genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.169.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27727315--27727345	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
27727408--27727467	26	2.5	23	77	15	66	43	3	10	43	1.54
27727414--27727465	26	2.0	26	88	0	77	44	3	9	42	1.55
27741651--27741680	11	2.7	11	89	0	51	83	0	16	0	0.65
27741980--27742013	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
27743341--27743418	40	2.0	40	82	10	97	47	6	0	46	1.28
27757312--27757418	54	2.0	54	83	0	133	27	26	8	38	1.85
27762697--27762731	18	1.9	18	88	0	52	14	2	0	82	0.77
27762892--27762938	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
27763036--27763079	16	2.8	16	79	10	54	79	0	4	15	0.89
27763389--27763418	4	7.5	4	100	0	60	53	0	0	46	1.00
27775831--27775987	40	4.0	39	71	9	122	31	14	13	40	1.85
27775947--27776074	34	3.7	34	75	4	121	26	14	17	41	1.88
27776018--27776084	34	2.0	34	82	5	82	25	14	19	40	1.90
27776530--27776563	4	8.8	4	90	6	52	29	0	0	70	0.87
27776483--27776565	12	6.8	12	72	15	64	32	1	0	66	1.00
27777410--27777476	9	7.3	9	73	9	55	22	0	7	70	1.12
27777699--27777743	20	2.2	21	92	4	74	71	0	4	24	1.05
27777699--27777743	21	2.2	20	88	4	63	71	0	4	24	1.05
27777913--27777962	3	17.0	3	95	4	93	68	0	0	32	0.90
27778129--27778164	16	2.2	16	90	0	54	58	8	2	30	1.42
27778643--27778695	10	5.7	10	74	17	60	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27778639--27778697	18	3.3	18	84	15	70	42	0	0	57	0.98
27778650--27778698	18	2.7	18	96	0	89	44	0	0	55	0.99
27788548--27788637	15	5.6	16	70	17	60	35	2	4	57	1.31
27788604--27788670	3	23.3	3	73	19	54	31	2	4	61	1.31
27793542--27793581	20	2.0	21	85	5	55	55	5	0	40	1.22
27793789--27793862	39	1.9	39	94	2	132	48	18	14	17	1.81
27794560--27794692	70	1.9	70	84	3	178	18	12	10	57	1.63
27794716--27794867	70	2.2	70	84	0	187	18	13	12	55	1.69
27794531--27794857	165	2.0	165	96	1	602	17	13	10	59	1.61
27811663--27811722	21	2.8	21	82	12	61	61	3	1	33	1.22
27813218--27813286	16	4.2	16	81	1	84	49	30	1	18	1.57
27813316--27813408	14	6.5	14	67	18	57	48	26	1	23	1.58
27813316--27813408	28	3.2	29	75	11	93	48	26	1	23	1.58
27813360--27813468	29	3.7	28	73	15	85	47	28	0	22	1.57
27813894--27813939	25	1.9	23	82	8	56	67	2	0	30	1.03
27814623--27814647	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
27821316--27821796	32	14.8	32	77	9	404	31	21	13	33	1.92
27821323--27821796	65	7.3	65	82	6	484	31	21	13	33	1.92
27821325--27821733	97	4.2	98	80	9	424	30	21	13	33	1.92
27822418--27822490	37	2.0	37	83	0	92	13	21	17	46	1.83
27824270--27824365	16	6.0	16	81	3	104	47	30	1	20	1.57
27824278--27824376	15	6.3	15	76	11	90	48	26	2	23	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27824382--27824523	30	4.9	29	76	9	112	47	28	0	23	1.57
27824435--27824552	30	4.0	29	72	8	85	46	27	0	25	1.58
27827319--27827353	17	2.0	18	88	5	54	14	2	0	82	0.77
27828219--27828288	3	23.7	3	94	2	124	65	0	1	32	1.01
27831406--27831448	10	4.2	10	82	5	50	81	2	2	13	0.89
27831672--27831801	41	3.1	41	91	1	206	40	19	19	20	1.91
27831733--27831870	69	2.0	69	92	0	231	41	17	19	21	1.90
27831802--27831949	41	3.6	41	87	0	199	41	14	20	22	1.90
27831694--27831911	110	2.0	110	91	0	355	41	16	19	22	1.90
27844587--27844618	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
27855850--27855950	50	2.0	50	98	0	193	25	23	11	38	1.89
27861373--27861626	126	2.0	123	82	8	300	42	12	14	29	1.83
27864938--27865066	25	4.9	25	79	5	96	48	24	3	24	1.66
27864997--27865066	28	2.5	28	85	0	104	48	25	2	22	1.64
27866151--27866274	52	2.4	53	77	10	139	41	8	7	42	1.64
27874261--27874331	34	2.1	34	81	0	79	40	16	15	26	1.89
