genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28360333--28360392	13	4.5	13	76	15	59	53	1	13	31	1.50
28360330--28360454	41	3.1	41	80	7	157	45	1	18	34	1.59
28361266--28361311	22	2.1	22	95	0	83	32	4	34	28	1.77
28362040--28362083	22	2.0	22	100	0	88	9	50	4	36	1.55
28362325--28362365	20	2.0	20	100	0	82	14	14	4	65	1.42
28367991--28368042	26	2.0	26	100	0	104	26	26	7	38	1.83
28369679--28369755	27	2.9	27	73	9	77	32	15	2	49	1.58
28378028--28378091	30	2.1	30	100	0	128	43	12	4	39	1.63
28379951--28380060	55	2.0	55	100	0	220	40	7	14	38	1.74
28382601--28382628	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
28384932--28385081	59	2.6	58	85	3	212	21	18	22	37	1.94
28385123--28385178	26	2.2	26	83	6	69	23	12	8	55	1.65
28385568--28386032	120	3.9	120	94	0	736	44	1	5	48	1.36
28385976--28386010	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
28386176--28386266	45	2.0	45	85	2	121	37	28	6	27	1.82
28386247--28386315	16	4.2	16	96	3	129	37	37	0	24	1.56
28386247--28386315	33	2.1	32	97	2	129	37	37	0	24	1.56
28389352--28389522	85	2.0	85	91	2	281	33	18	5	43	1.72
28391333--28391425	47	2.0	47	100	0	186	18	32	19	30	1.95
28392822--28392914	44	2.1	44	86	9	127	32	4	27	35	1.77
28394776--28394817	20	2.1	20	100	0	84	42	14	14	28	1.84
28396475--28396578	52	2.0	51	96	1	190	33	16	22	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28398079--28398169	46	2.0	47	97	2	175	20	18	21	38	1.93
28400898--28400950	27	2.0	27	92	0	88	43	13	16	26	1.85
28401928--28401961	18	1.9	18	88	5	52	29	0	5	64	1.17
28403242--28403282	21	2.0	20	90	4	64	53	4	0	41	1.22
28403274--28403303	14	2.1	14	93	0	51	36	0	0	63	0.95
28405422--28405459	19	2.0	19	85	10	51	76	0	0	23	0.79
28407284--28407364	40	2.0	41	87	4	119	23	25	25	24	2.00
28407443--28407753	97	3.2	96	85	7	423	41	1	17	39	1.60
28408290--28408315	11	2.4	11	100	0	52	57	0	0	42	0.98
28408294--28408333	16	2.4	16	87	8	53	47	0	0	52	1.00
28408462--28408513	16	3.2	16	100	0	104	25	0	36	38	1.56
28408546--28408734	61	3.1	60	72	11	206	49	5	1	43	1.34
28408522--28408707	59	3.1	59	70	11	171	50	4	1	44	1.29
28408549--28408732	59	3.1	59	69	20	182	48	5	1	44	1.35
28408522--28408739	120	1.8	120	96	1	402	50	4	1	44	1.31
28408841--28408873	14	2.3	15	89	5	50	75	6	0	18	1.00
28409220--28409369	59	2.6	58	85	3	212	37	22	18	21	1.94
28418763--28418802	20	2.0	21	85	5	55	10	17	0	72	1.11
28418763--28418818	21	2.7	21	81	13	53	8	19	0	71	1.12
28418791--28418824	15	2.1	17	89	10	54	5	23	0	70	1.09
28419233--28419261	6	5.0	6	95	4	51	0	0	51	48	1.00
28421074--28421108	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28421033--28421268	79	3.0	79	65	16	220	47	2	2	46	1.32
28421208--28421249	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
28421217--28421258	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
28420961--28421273	154	2.0	155	95	2	558	44	2	5	47	1.40
28421022--28421324	154	2.0	153	81	7	355	47	4	3	44	1.39
28421342--28421380	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
28421347--28421380	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
28421412--28421606	93	2.1	92	88	2	284	47	3	3	46	1.35
28421422--28421566	46	3.2	45	67	12	116	48	2	2	46	1.25
28421447--28421587	47	3.0	45	69	10	122	49	2	2	45	1.28
28422752--28422786	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28422895--28422929	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28422705--28423092	154	2.6	144	95	4	670	46	3	3	45	1.37
28423049--28423083	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
28423064--28423251	61	3.1	61	67	9	177	48	6	2	42	1.41
28423032--28423254	120	1.9	120	96	0	410	48	6	2	42	1.40
