genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  54  of  187  ( 22379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16067671--16067720	26	1.9	26	83	0	64	42	10	22	26	1.84
16068008--16068058	19	2.6	20	85	14	63	29	0	7	62	1.23
16082621--16082672	22	2.4	22	83	3	61	30	42	0	26	1.56
16086989--16087075	31	3.0	31	83	8	112	40	12	5	41	1.67
16093062--16093099	18	2.1	18	100	0	76	39	0	0	60	0.97
16096067--16096091	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
16101783--16102307	41	12.8	41	97	1	973	29	21	22	27	1.99
16102524--16102587	33	2.0	32	90	3	101	26	9	25	39	1.86
16102531--16102604	33	2.3	33	80	2	87	28	8	25	37	1.84
16103493--16103864	187	2.0	187	97	0	699	50	12	22	14	1.76
16110312--16110345	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
16110295--16110354	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
16134261--16134316	29	1.9	29	85	7	78	50	0	3	46	1.19
16136428--16136465	18	2.1	18	90	0	58	52	0	2	44	1.14
16149640--16149672	5	7.0	5	90	10	52	42	0	0	57	0.98
16149726--16149781	26	2.1	27	83	9	71	66	3	30	0	1.09
16152825--16153020	99	2.0	101	85	4	272	37	12	15	34	1.85
16164941--16164992	18	2.8	18	78	21	54	55	1	3	38	1.29
16164947--16164993	19	2.5	19	80	16	53	55	2	4	38	1.31
16172470--16172508	19	2.1	19	85	0	51	71	5	2	20	1.17
16172491--16172538	25	1.9	25	91	0	78	68	10	6	14	1.37
16174918--16174959	10	4.5	10	82	17	63	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16174920--16174958	9	4.3	9	81	12	53	46	0	0	53	1.00
16176374--16176433	24	2.5	24	79	12	70	41	5	38	15	1.68
16180716--16180769	26	2.2	25	86	6	74	29	27	1	40	1.67
16182641--16182793	40	3.8	40	87	1	191	31	14	18	35	1.91
16185107--16185136	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
16200391--16200489	46	2.2	43	84	12	128	32	23	18	26	1.97
16200495--16200681	51	3.7	50	77	11	193	29	26	18	25	1.98
16200493--16200675	101	1.8	101	88	5	280	29	26	19	25	1.98
16203331--16203445	41	2.8	41	90	0	185	21	29	21	26	1.99
16203329--16203462	41	3.3	40	79	11	155	23	27	20	27	1.99
16203330--16203488	82	1.9	81	81	9	189	23	27	22	27	1.99
16217294--16217334	19	2.2	19	86	0	55	17	4	12	65	1.42
16218001--16218033	11	2.8	12	86	9	50	33	0	0	66	0.92
16218824--16218871	3	16.0	3	100	0	96	33	33	0	33	1.58
16219320--16219356	19	2.0	18	89	5	56	43	5	0	51	1.24
16222958--16223013	27	2.1	27	96	0	103	33	17	28	19	1.95
16227290--16227330	21	1.9	22	85	5	57	65	4	7	21	1.37
16231275--16231304	6	5.0	6	100	0	60	66	0	0	33	0.92
16232075--16232131	19	2.9	20	79	7	64	36	1	1	59	1.18
16236135--16236480	124	2.8	124	95	0	620	32	21	16	29	1.95
16238310--16238359	3	16.7	3	87	0	73	64	2	4	30	1.23
16242992--16243018	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16248179--16248240	18	3.3	18	68	16	54	33	4	14	46	1.66
16248163--16248242	38	2.1	38	92	0	133	33	5	16	45	1.69
16252416--16252661	123	2.0	123	100	0	492	37	17	14	30	1.90
16255818--16255862	22	2.0	22	91	4	72	42	11	8	37	1.72
16271534--16271577	20	2.2	20	87	0	61	38	25	27	9	1.86
16278196--16278277	28	3.0	27	77	16	89	51	0	2	46	1.14
16278262--16278336	32	2.4	32	88	2	116	54	1	4	40	1.27
16278350--16278402	26	2.0	26	82	7	63	47	3	3	45	1.39
16279831--16279864	11	3.1	11	82	0	50	20	32	2	44	1.67
16279831--16279880	22	2.3	22	89	6	75	24	32	2	42	1.66
16279842--16279941	51	2.0	51	86	4	139	26	25	2	47	1.63
16281780--16281841	32	1.9	33	86	3	90	51	1	11	35	1.47
16282037--16282176	23	6.2	23	73	8	117	51	8	7	32	1.61
16282033--16282158	44	2.8	44	87	8	175	52	9	7	30	1.61
16282033--16282176	45	3.3	43	83	7	157	51	9	7	31	1.62
16282416--16282456	20	2.0	22	85	9	59	70	4	9	14	1.30
