genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22299227--22299252	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46
22299239--22299319	23	3.5	22	70	12	72	44	28	0	27	1.55
22299183--22299495	83	3.6	83	87	11	459	44	27	0	28	1.54
22299233--22299830	47	13.2	47	81	12	650	45	26	0	27	1.55
22299310--22299335	6	4.3	6	100	0	52	38	46	0	15	1.46
22299154--22299247	29	3.2	29	90	1	152	43	29	0	26	1.55
22299490--22299636	29	4.6	29	74	19	123	46	25	0	27	1.53
22299509--22299630	35	3.5	35	78	7	140	45	27	0	27	1.54
22299320--22299736	147	2.9	141	86	8	549	46	26	0	27	1.55
22299643--22299718	29	2.6	29	95	0	143	44	26	1	27	1.62
22299742--22299895	65	2.4	65	95	3	283	47	23	0	29	1.52
22299619--22299877	94	2.8	93	78	11	287	46	25	0	27	1.56
22299808--22299924	47	2.5	47	94	0	207	47	23	0	28	1.52
22299916--22299945	6	5.0	6	91	0	51	33	46	0	20	1.51
22303401--22303447	20	2.3	20	85	0	67	21	12	36	29	1.91
22303934--22304526	123	4.8	123	96	1	1071	31	21	17	30	1.96
22303934--22304526	249	2.4	248	96	1	1093	31	21	17	30	1.96
22304549--22304574	9	2.9	9	100	0	52	57	30	0	11	1.34
22304735--22304794	29	2.1	29	84	6	79	48	16	11	23	1.79
22306832--22306972	72	2.0	72	98	0	273	39	19	22	19	1.93
22307214--22307412	103	2.0	100	93	3	344	34	19	7	38	1.80
22314515--22314675	79	2.0	82	95	3	292	42	18	21	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22315904--22316070	46	3.7	46	79	6	214	31	21	20	26	1.98
22315947--22316643	44	15.7	44	72	12	446	30	19	22	26	1.98
22315904--22316642	90	8.3	89	75	12	513	31	19	21	26	1.98
22316257--22316461	87	2.3	87	84	5	254	28	20	24	26	1.99
22316384--22316725	188	1.8	187	91	3	571	32	19	20	27	1.96
22316525--22316692	44	3.8	44	77	7	119	32	16	21	29	1.95
22317154--22317178	8	3.1	8	100	0	50	12	52	12	24	1.72
22317661--22317698	11	3.2	12	92	7	60	0	52	0	47	1.00
22321265--22321307	21	2.0	21	86	0	59	30	2	2	65	1.18
22323134--22323178	19	2.3	20	75	20	51	26	22	8	42	1.83
22325086--22325126	20	2.0	20	86	9	57	14	17	4	63	1.47
22326079--22326122	7	6.3	7	80	19	56	70	0	15	13	1.17
22326079--22326122	21	2.1	21	87	8	63	70	0	15	13	1.17
22327392--22329237	132	14.0	132	91	2	2634	28	18	24	28	1.98
22327392--22329219	529	3.5	527	89	2	2679	28	18	24	28	1.98
22327402--22329213	661	2.7	657	89	2	2724	28	18	24	28	1.98
22331109--22331151	21	2.0	21	86	0	59	30	2	2	65	1.18
22333904--22333989	36	2.4	37	75	9	88	55	2	1	40	1.20
22334703--22334735	17	2.0	17	88	5	50	33	0	9	57	1.30
22342589--22342693	46	2.3	46	91	0	165	37	13	20	28	1.91
22342657--22342802	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
22345340--22345392	25	2.2	24	86	3	70	66	9	11	13	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22345377--22345410	17	1.9	18	94	5	61	82	0	14	2	0.79
22345620--22345677	22	2.6	22	77	0	71	25	17	36	20	1.94
22347694--22347740	6	7.8	6	100	0	94	34	0	14	51	1.43
22348847--22348894	16	3.0	16	82	11	55	16	6	14	62	1.51
22350551--22350595	24	1.9	24	90	4	74	46	8	0	44	1.34
22352741--22352770	13	2.3	13	94	0	51	50	16	0	33	1.46
22352716--22352821	56	1.9	56	92	3	178	45	19	5	29	1.73
22354863--22354902	15	2.6	15	81	18	55	32	5	0	62	1.17
22359207--22359268	31	2.0	31	87	6	90	32	14	1	51	1.52
22361196--22361543	44	7.8	44	75	9	328	29	18	22	29	1.98
22361286--22361459	92	1.9	95	82	4	228	29	15	22	31	1.95
22361419--22361560	44	3.2	44	82	2	151	30	20	20	28	1.97
22365365--22365418	28	1.9	28	85	7	74	25	16	20	37	1.93
22366228--22366345	40	2.9	39	81	13	109	19	32	27	21	1.97
22371459--22371491	16	2.0	17	94	5	59	51	0	6	42	1.26
22371825--22371857	15	2.1	16	88	5	50	45	0	27	27	1.54
22372533--22372580	24	2.0	23	84	4	60	68	2	2	27	1.11
