genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.26.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  26  of  187  ( 22379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7571785--7571911	54	2.3	54	85	4	166	51	14	7	26	1.67
7571839--7572045	95	2.2	95	91	0	333	51	17	9	21	1.73
7571896--7571980	34	2.3	34	84	15	100	50	17	10	21	1.76
7571950--7572106	61	2.6	60	84	4	190	50	17	10	21	1.76
7572092--7572227	55	2.5	54	83	3	148	52	12	9	25	1.69
7571665--7572199	156	3.5	149	82	6	657	51	15	9	24	1.73
7575013--7575053	22	1.9	21	85	5	55	43	0	12	43	1.41
7577349--7577447	39	2.5	39	91	0	153	44	20	3	32	1.67
7577349--7577404	17	2.8	22	66	25	59	42	19	3	33	1.69
7577377--7577443	22	3.3	22	68	20	63	46	20	2	29	1.66
7579115--7579185	25	3.0	23	83	8	88	39	19	26	14	1.90
7582923--7582958	15	2.4	15	95	0	63	27	8	2	61	1.39
7583644--7583798	46	3.4	46	94	1	260	29	23	14	32	1.94
7585023--7585064	21	2.0	21	85	0	57	45	11	4	38	1.62
7586472--7587711	495	2.5	495	97	0	2336	35	15	17	32	1.91
7587541--7590431	170	17.0	170	99	0	5633	31	15	20	31	1.94
7590261--7593155	495	5.8	495	98	0	5551	35	14	17	32	1.90
7593883--7594023	39	3.6	39	84	3	176	31	4	19	44	1.70
7596481--7596795	161	2.0	161	98	0	603	46	10	12	31	1.75
7597031--7597056	12	2.2	12	100	0	52	26	0	15	57	1.38
7597458--7597506	24	2.0	25	88	4	73	24	22	18	34	1.96
7597575--7597653	25	3.0	27	78	10	67	20	21	24	34	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7601983--7602023	19	2.3	18	84	16	50	65	2	4	26	1.25
7601981--7602026	18	2.5	19	80	20	53	65	2	4	28	1.23
7602020--7602057	20	1.9	20	88	0	58	76	5	5	13	1.13
7602350--7602375	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7607763--7607812	21	2.4	21	83	6	66	46	2	0	52	1.12
7607776--7607814	20	2.0	20	90	10	62	48	0	0	51	1.00
7608341--7608376	18	2.0	18	100	0	72	38	38	0	22	1.54
7614567--7614600	13	2.6	13	90	0	50	79	0	0	20	0.73
7618452--7618486	16	2.3	15	90	5	52	37	0	8	54	1.31
7619602--7619727	59	2.1	60	86	1	182	26	16	6	50	1.69
7622385--7622446	26	2.5	23	78	21	63	51	6	6	35	1.53
7622393--7622448	25	2.1	27	87	12	82	53	5	5	35	1.47
7627367--7627421	24	2.3	24	83	0	65	32	7	9	50	1.61
7632665--7632712	24	2.0	24	100	0	96	45	12	4	37	1.61
7635076--7635130	20	2.7	20	82	2	65	16	3	21	58	1.54
7641568--7641666	29	3.4	29	83	2	128	12	26	23	38	1.90
7646549--7646583	11	3.2	11	87	0	52	71	0	2	25	1.00
7646816--7646854	21	1.9	19	85	10	51	69	5	2	23	1.21
7646810--7646859	19	2.5	20	81	18	61	66	8	4	22	1.35
7651301--7651435	29	4.7	29	75	0	101	19	25	17	37	1.93
7651700--7652147	222	2.0	222	96	0	824	30	21	12	35	1.90
7652521--7652566	21	2.2	21	84	0	56	26	21	23	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7654254--7654305	27	1.9	27	84	7	70	55	17	7	19	1.65
7668734--7668767	17	2.0	17	94	0	59	32	11	2	52	1.53
7668735--7668776	17	2.4	17	88	4	57	33	16	2	47	1.60
7670052--7670086	11	3.2	11	91	0	52	37	8	0	54	1.31
7673570--7673647	30	2.6	30	79	0	93	29	23	15	32	1.95
7675926--7675973	5	9.6	5	95	0	87	37	0	2	60	1.09
7676786--7676820	3	11.7	3	87	0	52	31	0	2	65	1.07
7676788--7676836	18	2.7	18	87	0	62	36	0	4	59	1.17
7676788--7676836	9	5.4	9	77	0	53	36	0	4	59	1.17
7683374--7683416	5	8.6	5	100	0	86	39	0	0	60	0.97
7684230--7684279	18	2.8	18	84	0	64	42	0	4	54	1.19
7684230--7684278	9	5.4	9	77	0	53	40	0	4	55	1.19
7691288--7691358	36	2.0	35	89	8	108	32	1	28	38	1.66
7692212--7692238	13	2.1	13	100	0	54	44	7	18	29	1.77
7696365--7696422	7	7.9	7	87	11	80	53	0	3	43	1.17
