	1.98
1936827--1936871	23	2.0	22	82	4	54	35	2	0	62	1.08
1940837--1940865	14	2.1	14	100	0	58	44	6	20	27	1.77
1945356--1945393	6	6.3	6	100	0	76	15	0	47	36	1.46
1945518--1945738	94	2.4	89	81	11	243	41	4	17	37	1.69
1945771--1946188	126	3.3	126	90	1	640	32	18	20	28	1.96
1959336--1959554	55	4.0	55	84	2	253	50	12	7	29	1.67
1959336--1959563	108	2.1	110	83	1	289	50	12	7	29	1.67
1961097--1961174	38	2.1	38	83	7	104	23	47	1	26	1.59
1961580--1961615	18	2.1	17	89	5	54	13	44	11	27	1.78
1976553--1976587	12	3.2	11	88	11	54	8	25	2	62	1.38
1991060--1991111	15	3.3	15	81	13	52	61	9	5	23	1.48
2009770--2009811	15	2.8	15	85	7	50	66	2	0	30	1.04
2009766--2009806	18	2.4	18	84	11	52	63	0	0	36	0.95
2010028--2010068	20	2.0	22	85	9	59	70	4	9	14	1.30
2010261--2010336	21	3.7	21	91	7	129	36	13	10	39	1.79
2010540--2010624	44	1.9	44	90	4	136	29	24	17	28	1.97
2010622--2011812	132	9.0	132	94	0	2013	24	24	20	30	1.99
2012823--2012930	54	2.0	54	98	0	207	25	31	12	30	1.92
2012825--2012915	30	3.2	30	64	17	86	28	29	10	30	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2026011--2026065	19	2.7	21	83	11	87	36	10	10	41	1.75
2026002--2026053	21	2.5	20	79	20	61	34	15	7	42	1.75
2026120--2026163	20	2.1	21	91	4	72	52	0	6	40	1.28
2028355--2028382	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2030330--2030364	17	2.1	17	100	0	70	37	11	28	22	1.89
2040143--2040317	70	2.5	68	82	4	190	30	13	22	33	1.93
2040335--2040582	72	3.3	74	86	5	338	35	16	18	30	1.92
2040869--2041051	72	2.5	73	89	3	280	34	17	18	29	1.94
2045965--2046024	30	2.0	29	83	3	75	45	1	23	30	1.63
2046234--2046265	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2046130--2046592	229	2.0	229	99	0	917	35	9	19	35	1.84
2046463--2046494	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
2049284--2049313	15	2.0	15	93	0	51	43	0	0	56	0.99
2049309--2049336	12	2.3	12	100	0	56	42	0	0	57	0.99
2050945--2050990	21	2.2	21	81	14	60	63	4	2	30	1.26
2050977--2051016	17	2.3	18	87	8	57	67	0	7	25	1.16
2055751--2055789	17	2.4	16	83	8	53	64	5	0	30	1.15
2055806--2055855	16	3.2	16	78	16	59	70	0	2	28	0.99
2056040--2056089	26	2.0	25	84	4	64	38	2	2	58	1.21
2059931--2059968	20	2.0	20	89	5	60	52	7	5	34	1.53
2060515--2060618	31	3.3	31	70	12	104	36	12	9	41	1.76
2060548--2060643	31	3.0	32	69	14	90	34	17	12	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2060514--2060643	63	2.1	63	94	0	224	34	15	11	38	1.83
2063241--2063308	33	2.0	34	85	2	93	29	2	5	61	1.34
2063592--2063626	15	2.3	15	100	0	70	40	5	11	42	1.65
2066966--2067029	28	2.4	28	86	5	87	43	0	0	56	0.99
2067085--2067118	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
2067265--2067370	44	2.5	41	79	18	135	35	31	3	29	1.75
2067282--2067372	46	2.0	46	93	4	159	38	30	4	26	1.76