28423148--28423199	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
28423244--28423290	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
28423263--28423296	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
28423328--28423521	92	2.1	92	88	5	286	46	4	4	44	1.41
28426970--28426994	9	2.8	9	100	0	50	24	12	0	64	1.27
28428787--28428822	15	2.3	16	90	4	56	66	2	0	30	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28428818--28428919	30	3.4	31	83	5	122	29	22	3	44	1.71
28429304--28429350	3	15.0	3	82	8	58	63	0	36	0	0.94
28429307--28429335	10	2.9	10	100	0	58	62	0	37	0	0.96
28429444--28429482	14	2.8	13	85	14	51	84	12	2	0	0.72
28429631--28429700	15	4.5	15	73	16	63	80	0	20	0	0.72
28429643--28429702	13	4.5	13	71	12	50	78	0	21	0	0.75
28429636--28429696	31	1.9	30	87	9	86	78	0	21	0	0.75
28429837--28429885	16	2.9	16	84	9	53	26	0	0	73	0.83
28430051--28430093	22	2.0	22	86	8	63	34	13	9	41	1.77
28430197--28430549	17	19.9	18	69	12	189	30	14	10	44	1.78
28430197--28430265	36	1.9	35	88	2	102	28	14	11	44	1.80
28430550--28430605	18	3.6	15	71	15	51	41	5	8	44	1.58
28434901--28435483	44	13.2	44	83	6	282	32	23	13	30	1.93
28434939--28435455	88	5.9	88	89	3	740	33	23	12	30	1.91
28434952--28435455	132	3.8	132	93	1	807	33	23	11	31	1.91
28443215--28443559	189	1.8	189	94	0	618	16	19	22	42	1.89
28451910--28451949	19	2.0	20	85	4	55	47	2	12	37	1.55
28457666--28457730	21	3.0	21	79	4	67	50	21	0	27	1.49
28457725--28457943	119	1.8	119	83	0	285	39	29	7	23	1.81
28462548--28462616	20	3.5	20	71	11	61	40	2	17	39	1.64
28462706--28462789	20	4.2	20	67	3	53	38	3	15	42	1.64
28469959--28470009	12	3.9	13	76	16	52	68	0	9	21	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28470209--28470298	33	2.8	32	79	14	94	44	2	12	41	1.54
28471446--28471485	19	2.0	20	85	4	55	47	2	12	37	1.55
28488053--28488107	26	2.1	26	83	6	67	27	10	9	52	1.66
28489556--28489744	96	2.0	96	86	2	263	34	13	17	34	1.89
28492991--28493035	22	2.0	22	83	12	56	64	2	0	33	1.06
28498706--28498767	26	2.4	26	86	2	90	51	1	6	40	1.37
28500762--28500789	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
28502075--28502467	196	2.0	196	98	0	768	32	22	9	36	1.86
28503023--28503369	172	2.0	172	96	0	631	38	17	12	31	1.88
28506364--28506404	22	1.9	22	85	5	57	36	4	12	46	1.63
28510901--28510938	11	3.2	12	92	7	60	0	52	0	47	1.00
28521065--28521120	21	2.6	22	75	8	53	30	16	28	25	1.96
28521581--28521628	24	2.1	22	81	11	53	58	16	6	18	1.59
28521914--28521943	3	10.3	3	92	7	53	70	0	0	30	0.88
28521901--28521943	20	2.3	18	88	8	59	69	0	0	30	0.88
28525824--28525917	30	3.1	30	90	1	143	25	24	6	43	1.78
28525834--28525911	15	5.2	15	67	11	61	25	21	7	44	1.79
28528246--28528358	60	1.9	60	90	0	181	21	10	38	30	1.87
28538285--28538375	30	3.0	30	76	6	94	29	19	17	32	1.95
28542049--28542103	12	4.8	12	77	20	55	52	0	3	43	1.18
28542067--28542105	14	2.8	14	88	0	60	51	0	5	43	1.24
28542236--28542306	3	22.7	3	77	11	63	63	4	5	26	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28543831--28544436	50	12.2	50	72	3	389	22	20	24	31	1.98
28543880--28544458	100	5.8	100	88	1	752	22	21	24	30	1.99
28544562--28545089	44	11.8	44	75	12	387	28	21	18	32	1.97
28544474--28544811	175	1.9	174	91	1	552	29	21	16	32	1.96
28546468--28546512	18	2.4	18	88	7	63	13	15	0	71	1.15
28546477--28546514	18	2.1	19	95	5	69	10	13	0	76	1.02
28547340--28547386	24	1.9	25	82	4	60	14	10	10	63	1.51
28551543--28551589	24	2.0	24	83	8	60	48	0	34	17	1.47
28553394--28553438	22	2.0	22	83	8	56	40	4	0	55	1.20
28554894--28554934	3	13.7	3	100	0	82	65	0	34	0	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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