genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8447649--8447690	22	2.0	21	85	4	57	40	11	2	45	1.54
8450031--8450076	9	5.1	9	83	0	56	63	21	4	10	1.44
8450033--8450067	18	1.9	18	100	0	70	62	25	5	5	1.40
8451483--8451576	43	2.2	43	92	0	152	55	6	7	30	1.53
8451515--8451576	15	4.3	15	73	22	69	59	4	4	30	1.39
8451523--8451569	13	3.5	13	77	11	58	55	4	6	34	1.45
8451516--8451578	28	2.2	28	81	10	76	58	4	4	31	1.39
8452149--8452200	21	2.5	21	77	0	68	44	11	13	30	1.79
8452527--8452583	24	2.4	24	85	8	73	54	1	1	42	1.21
8453069--8453126	14	4.2	14	71	4	55	46	8	0	44	1.34
8453195--8453246	22	2.4	22	96	0	95	38	3	3	53	1.37
8453563--8453628	25	2.5	27	75	9	64	45	1	3	50	1.26
8461631--8461669	2	19.5	2	83	0	51	56	0	0	43	0.99
8461631--8461669	12	3.2	12	88	0	60	56	0	0	43	0.99
8463877--8463951	39	2.0	37	85	10	100	24	6	14	54	1.64
8464943--8465089	76	1.9	74	83	6	188	34	12	20	32	1.91
8465556--8465587	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
8467365--8467402	2	20.0	2	84	10	53	50	2	0	47	1.15
8467462--8467503	15	2.8	15	72	13	50	78	2	2	16	0.96
8469185--8469239	22	2.6	22	81	16	71	85	0	3	10	0.72
8469184--8469241	28	2.1	28	83	6	73	82	0	6	10	0.83
8469185--8469241	21	2.8	20	81	7	69	84	0	5	10	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8469274--8469335	19	3.2	19	76	17	56	77	3	14	4	1.06
8469395--8469459	28	2.5	26	78	14	71	75	0	18	6	1.00
8469367--8469438	19	3.8	20	76	12	71	75	0	22	2	0.94
8469419--8469460	22	1.9	22	90	0	66	76	0	19	4	0.96
8471375--8471423	25	2.1	24	88	11	75	22	2	8	67	1.28
8477070--8477416	186	1.9	186	88	1	525	41	14	18	25	1.88
8479917--8479987	31	2.3	31	83	9	83	76	4	14	5	1.13
8482231--8482397	31	5.4	31	68	11	101	37	17	16	28	1.92
8482227--8482399	62	2.8	61	75	10	161	38	17	15	28	1.91
8482227--8482454	124	1.8	124	82	3	289	36	17	17	29	1.92
8482223--8482493	124	2.2	124	80	4	287	35	16	17	29	1.92
8482516--8482583	31	2.2	30	81	2	82	36	13	17	32	1.89
8482524--8482582	31	1.9	31	86	3	84	38	13	15	32	1.86
8482746--8482964	31	7.2	30	73	7	147	34	10	21	33	1.87
8482816--8482972	61	2.6	60	77	5	172	34	10	20	35	1.86
8483189--8483255	28	2.5	25	81	13	71	77	14	2	4	1.05
8484389--8484433	17	2.6	18	82	6	58	42	4	4	48	1.43
8485650--8485683	13	2.6	13	85	0	50	79	0	5	14	0.91
8492977--8493028	26	2.0	26	84	0	68	57	7	1	32	1.38
8496594--8496624	16	1.9	16	93	0	53	54	6	0	38	1.26
8496505--8497054	114	4.9	114	91	6	858	45	7	11	35	1.69
8496505--8497044	56	9.6	56	88	9	802	45	7	11	35	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8496505--8497044	169	3.2	165	90	8	831	45	7	11	35	1.69
8496954--8497042	28	3.2	28	64	24	71	41	5	14	38	1.70
8500921--8500955	15	2.4	15	90	4	54	85	0	14	0	0.59
8500922--8500972	10	5.4	9	78	15	50	84	0	11	3	0.75
8500925--8500955	12	2.5	13	94	5	55	87	0	12	0	0.55
8500921--8500955	14	2.5	14	86	13	54	85	0	14	0	0.59
8502204--8503269	41	25.9	40	87	8	1266	22	18	22	36	1.95
8502204--8503060	84	10.3	83	91	5	1266	22	18	22	36	1.95
8503033--8503087	27	2.0	27	100	0	110	25	14	23	36	1.93
8502992--8503128	69	2.0	68	92	2	231	24	16	24	35	1.95
8502950--8503169	110	2.0	109	95	0	395	24	17	24	34	1.96
8502908--8503210	151	2.0	151	96	1	563	24	17	23	34	1.95
8502866--8503252	192	2.0	194	94	2	690	24	16	23	35	1.95
8503278--8503351	10	7.3	10	89	7	114	90	9	0	0	0.45
8503280--8503357	15	5.4	14	86	8	111	89	10	0	0	0.48
8503278--8503357	1	80.0	1	79	0	88	90	10	0	0	0.47
8503664--8503695	3	11.3	3	87	12	50	31	0	0	68	0.90
