genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

This is table  86  of  187  ( 22379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25178144--25178176	11	2.9	11	95	4	57	30	0	0	69	0.88
25178234--25178276	12	3.5	12	82	14	52	37	9	0	53	1.33
25179651--25179702	25	2.0	26	82	10	63	46	3	7	42	1.51
25185437--25185500	26	2.6	23	77	20	67	57	1	9	31	1.40
25187294--25187498	87	2.4	86	81	7	229	24	22	23	29	1.99
25187207--25187403	44	4.6	44	71	8	154	24	23	20	31	1.98
25187184--25187496	127	2.4	127	83	4	360	25	21	23	30	1.99
25187293--25187510	44	5.1	44	75	10	193	24	22	22	30	1.99
25188259--25188480	108	2.1	108	82	1	275	51	7	15	26	1.69
25199870--25199933	26	2.6	23	77	20	67	57	1	9	31	1.40
25202759--25202886	64	2.0	64	98	0	247	39	9	8	42	1.68
25217132--25217275	72	2.0	72	98	0	279	39	13	4	42	1.64
25217167--25217279	35	3.2	35	64	14	95	34	15	4	45	1.67
25217459--25217600	75	1.9	75	86	2	205	40	11	11	37	1.77
25218176--25218214	19	2.1	19	85	9	53	25	5	20	48	1.70
25218176--25218213	18	2.1	19	85	5	51	26	5	21	47	1.71
25221173--25221237	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
25229444--25229478	18	1.9	18	88	0	52	54	0	0	45	0.99
25230258--25230298	18	2.3	18	91	0	64	48	2	31	17	1.60
25230256--25230301	18	2.3	20	75	17	51	52	2	30	15	1.55
25235625--25235669	23	2.0	23	91	4	74	40	8	22	28	1.84
25245594--25245643	18	2.8	17	85	8	64	2	42	0	56	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25245594--25245643	3	16.7	3	89	0	55	2	42	0	56	1.11
25252611--25252691	25	3.2	25	76	10	76	37	20	17	24	1.94
25254792--25254837	16	2.9	16	83	9	58	36	8	10	43	1.71
25255479--25255530	22	2.5	20	78	12	59	30	0	1	67	1.02
25262673--25262807	9	14.4	9	69	14	69	29	2	1	65	1.16
25262673--25262807	18	7.2	18	70	17	80	29	2	1	65	1.16
25262635--25262780	29	5.1	28	73	11	109	32	3	0	63	1.16
25262635--25262808	57	3.1	57	79	11	146	29	3	1	65	1.16
25262673--25262723	19	2.7	19	79	8	59	31	1	1	64	1.15
25262739--25262794	20	2.8	21	78	13	64	32	1	1	64	1.14
25262870--25263080	92	2.3	92	83	4	257	40	11	18	29	1.85
25265461--25265583	29	4.2	29	79	5	140	30	19	7	42	1.78
25265931--25265956	12	2.2	12	100	0	52	57	0	42	0	0.98
25265935--25265995	15	4.1	15	89	4	79	75	0	24	0	0.80
25265950--25265995	7	6.3	7	87	9	65	80	0	19	0	0.71
25265935--25265998	29	2.3	28	83	5	76	76	0	23	0	0.79
25266103--25266145	10	4.6	9	85	5	59	83	2	11	2	0.83
25266104--25266145	20	2.2	20	91	4	68	85	2	9	2	0.77
25266303--25266375	26	2.9	25	77	18	55	79	0	20	0	0.73
25266306--25266376	32	2.2	31	87	5	97	78	0	21	0	0.74
25266310--25266369	16	3.8	16	83	14	79	78	0	21	0	0.75
25272243--25272280	16	2.4	16	82	8	51	44	0	2	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25272337--25272399	16	4.1	16	69	19	53	42	9	0	47	1.36
25272838--25272871	17	1.9	18	88	5	52	47	11	0	41	1.40
25276894--25276926	16	2.0	17	94	5	59	69	0	0	30	0.88
25278746--25278791	23	2.0	23	95	0	83	32	28	17	21	1.96
25285131--25285173	6	7.2	6	91	0	68	0	18	60	20	1.36
25288449--25288501	22	2.3	23	83	9	72	45	13	11	30	1.78
25290088--25290524	44	9.9	44	82	2	507	30	24	15	30	1.95
25290088--25290524	133	3.3	133	89	1	617	30	24	15	30	1.95
25290527--25291419	133	6.7	131	90	2	1224	28	24	18	27	1.98
25292725--25292765	14	3.0	13	89	7	55	14	19	0	65	1.26
25292725--25292768	21	2.1	21	91	0	70	15	20	0	63	1.31
25292735--25292768	7	4.9	7	86	13	52	14	17	0	67	1.23
25295990--25296209	41	5.4	41	88	2	334	26	25	18	29	1.98
25299011--25299061	26	2.0	26	92	0	84	31	31	11	25	1.92
25303502--25303687	41	4.5	41	94	0	309	24	26	19	29	1.98
25303509--25303728	82	2.7	82	87	4	266	25	25	18	30	1.98
25308877--25309014	71	2.0	70	88	4	206	28	21	23	26	1.99