2067352--2067388	16	2.3	16	90	0	56	21	29	5	43	1.75
2073581--2073621	17	2.5	16	88	4	55	34	2	0	63	1.08
2074251--2074497	42	5.8	42	84	2	280	27	20	19	32	1.97
2074246--2074510	84	3.1	84	81	4	309	30	20	18	30	1.97
2074881--2074931	21	2.4	21	90	0	75	1	45	19	33	1.62
2086303--2086615	16	19.7	15	66	23	85	37	3	12	46	1.59
2086288--2086694	93	4.5	92	88	7	625	37	3	12	46	1.59
2086391--2086446	9	6.8	9	73	19	59	35	0	16	48	1.46
2086391--2086532	40	3.4	40	70	17	128	36	2	14	47	1.56
2086461--2086694	43	5.0	50	70	18	187	38	3	12	45	1.59
2086500--2086625	24	5.4	24	63	28	74	36	3	13	46	1.59
2086288--2086694	178	2.2	184	94	3	718	37	3	12	46	1.59
2086516--2086678	53	3.3	51	68	24	143	37	3	11	47	1.58
2086569--2086624	9	6.8	9	73	19	50	37	0	14	48	1.44
2088588--2088621	15	2.3	15	89	0	50	55	35	0	8	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2089408--2089783	206	1.8	205	86	3	540	25	21	20	32	1.97
2089594--2090231	230	2.8	226	82	5	703	25	21	22	31	1.98
2096155--2096586	164	2.6	164	82	7	482	31	29	12	26	1.93
2097789--2097845	18	3.0	20	75	17	59	57	1	5	35	1.31
2100447--2100480	13	2.7	13	86	4	52	38	5	14	41	1.70
2101329--2101384	27	2.1	26	83	9	69	42	0	5	51	1.24
2105787--2105939	41	3.8	41	71	6	143	33	29	20	16	1.95
2105777--2105932	78	2.0	78	97	0	294	35	27	18	18	1.95
2106044--2106180	47	2.8	47	82	6	157	40	15	5	39	1.69
2106205--2106342	47	2.9	47	78	0	159	39	17	7	36	1.77
2106008--2106397	157	2.5	157	92	2	633	39	16	6	37	1.75
2123233--2123337	43	2.5	43	79	3	124	31	20	20	26	1.98
2129464--2129501	20	1.9	20	84	10	51	42	5	13	39	1.66
2131913--2131970	31	1.9	31	92	3	100	34	12	10	43	1.76
2138185--2138215	16	1.9	16	93	0	53	51	0	22	25	1.48
2141309--2141376	19	3.4	19	78	13	75	51	0	1	47	1.09
2151753--2151801	21	2.4	22	86	10	68	55	0	0	44	0.99
2151719--2151816	37	2.6	37	79	10	94	57	3	1	38	1.21
2157682--2157731	21	2.5	20	86	3	64	54	2	2	42	1.23
2158517--2158548	16	2.0	16	93	0	55	84	0	15	0	0.63
2161236--2161269	16	2.2	16	89	5	52	64	2	0	32	1.08
2161689--2161726	20	1.9	20	84	10	51	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171268--2171607	170	2.0	170	86	5	470	27	22	20	30	1.98
2172775--2172923	62	2.4	62	98	0	289	19	23	16	40	1.91
2180651--2180742	42	2.2	42	88	2	130	19	29	16	34	1.94
2180663--2180746	42	2.0	42	95	0	150	20	27	15	36	1.93
2189868--2189916	23	2.1	23	92	0	80	46	14	4	34	1.63
2189869--2189915	20	2.2	22	85	11	62	46	14	4	34	1.64
2196295--2196333	21	1.9	20	94	5	69	28	15	10	46	1.78
2203580--2203619	20	2.0	20	85	0	53	45	2	10	42	1.51
2205150--2205204	27	2.0	27	92	0	92	30	10	18	40	1.85
2206725--2206788	24	2.6	25	80	9	69	51	4	3	40	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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