genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21098166--21098436	123	2.2	123	80	5	323	21	28	16	33	1.95
21099394--21099435	21	2.0	21	95	0	75	61	7	7	23	1.47
21100365--21100451	21	4.1	21	80	0	84	14	22	19	42	1.88
21119972--21120007	19	2.0	17	89	10	54	75	0	2	22	0.94
21119974--21120025	23	2.2	24	86	10	72	78	0	3	17	0.89
21119971--21120027	17	3.4	17	79	13	64	78	0	3	17	0.88
21120515--21120563	22	2.3	20	79	6	53	55	4	12	28	1.55
21120522--21120565	22	2.0	22	82	8	54	56	2	13	27	1.49
21122916--21122953	16	2.3	17	86	4	51	60	13	0	26	1.33
21133747--21133786	19	2.2	19	90	4	64	25	20	32	22	1.98
21137404--21137474	36	2.0	36	91	0	115	35	8	25	30	1.86
21148491--21148527	19	1.9	19	88	0	56	70	2	2	24	1.14
21149621--21149678	4	14.5	4	100	0	116	25	0	24	50	1.50
21152456--21152492	18	2.0	19	89	5	58	0	21	16	62	1.33
21161710--21161734	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
21174253--21174286	16	2.1	16	100	0	68	32	0	44	23	1.54
21176696--21176736	6	6.7	6	85	2	55	14	29	2	53	1.54
21179172--21179265	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
21182128--21182209	42	2.0	42	80	9	96	32	20	13	32	1.91
21186805--21186864	30	2.0	30	83	3	75	41	0	36	21	1.54
21187143--21187173	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
21187902--21187932	5	6.4	5	92	7	55	35	0	22	41	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21198073--21198114	7	5.9	7	83	5	57	28	0	0	71	0.86
21199555--21199586	16	2.0	16	100	0	64	25	31	6	37	1.81
21205258--21205306	19	2.5	20	77	12	57	36	20	0	42	1.52
21208231--21208295	25	2.6	25	82	0	94	38	16	18	26	1.92
21210404--21210445	18	2.3	19	83	4	50	40	16	21	21	1.91
21210425--21210525	45	2.3	45	86	5	143	40	17	17	23	1.91
21211666--21213376	855	2.0	855	99	0	3413	30	18	9	41	1.82
21228513--21228753	116	2.1	116	91	0	383	26	29	22	21	1.99
21232381--21232651	147	1.8	148	84	2	375	28	18	16	35	1.94
21235678--21235900	45	5.0	45	83	0	230	43	13	21	22	1.87
21239387--21239428	21	2.0	21	86	4	59	38	4	0	57	1.20
21247299--21247510	42	4.9	42	77	8	178	33	16	19	30	1.94
21247418--21247506	47	1.9	46	86	6	126	30	19	19	31	1.96
21248354--21248423	30	2.4	29	92	4	115	34	24	21	20	1.97
21248390--21248525	72	1.9	72	98	0	263	22	18	25	34	1.96
21253317--21253444	57	2.2	58	79	9	136	27	21	4	46	1.70
21253425--21253454	8	3.8	8	90	0	51	16	33	0	50	1.46
21259789--21259843	22	2.5	22	90	0	74	21	23	27	27	1.99
21274892--21274938	6	7.0	7	88	11	64	14	0	0	85	0.61
21274892--21274951	13	4.5	13	80	16	70	15	1	1	81	0.85
21274892--21274951	19	3.0	20	85	11	79	15	1	1	81	0.85
21274898--21274967	4	17.5	4	74	21	58	17	2	1	78	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21281227--21281526	154	1.9	154	95	0	546	27	20	20	31	1.97
21284658--21284684	6	4.5	6	100	0	54	48	0	0	51	1.00
21286148--21286192	9	5.3	9	84	7	51	15	0	28	55	1.41
21287518--21287559	16	2.6	16	96	0	75	47	0	7	45	1.30
21287524--21287650	66	2.0	66	85	13	178	40	3	7	47	1.51
21287548--21287693	75	2.1	68	85	11	188	40	5	8	45	1.57
21287629--21287667	16	2.4	16	91	0	60	35	0	7	56	1.28
21287698--21287742	18	2.5	18	100	0	90	31	4	6	57	1.44
21287698--21287750	18	3.1	17	91	5	63	37	5	5	50	1.50
21287923--21288007	19	4.3	20	83	12	106	68	7	3	21	1.29
21287923--21288007	39	2.2	39	87	8	120	68	7	3	21	1.29
21288044--21288084	20	2.0	20	90	0	64	65	4	7	21	1.37
21288136--21288178	18	2.6	17	79	13	54	46	4	4	44	1.45
21288342--21288401	31	2.0	30	90	6	95	46	8	21	23	1.78
21288445--21288522	16	4.9	16	100	0	156	67	12	0	19	1.22
21290661--21290741	29	2.7	29	80	5	90	46	16	7	29	1.73
21291287--21291320	18	1.9	18	88	5	52	38	2	8	50	1.49
