genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24512449--24512564	29	4.0	30	78	8	125	43	4	18	33	1.70
24512738--24513999	72	16.8	72	87	6	1467	35	20	15	27	1.94
24512738--24514000	149	8.4	146	87	6	1501	35	20	15	28	1.94
24513788--24514079	156	1.8	158	85	5	412	33	20	16	28	1.95
24514985--24515023	9	4.1	9	81	12	51	0	2	10	87	0.65
24514969--24515023	23	2.3	23	82	11	67	0	9	7	83	0.81
24514979--24515022	20	2.2	20	83	0	52	0	6	9	84	0.79
24514985--24515023	14	2.7	15	84	8	62	0	2	10	87	0.65
24526030--24526117	38	2.3	38	83	13	101	46	6	9	37	1.62
24526415--24526472	28	2.1	28	90	6	91	56	0	3	39	1.16
24526620--24526650	11	2.8	11	90	0	53	0	22	0	77	0.77
24526620--24526667	22	2.2	22	82	14	55	0	20	0	79	0.74
24527102--24527142	20	2.1	20	86	4	57	0	41	0	58	0.98
24527389--24527476	30	3.0	29	72	9	79	42	4	19	34	1.72
24534874--24534902	6	4.8	6	100	0	58	0	68	0	31	0.89
24537449--24537490	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
24537440--24537481	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
24537424--24537740	157	2.0	157	94	1	555	47	5	3	43	1.41
24537837--24537889	16	3.2	16	94	5	97	37	37	0	24	1.56
24542909--24542950	6	7.2	6	86	2	50	0	21	30	47	1.51
24542918--24542946	9	3.2	9	100	0	58	0	20	34	44	1.52
24542909--24542950	15	2.9	15	82	3	59	0	21	30	47	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24543904--24543950	14	3.4	14	83	16	71	57	8	17	17	1.63
24544725--24544759	3	11.7	3	93	0	61	0	2	34	62	1.10
24544758--24545620	3	287.7	3	99	0	1690	0	32	33	33	1.58
24550083--24550143	17	3.4	17	68	12	50	50	13	3	32	1.57
24550074--24550148	37	2.0	37	97	0	141	45	14	5	34	1.68
24550074--24550165	37	2.5	37	89	7	125	46	14	5	33	1.67
24550258--24550321	18	3.9	18	73	24	70	29	0	0	70	0.88
24550268--24550309	6	7.0	6	78	10	50	23	0	0	76	0.79
24551854--24551973	64	1.9	64	85	0	168	20	20	23	36	1.95
24560505--24560575	26	2.8	26	82	4	83	18	25	22	33	1.96
24560529--24560692	73	2.2	73	75	9	163	19	24	20	35	1.95
24560646--24560750	25	4.3	25	75	3	97	20	25	20	34	1.96
24561971--24562028	30	1.9	30	96	0	107	15	24	34	25	1.95
24564784--24564997	106	2.0	106	93	0	365	34	6	20	38	1.78
24567394--24567626	96	2.4	96	84	2	306	37	3	18	39	1.68
24567659--24568073	126	3.3	126	90	0	643	33	18	20	27	1.96
24570782--24570822	21	2.0	21	85	0	55	4	24	41	29	1.75
24571025--24571062	18	2.1	18	90	0	58	42	10	26	21	1.85
24572884--24572925	11	3.9	11	90	6	68	40	0	33	26	1.56
24572881--24572929	11	4.6	10	87	7	53	44	0	30	24	1.54
24572884--24572925	21	2.0	22	90	4	68	40	0	33	26	1.56
24587732--24587835	27	3.9	27	72	9	86	25	18	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24589210--24589320	24	4.6	24	76	12	75	32	22	27	17	1.96
24589225--24589445	25	8.9	24	72	14	119	34	20	26	18	1.95
24589484--24589561	24	3.2	24	72	13	70	35	21	28	14	1.92
24603354--24603385	11	2.8	12	86	13	50	12	6	0	81	0.87
24609607--24609670	20	3.2	20	71	20	53	59	3	4	32	1.34
24610894--24610935	21	2.0	21	85	4	57	40	4	19	35	1.72
24611502--24611546	22	1.9	25	86	13	69	62	11	4	22	1.46
24612827--24612866	19	2.1	19	86	9	55	30	2	0	67	1.04
24613041--24613088	20	2.3	20	79	10	53	41	2	2	54	1.24
24617470--24617512	19	2.2	20	87	4	61	62	2	0	34	1.08
24632421--24632465	22	2.0	22	82	4	54	51	4	2	42	1.34
24635892--24636081	33	5.7	32	70	13	100	30	25	12	31	1.93
24635990--24636150	35	4.7	34	71	16	118	31	24	11	32	1.91
24635934--24636150	101	2.1	101	87	1	301	30	24	12	32	1.92
24635992--24636114	33	3.6	34	78	6	101	30	25	11	32	1.91
24639944--24639975	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
24639968--24640180	61	3.4	63	69	17	194	41	2	6	49	1.41
