genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17239959--17240437	88	5.4	88	91	0	742	20	23	28	28	1.99
17246417--17246484	36	1.9	34	82	11	84	54	2	11	30	1.51
17246608--17246663	18	3.2	17	85	7	67	55	0	3	41	1.17
17249698--17249733	17	2.2	16	90	5	54	41	0	5	52	1.24
17252935--17253001	20	3.3	20	76	0	80	29	22	14	32	1.94
17252920--17253021	40	2.5	40	90	0	150	30	19	14	35	1.92
17252956--17253021	20	3.3	20	73	0	69	34	18	10	36	1.85
17252935--17253036	40	2.5	40	87	3	125	31	21	12	34	1.91
17253008--17253129	43	2.9	41	73	10	102	27	17	16	39	1.90
17267273--17267366	46	2.0	46	95	0	170	30	23	21	24	1.99
17280259--17280301	21	2.0	21	100	0	86	46	4	0	48	1.22
17280735--17280787	26	2.0	26	82	7	63	35	3	20	39	1.71
17286608--17286657	20	2.5	20	83	6	66	44	16	12	28	1.83
17292899--17292962	31	2.1	31	85	5	85	40	10	25	23	1.87
17296701--17296736	13	2.9	12	84	8	54	80	0	19	0	0.71
17296699--17296743	18	2.6	17	79	6	63	82	0	17	0	0.68
17297371--17297676	42	7.3	42	83	7	345	37	22	17	21	1.94
17297371--17297676	86	3.6	81	83	8	328	37	22	17	21	1.94
17298093--17298134	22	2.0	21	85	4	57	2	16	4	76	1.07
17320530--17320714	101	1.8	102	88	3	284	24	17	26	30	1.97
17320530--17320712	51	3.7	47	76	10	152	25	18	26	30	1.98
17320636--17320716	26	3.2	26	67	22	80	22	16	29	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17320940--17320971	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
17323089--17323120	16	2.0	16	93	0	55	25	15	0	59	1.36
17323245--17323342	46	2.2	43	82	12	117	32	25	18	23	1.97
17323338--17323538	51	4.0	51	78	8	221	29	27	17	24	1.97
17323346--17323530	101	1.8	102	88	3	284	30	26	17	24	1.97
17323338--17323530	102	1.9	102	87	3	273	30	26	18	24	1.98
17325260--17325298	3	13.0	3	86	0	51	58	2	5	33	1.33
17329101--17329140	15	2.7	14	88	7	53	40	10	2	47	1.50
17334471--17334509	20	1.9	21	89	5	62	23	28	12	35	1.91
17334899--17334924	13	2.0	13	100	0	52	46	0	7	46	1.31
17337142--17337202	30	2.0	31	87	3	88	36	1	44	18	1.59
17337251--17337287	9	4.1	9	92	0	56	27	10	16	45	1.80
17337673--17337765	46	2.0	46	100	0	186	19	6	45	29	1.75
17350169--17350203	9	3.8	9	88	3	52	2	8	11	77	1.10
17350246--17350392	77	1.9	76	94	2	260	51	14	16	17	1.76
17352823--17352857	18	1.9	18	88	11	54	62	0	0	37	0.95
17366140--17366193	23	2.4	22	80	17	58	33	3	3	59	1.33
17369960--17370145	43	4.3	43	90	0	282	30	31	18	19	1.96
17369960--17370168	43	4.9	42	87	4	267	28	31	18	21	1.97
17369960--17370228	129	2.1	127	81	4	299	30	29	17	23	1.97
17372711--17373067	41	8.7	41	89	0	534	31	28	21	19	1.97
17373105--17373198	39	2.4	39	91	1	145	19	19	22	39	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17378036--17378074	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
17379048--17379084	17	2.2	17	100	0	74	29	16	16	37	1.90
17382997--17383073	37	2.1	37	100	0	154	45	12	15	25	1.82
17391389--17391423	11	3.0	12	83	8	54	37	0	0	62	0.95
17394509--17394570	13	4.8	13	71	15	56	38	8	19	33	1.81
17395703--17395764	15	4.2	15	77	2	63	46	0	4	48	1.23
17398589--17398742	40	3.7	41	84	14	174	33	1	0	64	1.04
17398709--17398737	12	2.5	12	94	5	51	20	0	0	79	0.74
17399945--17399987	3	14.3	3	100	0	86	32	0	0	67	0.91
17405183--17405217	11	2.9	12	91	8	54	77	11	0	11	1.00
17407338--17407784	223	2.0	223	98	0	869	25	15	18	40	1.90
17419011--17419074	17	3.6	17	74	15	67	26	12	14	46	1.79
17419003--17419073	36	2.0	36	94	0	124	26	12	14	46	1.80
17419278--17419373	48	2.0	48	93	0	165	19	14	21	43	1.87
17421624--17421692	36	1.9	36	93	0	120	27	13	14	44	1.82
17421888--17421981	48	2.0	48	91	0	152	19	15	22	42	1.89
17433458--17433512	24	2.3	22	77	17	56	36	18	27	18	1.94