22373486--22373542	15	3.5	15	73	17	60	52	0	0	47	1.00
22387511--22387661	74	2.0	74	100	0	302	42	2	9	45	1.50
22393550--22393575	10	2.6	10	100	0	52	38	0	7	53	1.30
22394799--22394847	21	2.3	21	85	0	62	34	28	6	30	1.82
22396188--22396236	24	2.1	24	92	3	82	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22396964--22397015	27	1.9	27	84	7	70	28	7	25	38	1.83
22396964--22397021	27	2.1	27	81	6	64	31	6	24	37	1.82
22401078--22401111	10	3.4	10	100	0	68	17	8	32	41	1.80
22401223--22401274	25	2.1	25	100	0	104	19	15	23	42	1.89
22407757--22407790	4	8.0	4	90	9	50	23	0	2	73	0.97
22407740--22407799	22	2.7	22	73	19	61	26	0	6	66	1.16
22417943--22417988	22	2.1	22	95	0	83	23	13	23	39	1.90
22422587--22422627	22	1.9	21	85	14	57	48	0	4	46	1.23
22434480--22434548	36	1.9	36	85	2	95	30	24	8	36	1.86
22454491--22454525	18	1.9	18	88	0	52	14	20	0	65	1.26
22456177--22456234	16	3.9	15	80	8	57	51	1	0	46	1.11
22456400--22456460	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
22456366--22456582	91	2.4	89	85	6	299	47	4	3	45	1.38
22456400--22456542	44	3.2	42	70	20	119	48	2	2	46	1.28
22456407--22456563	47	3.4	47	68	15	128	49	3	1	44	1.31
22459934--22460070	69	2.0	69	89	0	211	41	24	7	27	1.81
22461426--22461533	36	2.9	37	84	4	137	55	12	25	5	1.59
22462295--22462356	18	3.5	17	75	16	56	46	0	1	51	1.10
22462700--22462754	22	2.5	22	88	2	76	45	36	0	18	1.49
22462708--22462741	14	2.3	15	90	5	52	44	35	0	20	1.52
22462708--22462747	15	2.7	15	84	3	55	45	32	0	22	1.53
22462719--22463026	166	1.9	167	80	7	376	46	25	2	25	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22463063--22463689	114	5.5	112	76	6	557	27	22	18	31	1.97
22463063--22463661	229	2.6	227	81	5	632	27	22	18	31	1.97
22463682--22463957	114	2.4	113	77	4	261	27	21	17	34	1.95
22464518--22464575	30	1.9	30	93	6	100	68	5	12	13	1.35
22464525--22464606	40	2.0	40	83	11	103	67	8	13	10	1.43
22465456--22465487	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
22466553--22466617	16	4.1	16	93	0	94	36	3	35	24	1.71
22466596--22466690	45	2.1	44	86	5	129	31	2	27	38	1.68
22466831--22466872	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
22466840--22466881	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
22466834--22467056	120	1.9	119	98	0	428	49	6	1	42	1.38
22466950--22467001	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
22467429--22467453	13	1.9	13	100	0	50	32	32	24	12	1.91
22473917--22473959	22	1.9	23	85	4	61	39	11	6	41	1.68
22474066--22474162	33	3.4	27	66	21	63	31	6	1	60	1.28
22476725--22476885	46	3.5	45	79	3	169	28	22	19	29	1.98
22479277--22479338	29	2.1	29	84	6	79	53	8	3	35	1.47
22479956--22480024	24	2.9	25	79	14	83	62	2	0	34	1.10
22479986--22480015	15	1.9	16	93	6	53	63	6	0	30	1.20
22481402--22481471	29	2.5	29	88	9	101	41	10	0	48	1.36
22481402--22481473	27	2.5	30	89	8	107	41	9	0	48	1.36
22481512--22481597	27	3.2	27	81	4	95	30	22	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22481671--22481740	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
22481676--22481746	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
22482052--22482129	27	2.9	27	80	3	86	30	21	25	21	1.98
22483753--22483813	26	2.3	27	94	5	106	40	8	0	50	1.32
22484532--22484582	27	1.9	27	92	4	86	21	31	23	23	1.98
22484616--22484654	19	2.1	19	90	0	60	5	0	12	82	0.83
22484645--22484744	29	3.5	29	95	1	184	50	0	13	37	1.41
22484635--22484772	58	2.4	57	75	1	141	42	0	10	47	1.37
22484841--22484878	16	2.4	17	86	8	53	21	2	5	71	1.19
22485064--22485097	16	2.3	15	90	10	52	11	0	2	85	0.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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