genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.87.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25451536--25451571	3	12.0	3	100	0	72	0	0	66	33	0.92
25451840--25451868	3	9.7	3	100	0	58	65	0	34	0	0.93
25453786--25454030	121	2.0	122	94	1	431	45	8	8	37	1.65
25454749--25454774	12	2.2	12	100	0	52	0	7	15	76	0.99
25457142--25457391	90	2.8	86	75	7	241	56	13	5	24	1.57
25458031--25458228	108	1.9	107	82	6	258	34	19	17	28	1.94
25458610--25458657	15	3.3	15	82	5	71	20	2	8	68	1.26
25460293--25460351	24	2.5	24	74	0	64	18	6	3	71	1.23
25461085--25461123	15	2.6	15	84	12	53	23	2	2	71	1.10
25463199--25463242	5	9.2	5	81	18	58	22	20	15	40	1.90
25463199--25463252	9	5.8	9	81	18	58	24	20	14	40	1.90
25463199--25463252	24	2.3	22	82	17	65	24	20	14	40	1.90
25468267--25468318	6	8.8	6	89	10	81	84	0	13	1	0.70
25469252--25469276	10	2.5	10	100	0	50	92	0	0	8	0.40
25471805--25472359	143	3.9	143	90	0	824	29	19	23	28	1.98
25472304--25472437	44	3.0	45	70	8	130	29	23	23	23	1.99
25472117--25472541	232	1.8	232	84	4	579	30	20	21	27	1.98
25472249--25472399	44	3.4	44	76	5	160	25	23	23	26	2.00
25472260--25472437	89	2.0	89	90	2	277	28	23	23	24	1.99
25473399--25473423	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25473944--25473982	12	2.9	14	88	11	55	25	5	0	69	1.09
25473945--25473983	15	2.6	15	80	12	53	25	5	0	69	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25482367--25482392	6	4.3	6	100	0	52	15	0	84	0	0.62
25505109--25505176	16	4.2	16	94	0	118	27	0	36	35	1.58
25505157--25505266	45	2.6	41	78	9	116	32	5	29	32	1.80
25505392--25505433	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
25505401--25505442	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
25505390--25505652	120	2.3	115	89	7	390	50	4	2	42	1.37
25505508--25505553	16	2.9	16	78	12	51	52	2	0	45	1.13
25505508--25505562	15	3.7	15	79	13	53	52	1	0	45	1.11
25505525--25505605	32	2.5	31	77	13	85	51	2	1	44	1.22
25509427--25509466	19	2.1	19	86	9	55	42	7	0	50	1.30
25518954--25519160	104	2.0	104	99	0	405	37	26	12	23	1.91
25524433--25524507	23	3.3	23	88	0	105	34	26	20	18	1.95
25524595--25524623	8	3.6	8	100	0	58	34	27	13	24	1.93
25524740--25524780	18	2.3	18	88	12	59	43	19	0	36	1.51
25528077--25528121	21	2.2	20	84	11	56	31	11	17	40	1.85
25536536--25536686	76	2.0	76	81	5	180	36	17	17	29	1.92
25536930--25536981	17	3.2	16	76	18	54	32	0	1	65	1.04
25536940--25536970	7	4.3	7	95	4	53	38	0	0	61	0.96
25540538--25540664	61	2.1	61	83	0	155	35	20	4	39	1.74
25541294--25541337	18	2.4	19	81	11	56	65	2	9	22	1.32
25541407--25541440	6	5.5	6	93	6	59	85	0	14	0	0.60
25549611--25549784	75	2.3	75	97	0	330	18	20	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25549646--25549782	42	3.5	41	75	17	164	20	18	27	33	1.96
25549686--25549886	102	2.0	102	93	0	348	19	20	28	30	1.97
25549581--25549921	177	1.9	177	93	0	592	20	20	28	30	1.97
25554094--25554143	20	2.5	20	87	6	66	82	2	8	8	0.93
25554181--25554245	6	10.8	6	83	6	51	70	9	7	12	1.33
25555264--25555757	50	9.9	50	74	5	397	32	24	20	22	1.98
25555253--25555823	100	5.7	100	87	2	691	32	24	20	22	1.98
25563538--25563587	3	18.0	3	80	15	63	66	0	0	34	0.92
25564486--25564611	43	2.9	43	74	15	134	23	17	28	30	1.97
25571142--25571610	44	10.7	44	68	10	230	30	24	16	28	1.97
25571142--25571602	132	3.5	132	92	0	710	30	24	17	28	1.97
25571601--25571797	45	4.4	46	65	14	115	29	23	18	27	1.98
25571555--25571874	134	2.4	134	92	2	520	30	23	18	27	1.97
25571822--25572756	86	10.9	86	97	0	1717	25	24	23	26	2.00
25576887--25576930	19	2.3	20	84	7	56	40	11	20	27	1.86
25578882--25578927	15	3.1	15	81	6	58	60	0	10	28	1.30