27878585--27878678	47	2.0	47	95	4	172	29	18	18	34	1.94
27879253--27879281	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
27879467--27879526	30	1.9	30	86	10	84	18	0	8	73	1.08
27880530--27880574	18	2.8	16	86	10	56	0	8	11	80	0.92
27880763--27880793	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
27880766--27880866	44	2.3	43	77	14	102	46	0	0	52	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27881819--27881853	16	2.1	16	89	10	52	48	0	2	48	1.16
27882831--27882872	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
27883847--27883896	18	2.9	18	71	11	52	18	14	0	68	1.22
27885991--27886040	24	2.1	24	84	0	64	16	6	8	70	1.32
27885929--27886005	4	19.5	4	75	2	66	28	6	1	63	1.27
27886771--27886809	7	5.7	7	85	14	55	15	2	0	82	0.79
27886782--27886812	12	2.6	12	100	0	62	16	0	0	83	0.64
27886949--27886996	25	1.9	25	87	8	71	50	4	4	41	1.41
27886903--27887256	195	1.8	194	82	4	453	48	8	7	35	1.62
27897956--27898232	58	4.7	57	80	10	247	37	13	6	42	1.69
27897956--27898232	116	2.3	118	84	7	341	37	13	6	42	1.69
27899101--27899224	20	6.0	20	85	5	140	64	0	5	29	1.22
27899149--27899409	4	67.2	4	67	19	85	66	2	2	29	1.16
27899152--27899224	3	21.7	3	74	20	56	65	0	4	30	1.11
27899149--27899408	14	18.8	13	68	22	99	66	2	2	29	1.16
27899161--27899401	22	10.2	25	69	22	84	65	2	2	29	1.19
27899101--27899339	42	5.9	41	75	12	165	63	2	4	30	1.25
27899129--27899409	20	14.4	20	71	19	127	66	2	2	28	1.18
27899262--27899409	13	11.5	13	73	15	76	69	2	0	27	1.04
27899936--27900031	35	2.7	36	88	4	140	54	12	4	29	1.56
27899971--27900040	19	3.8	19	69	17	67	57	7	5	30	1.49
27900066--27900149	20	4.2	20	70	11	64	50	10	4	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27900188--27900251	18	3.6	18	84	0	92	56	12	4	26	1.56
27900239--27900282	22	2.0	23	86	4	63	54	6	4	34	1.47
27900261--27900301	17	2.5	16	84	7	55	58	2	4	34	1.32
27900387--27900433	17	2.8	17	90	3	69	80	4	2	12	0.94
27900384--27900438	28	2.0	28	88	0	83	78	5	3	12	1.06
27900813--27900900	20	4.4	19	70	27	58	50	22	5	21	1.70
27901603--27901650	12	3.9	12	89	5	60	70	8	0	20	1.12
27901617--27901661	18	2.5	18	81	0	54	66	8	2	22	1.30
27904369--27904451	43	1.9	43	87	4	123	25	12	26	36	1.91
27904511--27904535	13	1.9	13	100	0	50	24	32	4	40	1.73
27904555--27904598	10	4.4	9	81	18	52	70	2	2	25	1.10
27904556--27904600	21	2.1	21	88	8	65	68	2	2	26	1.12
27908034--27908066	3	11.0	3	93	0	57	66	3	0	30	1.06
27908229--27908259	14	2.1	15	94	5	55	74	6	0	19	1.03
27909319--27909349	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
27910407--27910443	8	4.6	8	100	0	74	27	0	0	72	0.84
27911038--27911086	12	4.0	12	78	5	53	24	0	2	73	0.94
27911015--27911086	12	5.6	13	71	14	51	27	1	1	69	1.05
27911728--27911767	18	2.2	18	100	0	80	52	15	12	20	1.74
27912413--27912451	20	2.0	20	84	0	51	56	7	12	23	1.62
27913627--27913655	5	5.8	5	100	0	58	82	0	0	17	0.66
27914412--27914444	16	2.1	16	88	11	50	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27914286--27914507	117	1.9	118	83	2	286	52	10	0	36	1.40
27914575--27914618	18	2.4	18	82	17	56	68	18	0	13	1.22
27915994--27916040	18	2.7	19	84	12	57	38	0	4	57	1.18
27918683--27918707	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
27923399--27923441	15	2.9	15	86	10	61	60	2	0	37	1.10
27923388--27923434	13	3.7	13	79	20	55	65	0	0	34	0.93
27923634--27923671	11	3.2	12	85	11	51	47	0	0	52	1.00
27923640--27923706	28	2.5	27	75	18	68	49	0	0	50	1.00
27923903--27923946	17	2.7	16	86	6	61	25	2	4	68	1.20
27923903--27923946	4	10.8	4	80	4	52	25	2	4	68	1.20

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