genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23385487--23385544	19	2.7	22	84	10	68	36	8	17	37	1.80
23386902--23386960	19	3.0	19	76	9	64	38	8	5	47	1.56
23387372--23387434	18	3.3	18	75	6	63	41	12	1	44	1.52
23387533--23387575	20	2.2	20	82	0	50	46	9	6	37	1.63
23387541--23387648	20	5.5	20	72	4	67	42	7	7	42	1.61
23388917--23388998	20	4.1	20	76	10	78	41	9	2	46	1.50
23389407--23389727	162	2.0	162	97	0	606	45	6	18	29	1.74
23395239--23395299	30	2.0	30	87	9	88	63	6	1	27	1.28
23398254--23398364	20	5.6	20	73	3	98	11	28	20	38	1.88
23398250--23398342	40	2.3	40	86	0	141	9	25	22	41	1.84
23408714--23408817	42	2.5	42	89	6	149	35	23	14	26	1.93
23408756--23408985	103	2.2	103	87	2	329	32	26	16	24	1.96
23416118--23416222	43	2.5	42	85	4	131	36	25	14	23	1.93
23416206--23416357	33	4.5	33	68	22	109	34	26	18	19	1.95
23416161--23416389	102	2.2	102	92	0	368	33	26	18	21	1.97
23421021--23421333	22	14.2	22	81	0	266	41	18	10	30	1.84
23421035--23421333	11	27.2	11	62	15	73	41	18	10	30	1.84
23421047--23421336	44	6.6	44	95	0	490	41	18	10	30	1.84
23422114--23422266	42	3.6	42	74	15	134	30	27	18	23	1.97
23446100--23446130	6	5.0	6	96	4	53	0	48	19	32	1.49
23450496--23451519	477	2.1	477	95	0	1818	33	16	22	27	1.95
23455890--23455916	6	4.5	6	100	0	54	0	14	66	18	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23460861--23460995	50	2.7	50	84	3	182	28	29	19	22	1.98
23467278--23467332	20	2.7	19	78	10	56	29	0	3	67	1.08
23474819--23474858	21	1.9	21	89	0	62	7	7	7	77	1.13
23475060--23475112	15	3.5	15	74	7	54	30	0	7	62	1.23
23487137--23487301	46	3.6	45	75	9	165	31	23	13	31	1.93
23493217--23493271	22	2.5	22	85	5	76	43	16	25	14	1.86
23493217--23493283	22	3.0	22	78	8	73	41	16	25	16	1.88
23493579--23493617	16	2.6	15	88	11	62	35	0	2	61	1.10
23495718--23495789	20	3.7	19	85	7	92	55	6	0	37	1.27
23495739--23495794	19	3.1	18	85	10	69	53	5	0	41	1.24
23496791--23496844	26	2.1	26	100	0	108	51	7	7	33	1.58
23507601--23507783	50	3.7	50	80	2	172	24	26	20	28	1.99
23507650--23507847	50	3.8	50	81	4	198	23	27	20	28	1.99
23512268--23512511	120	2.0	120	99	0	479	31	5	25	36	1.80
23516904--23516956	24	2.3	23	81	12	63	79	3	15	1	0.96
23517831--23517973	46	3.0	45	70	15	135	32	24	20	22	1.97
23517831--23517963	50	2.8	46	73	10	133	34	24	18	22	1.96
23517995--23518642	50	13.0	50	72	0	452	32	22	19	25	1.98
23517974--23518642	100	6.7	100	88	0	888	32	22	20	24	1.98
23518750--23519093	45	7.7	44	77	6	300	28	20	25	25	1.99
23518712--23519101	45	8.9	43	73	5	237	28	19	24	26	1.98
23518750--23519101	178	2.0	178	89	1	535	28	19	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23525482--23525540	3	20.0	3	75	3	57	33	1	3	61	1.23
23525622--23525666	21	2.1	22	87	4	65	33	11	2	53	1.49
23538236--23539944	99	17.3	99	85	0	2060	31	22	21	25	1.98
23541571--23541619	3	16.7	3	78	4	55	34	2	4	59	1.28
23542366--23542604	112	2.1	112	100	0	478	28	20	15	34	1.94
23544731--23544793	33	1.9	33	90	0	99	41	4	11	42	1.61
23558544--23558598	4	13.8	4	100	0	110	25	0	23	50	1.49
23561065--23561112	26	1.9	24	83	8	60	45	0	0	54	0.99
23561075--23561121	19	2.4	20	92	3	78	40	0	0	59	0.97
23562302--23562638	125	2.7	124	90	1	514	31	13	21	33	1.92
23567559--23567629	5	14.4	5	81	11	69	21	2	2	73	1.09
23567576--23567673	4	22.8	4	79	10	72	21	4	3	71	1.17
23569343--23569386	19	2.3	20	84	7	56	27	20	11	40	1.86
23569868--23569917	25	1.9	26	84	8	66	30	24	0	46	1.53
23570630--23570681	8	5.8	9	82	17	72	76	11	0	11	1.01
23570632--23570698	19	3.6	19	79	20	88	77	10	0	11	0.99
23570630--23570698	28	2.5	29	90	6	108	75	11	0	13	1.05