25579726--25579926	99	2.0	100	99	0	395	25	20	5	47	1.73
25580186--25580380	98	2.0	98	98	0	381	28	22	21	28	1.99
25594665--25594716	18	3.1	18	69	30	51	28	7	9	53	1.61
25598352--25598559	44	4.7	44	78	7	215	31	23	27	17	1.97
25598352--25598546	90	2.2	88	88	5	286	31	24	26	17	1.97
25604595--25604635	19	2.1	19	86	4	55	21	4	12	60	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25605589--25605671	3	27.7	3	100	0	166	32	0	0	67	0.91
25622701--25622743	17	2.5	17	76	0	50	13	2	11	72	1.22
25624754--25624852	48	2.0	49	92	3	164	48	7	15	29	1.71
25625471--25625519	23	2.1	23	88	7	73	12	16	16	55	1.70
25625484--25625542	23	2.6	23	86	0	73	13	15	16	54	1.72
25640192--25640254	30	2.1	31	90	3	101	65	1	3	30	1.18
25640193--25640254	31	2.0	31	90	0	97	66	1	3	29	1.17
25640193--25640320	42	3.0	42	84	11	163	67	0	1	30	1.06
25640291--25640355	28	2.4	27	85	7	80	64	0	0	35	0.94
25640306--25640354	24	2.1	24	88	11	75	67	0	0	32	0.91
25643322--25643446	3	41.7	3	100	0	250	66	0	0	33	0.92
25645074--25645337	125	2.1	124	87	6	381	28	13	23	34	1.92
25648500--25648619	23	4.7	23	76	22	116	30	0	23	45	1.53
25648508--25649752	28	46.5	28	77	11	942	31	0	22	46	1.56
25648555--25648669	23	4.7	23	78	12	113	30	0	22	46	1.52
25648640--25648866	62	3.9	59	76	13	236	31	0	22	45	1.53
25648575--25648853	114	2.4	114	94	4	474	31	0	22	46	1.52
25648689--25648789	23	4.1	23	74	18	96	31	0	20	47	1.51
25648782--25649784	130	7.6	130	95	2	1699	31	0	22	46	1.56
25649738--25649772	17	2.0	18	88	5	54	31	0	20	48	1.50
25652053--25652107	28	2.0	29	89	7	87	58	1	0	40	1.09
25652163--25652221	30	2.0	30	93	0	100	33	0	32	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25652193--25652284	22	4.2	23	82	8	111	42	0	27	30	1.56
25652193--25652284	44	2.1	44	85	4	123	42	0	27	30	1.56
25654013--25654047	17	2.1	17	94	0	61	8	45	2	42	1.49
25654092--25654146	22	2.4	23	90	3	85	20	52	12	14	1.73
25657011--25657089	38	2.1	38	97	0	149	40	2	3	53	1.33
25657015--25657101	38	2.4	37	88	5	115	37	2	6	52	1.41
25660037--25660066	12	2.5	12	100	0	60	63	10	10	16	1.51
25660417--25660704	114	2.5	114	86	5	404	25	21	24	28	1.99
25660513--25660877	186	2.0	186	88	4	549	26	23	23	27	2.00
25660635--25660776	72	2.0	73	85	4	198	29	25	18	26	1.98
25660696--25661250	114	4.9	114	90	1	792	25	23	23	28	2.00
25660416--25660991	300	1.9	301	86	5	817	26	23	23	27	2.00
25661898--25661951	14	3.9	14	80	0	54	24	0	40	35	1.55
25662491--25662571	24	3.2	24	81	13	108	45	0	8	45	1.34
25662488--25662571	28	3.1	28	73	13	95	47	0	8	44	1.33
25662504--25662547	13	3.2	13	77	22	54	43	0	4	52	1.22
25662618--25663330	365	2.0	365	92	1	1196	29	14	20	35	1.92
25665114--25665196	40	2.1	40	90	4	132	43	19	7	30	1.78
25665226--25665414	30	6.1	30	82	8	243	43	11	1	42	1.50
25665196--25665431	67	3.6	66	76	16	228	44	11	2	41	1.51
25665198--25665431	97	2.4	97	100	0	468	44	10	2	42	1.51
25665487--25665583	9	10.3	9	68	20	56	46	16	1	36	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25667859--25668145	42	6.9	41	83	2	313	25	19	23	31	1.98
25667859--25668145	125	2.3	126	84	3	364	25	19	23	31	1.98
25668328--25668422	3	31.7	3	100	0	190	66	0	0	33	0.92
25675518--25675624	46	2.4	46	87	7	150	28	22	14	34	1.94
25675559--25675686	62	2.0	64	89	5	199	28	24	12	34	1.92
25675623--25675740	45	2.6	45	92	4	186	30	20	13	35	1.91
25675518--25675731	107	2.0	107	91	1	349	28	21	14	35	1.92
25676713--25676743	16	2.0	16	93	6	55	64	3	0	32	1.09
25682600--25682626	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
25683150--25683201	27	1.9	27	84	0	68	30	3	3	61	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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