21292593--21292624	16	1.9	17	93	6	57	15	0	34	50	1.45
21297141--21297172	15	2.1	15	94	0	55	68	9	6	15	1.36
21297495--21297556	30	2.1	30	96	0	115	24	3	14	58	1.51
21297904--21297935	16	2.0	16	100	0	64	50	12	18	18	1.78
21305870--21306019	43	3.5	41	71	11	113	22	18	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21314105--21314144	8	5.2	8	82	11	57	12	0	25	62	1.30
21316634--21316660	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70
21318149--21318200	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
21318011--21318316	120	2.5	120	96	0	558	42	1	5	50	1.35
21318269--21318310	15	2.9	15	82	10	52	50	0	0	50	1.00
21318464--21318554	45	2.0	44	85	2	119	35	27	5	31	1.80
21318533--21318584	16	3.2	16	86	0	68	26	28	3	40	1.74
21318939--21318983	18	2.5	18	86	10	65	44	0	2	53	1.13
21318962--21319015	28	2.0	27	85	10	74	44	0	1	53	1.11
21320913--21320984	37	1.9	37	97	0	135	41	15	4	38	1.66
21323159--21323197	14	2.8	14	84	7	53	56	2	2	38	1.27
21323485--21323537	3	17.7	3	76	7	54	60	3	5	30	1.37
21332965--21333041	33	2.4	32	78	8	84	45	18	10	25	1.81
21336608--21336944	182	1.9	182	84	1	460	28	18	23	29	1.97
21344240--21344265	12	2.2	12	100	0	52	38	0	15	46	1.46
21345738--21345788	26	1.9	26	84	11	68	21	11	9	56	1.63
21347192--21347244	24	2.2	24	90	6	81	52	7	1	37	1.41
21354843--21354897	25	2.2	23	78	15	56	54	7	3	34	1.46
21356558--21356663	44	2.4	44	80	3	124	29	21	18	30	1.97
21359706--21359756	26	2.0	26	88	0	75	19	21	19	39	1.93
21360411--21360447	16	2.3	16	95	0	65	18	13	37	29	1.90
21364005--21364029	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21370330--21370378	16	3.1	16	90	0	80	36	2	34	26	1.68
21370548--21370589	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
21370557--21370598	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
21370551--21371053	120	4.2	120	98	0	952	49	5	2	43	1.37
21370688--21370722	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21370808--21370842	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21370928--21370962	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
21381180--21381219	21	1.9	21	85	10	55	37	2	0	60	1.11
21381669--21381702	13	2.6	13	95	0	59	38	23	8	29	1.85
21381735--21381775	20	2.0	20	85	4	55	36	7	7	48	1.59
21397666--21397720	20	2.8	19	86	8	74	27	0	0	72	0.85
21399086--21399125	20	2.0	20	95	0	71	47	40	2	10	1.50
21399431--21399708	27	10.4	27	79	5	242	18	18	21	41	1.90
21399431--21399708	53	5.2	54	83	2	256	18	18	21	41	1.90
21399465--21399706	53	4.5	54	84	2	272	17	17	23	41	1.90
21399483--21399708	107	2.1	107	82	1	274	17	18	22	42	1.89
21399431--21399704	80	3.4	79	77	4	262	18	18	22	41	1.91
21403262--21403541	27	10.4	27	75	6	196	17	19	19	43	1.89
21403262--21403541	54	5.2	53	80	4	249	17	19	19	43	1.89
21403262--21403541	81	3.5	81	79	4	280	17	19	19	43	1.89
21411812--21411845	17	2.0	17	88	0	50	32	8	2	55	1.45
21413264--21413365	27	3.8	27	92	2	161	30	10	26	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21414189--21414274	41	2.1	41	91	0	136	20	17	29	32	1.96
21425895--21425943	23	2.1	23	96	0	89	32	2	4	61	1.26
21435011--21435147	40	3.4	40	92	0	229	28	14	27	29	1.95
21441722--21441746	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
21441907--21442017	9	12.4	9	89	1	161	35	25	9	30	1.87
21442017--21442126	37	3.0	37	87	0	166	49	13	3	33	1.60
21442350--21442408	7	8.3	7	84	3	82	54	13	15	16	1.72
21442411--21442437	13	2.1	13	100	0	54	7	14	33	44	1.73
21443756--21443801	23	2.0	23	87	4	67	39	2	0	58	1.10
21445357--21445424	28	2.4	29	85	7	95	55	5	16	22	1.62

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