genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28561487--28561534	21	2.2	22	77	3	53	58	6	14	20	1.58
28565949--28565988	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
28565957--28566023	34	1.9	35	84	3	91	32	10	13	43	1.78
28565972--28566010	20	2.0	20	84	0	51	28	12	12	46	1.79
28569452--28569476	8	3.1	8	100	0	50	60	24	16	0	1.36
28570277--28570349	24	3.0	24	87	0	110	38	4	45	12	1.61
28571652--28571706	28	2.0	28	96	0	101	54	16	10	18	1.70
28576977--28577092	60	1.9	61	89	1	180	21	17	13	47	1.82
28577534--28577612	31	2.5	31	85	0	104	46	12	12	27	1.78
28587174--28587228	23	2.4	23	84	0	65	41	21	23	12	1.88
28587491--28587573	39	2.1	40	88	6	125	33	4	8	53	1.53
28588077--28588110	15	2.3	15	90	5	52	50	0	2	47	1.16
28591135--28591182	6	8.0	6	100	0	96	33	16	0	50	1.46
28603946--28603975	6	5.2	6	92	8	53	83	0	0	16	0.65
28603946--28603975	11	2.6	11	94	5	51	83	0	0	16	0.65
28605600--28605644	12	3.4	13	80	17	56	51	2	0	46	1.13
28606121--28606173	14	3.7	14	77	5	52	69	5	7	16	1.31
28606456--28606502	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
28606804--28606842	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
28606468--28607142	336	2.0	337	94	1	1183	35	4	23	37	1.75
28611641--28611694	26	2.1	26	86	6	74	44	9	18	27	1.80
28613704--28613760	27	2.1	27	87	6	80	38	14	14	33	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28636609--28636684	37	2.1	36	85	11	102	39	1	3	55	1.27
28636821--28636868	26	2.0	25	84	15	66	39	2	14	43	1.57
28637009--28637050	18	2.3	18	100	0	84	28	33	23	14	1.94
28638230--28638299	29	2.5	28	80	8	90	35	7	15	41	1.75
28639713--28639764	21	2.5	21	90	0	77	17	0	40	42	1.49
28639727--28639795	7	9.7	7	70	9	50	18	0	36	44	1.50
28640054--28640597	126	4.3	125	90	2	772	33	16	20	29	1.95
28643679--28643777	28	3.2	32	72	13	107	53	5	10	31	1.56
28643663--28643798	61	2.5	50	69	23	121	52	6	8	33	1.57
28643659--28643779	61	2.0	61	86	0	170	54	4	9	31	1.53
28643680--28643779	33	3.2	33	69	13	102	54	5	10	31	1.55
28644333--28644375	18	2.4	18	84	7	52	46	9	25	18	1.79
28645017--28645055	7	5.6	7	100	0	78	56	15	0	28	1.40
28646542--28646782	43	5.7	43	79	8	246	20	16	26	36	1.94
28646541--28646732	42	4.6	40	80	8	213	20	14	26	38	1.91
28646541--28646737	84	2.4	84	93	0	342	20	15	26	37	1.92
28649227--28649251	11	2.3	11	100	0	50	84	0	0	16	0.63
28651717--28651761	11	4.2	10	86	13	63	44	0	28	26	1.55
28653462--28653493	15	2.1	15	94	0	55	65	15	0	18	1.27
28653501--28653537	13	2.7	14	84	16	51	67	8	2	21	1.29
28654020--28654077	23	2.6	22	76	7	64	53	8	6	31	1.58
28654572--28654629	22	2.7	23	81	7	59	39	17	5	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28654601--28654652	19	2.9	17	78	10	59	32	15	11	40	1.83
28655094--28655128	17	2.0	18	88	5	54	45	0	0	54	0.99
28659934--28660135	108	1.9	108	81	4	246	22	20	23	32	1.98
28668936--28669137	100	2.0	100	98	0	386	40	10	7	42	1.67
28670407--28670480	16	4.8	16	75	3	62	32	2	8	56	1.43
28670798--28670840	16	2.7	16	77	0	50	58	23	2	16	1.50
28670995--28671024	9	3.2	9	95	4	51	86	0	0	13	0.57
28675738--28675766	11	2.6	11	100	0	58	24	6	6	62	1.45
28685750--28685812	31	2.0	32	93	3	110	33	9	14	42	1.78
28691236--28691298	31	2.0	31	93	6	110	31	6	14	47	1.69
28694293--28694346	24	2.2	24	87	6	74	42	18	14	24	1.88
28697603--28697720	40	2.9	40	80	12	141	22	15	24	37	1.93
28704929--28704982	27	2.0	27	81	0	63	37	5	18	38	1.74
28704938--28705014	29	2.7	27	78	11	75	38	5	15	40	1.70
28705002--28705103	28	3.5	28	77	12	107	37	3	10	48	1.57
28710566--28710610	22	2.0	22	100	0	90	51	8	8	31	1.64
