genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19826249--19826291	18	2.3	18	88	4	59	60	4	0	34	1.17
19827781--19828050	83	3.2	83	86	1	360	28	19	19	32	1.96
19827974--19828451	119	4.0	119	91	1	762	29	20	16	33	1.95
19837146--19837247	30	3.4	30	76	8	77	30	21	3	44	1.70
19837489--19837546	20	3.0	20	75	9	59	62	0	37	0	0.96
19837494--19837537	20	2.2	20	88	8	63	59	0	40	0	0.98
19837565--19837607	18	2.5	17	78	14	52	23	32	44	0	1.54
19837634--19837717	3	29.0	3	85	4	111	71	0	28	0	0.86
19837638--19837727	6	14.3	6	86	12	74	73	0	26	0	0.84
19837674--19837726	11	4.2	12	79	16	54	77	0	22	0	0.77
19838368--19838513	37	4.0	37	91	1	233	24	21	16	37	1.93
19838477--19838745	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
19838520--19838739	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
19838477--19838745	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
19840764--19840806	18	2.4	18	92	0	68	18	46	27	6	1.75
19841084--19841163	7	11.1	7	80	10	81	77	2	20	0	0.88
19841084--19841163	21	3.7	21	80	11	90	77	2	20	0	0.88
19841070--19841160	12	7.2	12	72	17	69	76	2	20	0	0.88
19841188--19841227	21	1.9	21	94	0	71	17	20	20	42	1.89
19841504--19841674	17	9.6	17	69	17	73	36	11	8	43	1.71
19841593--19841676	20	4.2	20	75	17	84	40	11	5	41	1.66
19841603--19841678	21	3.9	18	75	17	55	39	11	6	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19841509--19841687	60	3.3	54	76	13	170	36	12	9	41	1.75
19841618--19841727	37	2.9	38	77	11	118	32	14	10	42	1.79
19841759--19841793	16	2.2	16	90	10	54	37	2	11	48	1.54
19841736--19841814	37	2.1	37	80	2	86	41	6	10	41	1.64
19841759--19841794	17	2.2	16	90	5	54	38	2	11	47	1.54
19841791--19841832	19	2.2	19	87	8	59	50	11	9	28	1.70
19841959--19841993	16	2.2	16	90	10	54	37	2	11	48	1.54
19841949--19842031	37	2.2	38	80	2	96	40	9	10	38	1.73
19841996--19842031	18	2.1	17	94	5	63	41	13	11	33	1.80
19841996--19842042	17	2.8	16	84	9	58	31	12	12	42	1.81
19841670--19842069	200	2.0	201	98	0	768	36	10	11	43	1.74
19842171--19842332	81	2.0	81	98	0	315	27	20	20	30	1.98
19855388--19855423	16	2.1	18	90	10	58	50	0	0	50	1.00
19856002--19856050	16	3.1	16	93	0	89	38	6	34	20	1.77
19856283--19856317	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19856263--19856587	120	2.7	120	95	2	586	49	5	1	43	1.36
19860833--19860868	17	2.1	17	90	10	56	58	0	8	33	1.28
19861008--19861040	16	2.0	17	88	5	50	63	9	3	24	1.38
19871497--19871536	20	2.0	21	85	5	55	57	5	17	20	1.58
19874345--19874375	13	2.3	14	94	5	55	58	6	0	35	1.24
19879686--19879719	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
19882521--19882561	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19884467--19884500	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
19885668--19885777	41	2.7	40	84	2	141	22	19	29	29	1.98
19886174--19886206	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
19886341--19886393	7	7.7	7	85	4	63	15	1	43	39	1.57
19886432--19886475	14	3.1	14	83	0	52	20	0	43	36	1.52
19886581--19886623	7	6.1	7	83	0	59	23	0	48	27	1.51
19886586--19886628	21	2.0	21	90	0	68	23	0	44	32	1.54
19890794--19890863	26	2.6	27	91	6	108	41	10	1	47	1.46
19890863--19890887	9	2.8	9	100	0	50	92	8	0	0	0.40
19890943--19891010	27	2.5	27	90	0	109	27	29	26	16	1.97
19891050--19891180	4	32.2	4	71	18	85	69	0	30	0	0.89
19891046--19891213	24	7.0	23	70	24	91	69	0	30	0	0.89
19891063--19891109	14	3.4	14	81	0	67	63	0	36	0	0.94
19891078--19891219	10	13.6	10	69	21	69	71	0	28	0	0.87
19891046--19891194	5	31.0	5	71	18	61	67	0	32	0	0.91
19891078--19891219	44	3.4	44	78	16	174	71	0	28	0	0.87
19891118--19891222	22	4.9	22	70	19	71	72	0	27	0	0.85