25308961--25309161	76	2.6	76	82	6	262	31	22	21	23	1.98
25312123--25312200	25	3.2	25	78	12	81	23	25	24	26	2.00
25328930--25329260	44	7.5	43	75	7	279	30	23	16	30	1.96
25328925--25329284	88	4.1	89	94	1	582	29	22	16	30	1.96
25330444--25330486	21	2.1	20	86	4	59	16	20	0	62	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25333379--25334050	334	2.0	334	99	0	1335	27	20	16	35	1.94
25334802--25334868	23	2.8	23	75	6	62	56	0	7	35	1.27
25334854--25334897	16	2.7	16	78	3	52	61	0	6	31	1.22
25335822--25335846	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
25339981--25340011	5	6.2	5	100	0	62	0	19	0	80	0.71
25340936--25341135	55	3.6	55	86	2	283	25	8	16	50	1.72
25341035--25341112	18	4.3	18	67	20	54	23	6	15	55	1.63
25341041--25341132	21	4.8	20	72	15	61	26	5	15	53	1.63
25350368--25350406	18	2.2	18	86	9	53	48	0	10	41	1.37
25354860--25354897	18	2.2	17	86	9	51	21	7	2	68	1.28
25358813--25358846	8	4.2	8	84	0	50	44	0	0	55	0.99
25359379--25359471	36	2.5	35	80	13	98	46	1	21	31	1.59
25361285--25361315	15	2.0	16	93	6	55	12	12	12	61	1.58
25363699--25363723	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25369285--25369452	89	1.9	89	81	9	209	22	23	17	36	1.95
25369423--25369499	31	2.5	31	79	8	93	29	22	12	35	1.91
25378126--25378271	49	3.0	49	90	1	229	32	29	13	23	1.93
25379524--25379669	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
25379633--25379901	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
25379676--25379895	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
25379633--25379901	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
25390074--25390115	13	3.2	13	74	12	50	66	11	9	11	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25390377--25390411	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
25399088--25399179	45	2.0	45	89	0	139	22	9	51	16	1.74
25399233--25399383	36	3.9	39	83	13	179	28	5	46	19	1.73
25399270--25399387	36	3.3	36	93	0	200	27	5	46	20	1.73
25401932--25401977	10	4.6	10	86	7	67	76	0	13	10	1.03
25403062--25403122	30	2.0	30	90	0	95	44	3	9	42	1.54
25408136--25408203	33	2.1	33	100	0	136	35	17	29	17	1.93
25410346--25410415	20	3.6	19	82	7	79	54	8	0	37	1.31
25410420--25410460	20	2.0	20	95	0	73	58	0	2	39	1.11
25410425--25410469	10	4.4	10	80	2	54	64	0	2	33	1.06
25415324--25415469	75	2.0	74	91	4	240	23	17	19	39	1.92
25419285--25419350	33	2.0	33	96	0	123	46	15	9	28	1.76
25426974--25427015	20	2.1	20	100	0	84	47	4	9	38	1.57
25427009--25427047	18	2.1	19	86	13	55	46	10	10	33	1.72
25426812--25428034	312	3.9	312	90	3	1692	40	18	8	32	1.81
25431024--25431050	13	2.1	13	100	0	54	14	0	7	77	0.97
25431291--25431417	26	5.0	25	82	6	148	31	2	4	61	1.29
25431463--25431560	33	2.6	39	72	21	93	19	1	9	70	1.20
25432167--25432201	16	2.2	16	90	5	54	82	0	17	0	0.66
25433102--25433318	44	4.7	44	66	13	123	28	22	23	25	1.99
25433100--25433555	143	3.2	141	85	6	595	29	19	22	28	1.98
25433612--25433826	44	4.8	44	77	5	191	30	18	21	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25433658--25433820	87	1.9	88	81	3	204	30	19	20	30	1.97
25435392--25435460	26	2.6	26	81	2	66	28	5	5	59	1.44
25435469--25435502	17	2.0	17	88	0	50	38	5	0	55	1.24
25435467--25435502	19	2.0	17	89	10	54	38	5	0	55	1.23
25435504--25435567	25	2.7	24	76	11	69	17	1	6	75	1.09
25435522--25435612	25	3.8	25	71	9	73	21	1	7	69	1.20
25438646--25438939	99	3.0	98	76	5	295	29	20	14	35	1.93
25445157--25445233	38	2.0	38	97	0	145	55	5	29	9	1.53
25447258--25447289	4	7.8	4	93	6	55	50	0	0	50	1.00
25448065--25448108	21	2.1	21	86	0	61	31	13	36	18	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187