genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18074160--18074189	15	2.1	15	93	6	53	6	26	0	66	1.16
18078102--18078144	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
18085330--18085422	19	5.1	19	69	12	77	46	12	9	31	1.75
18085320--18085445	54	2.3	54	94	0	225	42	15	9	32	1.79
18094765--18095118	30	11.9	30	92	0	552	28	8	20	42	1.81
18095307--18095417	41	2.7	40	80	6	116	28	17	24	29	1.97
18102876--18102901	12	2.2	12	100	0	52	30	7	7	53	1.57
18105028--18105067	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
18105051--18105090	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
18105036--18105102	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
18105030--18105106	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
18107567--18107600	11	3.0	11	91	4	50	29	0	0	70	0.87
18107601--18107641	18	2.3	19	80	16	52	65	12	0	21	1.25
18107982--18108030	21	2.3	21	96	0	89	32	18	2	46	1.60
18123208--18123271	27	2.4	27	89	2	103	51	3	4	40	1.38
18123571--18123617	19	2.6	18	80	10	51	57	0	0	42	0.98
18124317--18124705	194	2.0	194	100	0	778	41	15	17	25	1.89
18130901--18130925	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
18137405--18137442	15	2.4	16	82	4	51	47	7	2	42	1.46
18146930--18147282	173	2.0	173	95	0	636	34	14	19	30	1.92
18148030--18148076	20	2.3	20	78	7	51	48	2	10	38	1.50
18148122--18148167	24	1.9	24	86	0	65	50	2	10	36	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18148126--18148167	20	2.0	21	86	4	59	47	2	11	38	1.53
18148247--18148349	3	35.7	3	77	11	81	59	2	0	37	1.13
18148311--18148356	23	2.0	23	100	0	92	65	4	0	30	1.12
18150029--18150502	99	4.8	99	87	1	637	25	21	23	30	1.99
18150026--18150502	50	9.6	49	68	3	274	25	20	23	30	1.99
18150818--18150862	19	2.4	18	85	10	56	28	24	8	37	1.86
18151069--18151262	108	1.8	107	86	3	282	46	8	17	26	1.77
18151069--18151286	108	2.0	107	83	2	276	48	8	16	26	1.75
18152143--18152184	21	2.0	21	95	0	75	14	26	14	45	1.83
18160220--18160572	173	2.0	173	96	0	645	34	15	19	30	1.93
18161320--18161366	20	2.3	20	78	7	51	48	2	10	38	1.50
18161412--18161457	24	1.9	24	86	0	65	50	2	10	36	1.50
18161416--18161457	20	2.0	21	86	4	59	47	2	11	38	1.53
18161537--18161591	3	18.7	3	77	3	58	60	5	0	34	1.20
18162737--18162773	13	2.9	13	92	4	58	10	5	43	40	1.63
18162762--18162804	18	2.2	20	88	8	63	2	2	41	53	1.26
18163063--18163114	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
18167463--18167514	24	2.2	24	85	0	68	50	11	3	34	1.57
18177131--18177190	30	2.0	30	86	3	84	51	3	5	40	1.40
18178046--18178099	7	8.1	7	81	8	51	24	12	31	31	1.93
18178128--18178191	33	1.9	34	83	3	85	15	1	35	46	1.56
18183934--18184065	40	3.3	40	81	6	169	37	18	18	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18183965--18184064	20	5.0	20	66	0	65	37	20	19	24	1.94
18185261--18185356	43	2.2	43	86	0	129	28	13	25	33	1.93
18189842--18189880	19	2.1	19	85	9	53	53	5	0	41	1.23
18190229--18190302	38	1.9	38	84	10	98	43	1	1	54	1.17
18191602--18191682	33	2.5	33	81	4	92	49	17	16	17	1.80
18194087--18194136	18	2.8	18	90	6	75	46	22	6	26	1.74
18194088--18194119	9	3.6	9	91	0	55	50	18	6	25	1.70
18194333--18194449	39	3.0	39	94	1	200	17	3	27	51	1.62
18199893--18199942	24	2.1	24	88	7	75	16	34	6	44	1.72
18201053--18201090	17	2.2	17	90	0	58	50	2	0	47	1.15
18209052--18209088	16	2.3	16	90	0	56	27	2	0	70	1.01
18209592--18209631	18	2.2	18	86	8	55	67	12	0	20	1.22
18221446--18221479	18	1.9	17	88	5	50	47	23	0	29	1.52
18232588--18232618	15	2.1	15	93	0	53	35	9	9	45	1.70
18233754--18233787	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
18233754--18233792	17	2.4	16	87	8	53	43	5	0	51	1.24
18233758--18233797	17	2.3	18	83	12	57	47	5	0	47	1.24