8503664--8503695	14	2.3	14	94	0	55	31	0	0	68	0.90
8504165--8504232	31	2.2	31	79	10	77	26	22	23	27	1.99
8504207--8504254	19	2.5	19	82	0	60	20	29	27	22	1.99
8504287--8504332	20	2.3	20	92	3	76	32	28	15	23	1.95
8504783--8504982	57	3.3	58	83	11	269	45	7	13	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8504968--8504995	13	2.2	13	100	0	56	28	0	28	42	1.56
8504911--8505057	70	2.0	73	89	6	228	42	6	14	35	1.73
8504981--8505435	57	7.6	57	83	12	537	43	8	13	34	1.74
8505236--8505435	59	3.4	56	86	12	280	43	8	14	34	1.76
8508182--8508608	31	13.9	31	68	6	170	34	16	18	30	1.94
8508287--8508460	93	1.9	93	80	4	208	29	17	21	31	1.96
8508382--8508546	91	1.8	90	82	3	215	33	13	20	32	1.92
8508580--8508717	62	2.2	62	83	7	165	40	16	15	27	1.88
8508728--8508923	31	6.5	30	74	9	105	34	10	20	33	1.88
8508775--8508915	30	4.7	31	77	8	130	33	10	19	36	1.86
8509149--8509233	19	4.3	19	72	8	62	76	15	2	5	1.08
8509167--8509233	10	6.8	10	74	16	59	77	14	2	4	1.05
8509158--8509233	19	3.8	19	75	11	64	76	17	2	3	1.06
8509186--8509240	11	5.4	11	76	12	55	72	16	1	9	1.18
8509138--8509240	19	5.4	19	71	16	61	71	15	1	10	1.22
8511615--8511648	13	2.6	13	85	0	50	79	0	5	14	0.91
8512841--8512879	15	2.6	15	88	8	53	71	0	5	23	1.05
8516405--8516441	18	1.9	18	89	10	56	59	0	2	37	1.12
8516647--8516689	22	2.0	21	82	13	52	32	2	2	62	1.20
8517759--8517791	2	17.5	2	87	12	52	54	0	0	45	0.99
8517753--8517792	12	3.5	11	87	12	55	55	2	0	42	1.13
8518971--8519022	26	2.0	26	84	0	68	57	7	1	32	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8533691--8533721	15	2.1	15	93	0	53	45	6	3	45	1.45
8535862--8535887	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
8536986--8537026	18	2.4	17	87	4	55	39	0	2	58	1.11
8538348--8538415	30	2.3	30	82	10	77	27	0	7	64	1.20
8538841--8538961	61	2.0	62	81	1	145	28	5	12	53	1.61
8539807--8539840	15	2.3	15	89	0	50	67	0	2	29	1.05
8544490--8544554	29	2.2	30	83	10	89	47	6	0	46	1.27
8546672--8546705	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
8546770--8546801	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
8547066--8547101	18	2.0	18	88	0	54	44	0	0	55	0.99
8547093--8547136	23	1.9	23	86	9	63	54	0	0	45	0.99
8547100--8547136	12	3.4	11	89	10	58	54	0	0	45	1.00
8547169--8547212	22	2.0	22	90	0	70	63	0	0	36	0.95
8547509--8547614	56	1.9	55	88	1	158	46	2	1	49	1.27
8547619--8547670	19	2.7	18	82	11	68	30	0	1	67	1.02
8547626--8547672	15	2.9	15	84	15	58	31	0	2	65	1.04
8549089--8549128	11	3.6	11	86	0	62	25	0	25	50	1.50
8549088--8549134	22	2.1	22	92	0	76	29	0	23	46	1.52
8549155--8549311	52	3.0	52	90	1	235	43	8	20	27	1.80
8549856--8549942	25	3.5	25	69	0	66	39	9	29	21	1.85
8550193--8550228	11	3.3	11	88	0	54	33	0	22	44	1.53
8550259--8550405	52	2.8	52	88	2	224	43	6	21	27	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8551288--8551327	11	3.6	11	93	0	71	17	0	30	52	1.45
8551287--8551338	22	2.4	22	83	0	68	23	0	25	51	1.48
8551354--8551510	52	3.0	52	89	0	224	41	7	22	29	1.80
8553262--8553312	11	4.6	11	73	9	50	11	7	0	80	0.90
8553259--8553312	25	2.2	25	86	0	72	12	7	0	79	0.92
8554238--8554300	30	2.1	31	85	8	85	30	3	3	63	1.25
8554612--8554651	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
8565518--8565653	50	2.8	50	79	5	152	34	11	14	38	1.83
8565561--8565656	48	2.0	49	81	2	113	31	13	14	40	1.85
8565897--8565929	15	2.3	14	94	5	57	3	6	0	90	0.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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