genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.30.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8724525--8724573	26	1.9	26	84	12	66	32	16	14	36	1.89
8737660--8737774	57	2.0	57	100	0	230	42	17	13	26	1.86
8739289--8739317	15	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
8742400--8742433	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
8745233--8745273	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
8747179--8747212	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
8750401--8750508	15	7.2	15	64	12	60	44	7	22	25	1.79
8750394--8750508	30	3.8	30	85	4	160	45	6	22	25	1.77
8755095--8755172	15	5.2	15	70	11	70	43	7	23	25	1.80
8755088--8755172	30	2.8	30	96	0	152	44	7	23	24	1.78
8760453--8760823	114	3.3	113	84	4	444	32	20	22	25	1.98
8760812--8760864	24	2.2	24	83	12	65	30	15	11	43	1.81
8760851--8761127	114	2.5	109	80	5	288	32	17	20	28	1.96
8761044--8761198	72	2.2	69	88	6	222	29	15	21	32	1.94
8761044--8761225	72	2.6	70	82	9	190	28	15	21	34	1.94
8761305--8761364	28	2.1	28	81	6	68	20	0	26	53	1.46
8761347--8761432	39	2.1	39	87	8	118	27	2	18	51	1.59
8761383--8761530	21	7.1	21	66	20	69	21	0	35	41	1.58
8761422--8761525	7	14.6	7	71	18	72	21	0	41	37	1.53
8761368--8761442	39	1.9	39	89	5	116	28	2	22	46	1.65
8761700--8761771	7	10.0	7	76	5	72	22	0	33	44	1.53
8761700--8761771	14	5.0	14	78	6	81	22	0	33	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8762071--8762148	41	2.0	39	90	7	122	53	5	3	37	1.41
8763404--8763455	16	3.2	16	86	0	77	28	0	30	40	1.57
8763691--8763725	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8763578--8763893	156	2.0	157	95	0	571	43	3	5	48	1.41
8763847--8763881	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
8763830--8764189	120	3.0	120	97	0	668	48	5	3	43	1.41
8764066--8764117	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
8763891--8764195	59	5.1	58	63	16	156	47	5	3	43	1.44
8767409--8767434	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
8768655--8768698	21	2.1	21	91	0	70	47	25	9	18	1.77
8769889--8770022	42	3.2	42	81	1	133	29	17	25	28	1.97
8769950--8770034	43	2.0	43	97	0	161	24	17	32	24	1.97
8771406--8771430	12	2.1	12	100	0	50	24	36	24	16	1.94
8771643--8771688	9	5.1	9	97	0	74	21	10	28	39	1.87
8771848--8771872	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
8772126--8772170	20	2.2	20	84	7	56	35	2	2	60	1.22
8772133--8772170	19	2.0	20	89	5	60	34	2	2	60	1.24
8772321--8772360	21	2.0	21	90	5	64	32	22	20	25	1.98
8778157--8778262	9	11.8	9	71	14	51	34	0	18	45	1.57
8778289--8778371	9	9.1	9	71	6	51	37	0	14	48	1.44
8778289--8778371	18	4.6	18	71	7	60	37	0	14	48	1.44
8778463--8778493	7	4.3	7	95	4	53	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8779282--8779313	16	2.0	16	93	0	55	31	15	50	3	1.60
8779616--8779694	42	1.9	42	89	2	124	27	21	16	34	1.95
8779832--8779997	7	23.7	7	69	7	77	46	29	2	21	1.63
8779832--8779883	27	1.9	27	96	0	95	51	32	0	15	1.43
8780252--8780291	7	5.7	7	93	0	71	45	37	0	17	1.49
8780252--8780303	21	2.5	21	93	0	86	46	34	0	19	1.50
8780709--8780794	40	2.2	40	81	8	104	24	22	19	33	1.97
8781467--8781532	21	3.0	22	75	4	71	59	7	4	28	1.45
8785016--8785050	14	2.4	15	90	4	54	20	0	37	42	1.52
8788053--8788459	36	11.6	36	80	8	367	51	13	2	33	1.53
8788074--8788459	27	13.6	27	79	11	398	50	13	2	33	1.54
8788053--8788459	63	6.5	63	80	12	426	51	13	2	33	1.53
8788060--8788459	18	22.2	18	74	7	312	50	13	2	33	1.54
8788525--8788562	7	5.1	7	87	12	58	55	15	0	28	1.41
8788525--8788562	16	2.6	14	91	8	58	55	15	0	28	1.41