18233873--18233907	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
18233753--18234041	120	2.4	120	93	0	481	42	2	4	50	1.37
18233980--18234027	18	2.8	18	74	22	50	43	0	0	56	0.99
18233980--18234047	16	4.2	16	74	20	54	44	0	1	54	1.09
18233997--18234038	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18233981--18234253	147	1.9	147	96	1	503	46	2	2	47	1.32
18234140--18234174	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18234335--18234429	45	2.1	44	90	1	145	34	27	5	32	1.79
18234408--18234445	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
18236323--18236421	43	2.3	43	92	0	171	44	17	15	23	1.86
18236469--18236603	42	3.2	42	85	3	155	40	18	19	21	1.91
18242284--18242309	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
18247188--18247226	15	2.5	15	87	4	51	69	2	0	28	1.02
18247200--18247228	15	1.9	15	100	0	58	68	0	0	31	0.89
18247573--18247610	15	2.5	15	86	0	58	55	0	0	44	0.99
18247728--18247772	21	2.1	21	83	0	54	35	4	0	60	1.17
18247857--18247918	22	3.0	20	79	11	61	27	3	3	66	1.23
18256492--18256606	47	2.5	43	76	15	113	50	5	3	40	1.42
18256579--18256639	17	3.4	18	79	20	74	49	6	1	42	1.38
18259722--18259760	18	2.2	17	86	4	51	7	30	10	51	1.64
18271709--18271748	21	1.9	21	89	0	62	37	17	20	25	1.94
18284446--18284551	43	2.5	43	84	3	133	27	16	27	28	1.97
18288011--18288115	31	3.4	31	71	7	88	40	1	8	49	1.44
18288000--18288121	61	2.0	61	86	0	172	38	2	9	49	1.49
18289457--18289498	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
18290144--18290187	23	2.0	22	90	4	70	56	2	6	34	1.38
18290552--18290832	141	2.0	141	96	0	517	48	7	10	33	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18290995--18291038	24	2.0	22	82	13	54	61	13	2	22	1.43
18291230--18291275	22	2.0	22	83	4	56	36	17	4	41	1.69
18291254--18291328	19	3.8	19	86	6	105	34	14	9	41	1.78
18299738--18299794	26	2.2	26	87	0	78	22	19	14	43	1.86
18303657--18303691	17	2.1	16	89	5	52	51	14	14	20	1.76
18307925--18308075	74	2.0	74	97	0	284	28	18	17	35	1.93
18312884--18312947	32	2.0	32	93	0	110	23	15	21	39	1.92
18321238--18321447	40	5.3	39	89	4	242	25	21	27	25	1.99
18321185--18321447	120	2.2	120	82	4	309	25	21	27	25	1.99
18321186--18321482	80	3.7	80	81	6	230	26	21	27	24	1.99
18325451--18325657	28	7.4	28	90	2	312	28	24	23	23	1.99
18325685--18325815	58	2.3	58	90	0	199	38	39	10	11	1.76
18325817--18325897	26	3.1	25	80	3	90	34	24	20	19	1.96
18326121--18326173	27	2.0	27	85	7	72	24	18	16	39	1.91
18326132--18326191	26	2.3	27	88	8	88	21	18	15	45	1.86
18332925--18332997	20	3.6	20	83	1	65	43	20	24	10	1.84
18332990--18333049	22	2.7	22	84	0	84	48	18	18	15	1.81
18339345--18339387	18	2.4	18	84	7	52	55	0	2	41	1.12
18339493--18339532	20	2.0	20	85	0	53	50	10	10	30	1.69
18339481--18339547	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
18339516--18339555	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
18340856--18340895	18	2.2	18	86	8	55	45	0	0	55	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18342039--18342127	46	2.0	45	82	6	108	57	1	8	32	1.37
18342190--18342237	18	2.7	17	84	9	60	58	0	10	31	1.32
18342190--18342250	18	3.4	17	73	10	50	63	0	8	27	1.22
18355731--18356090	40	9.0	40	94	0	603	35	19	29	16	1.93
18355753--18355818	20	3.3	20	66	8	62	27	16	37	18	1.92
18357503--18357565	13	4.8	13	76	7	65	34	1	22	41	1.63
18368219--18368261	15	2.9	14	80	13	50	18	2	9	69	1.26
18374966--18375034	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
18374966--18375034	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
18375020--18375109	44	2.0	45	86	2	128	28	6	30	34	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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