16282624--16282681	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
16282653--16282705	19	3.0	17	78	10	61	35	18	9	35	1.84
16282637--16282694	19	2.8	20	84	10	64	39	17	6	36	1.76
16283007--16283945	44	21.6	44	68	18	282	27	22	20	29	1.98
16283004--16283365	174	2.1	173	82	6	430	25	22	21	30	1.99
16283045--16283515	217	2.2	219	85	3	628	27	22	20	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16283137--16284026	217	4.1	215	80	8	791	28	23	19	28	1.99
16282997--16283900	390	2.3	389	85	4	1169	27	22	20	29	1.98
16283269--16283686	173	2.4	172	89	5	632	29	23	19	27	1.98
16283269--16283812	173	3.2	172	85	7	590	29	23	19	27	1.98
16283402--16283900	173	2.9	173	81	7	475	28	23	19	28	1.98
16283223--16284026	390	2.1	389	85	4	1075	28	24	19	27	1.99
16284014--16284425	132	3.1	132	91	0	655	25	24	19	30	1.98
16289478--16289539	32	1.9	33	86	3	90	51	1	11	35	1.47
16289758--16289867	23	4.7	23	74	13	91	47	10	10	31	1.72
16289735--16289867	46	2.9	46	75	17	141	48	9	9	31	1.69
16289736--16289878	44	3.1	44	71	19	107	48	8	9	32	1.66
16290122--16290162	20	2.0	22	85	9	59	70	4	9	14	1.30
16290333--16290390	22	2.6	22	84	7	73	43	17	3	36	1.66
16290346--16290443	19	4.8	19	85	9	106	38	16	8	36	1.78
16290380--16290442	21	3.1	21	90	9	112	38	14	9	38	1.78
16293502--16293907	120	3.3	123	87	4	604	30	19	16	32	1.95
16301332--16301403	18	4.0	18	69	7	56	25	43	18	13	1.86
16301381--16301477	6	16.2	6	96	0	149	14	37	16	31	1.89
16301485--16301511	6	4.5	6	100	0	54	33	48	18	0	1.49
16308288--16308351	20	3.2	20	69	10	58	31	20	34	14	1.92
16309788--16310037	124	2.0	124	98	0	482	37	20	7	34	1.81
16315702--16315774	29	2.5	28	88	4	101	41	12	21	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16315756--16315923	29	5.8	29	71	11	103	38	12	23	26	1.90
16315734--16315946	87	2.4	88	80	6	218	37	12	23	25	1.91
16318423--16318465	21	2.0	21	100	0	86	32	13	13	39	1.85
16325643--16325683	15	2.5	17	88	7	59	29	12	7	51	1.66
16348180--16348305	29	4.4	29	78	9	123	34	11	27	26	1.90
16348172--16348305	57	2.3	57	87	2	178	35	11	26	26	1.90
16348287--16348378	29	3.1	29	82	3	112	40	14	21	23	1.90
16352130--16352164	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
16368940--16369182	50	4.8	50	85	2	308	26	20	30	22	1.99
16369751--16369825	19	3.8	19	82	6	87	38	6	16	38	1.74
16369752--16369814	21	3.1	21	90	4	94	39	7	14	38	1.75
16369783--16369848	23	3.0	23	78	12	68	37	4	16	40	1.69
16369751--16369848	19	4.7	22	75	14	68	37	6	16	39	1.73
16374545--16374611	33	2.1	31	83	8	82	46	1	2	49	1.26
16374553--16374608	29	2.0	28	82	3	67	46	1	3	48	1.30
16374551--16374618	29	2.4	28	73	11	66	48	1	2	47	1.26
16375726--16375807	30	2.8	30	85	8	107	56	0	1	42	1.07
16390472--16390597	41	3.1	41	82	2	137	34	15	26	22	1.94
16403296--16403390	40	2.3	40	77	13	95	55	3	2	38	1.27
16403349--16403430	31	2.6	32	83	7	89	54	1	4	39	1.29
16403349--16403444	32	3.0	33	85	5	110	54	1	6	38	1.33
16411696--16411728	17	1.9	17	100	0	66	84	9	0	6	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16412783--16412829	24	2.0	22	84	8	58	29	6	6	57	1.49
16412795--16412946	26	5.9	26	67	13	80	26	7	7	58	1.52
16417807--16417851	16	2.8	16	77	12	56	64	2	0	33	1.06
16421073--16421119	14	3.4	14	81	0	58	25	0	42	31	1.55
16421075--16421147	28	2.7	28	79	10	73	26	0	36	36	1.57
16421324--16421449	40	3.2	39	79	6	110	34	21	23	20	1.97
16421342--16421448	40	2.7	40	84	4	128	36	22	21	19	1.95
16421965--16422046	28	2.9	29	78	3	78	26	0	35	37	1.57
16421983--16422029	14	3.4	14	81	0	58	25	0	42	31	1.55
16422025--16422208	89	2.1	90	82	3	228	26	1	27	45	1.63

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187