genome.fa.s15.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Dt_chr10
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  57797951

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1339791--1339833	12	3.2	13	78	15	52	6	16	0	76	0.99
1348538--1348612	27	2.8	28	78	15	79	60	1	5	33	1.28
1348571--1348732	9	16.7	9	68	17	67	58	4	2	34	1.31
1348571--1348732	29	5.5	29	70	17	84	58	4	2	34	1.31
1348678--1348735	19	3.1	19	80	7	73	60	3	1	34	1.24
1358082--1358174	46	2.0	46	91	0	150	13	34	11	39	1.82
1361749--1361795	19	2.5	19	80	13	53	74	8	4	12	1.19
1362250--1362279	14	2.1	15	93	6	53	73	0	0	26	0.84
1364015--1364387	44	8.5	42	73	5	260	26	22	20	30	1.99
1364003--1364338	87	3.9	87	94	0	539	25	22	20	31	1.98
1364003--1364387	174	2.2	174	87	3	540	25	22	20	30	1.99
1373041--1373136	46	2.1	46	98	0	183	30	20	20	28	1.98
1373434--1373527	42	2.2	42	96	1	170	20	30	17	31	1.95
1385025--1385056	17	1.9	17	93	6	57	56	0	0	43	0.99
1385215--1385256	22	2.0	22	90	4	68	19	9	47	23	1.78
1386566--1386599	16	2.1	16	88	0	50	47	2	0	50	1.16
1389595--1389645	25	2.0	25	85	14	70	50	0	0	49	1.00
1394180--1394290	54	1.9	54	89	10	168	18	8	10	62	1.52
1394257--1394281	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
1404919--1404972	20	2.7	20	75	11	56	40	3	7	48	1.49
1405228--1405270	18	2.4	18	76	0	50	32	23	13	30	1.93
1406720--1406771	18	2.9	18	77	5	52	48	1	1	48	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1406767--1406816	18	2.6	19	84	12	59	36	2	6	56	1.36
1406767--1406817	19	2.7	20	82	14	63	35	1	5	56	1.35
1408347--1408383	12	2.8	14	84	16	60	40	10	0	48	1.38
1409407--1409483	32	2.4	32	80	0	91	24	24	6	44	1.77
1413687--1413757	12	6.0	12	82	12	85	69	1	8	21	1.23
1413678--1413770	47	2.0	47	97	0	177	69	2	9	18	1.25
1413965--1414041	32	2.4	32	80	0	91	24	24	6	44	1.77
1417431--1417749	89	3.6	88	79	7	380	54	16	14	14	1.72
1417346--1417736	172	2.3	173	92	1	642	52	17	14	15	1.75
1423284--1423342	19	3.2	19	80	9	77	35	15	0	49	1.45
1424175--1424239	25	2.7	25	78	4	71	36	9	15	38	1.79
1429865--1429893	12	2.3	13	94	5	51	20	6	6	65	1.40
1431456--1431500	22	2.0	22	100	0	90	44	17	20	17	1.87
1436072--1436107	17	2.1	18	89	5	56	36	0	0	63	0.94
1442269--1442311	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
1452823--1452870	16	2.9	16	90	6	69	50	2	0	47	1.12
1453100--1453152	23	2.3	23	90	0	79	24	16	16	41	1.89
1453224--1453250	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
1459647--1459708	26	2.4	26	81	5	72	29	12	19	38	1.89
1459848--1459880	6	5.7	6	89	7	50	18	24	0	57	1.40
1459848--1459881	11	2.9	12	86	8	52	17	23	0	58	1.38
1459848--1459880	17	1.9	17	93	0	57	18	24	0	57	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1463885--1463957	8	8.9	8	75	11	58	41	2	1	54	1.23
1463885--1464032	25	5.9	24	70	15	70	37	2	4	56	1.30
1463981--1464027	24	1.9	25	83	12	62	34	2	4	59	1.29
1466615--1466663	25	2.0	25	83	0	62	57	4	16	22	1.56
1471043--1471101	28	2.0	31	83	9	79	50	5	0	44	1.24
1474005--1474077	17	4.4	17	67	10	51	52	2	2	42	1.30
1477889--1477928	6	6.5	6	94	2	62	80	0	20	0	0.72
1483522--1483577	27	2.1	27	86	0	76	37	23	23	16	1.93
1503039--1503247	92	2.3	91	86	5	278	45	3	3	46	1.39
1503175--1503222	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
1503301--1503511	66	3.4	61	69	21	170	42	3	5	48	1.43
1503263--1503555	120	2.4	120	92	3	484	43	2	4	49	1.37
1503388--1503439	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
1503504--1503538	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
1503774--1503825	16	3.2	16	97	0	95	38	34	0	26	1.57
