genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21722727--21722766	15	2.6	15	88	4	53	17	0	32	50	1.47
21724195--21724234	18	2.3	17	83	8	53	22	0	0	77	0.77
21726040--21726069	11	2.7	11	94	0	51	60	10	6	23	1.52
21728707--21728760	21	2.6	20	85	8	81	25	9	35	29	1.87
21738037--21738073	12	3.0	13	84	11	51	29	40	18	10	1.85
21741844--21741897	15	3.5	15	80	5	63	53	5	0	40	1.24
21742134--21742182	22	2.2	22	85	10	64	48	2	0	48	1.12
21744238--21744272	18	2.0	18	88	5	54	34	0	14	51	1.42
21746801--21746917	25	4.8	25	72	9	82	17	28	23	31	1.96
21746775--21746917	24	5.8	24	71	8	83	17	26	23	32	1.96
21746775--21746916	48	2.9	48	72	9	117	17	26	23	33	1.96
21749778--21749869	25	3.7	24	77	2	85	15	28	19	36	1.92
21749778--21749875	50	2.0	50	84	8	128	16	27	19	36	1.93
21749899--21749972	25	3.0	25	77	0	76	21	18	17	41	1.90
21755361--21755416	28	2.0	28	100	0	112	21	10	14	53	1.70
21765978--21766040	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
21766075--21766117	11	3.9	11	75	0	50	53	9	18	18	1.70
21766070--21766112	22	2.0	22	85	0	59	53	11	16	18	1.72
21766069--21766125	22	2.6	22	77	5	53	57	8	17	15	1.63
21767038--21767086	20	2.6	17	82	17	62	36	0	2	61	1.08
21767038--21767090	19	2.8	19	78	18	65	39	0	1	58	1.09
21772074--21772136	32	2.0	32	96	0	117	44	12	28	14	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21775558--21775819	132	2.0	132	92	0	434	30	24	16	28	1.97
21775440--21775711	88	3.1	88	65	9	221	28	25	18	28	1.98
21775591--21775878	44	6.4	43	66	13	125	30	25	16	27	1.97
21775721--21776154	95	4.6	95	96	1	746	30	23	17	28	1.97
21775724--21776214	190	2.6	189	87	4	562	29	23	17	28	1.97
21776158--21777096	100	9.5	100	81	6	961	23	21	23	32	1.98
21776174--21776454	51	5.6	51	71	11	161	24	21	23	31	1.98
21776158--21777096	199	4.8	200	80	6	1002	23	21	23	32	1.98
21776158--21777091	50	19.0	49	68	10	293	23	20	23	32	1.98
21776639--21776716	38	2.1	38	100	0	156	15	28	26	29	1.96
21776181--21776939	287	2.6	287	81	6	805	22	21	23	32	1.98
21777168--21777480	44	7.2	43	64	14	124	23	24	24	27	2.00
21777121--21777526	88	4.6	88	91	2	642	23	23	24	27	2.00
21777151--21777526	174	2.1	175	93	0	646	24	23	25	26	2.00
21778601--21778702	43	2.4	43	84	12	131	29	23	14	32	1.94
21779620--21779650	15	2.1	15	94	5	55	12	0	9	77	0.99
21782819--21782859	16	2.6	16	84	0	55	53	2	9	34	1.47
21786284--21786336	20	2.6	20	80	14	63	24	11	5	58	1.54
21786327--21786377	20	2.5	20	87	3	66	15	9	5	68	1.36
21786478--21786521	19	2.3	18	84	7	52	18	11	9	61	1.55
21786478--21786528	20	2.6	20	81	12	61	19	13	9	56	1.65
21786947--21786991	20	2.2	20	84	0	54	22	11	8	57	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21787016--21787112	37	2.5	38	75	9	99	20	19	9	50	1.75
21787868--21787916	20	2.4	21	75	6	55	65	8	10	16	1.46
21788830--21788878	2	24.5	2	100	0	98	0	48	0	51	1.00
21795503--21795578	28	2.7	27	88	8	107	34	14	13	38	1.85
21799518--21799585	25	2.8	25	88	2	111	16	23	22	38	1.93
21799663--21799733	26	2.8	25	85	6	99	15	23	23	36	1.94
21799700--21799856	73	2.2	72	77	10	165	17	27	21	33	1.96
21799824--21799918	50	1.9	49	85	6	129	17	28	20	33	1.95
21799823--21799905	25	3.4	25	71	5	71	18	30	20	31	1.96
21799837--21799917	25	3.2	25	75	0	81	17	27	19	35	1.94
21806412--21806990	288	2.0	287	92	1	953	36	11	23	28	1.90
21807940--21808037	47	2.1	46	88	3	144	23	30	17	28	1.97
21808375--21808419	18	2.5	18	81	0	54	17	31	22	28	1.97
21811738--21811982	42	5.8	42	87	0	355	34	21	20	24	1.97
21811955--21812323	42	8.8	42	89	1	544	23	21	21	34	1.97
21811743--21812323	84	6.9	83	85	1	352	27	21	20	30	1.98
21811738--21811982	126	1.9	126	99	0	481	34	21	20	24	1.97
