genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2210045--2210103	9	6.4	9	81	11	75	22	10	27	40	1.85
2210913--2210982	28	2.5	28	92	0	113	40	8	15	35	1.78
2215388--2215457	29	2.4	29	90	2	106	42	8	0	48	1.33
2215459--2215491	17	2.0	17	94	5	59	84	9	0	6	0.76
2215632--2215801	14	12.9	14	65	25	59	65	0	34	0	0.97
2215648--2215826	38	4.8	38	78	13	162	68	0	31	0	0.94
2215668--2215768	10	10.5	10	72	16	79	67	0	31	0	0.98
2216505--2216555	18	2.8	18	87	3	66	25	0	7	66	1.18
2216591--2216815	28	8.5	26	82	12	264	38	8	2	51	1.46
2216591--2216813	51	4.2	53	90	6	332	38	8	2	51	1.46
2216591--2216813	52	4.2	53	90	6	348	38	8	2	51	1.46
2218847--2218888	18	2.3	18	83	0	57	21	47	2	28	1.63
2219939--2220003	27	2.4	27	89	0	94	16	38	24	20	1.93
2220073--2220103	15	2.0	16	93	6	55	6	3	6	83	0.88
2220105--2220161	28	2.0	29	93	3	98	50	1	7	40	1.40
2220108--2220170	28	2.2	28	86	5	83	46	3	11	39	1.55
2229806--2229853	22	2.1	23	92	3	80	22	12	35	29	1.91
2229979--2230167	96	2.0	97	86	3	265	25	7	22	43	1.79
2243724--2243769	14	3.3	14	78	0	56	23	0	34	41	1.55
2246456--2246607	9	17.1	9	88	2	227	46	19	0	33	1.55
2247536--2247601	21	3.1	21	86	4	89	36	21	40	1	1.62
2247565--2247613	12	4.3	12	75	15	59	40	20	38	0	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2248073--2248298	85	2.7	85	83	2	222	26	21	20	31	1.98
2248092--2248319	43	5.3	43	86	3	282	27	22	20	29	1.98
2248100--2248319	85	2.6	85	85	1	287	27	21	19	30	1.98
2248340--2248369	12	2.5	12	100	0	60	0	10	36	53	1.35
2249932--2249979	26	2.0	24	84	12	62	37	0	0	62	0.95
2250192--2250243	20	2.7	18	80	14	59	65	0	34	0	0.93
2250194--2250245	14	3.9	13	80	12	61	65	0	34	0	0.93
2250396--2250587	19	9.4	19	70	19	95	33	1	11	53	1.45
2250523--2250642	49	2.7	41	77	18	132	32	0	12	54	1.44
2250536--2250757	49	4.5	49	88	2	329	32	1	12	54	1.46
2250536--2250767	22	9.3	25	75	20	211	32	1	12	54	1.45
2250653--2250762	29	4.1	29	71	20	112	32	1	11	53	1.48
2250536--2250762	78	3.0	77	76	17	235	32	1	12	53	1.46
2250536--2250757	97	2.3	98	92	2	374	32	1	12	54	1.46
2250756--2250877	60	2.0	60	82	3	147	31	1	14	52	1.52
2250911--2250992	38	2.2	38	97	0	155	54	3	2	39	1.31
2256328--2256504	90	2.0	90	86	2	248	24	12	20	41	1.87
2264998--2265354	104	3.4	104	88	2	504	33	28	19	18	1.96
2265188--2265275	27	3.0	27	82	15	104	30	28	23	17	1.97
2271142--2271179	19	2.0	19	94	0	67	23	18	31	26	1.97
2276184--2276266	33	2.5	33	94	0	139	39	26	16	16	1.90
2276085--2276348	111	2.5	103	84	8	359	34	27	19	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2279092--2279185	45	2.1	45	94	2	163	28	8	29	32	1.87
2282530--2282621	42	2.2	42	84	0	112	26	23	30	19	1.98
2285932--2286023	41	2.2	41	86	3	132	30	18	20	30	1.96
2290201--2290635	131	3.3	131	91	0	676	24	24	20	30	1.99
2303884--2303916	14	2.4	14	100	0	66	15	6	15	63	1.49
2306100--2306134	17	2.1	17	89	10	54	45	22	0	31	1.53
2306951--2307006	3	18.7	3	96	0	103	30	0	0	69	0.89
2307389--2307430	4	10.5	4	89	0	57	47	23	4	23	1.70
2310754--2310801	4	12.0	4	95	0	87	25	22	0	52	1.48
2313188--2313212	13	1.9	13	100	0	50	64	16	0	20	1.30
2316272--2316324	21	2.5	21	77	14	54	52	3	1	41	1.30
2321176--2321200	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2321986--2322029	21	2.1	21	95	0	79	38	18	11	31	1.86
2321693--2322382	374	1.8	374	99	0	1371	36	8	15	39	1.79
2323468--2323766	23	12.9	23	74	11	209	27	15	17	39	1.90
2323470--2323788	93	3.4	93	91	1	478	27	15	17	38	1.91
2331151--2331226	9	8.7	9	78	8	68	32	0	15	51	1.44
