genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20817261--20817302	21	2.1	20	91	8	68	40	4	14	40	1.67
20817266--20817321	19	2.9	19	84	10	71	41	7	16	35	1.75
20817271--20817336	23	3.0	23	80	12	68	39	6	16	37	1.74
20817654--20817692	3	13.0	3	88	0	51	28	2	5	64	1.28
20817812--20817846	17	2.1	17	88	0	52	37	8	0	54	1.31
20817981--20818035	25	2.2	25	84	9	69	29	1	9	60	1.38
20818007--20818066	31	1.9	31	86	3	84	33	3	5	58	1.36
20818212--20818246	8	4.6	8	86	13	56	22	0	8	68	1.16
20818212--20818238	14	1.9	14	100	0	54	22	0	7	70	1.12
20820554--20820596	16	2.9	16	80	13	56	23	18	13	44	1.86
20822670--20823207	44	12.2	45	78	5	526	26	14	27	31	1.95
20822659--20823192	132	4.0	132	94	0	915	26	14	27	31	1.95
20822659--20823207	265	2.1	264	92	0	918	26	14	27	31	1.95
20823188--20823505	88	3.6	88	86	0	465	27	29	23	19	1.98
20822777--20823321	265	2.1	264	81	4	632	27	17	26	27	1.98
20823505--20823714	44	4.8	44	86	3	280	27	17	26	29	1.98
20824502--20824527	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
20824514--20824561	19	2.4	20	93	6	80	37	10	14	37	1.81
20824519--20824584	19	3.0	22	82	12	66	37	7	16	37	1.77
20824901--20824936	3	12.0	3	87	0	54	30	2	2	63	1.22
20825060--20825103	17	2.6	17	85	3	63	40	11	0	47	1.39
20825269--20825326	31	1.9	31	89	3	91	34	3	3	58	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20825267--20825346	28	2.8	27	79	5	70	33	3	5	57	1.38
20826587--20826623	17	2.2	17	90	4	58	48	8	2	40	1.47
20829004--20829036	17	1.9	17	93	0	57	39	0	3	57	1.14
20829174--20829219	7	6.6	7	100	0	92	86	0	0	13	0.56
20833187--20833230	22	1.9	22	86	9	61	38	15	2	43	1.60
20833441--20833513	25	2.9	25	74	11	78	30	23	23	23	1.99
20836082--20836137	24	2.5	22	86	11	78	32	37	16	14	1.88
20836095--20836143	24	2.0	24	100	0	98	32	38	16	12	1.86
20838584--20839314	364	2.0	364	100	0	1462	43	8	19	28	1.81
20839348--20839587	51	4.8	48	80	7	212	26	17	25	31	1.97
20839349--20839624	101	2.7	101	81	4	297	27	15	24	31	1.96
20842004--20842094	47	1.9	48	84	6	123	24	14	28	32	1.94
20845192--20845430	51	4.8	49	79	7	239	24	17	27	29	1.98
20845192--20845467	101	2.7	102	84	4	344	26	16	27	30	1.97
20850830--20850953	23	5.4	23	70	14	103	26	22	16	34	1.95
20850830--20850949	46	2.6	46	89	2	170	27	22	15	35	1.94
20850830--20850976	46	3.2	44	81	5	159	24	21	17	36	1.95
20853411--20853477	6	11.2	6	100	0	134	82	0	0	17	0.68
20858092--20858174	16	5.2	16	70	21	50	79	2	0	18	0.84
20858103--20858185	6	13.5	6	92	5	139	80	1	0	18	0.77
20863971--20864155	101	1.8	102	88	5	286	23	16	28	31	1.96
20863971--20864155	51	3.6	51	77	6	162	23	16	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20864159--20864251	45	2.1	45	93	0	159	25	19	23	31	1.98
20864385--20864409	8	3.1	8	100	0	50	64	0	24	12	1.27
20864489--20864533	23	2.0	22	87	12	65	46	4	17	31	1.68
20866303--20866353	23	2.2	23	85	0	66	31	21	11	35	1.90
20866312--20866357	23	2.0	23	95	0	83	26	19	17	36	1.94
20869970--20870028	16	3.6	16	77	4	64	23	16	15	44	1.86
20875310--20875367	20	2.9	20	92	0	98	44	3	27	24	1.69
20876077--20876121	20	2.4	19	92	7	74	26	4	26	42	1.74
20877714--20877766	3	17.7	3	92	0	70	26	32	5	35	1.80
20892842--20892911	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
20892842--20892936	28	3.4	28	89	2	129	32	28	12	26	1.93
20911041--20911153	38	3.0	37	84	3	145	32	12	19	35	1.89
20911296--20911347	22	2.4	21	78	6	59	34	17	15	32	1.91
20912710--20912781	36	2.0	36	91	0	117	19	19	18	43	1.89
20912853--20912915	3	21.0	3	100	0	126	0	33	0	66	0.92
20914761--20914813	26	2.0	26	88	0	79	50	1	1	45	1.23
20916642--20916672	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
