genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23957338--23957411	24	3.3	22	76	9	78	44	21	16	17	1.86
23959929--23959954	13	2.0	13	100	0	52	30	15	7	46	1.74
23962751--23963091	109	3.1	107	86	4	461	32	17	17	31	1.94
23964376--23964426	12	4.2	12	71	14	50	76	0	11	11	1.02
23965100--23965357	88	2.9	88	87	1	338	28	21	17	31	1.96
23965318--23965529	44	4.8	44	68	17	143	28	24	17	29	1.97
23965253--23965541	132	2.2	132	93	1	490	28	22	19	29	1.98
23967329--23967369	21	2.0	20	90	4	64	17	24	12	43	1.82
23975013--23975100	43	2.0	43	100	0	176	22	27	14	35	1.93
23976285--23976319	16	2.2	16	89	0	52	42	22	14	20	1.88
23977262--23977595	109	3.1	109	88	1	490	33	18	17	30	1.94
23977819--23977849	14	2.2	14	94	0	53	83	3	0	12	0.75
23984968--23985060	45	2.1	45	100	0	186	49	33	8	8	1.64
23986655--23986689	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
23986542--23986857	156	2.0	157	95	0	571	45	2	4	47	1.37
23986791--23986832	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
23986800--23986841	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
23987007--23987054	26	1.9	25	84	16	64	52	2	0	45	1.12
23986962--23987190	92	2.5	92	83	8	236	47	3	3	44	1.38
23997103--23997279	44	4.0	44	65	13	121	25	25	20	28	1.99
23997102--23997378	132	2.1	132	97	0	527	23	26	21	28	1.99
23998643--23998682	12	3.3	12	89	6	55	2	0	7	90	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24004439--24004633	98	2.0	98	95	0	354	36	25	10	27	1.89
24005301--24005354	25	2.3	24	84	9	67	55	3	7	33	1.45
24006109--24006240	19	6.8	19	89	6	212	37	15	9	37	1.80
24006102--24006239	59	2.4	59	90	7	214	37	14	9	38	1.79
24007366--24007396	6	5.2	6	100	0	62	19	0	0	80	0.71
24008407--24008431	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
24008586--24008620	15	2.2	16	90	10	54	60	0	0	40	0.97
24010483--24010520	17	2.2	17	86	9	51	34	0	0	65	0.93
24010617--24010648	17	1.9	16	93	6	55	71	0	21	6	1.07
24011329--24011353	7	3.6	7	100	0	50	16	0	0	84	0.63
24015686--24015716	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
24016568--24016613	22	2.0	23	84	12	60	43	6	0	50	1.28
24016568--24016613	23	2.0	22	84	12	58	43	6	0	50	1.28
24016614--24016656	12	3.6	12	75	12	52	46	0	0	53	1.00
24017225--24017280	29	1.9	29	85	0	76	28	14	19	37	1.91
24017493--24017586	22	4.3	20	90	2	62	31	27	0	40	1.57
24017495--24017586	44	2.1	44	93	0	157	31	28	0	40	1.57
24017536--24017638	52	2.0	51	84	5	136	33	32	0	34	1.58
24017559--24017616	30	1.9	30	92	0	98	31	34	0	34	1.58
24017588--24017629	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
24017672--24017733	29	2.1	29	82	5	72	37	0	1	61	1.06
24022727--24022768	22	1.9	22	90	0	66	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24022740--24022798	30	2.0	30	96	0	109	32	0	35	32	1.58
24022769--24022839	22	3.2	22	90	7	108	36	1	28	33	1.66
24023308--24023353	23	2.1	22	88	8	67	63	0	2	34	1.07
24029054--24029164	48	2.4	48	87	4	165	32	19	14	33	1.92
24039293--24039323	15	2.1	15	93	0	53	38	32	6	22	1.80
24039480--24039780	93	3.2	94	77	8	267	31	18	18	31	1.95
24061283--24061327	21	2.1	21	88	8	65	40	0	0	60	0.97
24061280--24061327	22	2.1	24	88	7	73	37	0	0	62	0.95
24063816--24063862	24	2.0	24	86	0	67	10	17	44	27	1.81
24073435--24073561	43	3.0	42	75	13	125	39	18	18	23	1.92
24074909--24074964	9	6.2	9	75	8	51	67	0	0	32	0.91
24074902--24074950	19	2.6	19	84	12	66	69	0	0	30	0.89
24074910--24074962	27	2.0	27	85	7	72	69	0	0	30	0.88
24074902--24074961	18	3.3	18	86	9	77	66	0	0	33	0.92
24076644--24076677	2	17.0	2	87	0	50	0	50	0	50	1.00
24087508--24087536	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