1504990--1505039	3	16.3	3	81	8	57	62	2	0	36	1.07
1505716--1505754	17	2.3	17	95	0	69	74	7	10	7	1.22
1510298--1510352	25	2.2	25	93	0	92	30	14	16	38	1.89
1515428--1515474	18	2.5	20	86	6	62	25	4	0	70	1.05
1515473--1515531	19	3.1	19	83	9	59	35	0	8	55	1.30
1515488--1515532	20	2.2	20	80	7	56	33	0	4	62	1.15
1523886--1523933	22	2.2	23	78	14	57	35	0	2	62	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1536364--1536397	5	6.8	5	100	0	68	17	0	20	61	1.34
1537615--1537659	23	2.0	23	82	8	56	35	8	4	51	1.54
1539891--1539938	25	1.9	25	86	0	69	25	8	22	43	1.81
1539886--1539943	30	1.9	30	85	0	80	25	8	22	43	1.82
1542065--1542089	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
1545325--1545557	126	1.8	127	83	6	312	24	24	23	28	1.99
1545325--1545589	42	6.2	42	83	4	268	23	24	23	29	1.99
1547097--1547168	31	2.3	29	84	13	83	47	9	20	22	1.79
1548170--1548209	3	13.3	3	100	0	80	32	35	0	32	1.58
1551685--1551736	27	2.0	26	92	7	88	42	7	0	50	1.31
1552257--1552297	14	2.9	14	92	3	64	56	2	7	34	1.40
1553127--1553155	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
1553564--1553640	27	2.9	27	94	0	127	14	31	28	25	1.95
1553704--1553750	23	2.0	23	95	0	85	57	0	6	36	1.24
1557702--1557737	18	2.1	18	89	5	56	52	16	0	30	1.44
1557921--1558080	42	3.8	41	82	8	180	28	26	15	28	1.96
1563523--1563589	29	2.2	32	84	7	86	50	0	2	46	1.16
1563589--1563637	25	2.0	25	83	0	62	61	2	2	34	1.19
1567346--1567553	42	4.9	43	83	5	226	32	27	15	24	1.95
1572471--1572534	16	3.9	16	75	16	69	59	0	1	39	1.07
1572927--1572954	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
1575263--1575320	22	2.5	24	81	16	68	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1575296--1575326	7	4.4	7	100	0	62	38	0	0	61	0.96
1575288--1575326	21	1.9	20	89	5	60	35	0	0	64	0.94
1576795--1576831	12	3.0	12	92	4	56	29	0	0	70	0.88
1577485--1577548	17	3.6	17	74	15	67	28	12	12	46	1.78
1577477--1577547	36	2.0	36	94	0	124	26	12	14	46	1.80
1577742--1577836	48	2.0	48	91	0	154	18	16	22	42	1.89
1578089--1578172	42	2.0	42	97	0	159	23	20	30	25	1.98
1582866--1582960	48	2.0	48	91	0	154	21	16	21	41	1.91
1583565--1583604	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
1584042--1584167	11	12.2	11	68	25	64	61	0	0	37	1.01
1584035--1584100	31	2.1	31	88	8	98	59	0	0	40	0.98
1584085--1584184	9	10.3	9	68	19	51	65	0	1	34	1.00
1584049--1584216	39	4.3	39	93	2	282	61	0	1	35	1.11
1584049--1584216	79	2.1	79	96	0	309	61	0	1	35	1.11
1594979--1595019	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1601874--1602160	124	2.3	124	89	0	448	32	17	19	29	1.95
1605256--1605553	49	6.5	49	77	12	269	45	7	4	42	1.51
1605346--1605413	31	2.2	31	89	2	102	41	7	5	45	1.56
1605250--1605708	129	3.6	128	83	7	653	45	6	3	44	1.49
1605376--1605550	49	3.6	49	96	2	316	46	6	4	42	1.49
1605480--1605967	79	6.2	79	98	0	933	43	6	3	45	1.49
1606356--1606398	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1608237--1608311	22	3.4	22	94	0	132	48	0	26	25	1.52
1608237--1608312	10	7.0	10	78	15	80	48	0	26	25	1.51
1610077--1610177	45	2.2	44	80	13	116	57	0	7	33	1.34
1610130--1610231	35	3.2	31	77	13	91	50	0	7	40	1.38
1610139--1610232	33	2.7	34	77	6	100	50	1	8	40	1.40
1610266--1610302	19	1.9	19	88	0	56	62	2	2	32	1.23
1611449--1611473	13	1.9	13	100	0	50	4	0	32	64	1.12
1612088--1612280	44	4.3	44	80	7	203	26	23	20	29	1.99
1612116--1612278	44	3.7	44	82	1	209	26	24	19	28	1.99
1612088--1612283	89	2.2	89	87	0	293	26	23	20	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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