genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.145.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23577966--23578027	20	3.2	20	79	2	72	51	32	1	14	1.52
23578016--23578122	29	3.6	29	73	7	99	44	37	1	15	1.58
23578028--23578070	18	2.4	18	84	7	52	41	44	2	11	1.53
23578134--23578180	13	3.7	12	78	18	51	44	42	2	10	1.51
23583671--23583710	18	2.2	19	86	13	57	37	7	2	52	1.43
23584068--23584128	21	3.0	21	68	20	56	39	4	3	52	1.39
23584384--23584518	66	2.1	65	90	4	209	31	15	8	45	1.75
23585713--23586120	218	1.9	217	80	7	479	29	10	6	52	1.61
23587258--23587467	116	1.8	116	81	7	264	27	17	18	36	1.94
23589958--23590008	21	2.4	22	80	6	61	35	9	29	25	1.88
23595889--23595923	15	2.3	15	90	0	52	22	0	22	54	1.45
23596080--23596172	3	31.3	3	86	2	134	31	2	2	64	1.17
23597716--23597761	17	2.8	16	90	6	65	6	2	8	82	0.91
23597716--23597761	16	2.8	17	86	6	67	6	2	8	82	0.91
23598086--23598333	37	6.7	36	70	15	166	50	14	17	16	1.78
23598083--23598333	111	2.3	109	81	7	299	50	15	17	16	1.78
23598095--23598292	74	2.7	74	81	4	204	51	14	18	16	1.77
23598399--23598449	22	2.3	22	86	0	66	31	13	21	33	1.92
23598410--23598467	22	2.6	22	97	0	107	27	8	27	36	1.86
23598615--23599266	22	29.0	22	70	14	199	35	15	20	29	1.93
23598549--23599299	366	2.1	366	98	0	1439	35	16	19	28	1.93
23599693--23599835	41	3.5	41	80	7	132	34	15	20	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23599742--23599835	41	2.3	41	90	0	152	37	18	18	26	1.93
23600331--23600360	13	2.2	13	94	5	51	0	16	0	83	0.65
23607282--23607322	15	2.7	16	85	11	59	12	0	29	58	1.34
23607463--23607510	14	3.4	14	76	2	51	16	0	33	50	1.46
23607654--23607714	3	21.3	3	83	9	83	32	1	0	65	1.02
23607653--23607712	14	4.1	14	79	12	75	31	1	0	66	1.01
23607840--23607886	21	2.3	20	85	7	60	23	2	6	68	1.24
23607934--23607983	23	2.1	25	82	10	61	48	8	2	42	1.44
23609269--23609308	16	2.4	16	87	4	53	7	5	7	80	1.03
23610696--23610916	116	1.9	116	83	2	282	28	17	19	34	1.94
23610836--23611291	221	2.1	221	96	0	831	31	18	23	27	1.97
23615707--23615927	113	1.9	114	89	2	347	30	19	21	28	1.97
23615965--23616031	21	3.2	20	85	4	80	4	28	1	65	1.21
23623766--23623801	13	2.8	13	91	8	56	44	0	0	55	0.99
23623957--23624033	39	1.9	41	94	5	140	38	0	10	50	1.37
23626105--23626151	21	2.2	21	81	7	60	8	10	2	78	1.04
23626279--23626319	21	2.1	19	86	13	57	36	7	9	46	1.65
23628752--23628900	60	2.5	60	84	3	203	37	14	6	41	1.72
23628853--23628940	41	2.1	43	91	4	144	34	9	7	48	1.64
23628923--23629595	174	3.8	173	77	10	570	33	10	6	48	1.65
23629127--23629210	25	3.2	25	65	15	60	34	5	9	50	1.60
23628896--23629597	55	12.1	58	77	10	588	33	10	7	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23628896--23629597	115	6.1	118	76	15	560	33	10	7	48	1.65
23628896--23629597	236	3.0	224	78	11	674	33	10	7	48	1.65
23629561--23629630	33	2.1	33	94	0	122	27	15	5	51	1.66
23629446--23629743	148	2.0	149	91	1	483	32	12	6	48	1.67
23629507--23629685	90	2.0	90	85	2	243	31	13	6	48	1.67
23629594--23629803	58	3.6	58	85	1	260	32	12	6	49	1.65
23629640--23629803	60	2.8	59	84	1	150	34	11	5	48	1.62
23629882--23629963	28	2.9	28	81	5	101	69	4	6	19	1.28
23630955--23631139	85	2.2	85	83	2	237	45	15	17	21	1.85
23630977--23631186	85	2.5	84	79	6	217	48	13	16	21	1.81
23631324--23631775	85	5.3	84	83	5	387	47	14	17	20	1.82
23631376--23631775	171	2.3	170	80	4	448	48	15	16	20	1.81
23631194--23631775	256	2.3	257	80	6	649	47	14	16	21	1.82
23632552--23632675	51	2.5	51	84	3	155	20	16	13	49	1.80
23643468--23643551	25	3.2	25	65	21	62	36	7	5	50	1.54
23643364--23644229	115	7.5	116	77	11	602	32	10	7	50	1.64