17435676--17435758	25	3.3	25	83	3	105	34	22	24	18	1.96
17435675--17435800	50	2.5	50	77	2	137	37	21	23	17	1.94
17439827--17439879	5	10.4	5	82	11	63	39	15	22	22	1.91
17442654--17442680	14	1.9	14	100	0	54	59	14	0	25	1.36
17449392--17449429	18	2.1	18	100	0	76	42	5	21	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17469908--17469982	19	3.9	19	87	0	114	40	6	14	38	1.73
17473639--17473681	21	2.0	22	86	13	63	44	0	0	55	0.99
17475238--17475292	27	2.0	27	96	0	101	36	10	16	36	1.84
17486061--17486137	23	3.3	23	83	0	100	49	3	23	23	1.67
17491297--17491364	21	3.3	19	78	15	64	45	2	1	50	1.26
17491331--17491427	33	2.9	32	72	25	85	46	3	0	50	1.17
17491370--17491419	24	2.1	23	85	3	64	46	2	0	52	1.12
17491333--17491436	30	3.3	30	75	23	81	48	2	0	49	1.16
17491610--17491680	26	2.8	25	79	8	81	40	12	2	43	1.57
17491614--17491657	13	3.4	13	96	0	79	38	6	2	52	1.41
17502811--17502922	56	2.0	55	84	1	143	29	7	13	50	1.68
17502900--17503396	92	5.4	92	91	0	735	32	6	17	43	1.75
17503016--17503463	31	14.6	31	75	8	175	31	6	17	43	1.76
17502900--17503475	61	9.4	59	74	11	353	31	6	17	44	1.75
17507377--17507401	10	2.5	10	100	0	50	44	0	0	56	0.99
17508082--17508127	18	2.6	18	96	0	83	50	0	15	34	1.44
17509542--17509651	36	3.1	36	97	0	202	36	14	20	29	1.92
17509570--17509635	21	3.5	20	64	31	54	33	13	19	33	1.91
17514740--17514789	25	2.0	26	84	4	66	26	10	16	48	1.77
17514764--17515369	61	9.9	62	76	5	466	30	7	18	43	1.77
17514795--17515369	31	18.8	31	72	12	366	30	7	18	43	1.77
17514785--17515330	184	3.0	183	88	3	765	31	7	18	43	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17514764--17515330	276	2.1	277	85	4	770	31	7	18	43	1.78
17514785--17515263	92	5.2	92	94	0	769	31	6	18	43	1.77
17528032--17528065	16	2.1	16	88	0	50	17	17	11	52	1.73
17531306--17531478	57	3.0	57	100	0	346	22	15	15	46	1.84
17534434--17534493	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
17534709--17534754	9	5.1	9	81	0	56	34	13	8	43	1.74
17534709--17534754	18	2.6	18	89	0	65	34	13	8	43	1.74
17534743--17534956	107	2.0	107	97	0	401	38	16	14	30	1.88
17539638--17539663	12	2.2	12	100	0	52	46	23	0	30	1.53
17540263--17540296	16	2.1	16	100	0	68	44	11	14	29	1.81
17542786--17542826	22	2.0	22	85	9	59	73	0	26	0	0.84
17543629--17543658	10	3.0	10	95	0	51	40	6	0	53	1.27
17544106--17544145	21	1.9	21	84	0	53	20	32	12	35	1.90
17545538--17545712	72	2.4	73	83	6	239	54	13	6	26	1.62
17547433--17547531	44	2.2	45	92	7	168	11	29	2	57	1.44
17549187--17549234	25	1.9	25	82	0	60	50	22	22	4	1.67
17564452--17564585	45	3.0	45	85	0	187	21	14	25	38	1.92
17568173--17568221	20	2.5	20	100	0	98	32	10	12	44	1.75
17570633--17570686	20	2.7	21	70	16	51	57	9	9	24	1.59
17571019--17571082	26	2.4	29	77	15	75	59	3	1	35	1.23
17575494--17575540	11	4.4	11	78	2	51	27	2	2	68	1.13
17584476--17584509	13	2.6	13	90	0	50	61	2	2	32	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17588518--17588549	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
17588709--17588878	43	4.0	43	80	13	199	31	28	17	21	1.96
17588710--17588867	84	1.9	84	85	7	223	30	29	18	21	1.97
17590081--17590149	35	2.0	35	100	0	138	23	20	26	30	1.98
17590281--17590318	19	2.0	19	94	0	67	34	26	7	31	1.85
17590431--17590468	18	2.2	18	85	4	51	60	5	2	31	1.33
17590798--17590863	30	2.1	32	83	10	84	39	1	43	15	1.55
17591572--17591623	27	1.9	27	84	0	68	53	7	0	38	1.30
17596923--17596999	28	2.6	30	83	4	104	51	0	32	15	1.44
17602800--17602914	41	2.8	41	88	5	153	28	26	20	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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