7697005--7697078	29	2.5	30	82	8	89	43	9	35	12	1.74
7701641--7701674	16	2.1	16	88	0	50	17	14	2	64	1.40
7714941--7715011	16	4.4	16	83	1	88	40	5	9	43	1.61
7716721--7716751	11	2.8	11	100	0	62	35	0	9	54	1.33
7718487--7718583	16	6.1	16	76	11	92	46	6	7	40	1.56
7718536--7718583	15	3.2	15	82	11	71	45	4	6	43	1.48
7718880--7718961	23	3.6	23	80	3	94	32	15	15	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7726079--7726139	16	3.9	16	82	4	70	24	14	22	37	1.92
7726167--7726270	22	4.6	23	71	13	90	33	15	19	31	1.93
7726167--7726271	45	2.3	45	76	0	129	33	15	19	32	1.92
7726235--7726309	23	3.3	23	75	5	64	34	6	24	34	1.81
7726356--7726488	14	9.3	14	72	8	79	23	18	29	29	1.97
7726347--7726407	31	2.0	30	87	12	90	18	13	39	29	1.88
7726379--7726459	42	1.9	42	87	0	117	23	18	28	29	1.98
7726343--7726457	28	4.1	27	75	14	99	21	15	31	31	1.95
7730589--7730788	40	4.9	40	83	10	219	37	2	0	60	1.10
7730684--7730788	9	10.1	10	75	15	72	41	1	0	56	1.10
7730675--7730739	30	2.2	29	84	13	87	36	1	0	61	1.05
7730594--7730788	83	2.4	82	87	6	261	37	2	0	60	1.11
7730684--7730788	52	2.0	52	96	3	194	41	1	0	56	1.10
7741624--7741657	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
7749589--7749685	21	4.4	23	77	10	78	37	23	22	16	1.94
7749589--7749693	23	4.8	23	78	9	94	37	22	22	17	1.94
7750606--7750667	9	6.9	9	80	10	65	9	12	3	74	1.19
7750610--7750664	18	3.0	18	86	2	74	10	14	3	70	1.28
7750651--7750680	14	2.1	14	100	0	60	20	6	0	73	1.05
7750692--7750737	18	2.4	18	82	10	56	52	2	2	43	1.25
7758633--7758692	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
7758642--7758675	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7760029--7760081	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
7762429--7762488	22	2.7	23	73	19	63	66	6	0	26	1.16
7762438--7762471	4	8.0	4	90	9	50	73	2	0	23	0.97
7762885--7762914	12	2.5	12	94	0	51	50	10	10	30	1.69
7763499--7763549	13	3.9	13	78	0	66	39	23	7	29	1.83
7763497--7763549	26	2.0	26	88	0	79	39	22	7	30	1.82
7765585--7765640	10	5.9	9	76	12	58	73	5	3	17	1.17
7773830--7773858	6	4.8	6	100	0	58	17	0	0	82	0.66
7777828--7777881	23	2.2	24	80	9	65	57	0	0	42	0.98
7777932--7777969	20	1.9	20	88	0	58	63	2	0	34	1.09
7778582--7778606	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
7780013--7780071	26	2.3	26	85	2	84	64	5	1	28	1.24
7780013--7780112	8	11.9	8	75	13	85	63	4	1	32	1.20
7780935--7780968	16	2.1	16	94	0	59	55	2	0	41	1.15
7785815--7785885	35	2.0	35	100	0	142	28	2	11	57	1.47
7786222--7786277	21	2.8	19	84	10	85	39	10	14	35	1.81
7786222--7786300	23	3.7	22	73	23	71	37	8	15	37	1.78
7786988--7787043	25	2.2	25	84	12	69	33	8	1	55	1.42
7787004--7787046	23	1.9	22	90	4	68	37	6	2	53	1.41
7788680--7788714	16	2.2	16	94	0	61	20	17	20	42	1.89
7799854--7799885	16	2.0	16	100	0	64	25	6	0	68	1.12
7802071--7802183	41	2.9	41	78	9	135	35	22	16	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7802291--7802328	18	2.1	19	85	5	51	52	10	0	36	1.36
7802292--7802335	11	4.4	11	78	18	51	50	9	0	40	1.34
7803147--7803198	5	10.4	5	87	0	77	55	0	5	38	1.24
7803478--7803558	40	2.1	39	97	2	153	24	12	22	40	1.88
7803990--7804070	36	2.2	36	84	4	101	13	24	34	27	1.93
7805018--7805066	18	2.5	19	87	9	64	55	2	0	42	1.11
7804976--7805078	17	6.6	16	65	27	53	52	2	1	42	1.27
7813087--7813117	11	2.8	11	95	0	53	48	16	19	16	1.81
7815385--7815422	17	2.2	17	90	0	58	23	23	28	23	1.99
7818503--7818541	4	9.8	4	82	0	51	23	23	2	51	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187