genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14831716--14831763	18	2.7	17	81	15	53	75	2	2	20	1.02
14831860--14831916	20	2.8	20	79	12	62	54	3	1	40	1.28
14832273--14832325	9	5.8	9	82	12	72	30	3	0	66	1.10
14832273--14832325	17	2.9	18	83	10	72	30	3	0	66	1.10
14834657--14834708	24	2.2	24	85	0	68	53	1	3	40	1.30
14837223--14837396	24	7.1	24	78	7	120	32	22	26	18	1.97
14837281--14837430	48	3.1	48	75	9	117	34	21	28	16	1.95
14837270--14837396	24	5.2	24	76	8	123	33	22	26	17	1.96
14844584--14844689	25	4.3	25	75	3	99	33	22	25	18	1.97
14844730--14844842	25	4.5	25	75	4	102	37	17	24	20	1.94
14851527--14851600	37	2.0	37	81	5	87	45	1	5	47	1.34
14852182--14852219	19	2.0	19	100	0	76	5	15	31	47	1.68
14852282--14852412	60	2.2	60	81	1	145	39	14	6	39	1.71
14854097--14854139	22	2.0	22	85	0	59	23	20	30	25	1.99
14854210--14854295	27	3.2	26	83	3	109	32	16	25	25	1.96
14854194--14854338	27	5.4	27	78	3	105	28	17	23	30	1.97
14854299--14854400	27	3.7	28	78	12	95	24	14	24	36	1.93
14854178--14854391	53	4.0	54	77	7	161	28	15	24	32	1.95
14854265--14854395	54	2.4	54	81	7	142	25	16	23	34	1.95
14856438--14856471	18	1.9	17	88	5	50	58	0	11	29	1.33
14856961--14857000	21	1.9	21	85	10	55	62	12	2	22	1.42
14858426--14858487	23	2.7	22	82	7	61	11	1	12	74	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14858744--14859196	140	3.2	139	85	3	559	26	20	20	32	1.97
14867379--14867436	29	2.0	28	93	3	98	32	6	36	22	1.81
14867764--14867809	19	2.4	19	85	7	58	45	10	19	23	1.82
14870370--14870410	18	2.3	18	100	0	82	31	21	19	26	1.97
14872890--14872920	14	2.2	14	94	0	53	12	0	16	70	1.16
14874454--14874845	191	2.1	191	90	0	624	34	28	11	24	1.91
14874885--14874972	38	2.3	38	90	2	131	37	13	15	32	1.87
14876113--14876294	43	4.3	42	82	4	204	24	25	18	31	1.98
14876263--14876366	44	2.4	44	88	0	145	16	25	20	38	1.92
14876687--14876733	21	2.2	21	88	0	67	6	48	14	29	1.69
14881849--14881882	11	3.1	11	86	0	50	73	0	17	8	1.08
14895947--14895991	18	2.2	22	85	14	62	48	4	4	42	1.43
14902288--14902323	18	2.0	18	94	0	63	36	11	19	33	1.87
14903968--14904007	20	2.0	20	85	0	53	32	2	32	32	1.71
14911302--14911366	31	2.1	31	100	0	130	44	6	16	32	1.73
14914635--14914679	22	2.0	22	91	0	72	37	13	8	40	1.76
14920035--14920269	50	4.6	50	82	10	255	26	18	29	25	1.98
14933320--14933402	41	2.0	41	97	0	157	48	16	13	21	1.81
14944011--14944052	22	1.9	22	85	0	57	66	7	7	19	1.39
14945735--14945782	22	2.3	22	85	7	64	62	8	2	27	1.35
14956930--14956959	12	2.5	12	94	0	51	33	20	0	46	1.51
14962214--14962262	20	2.4	20	86	3	62	28	16	24	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14966664--14966707	21	2.0	21	86	4	61	47	9	2	40	1.48
14975469--14975530	25	2.5	26	78	7	74	25	17	30	25	1.97
14985386--14985479	45	2.1	45	91	0	152	30	23	19	26	1.98
14985485--14985671	51	3.7	50	77	4	187	31	25	17	25	1.97
14985484--14985667	101	1.8	101	86	3	271	32	24	17	25	1.97
14994375--14994422	13	3.7	13	82	0	60	39	31	8	20	1.82
14994538--14994564	11	2.5	11	100	0	54	25	37	0	37	1.57
15020925--15020991	34	1.9	35	87	3	100	44	14	8	31	1.76
15022761--15022799	15	2.6	15	84	8	53	30	12	7	48	1.69
15024294--15024343	13	3.8	13	78	0	64	40	30	0	30	1.57
15029744--15029782	20	2.0	20	90	10	62	10	23	10	56	1.63
15036430--15036468	13	3.0	13	92	7	62	20	0	0	79	0.73
15037989--15038038	26	1.9	26	84	8	66	70	2	16	12	1.26
15045968--15046099	61	2.2	58	90	4	201	51	3	3	41	1.35
15050306--15050455	40	3.8	39	87	3	192	20	28	16	34	1.94
15050346--15050407	20	3.1	20	65	9	54	20	32	19	27	1.97
15050724--15050753	14	2.1	14	93	0	51	16	0	26	56	1.40
15052734--15052771	19	1.9	19	85	15	51	23	0	13	63	1.30