2333552--2333595	22	2.0	22	82	8	54	59	11	2	27	1.44
2335167--2335480	41	7.6	41	94	2	465	18	21	30	29	1.96
2335163--2335480	82	3.9	82	93	1	512	17	21	31	29	1.96
2335826--2335886	22	2.7	24	78	12	67	24	1	31	42	1.64
2335851--2335939	7	12.6	7	71	2	52	22	3	28	46	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2335858--2335940	35	2.3	36	83	2	96	22	3	27	45	1.69
2336341--2336381	21	1.9	22	85	5	57	21	0	39	39	1.54
2341426--2341688	43	6.2	42	76	8	140	21	15	31	31	1.94
2341464--2341688	85	2.6	86	77	4	231	21	15	32	30	1.95
2342636--2342683	25	1.9	25	100	0	96	58	0	8	33	1.28
2342878--2342951	27	2.7	27	87	0	103	28	17	40	13	1.87
2343132--2343241	41	2.7	41	85	0	148	16	22	18	42	1.88
2343285--2343310	12	2.2	12	100	0	52	53	30	7	7	1.57
2348098--2348155	9	6.6	9	75	15	50	51	1	0	46	1.11
2348081--2348153	34	2.2	31	81	15	85	54	2	0	42	1.14
2348511--2348576	26	2.5	27	82	7	73	54	3	0	42	1.15
2348965--2349012	17	2.9	16	77	14	53	14	12	0	72	1.11
2348962--2349005	18	2.4	18	85	7	54	15	9	0	75	1.05
2349578--2349640	31	2.0	31	90	0	99	34	9	11	44	1.73
2352584--2352624	5	8.0	5	94	5	73	78	2	0	19	0.87
2352584--2352647	26	2.5	26	84	5	76	73	4	1	20	1.09
2359718--2359757	15	2.5	16	88	8	55	70	5	5	20	1.26
2363579--2363621	6	7.2	6	83	0	50	76	6	0	16	0.99
2365079--2365104	5	5.2	5	100	0	52	0	19	0	80	0.71
2365397--2365840	126	3.5	126	92	2	680	31	15	22	30	1.95
2366735--2366973	117	2.1	117	98	0	462	26	22	20	30	1.99
2367215--2367367	76	2.0	76	98	0	297	26	9	15	49	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2367400--2368089	359	1.9	359	92	0	1157	28	21	24	26	1.99
2369530--2369636	14	7.6	14	66	24	57	23	0	37	39	1.55
2369495--2369569	34	2.2	34	79	6	82	26	0	33	40	1.57
2369526--2369638	27	4.1	26	80	15	113	22	0	38	38	1.54
2370871--2370896	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
2371065--2371102	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
2372012--2372715	356	2.0	356	98	0	1365	34	12	25	27	1.92
2372876--2372900	11	2.3	11	100	0	50	36	16	8	40	1.77
2374038--2374129	22	4.2	22	87	5	141	30	29	0	40	1.57
2374101--2374159	30	2.0	30	93	0	100	30	35	0	33	1.58
2374079--2374181	52	2.0	51	85	9	138	32	33	0	34	1.58
2374131--2374172	22	1.9	22	90	0	66	33	33	0	33	1.58
2374214--2374271	29	2.0	30	89	3	91	37	1	1	58	1.18
2374217--2374279	29	2.1	30	85	2	83	38	1	1	58	1.17
2374370--2374403	15	2.3	15	90	5	52	26	0	5	67	1.13
2376860--2377124	124	2.1	124	88	1	397	30	23	15	30	1.95
2378159--2378231	30	2.5	31	86	6	98	53	4	0	42	1.20
2378901--2378951	25	2.0	25	100	0	102	31	11	29	27	1.92
2380797--2380827	3	10.3	3	100	0	62	32	32	0	35	1.58
2381010--2381064	25	2.2	25	83	9	67	38	1	14	45	1.56
2388712--2388759	20	2.6	18	78	21	55	72	6	16	4	1.20
2388752--2388819	35	2.0	36	83	11	90	61	0	23	14	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391707--2391896	19	9.7	19	83	6	245	39	11	15	33	1.83
2391707--2391891	40	4.7	40	96	1	329	39	11	15	33	1.84
2392812--2393002	98	1.9	98	89	0	292	29	10	23	36	1.89
2398765--2399818	132	7.9	132	96	0	1802	28	21	25	24	1.99
2399891--2400363	44	10.9	43	73	13	323	29	20	23	27	1.99
2399805--2400263	217	2.1	216	89	2	706	28	20	22	28	1.98
2400024--2400305	84	3.3	84	76	11	320	28	20	21	29	1.98
2399893--2400349	172	2.6	172	89	4	670	29	20	22	27	1.99
2399937--2400356	84	4.9	84	73	13	313	29	20	22	27	1.99
2400541--2400646	19	5.5	19	87	4	158	38	10	13	37	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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