genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.112.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17489316--17489403	6	15.0	6	76	4	81	64	7	2	25	1.32
17489316--17489391	12	6.4	12	84	3	91	65	9	1	23	1.29
17489328--17489402	23	3.2	23	84	5	89	65	8	2	24	1.33
17490019--17490167	77	1.9	77	93	0	253	28	10	22	38	1.87
17505891--17505959	30	2.4	29	83	11	88	42	14	1	42	1.54
17506658--17506692	18	1.9	18	88	11	54	40	0	0	60	0.97
17507775--17507812	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
17509245--17509282	2	19.0	2	100	0	76	0	50	0	50	1.00
17510748--17510782	18	2.1	16	89	10	52	5	14	0	80	0.89
17511257--17511306	17	2.9	18	79	8	59	76	0	20	4	0.95
17511317--17511374	21	2.7	21	78	5	62	72	3	13	10	1.24
17512174--17512207	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
17515233--17515272	15	2.7	15	92	0	62	55	17	15	12	1.70
17516850--17516993	66	2.2	66	85	5	202	47	6	12	33	1.66
17517351--17517505	58	2.6	60	80	5	172	49	9	12	28	1.71
17517351--17517510	60	2.7	59	82	3	180	48	10	12	29	1.73
17528987--17529433	86	5.2	86	80	5	368	22	19	13	43	1.86
17529008--17529433	172	2.5	171	77	5	428	22	19	13	43	1.86
17530604--17530728	66	1.9	65	93	4	216	51	6	10	32	1.61
17530898--17531118	61	3.7	60	81	14	251	45	4	11	38	1.62
17530981--17531011	16	1.9	16	93	0	53	45	3	0	51	1.17
17530876--17531311	58	7.1	61	74	16	250	48	6	11	34	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17532306--17532341	15	2.4	15	90	0	54	16	16	0	66	1.25
17532521--17533524	35	28.8	34	72	9	401	51	10	16	21	1.73
17532551--17533221	242	2.8	242	81	5	723	50	9	17	22	1.74
17532996--17533112	31	3.7	30	75	16	78	54	7	14	23	1.65
17532799--17533531	242	3.0	239	75	8	561	52	10	15	21	1.72
17533076--17533400	176	1.8	176	81	7	401	51	10	16	21	1.75
17533569--17533698	35	3.7	35	80	3	120	51	11	17	19	1.75
17534581--17534773	33	5.8	33	73	6	140	29	17	17	36	1.92
17534587--17534768	67	2.7	66	77	9	163	29	16	17	36	1.91
17536520--17536581	9	6.7	9	71	14	54	4	14	0	80	0.87
17537433--17537469	16	2.3	16	90	0	56	2	2	5	89	0.66
17537413--17537475	24	2.6	24	87	2	81	3	6	6	84	0.87
17537439--17537475	19	2.0	18	89	5	56	2	0	8	89	0.58
17541369--17541414	23	2.0	24	83	12	60	52	6	2	39	1.40
17543751--17544319	145	3.9	145	77	2	482	38	13	14	34	1.84
17549341--17549390	11	4.6	11	72	22	52	64	0	26	10	1.25
17550989--17551036	9	5.6	9	78	9	55	43	0	4	52	1.20
17555580--17555636	21	2.8	20	73	7	60	68	3	3	24	1.21
17555951--17556228	9	30.6	9	68	16	121	56	3	2	37	1.29
17556036--17556079	19	2.3	20	88	11	74	54	0	0	45	0.99
17556095--17556228	10	14.6	9	70	16	96	58	2	1	37	1.23
17555949--17556228	57	4.9	54	73	12	190	57	3	2	37	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17556094--17556241	20	7.9	19	72	15	112	58	2	2	37	1.24
17555930--17556231	56	5.3	54	71	14	189	57	3	1	36	1.27
17556195--17556242	10	4.8	10	84	0	60	62	2	4	31	1.26
17556093--17556284	84	2.3	83	82	9	212	57	4	3	35	1.34
17556594--17556643	14	3.1	16	77	16	59	28	0	8	64	1.22
17556657--17556696	13	2.9	15	75	17	50	30	0	0	70	0.88
17556658--17556712	27	1.9	27	85	10	74	29	3	0	67	1.08
17556761--17556844	10	8.8	10	75	7	68	48	1	2	47	1.22
17556767--17556845	19	4.3	18	79	6	86	49	1	2	46	1.23
17556767--17556800	8	4.0	8	92	7	50	52	0	0	47	1.00
17556937--17556979	9	4.6	9	82	8	50	32	0	4	62	1.15
17556884--17557036	10	15.9	10	70	14	83	33	1	6	58	1.32
17556884--17557036	20	8.0	19	74	15	102	33	1	6	58	1.32
17561472--17561513	17	2.4	18	80	4	50	45	2	4	47	1.36
17565802--17565841	13	2.9	14	86	13	57	60	7	2	30	1.38
17568929--17569008	37	2.2	36	86	6	108	41	1	7	50	1.39