8794061--8794156	21	4.4	21	80	7	93	36	18	41	3	1.67
8794094--8794153	12	5.2	12	78	11	72	38	20	40	1	1.62
8794577--8794761	42	4.3	42	77	9	153	28	21	20	30	1.98
8795936--8795976	22	1.9	22	90	5	66	60	7	0	31	1.24
8798913--8799059	13	11.1	13	67	18	63	25	13	8	52	1.69
8798976--8799042	23	2.8	23	82	11	73	26	14	8	49	1.73
8798978--8799050	12	6.1	12	72	12	60	28	15	8	47	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8801424--8802027	300	2.0	300	97	0	1136	38	21	19	21	1.94
8804568--8804692	62	2.0	63	95	1	225	42	16	16	24	1.88
8806144--8806236	6	15.0	6	81	14	100	21	3	0	75	0.95
8809568--8809714	12	11.2	13	71	19	83	24	12	9	53	1.67
8809573--8809638	13	4.6	14	80	10	55	24	9	10	56	1.62
8809630--8809696	23	2.8	23	84	11	82	25	14	10	49	1.76
8813006--8813035	14	2.1	14	93	0	51	36	16	20	26	1.93
8813087--8813114	9	3.1	9	100	0	56	46	10	10	32	1.73
8813121--8813161	20	2.0	20	100	0	82	36	0	0	63	0.95
8818317--8818376	27	2.2	27	93	0	102	18	33	18	30	1.95
8819326--8819378	23	2.3	23	77	6	54	32	22	1	43	1.64
8819603--8819656	23	2.3	24	87	6	76	42	20	20	16	1.89
8819673--8819807	26	5.3	26	83	2	141	35	22	23	18	1.96
8819864--8819992	64	2.0	64	90	0	204	35	24	19	20	1.95
8822858--8822941	21	4.0	21	82	4	80	35	25	23	15	1.94
8822856--8822920	21	3.1	21	88	2	96	33	26	24	15	1.95
8824106--8824158	3	17.7	3	100	0	106	66	0	0	33	0.92
8824292--8824334	11	3.5	11	77	22	50	53	2	0	44	1.13
8834766--8834836	37	1.9	37	100	0	142	49	0	11	39	1.39
8834772--8834840	19	3.7	19	82	5	97	52	0	10	37	1.36
8834913--8834964	27	1.9	27	96	0	95	19	32	21	26	1.97
8835016--8835073	25	2.3	26	90	3	91	53	1	5	39	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8835351--8835415	22	2.9	23	70	6	71	30	3	9	56	1.46
8841153--8841200	24	2.0	24	95	0	87	35	4	35	25	1.75
8846151--8846185	16	2.2	16	89	0	52	25	11	17	45	1.81
8847473--8847530	30	1.9	31	82	6	75	27	8	8	55	1.60
8859019--8859064	16	2.9	16	83	6	58	19	15	0	65	1.28
8859079--8859148	36	1.9	36	88	0	104	41	22	11	24	1.87
8862613--8862701	26	3.5	26	74	11	87	16	24	20	38	1.93
8862712--8862762	24	2.1	24	89	7	77	17	25	19	37	1.94
8862712--8862779	24	2.8	24	82	10	59	17	23	20	38	1.93
8863272--8863357	43	2.0	43	100	0	172	25	25	25	23	2.00
8868715--8868801	25	3.5	25	76	1	86	31	21	25	21	1.98
8873439--8873520	28	2.9	27	81	7	83	71	3	12	12	1.26
8883142--8883179	19	2.1	18	85	14	51	63	5	15	15	1.48
8884094--8884137	23	1.9	23	86	9	63	61	13	0	25	1.32
8884276--8884309	3	11.3	3	87	0	50	70	2	0	26	1.01
8885240--8885347	45	2.4	46	81	7	123	40	8	17	33	1.80
8886480--8886509	15	1.9	16	93	6	53	56	30	0	13	1.37
8886956--8887012	16	3.6	16	69	9	53	57	21	0	21	1.40
8887870--8887955	45	2.0	44	86	8	124	50	18	10	20	1.76
8888030--8888107	39	2.1	39	85	4	106	52	0	11	35	1.38
8904062--8904088	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
8919217--8919251	9	3.9	9	84	0	52	2	17	0	80	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8919217--8919256	18	2.2	19	90	4	64	2	15	2	80	0.93
8919260--8919332	5	14.6	5	76	20	64	56	4	0	39	1.19
8919261--8919303	19	2.3	19	92	8	70	58	0	0	41	0.98
8919267--8919331	24	2.6	25	80	9	71	58	4	0	36	1.19
8926736--8926808	29	2.6	28	85	8	87	56	1	4	38	1.27
8926738--8926816	29	2.9	26	75	17	70	55	1	3	39	1.26
8927446--8927478	12	2.6	13	90	4	50	48	6	3	42	1.43
8933055--8933083	14	2.0	15	93	6	51	27	0	3	68	1.05
8937173--8937204	15	2.1	16	94	5	57	34	0	6	59	1.23
8938810--8938868	29	2.0	29	93	0	100	37	15	10	37	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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