15058787--15058860	24	3.2	24	67	27	61	47	8	5	39	1.56
15058779--15058867	44	2.0	44	95	0	160	48	7	5	38	1.56
15059572--15059623	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
15063985--15064036	24	2.2	24	85	0	68	50	7	3	38	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15067084--15067119	16	2.2	16	90	0	54	33	22	0	44	1.53
15069690--15069717	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
15070462--15070505	21	2.2	20	87	4	61	38	9	20	31	1.84
15078177--15078333	43	3.7	41	78	8	145	24	16	26	32	1.96
15089403--15089442	20	2.0	20	90	0	62	32	22	2	42	1.67
15091376--15091414	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
15112308--15112350	21	2.0	21	81	0	50	51	16	0	32	1.45
15114216--15114472	105	2.4	105	99	0	505	24	17	16	41	1.89
15117327--15117512	57	3.0	63	73	19	210	42	2	3	52	1.29
15117347--15117531	41	4.6	39	68	23	114	41	2	3	53	1.29
15117494--15117546	18	3.0	17	91	5	79	39	1	1	56	1.21
15117427--15117566	26	5.5	26	69	14	96	40	0	2	55	1.20
15117315--15117555	121	2.0	121	88	3	355	42	1	2	53	1.24
15117708--15117800	44	2.1	46	87	4	136	36	30	4	29	1.77
15117782--15117850	16	4.3	16	88	0	102	23	31	4	40	1.74
15119348--15119405	28	2.1	27	84	9	73	72	6	3	17	1.21
15119373--15119436	22	3.0	21	73	18	62	76	4	9	9	1.14
15119345--15119417	28	2.7	26	76	15	69	72	5	5	16	1.22
15133803--15133847	3	15.0	3	95	0	81	35	0	31	33	1.58
15134735--15134789	27	2.0	27	100	0	110	25	14	21	38	1.92
15138318--15138460	52	2.7	52	79	8	146	39	32	5	23	1.78
15143266--15143335	32	2.2	32	97	2	131	40	7	18	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15150126--15150176	20	2.7	19	85	8	70	49	0	1	49	1.12
15150151--15150264	61	1.9	58	83	5	147	43	4	2	49	1.36
15162307--15162412	55	1.9	55	86	3	151	28	13	28	30	1.94
15171731--15171766	16	2.2	16	90	0	54	63	0	0	36	0.94
15177563--15177609	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
15185629--15185731	20	5.0	20	71	14	77	52	0	6	40	1.28
15185708--15185756	16	3.1	16	78	0	53	57	0	4	38	1.18
15185733--15185787	20	2.7	19	76	18	58	63	0	3	32	1.12
15186227--15186311	40	2.1	41	88	2	127	37	5	2	54	1.38
15186226--15186282	20	3.0	17	72	22	51	38	1	0	59	1.08
15186235--15186325	40	2.3	40	80	3	103	39	5	2	52	1.37
15186374--15186524	71	2.1	72	91	2	241	50	3	3	41	1.39
15188212--15188318	30	3.6	30	83	2	117	30	26	15	27	1.96
15191725--15191759	11	3.0	11	84	15	52	54	0	0	45	0.99
15191672--15191757	29	2.8	30	73	18	72	53	1	0	45	1.07
15191732--15191759	13	2.2	13	100	0	56	53	0	0	46	1.00
15191732--15191919	57	3.3	56	70	21	172	55	4	2	36	1.35
15191937--15192038	21	4.9	20	74	13	91	58	0	0	40	1.04
15191699--15191974	116	2.4	114	79	13	321	55	3	2	39	1.28
15191968--15192082	44	2.7	44	80	9	114	54	4	0	40	1.26
15192066--15192131	12	5.8	12	78	18	54	75	1	1	21	0.96
15192080--15192128	18	2.7	18	90	6	73	79	2	2	16	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15192271--15192297	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
15192281--15192310	11	2.6	11	94	5	51	36	0	0	63	0.95
15192366--15192425	19	3.0	21	77	18	65	58	0	0	41	0.98
15192372--15192421	19	2.7	19	84	9	68	62	0	0	38	0.96
15192375--15192418	20	2.3	19	88	4	61	63	0	0	36	0.95
15192386--15192410	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
15192390--15192668	36	8.0	34	73	17	191	54	1	1	43	1.18
15192457--15192503	21	2.2	22	88	3	69	51	2	0	46	1.13
15192481--15192543	14	3.9	16	71	20	51	39	0	1	58	1.07
15192515--15192590	14	5.5	14	71	14	50	53	1	0	44	1.08

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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