17569043--17569417	71	5.3	71	75	10	298	40	9	6	43	1.64
17569043--17569419	145	2.6	146	78	7	335	40	9	6	43	1.64
17570259--17570504	128	1.9	128	94	1	431	40	5	10	42	1.64
17570535--17570632	48	2.1	47	80	5	108	47	7	12	32	1.68
17572717--17572767	19	2.7	20	81	9	70	45	37	0	17	1.49
17572717--17572874	38	4.3	38	73	14	100	45	37	1	14	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17572763--17572825	31	1.9	34	87	9	96	46	34	3	15	1.62
17572813--17572881	19	3.7	19	78	3	59	46	40	1	11	1.49
17572868--17572920	19	2.8	19	78	10	56	41	33	1	22	1.65
17572889--17572944	26	2.2	26	90	0	85	41	32	1	25	1.66
17572899--17572953	26	2.1	26	86	6	76	36	34	1	27	1.68
17573010--17573048	16	2.4	16	82	0	51	51	41	0	7	1.31
17576575--17576608	16	2.1	17	88	5	52	11	8	5	73	1.24
17578631--17578676	25	2.0	25	87	12	71	58	10	13	17	1.62
17579885--17579918	18	1.9	17	88	5	50	20	20	5	52	1.67
17582911--17583247	59	5.7	59	81	6	414	33	13	8	44	1.73
17582911--17583248	60	5.7	59	81	5	396	33	13	7	44	1.73
17582911--17583249	119	2.8	119	86	2	511	33	13	7	45	1.73
17583260--17583344	15	6.1	14	73	14	70	80	3	5	10	1.01
17583263--17583342	30	2.6	30	84	5	90	78	3	6	11	1.05
17584279--17584312	18	1.9	18	88	5	52	73	2	0	23	0.97
17584231--17584323	22	4.3	20	74	16	80	70	6	4	18	1.25
17584447--17584516	25	2.8	25	76	10	63	75	1	1	21	0.96
17584719--17584950	41	5.5	42	88	3	306	36	23	17	22	1.95
17584719--17584950	83	2.8	84	89	2	324	36	23	17	22	1.95
17584924--17584976	26	2.0	26	100	0	106	35	30	15	18	1.92
17584883--17585017	67	2.0	67	97	0	252	35	25	17	21	1.95
17584950--17585124	41	4.3	41	92	0	296	36	22	17	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17584842--17585058	108	2.0	108	96	0	398	36	24	16	21	1.94
17584800--17585099	149	2.0	150	94	0	530	36	24	17	21	1.95
17586119--17586194	8	8.8	8	81	16	73	9	13	0	77	0.99
17586128--17586193	20	3.8	16	83	13	60	9	12	0	78	0.95
17586118--17586195	9	8.8	9	81	16	92	8	12	0	78	0.97
17586134--17586195	19	3.3	19	91	8	101	9	11	0	79	0.95
17592283--17592314	15	2.1	16	94	5	57	56	6	18	18	1.62
17595496--17595673	95	1.9	96	92	4	308	32	15	6	46	1.70
17595591--17595971	59	6.5	58	84	7	475	34	12	7	45	1.69
17595591--17595969	117	3.2	118	90	5	581	34	12	7	45	1.70
17595810--17596124	157	2.0	160	86	5	444	34	12	6	45	1.69
17595927--17596011	40	2.1	40	84	0	107	34	16	5	43	1.72
17595868--17596062	98	2.0	98	88	7	288	35	13	6	45	1.68
17595967--17596131	58	2.7	61	85	6	201	33	12	5	48	1.64
17596141--17596281	5	26.8	5	69	19	83	74	3	4	17	1.12
17596140--17596219	25	2.9	28	80	14	96	78	1	5	15	0.98
17596141--17596283	20	7.1	20	71	12	96	74	3	4	17	1.11
17596171--17596231	30	2.0	31	93	3	106	80	0	4	14	0.87
17597088--17597181	22	4.3	21	73	17	68	67	7	7	18	1.39
17597306--17597378	5	13.4	5	76	18	58	75	1	1	21	0.96
17597306--17597378	30	2.5	30	78	12	82	75	1	1	21	0.96
17597313--17597377	11	5.6	12	75	14	64	76	1	1	20	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17597264--17597377	18	6.6	17	66	17	65	74	1	2	21	1.03
17597313--17597377	6	11.2	6	79	9	64	76	1	1	20	0.94
17600912--17601190	104	2.7	104	81	5	314	36	14	15	33	1.87
17601416--17601523	41	2.6	41	82	2	119	37	12	18	31	1.89
17603033--17603083	25	2.1	24	85	3	66	0	15	5	78	0.93
17603498--17603601	47	2.2	48	82	1	120	6	19	1	72	1.17
17603581--17603657	25	3.0	24	81	12	82	3	22	0	74	0.98
17604083--17604184	18	5.6	16	70	26	53	2	12	2	81	0.92
17604084--17604179	15	6.8	13	76	17	68	3	13	3	80	0.96
17604085--17604165	27	2.9	28	83	9	85	2	16	2	79	0.96

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