21811786--21812318	126	4.2	126	85	0	465	27	21	21	30	1.98
21819781--21819839	28	2.1	28	96	0	109	45	22	6	25	1.76
21821745--21821806	7	8.9	7	74	0	61	46	45	0	8	1.32
21821743--21821810	21	3.2	21	79	6	75	47	42	0	10	1.37
21823004--21823216	114	1.9	113	83	5	277	25	24	19	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21823132--21823292	88	1.8	88	81	2	198	27	21	18	33	1.96
21826593--21826657	32	2.0	32	96	0	121	15	24	23	36	1.93
21826629--21826931	129	2.3	129	85	5	364	26	21	21	30	1.98
21826642--21827197	44	12.8	44	69	14	180	27	21	20	30	1.98
21827548--21827878	44	7.7	43	78	13	324	28	24	18	29	1.98
21827673--21827751	38	2.1	38	85	4	106	26	20	17	35	1.95
21827585--21827838	126	2.0	126	90	1	402	28	23	17	31	1.97
21827553--21827877	170	1.9	170	87	6	480	28	23	18	29	1.98
21827548--21827878	88	3.8	88	79	11	380	28	24	18	29	1.98
21827866--21828291	88	4.7	87	83	7	476	20	21	28	28	1.98
21828012--21828146	44	3.1	43	65	11	103	20	23	28	28	1.99
21828034--21828176	43	3.3	41	67	11	106	17	23	30	28	1.97
21827892--21828291	176	2.2	180	84	5	531	20	22	28	29	1.98
21839404--21839428	5	5.0	5	100	0	50	0	40	0	60	0.97
21846926--21847190	103	2.6	104	91	0	424	29	30	20	19	1.97
21847518--21847582	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
21847525--21847582	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
21853077--21853133	15	3.5	15	73	17	60	50	1	0	47	1.11
21870133--21870167	18	1.9	18	88	0	52	57	2	11	28	1.48
21872055--21872126	25	2.9	25	89	0	108	50	16	4	29	1.64
21880276--21880307	16	2.0	16	100	0	64	25	43	12	18	1.85
21885356--21885401	2	23.0	2	100	0	92	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21885474--21885501	6	4.7	6	100	0	56	17	0	64	17	1.30
21886325--21886372	18	2.6	19	80	9	64	25	37	0	37	1.56
21889081--21889135	25	2.1	28	86	10	80	47	5	10	36	1.62
21893867--21893915	27	1.9	26	84	12	66	40	2	2	55	1.23
21895130--21895164	17	1.9	17	88	11	52	34	0	5	60	1.21
21897213--21897247	17	2.1	17	94	0	61	57	14	0	28	1.38
21902525--21902556	16	2.0	16	100	0	64	37	12	12	37	1.81
21903425--21903463	19	2.0	20	85	9	55	43	0	2	53	1.14
21911923--21912110	42	4.4	42	83	7	209	25	14	24	35	1.94
21911975--21912115	42	3.4	42	89	0	228	24	14	24	36	1.93
21911975--21912131	84	1.9	84	84	0	215	24	14	26	35	1.93
21912648--21912723	40	1.9	40	97	0	143	38	5	18	38	1.73
21914886--21914929	13	3.4	13	87	0	61	31	4	18	45	1.69
21914885--21914961	26	3.1	24	79	7	57	36	6	18	38	1.76
21915157--21915267	58	1.9	58	88	1	168	40	27	7	24	1.81
21919390--21919455	29	2.3	29	76	5	71	36	12	22	28	1.90
21919795--21919985	50	3.8	50	86	0	247	23	20	32	23	1.98
21920679--21920715	17	2.2	17	86	13	51	54	0	13	32	1.40
21923246--21923285	20	2.0	20	100	0	80	55	5	20	20	1.62
21926357--21926382	7	3.7	7	100	0	52	0	30	0	69	0.89
21941602--21941720	21	5.7	21	66	4	69	15	21	18	44	1.86
21941602--21941746	42	3.5	42	80	5	159	15	22	17	44	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21944914--21944939	11	2.4	11	100	0	52	84	0	0	15	0.62
21954623--21954694	20	3.7	19	78	7	56	38	0	1	59	1.06
21955180--21955243	32	2.0	32	100	0	128	31	6	15	46	1.71
21959684--21959829	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
21959793--21960061	46	5.6	46	84	10	340	28	22	14	34	1.93
21959836--21960055	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
21959793--21960061	98	2.7	98	93	0	457	28	22	14	34	1.93
21987709--21987909	111	1.8	111	92	0	339	33	10	15	40	1.82
21995512--21995567	27	2.1	27	100	0	112	30	10	10	48	1.72
22000040--22000107	16	4.2	16	72	10	57	44	2	1	51	1.25

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