24090656--24091182	3	175.7	3	100	0	1054	33	0	0	66	0.92
24091183--24091367	72	2.5	73	98	0	354	28	6	24	41	1.79
24094732--24094800	34	2.1	33	83	2	84	53	4	10	31	1.54
24094899--24094947	3	16.3	3	79	8	55	67	4	0	28	1.09
24094901--24094964	12	5.4	12	75	5	60	65	4	1	28	1.21
24094899--24094963	24	2.6	25	82	9	78	64	4	1	29	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24096410--24096540	44	3.0	44	98	0	253	48	12	11	28	1.75
24116853--24116930	41	1.9	39	87	5	111	39	16	16	26	1.90
24119550--24119594	23	2.0	23	86	0	63	28	13	0	57	1.36
24120521--24120588	25	2.6	25	86	4	91	38	11	7	42	1.69
24120740--24120900	3	53.7	3	100	0	322	33	32	0	33	1.58
24122063--24122144	30	2.7	30	84	3	103	23	36	28	12	1.90
24122105--24122192	44	2.0	44	90	0	140	20	36	26	17	1.94
24122861--24122888	14	2.0	14	100	0	56	28	7	21	42	1.79
24123298--24123346	20	2.5	20	77	12	55	20	2	4	73	1.10
24126957--24127021	15	4.1	15	76	7	67	64	7	3	24	1.34
24128550--24128680	44	3.0	44	85	4	167	27	19	19	33	1.96
24128903--24129134	50	4.6	50	70	7	150	22	20	24	32	1.98
24128902--24129185	100	2.8	99	81	3	327	23	19	23	33	1.97
24129102--24129632	50	10.5	50	78	5	550	25	20	22	31	1.98
24129102--24129632	100	5.3	100	92	2	782	25	20	22	31	1.98
24130232--24130603	46	8.6	46	83	12	475	28	22	14	34	1.93
24130367--24130521	36	4.0	36	79	15	175	28	20	14	36	1.92
24130321--24130567	82	3.0	82	95	0	431	28	21	14	35	1.92
24130232--24130603	128	2.9	123	82	12	416	28	22	14	34	1.93
24134708--24134743	6	6.0	6	87	12	56	0	16	0	83	0.65
24134712--24134747	9	4.1	9	89	3	56	0	16	0	83	0.65
24134709--24134745	18	2.1	17	95	5	65	0	13	0	86	0.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24134709--24134752	8	5.5	8	81	10	54	2	13	0	84	0.73
24134739--24134801	25	2.6	25	85	5	67	11	3	7	77	1.08
24134749--24134801	25	2.2	25	89	3	81	11	1	9	77	1.07
24134724--24134811	9	9.7	9	76	15	65	9	4	5	80	1.00
24134756--24134810	18	3.2	17	84	10	76	10	0	7	81	0.86
24134756--24134808	25	2.1	25	92	0	88	11	0	7	81	0.88
24135529--24135565	17	2.1	18	90	5	58	45	0	24	29	1.53
24138796--24138869	3	23.7	3	78	5	67	64	5	2	27	1.28
24140649--24140954	109	2.8	109	89	1	456	32	18	16	32	1.93
24143560--24144067	88	5.9	87	86	4	303	25	25	21	27	1.99
24143549--24144086	174	3.1	174	90	2	778	25	24	21	27	1.99
24143549--24144086	86	6.2	87	86	2	690	25	24	21	27	1.99
24146171--24146963	85	9.2	86	88	2	1056	25	24	21	27	1.99
24146297--24146963	259	2.6	259	95	0	1178	25	24	22	28	1.99
24146220--24146963	344	2.2	346	90	1	1147	25	24	21	28	1.99
24148012--24148058	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
24151187--24151235	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
24152899--24152933	17	2.1	17	89	10	54	60	0	11	28	1.32
24164279--24164337	25	2.4	25	85	5	75	27	16	13	42	1.86
24168255--24168464	114	1.8	113	88	1	321	23	23	26	26	2.00
24168364--24168611	73	3.4	74	84	5	351	25	22	25	25	2.00
24168507--24168818	114	2.7	115	85	2	430	24	22	26	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24168507--24168837	115	2.9	114	85	2	430	24	21	26	27	1.99
24168957--24168997	21	2.0	20	90	4	64	26	0	34	39	1.57
24169252--24169293	21	2.0	22	85	4	59	19	0	42	38	1.51
24169276--24169324	7	6.9	7	76	4	53	20	0	46	32	1.51
24169272--24169314	15	2.9	15	86	3	61	18	0	46	34	1.50
24169259--24169324	22	3.1	22	76	4	64	19	0	46	33	1.50
24169874--24169913	21	1.9	21	100	0	80	75	0	0	25	0.81
24169889--24170164	105	2.6	104	84	5	349	46	13	11	28	1.78
24169887--24170164	106	2.6	104	83	6	355	46	13	11	28	1.78
24172942--24172975	12	2.8	12	86	0	50	47	14	8	29	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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