28719397--28719465	28	2.5	28	75	0	66	28	20	28	21	1.98
28726008--28726037	12	2.4	13	94	5	53	16	0	16	66	1.25
28728510--28728539	4	7.5	4	100	0	60	76	0	23	0	0.78
28730122--28730166	19	2.4	19	88	7	65	26	15	15	42	1.87
28730976--28731023	16	2.9	17	81	15	64	22	27	0	50	1.50
28737346--28737382	16	2.3	16	95	0	65	40	5	32	21	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28737632--28737687	23	2.4	23	79	8	69	53	5	0	41	1.24
28737720--28737755	18	2.0	18	100	0	72	66	0	0	33	0.92
28737615--28737857	120	2.0	123	91	5	397	54	5	0	39	1.26
28737801--28737956	26	6.1	26	69	17	94	51	5	1	42	1.32
28737738--28737959	102	2.2	102	95	0	390	51	6	1	40	1.35
28737852--28738038	61	3.1	61	71	11	204	50	5	2	41	1.41
28737597--28738038	222	2.0	225	91	3	732	51	5	1	41	1.34
28737841--28738025	59	3.1	58	70	19	173	50	5	2	42	1.37
28740347--28740376	13	2.3	13	94	0	51	66	16	10	6	1.41
28744395--28744454	30	2.0	31	83	3	77	20	38	0	41	1.52
28744549--28744588	20	1.9	21	85	10	55	20	27	2	50	1.61
28745205--28745245	5	8.2	5	83	0	55	21	14	17	46	1.84
28745205--28745245	15	2.7	15	96	0	73	21	14	17	46	1.84
28751258--28751302	23	1.9	24	86	4	65	60	0	6	33	1.23
28754451--28754496	22	2.1	22	84	8	58	69	4	0	26	1.07
28755949--28756000	20	2.7	19	73	5	50	38	1	1	57	1.21
28756547--28756848	4	75.2	4	87	3	338	26	5	24	43	1.76
28758693--28758906	25	8.6	25	75	8	125	28	11	23	36	1.90
28758700--28758811	49	2.3	50	81	10	140	25	10	25	38	1.88
28760380--28760457	32	2.4	32	80	4	95	47	8	15	28	1.75
28772442--28772470	6	4.8	6	100	0	58	0	34	31	34	1.58
28792089--28792130	20	2.1	20	86	8	59	30	16	21	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28794990--28795031	6	7.2	6	91	2	68	71	0	14	14	1.15
28798591--28798647	23	2.5	23	79	0	69	35	22	21	21	1.96
28814937--28814964	12	2.3	12	100	0	56	35	0	7	57	1.26
28822147--28822189	10	4.6	9	77	11	50	11	2	6	79	1.02
28825226--28825258	7	4.6	7	96	3	57	39	0	0	60	0.97
28825220--28825258	14	2.7	15	88	11	64	41	0	0	58	0.98
28825383--28825415	17	2.0	17	88	5	50	39	0	0	60	0.97
28833260--28833288	9	3.2	9	100	0	58	41	0	0	58	0.98
28836232--28836267	17	2.1	17	100	0	72	52	0	22	25	1.47
28849088--28849151	13	4.9	13	86	0	92	40	25	7	26	1.82
28854060--28854105	24	1.9	24	82	8	58	15	23	2	58	1.48
28857076--28857114	20	2.0	19	85	5	51	41	5	7	46	1.55
28860161--28860222	31	2.0	30	84	9	81	8	3	12	75	1.14
28860415--28860940	44	12.1	44	77	7	434	26	20	19	32	1.97
28860459--28860940	129	3.7	129	79	7	478	26	20	20	32	1.97
28861771--28861824	26	2.1	26	85	0	72	55	11	12	20	1.67
28862100--28862184	45	1.9	44	90	2	134	16	22	17	43	1.88
28874337--28874397	30	2.0	30	81	12	72	6	3	13	77	1.09
28880497--28880550	19	2.8	19	94	0	99	37	9	16	37	1.81
28880486--28880557	38	2.0	36	84	10	94	37	9	16	36	1.82
28880497--28880573	38	1.9	40	87	10	113	36	7	16	38	1.78
28880756--28880800	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28881021--28881056	3	11.7	3	88	5	54	36	0	0	63	0.94
28884226--28884268	20	2.2	20	100	0	86	30	13	0	55	1.39
28886404--28887062	88	7.5	88	90	2	925	29	27	22	20	1.99
28886519--28886660	43	3.3	43	62	11	108	28	29	24	17	1.97
28886721--28886864	44	3.3	44	68	7	130	25	27	22	24	2.00
28886826--28886969	44	3.2	45	66	11	116	30	27	23	18	1.98
28886853--28886991	44	3.2	44	66	11	122	27	30	22	19	1.98
28886871--28887009	43	3.2	43	67	11	129	28	29	25	17	1.97
28887073--28887191	44	2.7	43	85	5	150	26	19	25	28	1.99
28887603--28887720	45	2.7	44	77	6	130	33	22	19	24	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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