19897249--19897609	104	3.5	104	88	2	519	32	28	20	19	1.97
19897937--19898001	30	2.2	29	81	8	76	32	27	6	33	1.82
19900668--19900785	62	1.9	62	100	0	236	34	32	10	22	1.88
19901181--19901301	61	2.0	61	98	0	233	37	23	16	23	1.94
19904951--19905216	105	2.5	104	83	4	356	30	30	20	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19905545--19905608	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
19905552--19905608	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
19907126--19907170	18	2.5	18	88	0	72	15	48	6	28	1.70
19910057--19910094	3	12.7	3	94	0	67	65	31	2	0	1.06
19910161--19910199	20	2.0	21	85	10	55	66	10	0	23	1.22
19910340--19910421	27	3.0	27	89	0	128	15	30	28	25	1.96
19910478--19910548	27	2.7	26	85	6	99	46	0	9	43	1.37
19910538--19910573	18	1.9	19	88	5	56	27	0	2	69	1.02
19910530--19910575	11	4.5	11	74	20	55	34	0	2	63	1.07
19911652--19911694	15	2.9	14	83	10	50	46	0	4	48	1.22
19911697--19911918	86	2.6	86	83	5	279	22	19	28	29	1.98
19911695--19911918	43	5.2	43	83	4	249	22	19	28	29	1.98
19911973--19912039	34	1.9	35	85	8	93	38	25	1	34	1.65
19913787--19913853	33	2.0	33	100	0	134	28	8	23	38	1.85
19935360--19935393	17	1.9	18	88	5	52	29	8	23	38	1.85
19937246--19937310	23	2.5	25	73	21	62	41	3	10	44	1.55
19937926--19937994	19	3.6	19	77	11	61	24	26	21	27	1.99
19940039--19940069	9	3.4	9	95	0	53	48	0	0	51	1.00
19948263--19948318	29	2.0	28	86	10	78	51	3	7	37	1.47
19958103--19958169	31	2.2	31	80	15	77	46	8	1	43	1.44
19958441--19958481	21	1.9	22	85	5	57	56	2	0	41	1.13
19969428--19969556	5	26.0	5	96	1	242	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19999062--19999129	35	1.9	35	93	0	118	30	25	16	27	1.96
20002476--20002644	85	2.0	85	96	0	311	29	24	14	30	1.95
20005471--20005539	22	3.1	22	87	0	102	17	23	17	42	1.89
20006987--20007044	27	2.2	27	78	9	66	24	20	12	43	1.86
20012816--20012857	21	2.0	21	95	0	75	30	9	21	38	1.85
20014265--20014335	31	2.3	32	83	9	85	36	0	4	59	1.17
20016385--20016499	21	5.5	21	66	8	72	18	18	16	46	1.84
20016389--20016498	42	2.6	42	88	0	166	18	18	16	47	1.83
20016387--20016541	42	3.7	42	83	0	157	17	23	16	43	1.88
20028367--20028403	19	1.9	20	88	5	58	43	0	0	56	0.99
20028367--20028459	16	5.5	17	74	17	70	40	0	1	58	1.05
20029936--20029971	6	6.0	6	100	0	72	16	16	50	16	1.79
20031970--20032014	3	14.7	3	82	13	56	28	0	4	66	1.11
20034538--20034574	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
20034748--20034783	5	7.0	5	96	3	63	19	2	0	77	0.88
20042600--20042662	18	3.8	18	76	23	84	39	0	0	60	0.97
20042595--20042662	30	2.2	31	94	2	120	41	0	0	58	0.98
20042605--20042652	15	3.2	15	72	21	55	39	0	0	60	0.97
20044495--20044520	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
20046177--20046219	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
20046247--20046282	18	2.0	18	100	0	72	38	0	0	61	0.96
20046235--20046398	38	4.2	38	64	26	101	43	0	4	51	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20046184--20046397	117	1.8	116	95	1	392	42	0	5	51	1.30
20046363--20046397	18	2.0	17	88	5	52	42	0	2	54	1.15
20049104--20049135	16	2.0	16	93	0	55	15	18	15	50	1.79
20049969--20050017	9	5.4	9	90	0	71	38	24	12	24	1.90
20050139--20050182	18	2.4	18	92	0	70	11	2	45	40	1.53
20050541--20050572	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
20052184--20052259	11	6.8	11	71	21	52	40	2	3	52	1.34
20059539--20059563	11	2.3	11	100	0	50	56	16	0	28	1.41
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20059852--20060103	42	6.0	42	79	5	231	33	21	19	25	1.97

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