23573169--23574209	100	10.4	100	96	0	1821	32	21	19	26	1.97
23574283--23574332	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
23574188--23574661	125	3.8	125	94	0	806	34	19	20	26	1.96
23574408--23574457	25	2.0	25	84	0	64	36	20	18	26	1.95
23574534--23574582	25	2.0	25	87	0	71	36	18	16	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23574670--23574872	44	4.7	43	79	8	178	30	20	20	28	1.98
23574656--23574838	44	4.2	43	78	10	183	30	21	21	26	1.98
23576533--23576686	48	3.2	48	67	17	145	35	11	6	47	1.65
23576502--23576712	98	2.2	98	100	0	422	36	11	6	45	1.67
23576533--23576690	50	3.2	50	66	16	148	34	10	6	48	1.64
23576859--23576929	5	14.4	5	81	11	69	21	2	2	73	1.09
23576876--23576973	4	22.8	4	79	10	72	21	4	3	71	1.17
23577112--23577317	107	1.9	109	84	3	281	29	16	19	34	1.94
23577899--23577945	3	15.7	3	78	8	51	61	0	6	31	1.21
23577888--23577933	18	2.4	19	79	17	51	63	0	6	30	1.20
23577900--23577945	12	3.8	12	86	11	67	60	0	6	32	1.22
23578493--23578521	14	2.0	15	93	6	51	75	0	0	24	0.80
23579555--23579979	89	4.8	89	92	1	656	27	24	18	30	1.98
23579571--23579982	45	9.2	44	72	11	313	26	24	18	31	1.97
23592707--23592764	12	5.1	12	75	12	50	58	0	10	31	1.31
23592712--23592764	15	3.3	15	73	14	52	58	0	9	32	1.30
23594910--23594935	12	2.2	12	100	0	52	69	0	0	30	0.89
23601762--23601800	8	4.6	8	84	12	51	56	0	0	43	0.99
23601740--23601798	18	3.3	18	83	11	68	59	1	1	37	1.18
23606698--23606805	11	9.6	11	69	15	51	58	0	1	39	1.09
23606728--23606791	30	2.1	30	86	11	87	62	0	1	35	1.05
23607600--23607695	22	4.3	22	79	1	102	34	18	29	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23607702--23607749	20	2.3	21	92	3	80	33	20	31	14	1.93
23607914--23607947	7	4.9	7	100	0	68	44	14	0	41	1.45
23622591--23622619	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
23623510--23623548	19	2.1	19	90	9	62	51	5	10	33	1.58
23623614--23623651	15	2.5	15	83	8	51	68	2	13	15	1.32
23627882--23628447	301	1.9	301	98	0	1105	32	20	14	32	1.93
23631855--23631891	17	2.2	17	90	0	56	48	16	0	35	1.46
23639963--23640027	3	21.3	3	78	9	69	36	4	0	58	1.19
23640058--23640126	25	2.6	26	78	15	79	34	5	5	53	1.49
23640302--23640358	22	2.4	23	80	14	62	36	5	1	56	1.32
23640321--23640363	22	2.0	21	86	8	61	32	4	2	60	1.30
23642857--23642924	33	2.2	30	82	12	75	67	7	5	19	1.36
23649773--23649872	52	1.9	51	95	2	182	17	17	24	42	1.89
23652258--23652288	15	2.1	15	100	0	62	32	29	19	19	1.96
23655498--23656105	202	3.0	202	98	0	1162	37	15	11	35	1.84
23662450--23662481	12	2.7	12	100	0	64	25	31	0	43	1.55
23668618--23668679	29	2.1	29	96	0	115	37	17	24	20	1.94
23669095--23669132	18	2.1	18	100	0	76	10	31	31	26	1.90
23674881--23674933	27	2.0	27	96	0	97	30	5	15	49	1.67
23675781--23676173	214	1.8	216	90	1	637	33	13	14	38	1.86
23676449--23676639	95	2.0	95	94	2	339	30	17	13	38	1.88
23681294--23681318	6	4.2	6	100	0	50	0	16	52	32	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23682054--23682097	22	2.0	22	86	4	61	43	18	9	29	1.80
23685523--23685556	8	4.5	8	85	14	54	23	50	14	11	1.76
23685505--23685556	22	2.4	22	87	6	70	23	50	11	15	1.76
23686652--23686743	13	7.0	13	84	7	114	32	2	7	57	1.39
23686672--23686775	27	3.9	27	76	5	86	34	2	7	54	1.44
23688184--23688236	18	2.9	18	83	10	63	56	0	1	41	1.10
23691359--23691472	45	2.6	45	76	8	117	35	21	21	21	1.96
23694858--23694906	20	2.5	20	86	3	73	67	2	0	30	1.02
23696929--23696970	18	2.2	18	87	12	57	42	4	0	52	1.22
23696934--23696964	16	1.9	16	93	0	53	41	3	0	54	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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