23643264--23644243	55	17.0	57	79	9	802	32	10	7	49	1.65
23644419--23644503	29	2.8	30	82	7	100	68	4	4	22	1.27
23644420--23644468	25	2.0	25	87	0	71	73	4	4	18	1.15
23644964--23645004	20	2.0	21	85	4	57	56	9	7	26	1.58
23647695--23647775	19	4.4	19	81	7	87	41	16	14	27	1.87
23647800--23647859	18	3.3	17	71	19	50	51	13	13	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23647798--23647874	36	2.1	37	82	2	93	50	12	12	23	1.75
23648021--23648188	22	7.7	22	69	14	107	47	16	6	30	1.72
23648020--23648210	44	4.3	44	80	7	210	47	15	6	30	1.71
23648316--23648398	22	3.8	22	74	6	71	24	7	26	42	1.80
23653401--23654016	174	3.5	175	80	4	568	36	13	11	38	1.81
23654112--23654153	17	2.6	16	88	7	66	50	4	2	42	1.36
23657646--23657773	68	1.9	68	86	3	186	34	7	14	44	1.72
23657937--23657966	15	2.0	15	100	0	60	13	0	20	66	1.24
23658296--23658435	49	2.6	54	75	15	148	49	10	12	27	1.74
23658292--23658538	104	2.4	104	82	4	284	46	10	14	28	1.77
23658251--23658468	55	4.1	56	72	11	161	45	10	15	28	1.79
23659949--23660013	7	9.4	7	72	24	50	78	3	1	16	0.96
23659953--23660011	6	9.8	6	72	20	52	79	3	1	15	0.94
23659933--23660001	17	3.9	17	76	16	52	75	5	1	17	1.07
23659974--23660029	13	4.2	13	80	13	60	75	5	1	17	1.09
23660980--23661032	25	2.1	25	82	0	61	71	0	11	16	1.13
23664905--23665192	151	1.9	150	82	7	359	28	14	11	44	1.80
23665132--23665252	55	2.2	55	83	2	145	27	12	10	49	1.73
23665174--23665280	55	1.9	55	86	0	151	28	9	13	49	1.72
23665528--23665654	68	1.9	68	93	0	218	42	16	5	35	1.71
23669772--23669926	64	2.5	63	76	9	156	35	15	12	36	1.85
23669772--23669926	63	2.5	61	77	8	152	35	15	12	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23670349--23670545	57	3.2	62	77	11	178	28	15	14	41	1.86
23670344--23670499	63	2.5	64	77	13	171	29	15	12	42	1.83
23670968--23671056	46	1.9	46	86	4	126	33	12	16	37	1.87
23676212--23676302	39	2.3	38	80	9	103	39	12	10	37	1.78
23676458--23676504	21	2.2	21	84	0	58	29	14	4	51	1.62
23676470--23676514	21	2.1	21	87	0	63	28	17	6	46	1.73
23676530--23676627	21	4.7	21	76	8	85	33	20	13	32	1.91
23676534--23676633	42	2.4	42	85	5	123	33	21	13	33	1.91
23676730--23676834	40	2.8	40	84	9	123	30	8	14	46	1.74
23676644--23676914	122	2.2	120	81	9	309	32	8	11	47	1.70
23676768--23676930	83	1.9	86	83	6	217	31	8	13	46	1.73
23680662--23680702	21	2.0	21	90	0	64	39	4	26	29	1.77
23681239--23681273	15	2.4	15	90	4	54	77	14	0	8	0.99
23681262--23681313	18	2.8	18	82	5	59	63	11	0	25	1.28
23681268--23681311	18	2.4	18	88	3	61	63	11	0	25	1.27
23684720--23684862	52	2.6	54	82	8	173	56	9	17	16	1.65
23685124--23685183	27	2.3	26	82	8	68	81	5	5	8	0.97
23686153--23686589	86	5.1	86	79	5	393	28	19	13	37	1.90
23690066--23690106	20	2.0	21	85	4	57	34	19	4	41	1.73
23692189--23692219	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
23692760--23692800	19	2.2	19	90	0	64	24	4	2	68	1.22
23693165--23693210	3	16.0	3	82	8	60	65	4	0	30	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23694249--23694415	39	4.3	39	79	5	176	42	22	11	22	1.86
23694276--23694525	33	6.8	38	79	9	209	40	22	12	24	1.88
23706296--23706410	51	2.3	50	81	1	122	35	13	11	40	1.80
23706836--23706880	14	3.0	16	75	15	51	22	0	0	77	0.76
23706835--23706883	17	2.9	17	82	8	57	24	0	0	75	0.80
23706929--23706967	18	2.1	19	85	4	53	35	7	0	56	1.28
23707074--23707137	3	22.0	3	90	6	105	67	1	0	31	1.00
23726565--23726624	28	2.1	28	100	0	120	48	13	11	26	1.76
23730483--23730520	20	1.9	20	89	10	60	21	0	2	76	0.91
23730503--23730546	22	1.9	24	81	9	56	34	0	2	63	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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