20916727--20916763	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
20916977--20917036	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
20917787--20917812	5	5.2	5	100	0	52	19	19	19	42	1.90
20918369--20918715	125	2.8	125	88	3	493	29	15	21	33	1.94
20920462--20920931	29	15.9	29	85	9	621	29	2	25	42	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20920462--20921002	29	17.9	29	80	12	529	29	2	25	42	1.67
20920462--20920931	57	8.0	58	85	9	612	29	2	25	42	1.68
20920517--20920548	15	2.1	15	94	0	55	37	3	12	46	1.57
20920489--20920577	44	2.0	44	95	2	162	31	3	21	43	1.69
20920532--20921002	85	5.3	86	91	5	689	28	2	25	42	1.67
20920532--20921002	114	4.0	115	88	6	680	28	2	25	42	1.67
20920886--20920972	41	2.1	41	89	0	138	26	1	29	41	1.63
20920865--20921022	70	2.2	74	89	5	243	27	1	26	43	1.62
20920947--20921015	29	2.4	29	87	2	95	33	0	26	40	1.56
20921206--20921251	21	2.2	21	96	0	83	6	28	30	34	1.82
20921517--20921551	18	1.9	18	94	0	61	34	8	31	25	1.86
20923392--20923447	22	2.5	22	97	2	103	39	0	32	28	1.57
20923408--20923464	10	5.2	11	74	21	57	43	0	35	21	1.52
20923691--20923725	10	3.2	11	88	12	54	45	0	37	17	1.48
20924453--20924489	17	2.1	18	95	5	67	35	0	0	64	0.94
20924429--20924498	26	2.7	26	84	6	79	34	0	1	64	1.03
20924453--20924492	19	2.2	19	91	8	66	37	0	0	62	0.95
20926352--20926426	30	2.5	30	84	0	96	44	4	33	18	1.69
20927623--20927647	13	1.9	13	100	0	50	8	0	24	68	1.16
20929397--20929542	41	3.6	40	80	10	136	28	20	24	26	1.99
20930217--20930251	17	2.1	17	89	10	54	40	0	0	60	0.97
20933489--20934048	288	1.9	290	88	2	849	36	12	15	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20938062--20938093	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
20938153--20938292	51	2.8	50	80	6	149	24	19	25	31	1.98
20938288--20938372	46	1.9	43	83	7	107	23	15	27	34	1.95
20938510--20938541	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
20941854--20941904	16	3.2	16	75	10	59	33	0	11	54	1.37
20943524--20943856	27	12.3	26	81	5	294	45	20	15	19	1.86
20943524--20943856	81	4.1	82	82	7	328	45	20	15	19	1.86
20944186--20944262	28	2.8	28	95	0	136	24	20	23	31	1.98
20945455--20945491	19	2.0	20	89	10	60	35	10	2	51	1.51
20946016--20946049	15	2.3	15	89	0	50	32	14	8	44	1.76
20947780--20947822	17	2.5	17	85	11	52	53	13	2	30	1.53
20960761--20960841	42	1.9	42	87	0	117	13	23	18	44	1.85
20960760--20960856	21	4.6	21	68	10	63	14	21	18	45	1.85
20984724--20984760	18	2.0	19	89	5	58	40	8	5	45	1.56
20988662--20988698	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
21002637--21002680	19	2.3	19	85	14	56	22	20	0	56	1.42
21008650--21010646	996	2.0	996	99	0	3987	39	21	10	29	1.86
21024492--21024542	22	2.3	22	89	0	75	33	15	15	35	1.90
21031823--21031980	27	5.9	27	87	3	219	41	19	16	22	1.90
21032385--21032593	28	7.5	28	89	3	307	23	25	23	27	2.00
21032367--21032600	84	2.8	82	85	8	305	24	24	22	28	1.99
21061770--21061802	14	2.3	15	89	5	50	60	9	0	30	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21062384--21062440	27	2.1	28	90	3	89	31	28	24	15	1.96
21062753--21062996	27	9.0	27	79	5	188	17	18	20	43	1.88
21062753--21062996	54	4.5	54	84	3	267	17	18	20	43	1.88
21062753--21062996	81	3.0	80	80	4	258	17	18	20	43	1.88
21068308--21068364	26	2.2	26	90	3	89	24	19	12	43	1.85
21082764--21082911	40	3.7	40	92	3	228	25	31	13	29	1.94
21082798--21082862	20	3.2	20	65	8	60	26	36	10	26	1.89
21082838--21082902	20	3.2	20	67	4	51	24	35	13	26	1.93
21082762--21082926	40	4.1	40	89	1	215	25	30	14	29	1.95
21098166--21098435	41	6.6	41	79	3	274	21	28	16	33	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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