24639930--24640222	120	2.4	120	92	2	482	42	2	5	50	1.36
24640051--24640085	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
24640171--24640205	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
24640159--24640433	147	1.9	149	96	1	509	47	2	3	46	1.33
24640318--24640352	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24640514--24640608	45	2.1	44	88	1	136	32	27	5	34	1.79
24640589--24640640	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
24642070--24642130	24	2.5	23	80	15	61	45	0	4	49	1.23
24643693--24643999	153	2.0	153	100	0	614	28	15	26	29	1.96
24643971--24644086	45	2.8	39	75	15	99	20	20	21	37	1.95
24643988--24644092	45	2.3	45	86	0	147	21	19	19	40	1.92
24646608--24646716	17	6.5	17	73	3	87	22	8	24	44	1.80
24646607--24646748	33	4.2	34	74	5	110	21	9	23	45	1.81
24646609--24646718	50	2.2	50	81	0	121	23	8	25	42	1.81
24646624--24646747	50	2.5	50	72	0	122	21	8	25	44	1.81
24652411--24652441	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24654429--24654527	50	2.0	50	91	0	162	39	8	20	32	1.82
24662860--24662911	24	2.2	24	100	0	104	28	3	15	51	1.60
24672375--24672404	14	2.1	14	93	0	51	36	0	13	50	1.42
24672568--24672600	14	2.4	14	95	5	59	66	0	6	27	1.15
24681065--24681111	24	2.0	24	83	4	60	40	10	8	40	1.70
24683093--24683398	153	2.0	153	100	0	612	17	13	15	53	1.73
24690546--24690577	6	5.3	6	96	0	55	81	0	0	18	0.70
24693276--24693347	35	2.0	36	83	2	92	66	0	1	31	1.00
24695127--24695178	19	2.8	19	76	2	61	61	1	1	34	1.18
24702194--24702246	24	2.2	24	77	9	56	50	0	7	41	1.30
24705603--24705734	27	4.9	27	81	0	156	20	18	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24707210--24707267	27	2.2	26	78	6	62	56	10	8	24	1.60
24709363--24709730	84	4.4	85	67	16	235	26	23	21	29	1.99
24709405--24709730	43	7.7	44	66	17	159	25	23	20	30	1.99
24709320--24709743	127	3.3	127	92	1	690	25	23	21	29	1.99
24709796--24709968	87	2.0	87	85	2	231	22	22	23	31	1.99
24709825--24710081	87	3.0	87	85	2	322	22	21	23	32	1.98
24709922--24710081	43	3.7	43	89	2	241	20	23	25	31	1.98
24711296--24711353	15	4.2	13	80	20	64	13	10	0	75	1.04
24711296--24711353	14	4.1	14	82	8	73	13	10	0	75	1.04
24711296--24711353	29	2.0	28	87	9	82	13	10	0	75	1.04
24715465--24715619	73	2.1	73	92	0	256	36	18	20	24	1.94
24716445--24716502	27	2.2	26	78	6	62	56	10	8	24	1.60
24729592--24729658	4	16.2	4	73	11	55	1	28	2	67	1.14
24729586--24729650	21	3.1	21	80	14	80	0	29	3	67	1.05
24729588--24729648	25	2.4	26	86	8	81	0	27	3	68	1.05
24729592--24729656	25	2.6	25	83	7	78	1	29	3	66	1.16
24729681--24729722	5	8.4	5	100	0	84	59	0	0	40	0.97
24730893--24730942	21	2.3	22	82	6	57	46	12	14	28	1.79
24731151--24731176	9	2.9	9	100	0	52	23	0	53	23	1.46
24732999--24733043	25	1.9	23	82	13	56	53	8	8	28	1.62
24733277--24733318	15	2.8	16	89	7	61	38	0	2	59	1.10
24734532--24734596	22	3.0	22	88	0	85	16	13	13	55	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24737179--24737246	31	2.2	31	81	5	84	29	22	5	42	1.77
24737121--24737313	90	2.1	90	78	5	203	25	15	12	46	1.81
24737736--24737805	32	2.2	32	86	0	95	48	12	12	25	1.77
24738315--24738345	10	3.1	10	95	0	53	38	0	16	45	1.47
24739105--24739143	11	3.5	11	82	0	51	10	0	10	79	0.94
24740666--24740727	30	2.1	29	90	3	97	56	11	3	29	1.50
24749971--24750114	73	2.0	73	90	0	225	30	22	16	30	1.96
24751338--24751386	17	2.8	17	84	9	55	57	6	0	36	1.24
24751352--24751386	17	2.1	17	94	0	61	54	8	0	37	1.31
24769190--24769241	27	1.9	27	92	0	86	30	19	5	44	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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