genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.46.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7801234--7801264	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
7801236--7801296	8	7.9	8	77	14	56	40	0	1	57	1.08
7801479--7801516	15	2.5	15	91	4	58	21	2	7	68	1.28
7802382--7802422	21	1.9	22	90	5	66	9	4	7	78	1.10
7802864--7802902	13	3.1	12	82	10	51	7	7	2	82	0.94
7803332--7803365	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
7804458--7804531	23	3.2	24	74	11	75	43	4	2	50	1.35
7804797--7804829	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
7810474--7810511	3	12.7	3	88	0	58	26	0	2	71	1.00
7812280--7812324	19	2.4	19	88	0	63	71	0	6	22	1.09
7812280--7812381	13	8.2	12	70	16	57	75	0	4	18	1.04
7812317--7812369	9	6.4	8	79	12	54	81	0	1	16	0.79
7812311--7812363	19	3.1	17	81	10	56	81	0	1	16	0.79
7812279--7812394	23	4.8	23	74	18	92	75	0	6	18	1.06
7812622--7812651	16	1.9	15	93	6	51	60	20	3	16	1.50
7814935--7814973	15	2.6	15	91	0	69	28	25	12	33	1.93
7815489--7815708	106	2.1	105	80	3	244	37	13	13	35	1.84
7815754--7816182	50	8.6	50	77	9	342	37	14	13	34	1.86
7815756--7816113	99	3.6	99	75	6	260	37	14	13	34	1.86
7815754--7816113	149	2.4	149	81	7	394	36	15	13	34	1.86
7815843--7816181	149	2.3	150	79	8	372	38	15	13	33	1.86
7820503--7820541	20	2.0	20	90	5	62	30	2	7	58	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7820659--7820716	3	19.3	3	100	0	116	67	0	0	32	0.91
7828639--7828699	25	2.4	23	77	17	59	18	21	1	59	1.47
7832132--7832162	15	2.1	15	93	0	53	83	0	16	0	0.64
7832991--7833279	106	2.8	103	78	7	270	31	13	15	39	1.86
7832991--7833294	50	5.9	51	78	9	242	31	13	15	39	1.86
7832991--7833225	52	4.5	52	80	9	214	31	12	17	39	1.86
7834743--7834803	3	20.0	3	96	3	113	65	0	0	34	0.93
7840841--7840867	9	3.0	9	100	0	54	33	33	0	33	1.58
7841116--7841149	14	2.2	16	90	10	54	61	0	2	35	1.11
7844496--7844521	10	2.6	10	100	0	52	53	0	0	46	1.00
7844662--7844702	20	2.0	22	90	9	68	36	4	0	58	1.20
7845760--7845791	3	10.7	3	93	0	55	34	28	0	37	1.57
7845790--7845825	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
7847734--7847806	25	2.8	28	82	12	84	32	4	20	42	1.71
7847716--7847806	27	3.3	28	77	10	82	30	3	19	46	1.66
7851506--7851556	12	3.8	13	76	21	52	62	0	0	37	0.95
7851503--7851554	16	3.2	16	78	10	52	63	0	0	36	0.95
7851757--7851833	20	3.8	20	76	8	66	75	1	14	9	1.10
7852034--7852080	22	2.1	23	84	4	60	65	2	0	31	1.04
7852071--7852108	16	2.4	16	82	8	51	73	2	0	23	0.95
7852071--7852109	17	2.4	16	82	4	51	74	2	0	23	0.94
7852163--7852188	12	2.2	12	100	0	52	57	0	7	34	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7852457--7852506	20	2.4	22	77	12	61	54	0	4	42	1.19
7859538--7859600	27	2.4	26	84	7	74	33	9	0	57	1.31
7870943--7870972	8	3.8	8	90	0	51	43	0	3	53	1.17
7871048--7871085	19	1.9	19	89	5	58	31	0	2	65	1.06
7873480--7873672	96	2.0	96	83	6	239	41	13	8	35	1.75
7874047--7874208	22	7.4	22	73	8	89	50	4	6	37	1.51
7874047--7874208	44	3.7	44	74	9	118	50	4	6	37	1.51
7874052--7874210	66	2.4	66	78	10	155	49	4	7	38	1.51
7874157--7874204	11	4.4	10	80	15	51	62	6	2	29	1.31
7874083--7874222	66	2.1	67	80	9	162	50	5	6	37	1.52
7874323--7874357	16	2.2	16	94	0	61	54	2	0	42	1.15
7874434--7874723	22	13.3	21	69	15	115	47	3	10	37	1.56
7874434--7874750	44	7.2	44	72	10	170	48	3	9	37	1.54
7874499--7874750	66	3.8	66	71	14	157	48	3	9	38	1.52
7874693--7874758	22	3.0	21	80	8	69	57	6	3	33	1.38
7874499--7874830	44	7.6	43	72	11	137	47	3	9	39	1.55
7874709--7874766	22	2.6	22	78	7	64	55	6	1	36	1.37
7874784--7874826	22	2.0	22	90	0	68	39	2	16	41	1.61
7874870--7874971	22	4.6	21	81	2	87	46	10	7	35	1.68
7874848--7874971	44	2.8	43	78	9	126	47	9	6	36	1.62
7875175--7875199	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
7875436--7875529	22	4.3	22	69	16	79	51	6	7	35	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7875357--7875530	44	4.0	44	74	12	133	48	7	6	37	1.58
7875681--7875754	22	3.4	22	73	14	62	45	5	12	36	1.64
7875815--7875908	22	4.3	22	75	10	84	47	3	7	41	1.47
7875815--7875917	44	2.3	47	83	11	126	46	3	7	41	1.51
7875815--7875906	44	2.1	44	87	4	132	46	3	7	42	1.48
7875828--7875925	22	4.5	22	74	5	63	46	4	6	42	1.47
7875872--7875935	22	2.9	22	80	0	56	43	4	7	43	1.54
7875971--7876022	22	2.4	22	81	15	63	51	3	5	38	1.44
7876516--7876698	59	3.1	57	85	9	244	36	12	4	46	1.63
7876701--7876780	5	15.4	5	72	19	58	78	2	5	13	1.01
7876701--7876781	17	5.1	15	73	13	65	79	2	4	13	1.01
7876704--7876780	11	6.8	11	77	14	68	79	2	5	12	1.01
7876709--7876784	40	1.9	40	83	5	100	78	1	6	13	0.99
7876804--7876851	18	2.8	16	82	17	60	79	2	0	18	0.84
7876804--7876841	14	2.7	15	88	8	53	78	2	0	18	0.86
7877194--7877233	20	2.0	20	85	0	53	22	15	22	40	1.91
7877749--7877800	20	2.4	22	81	9	63	75	3	3	17	1.11
7877994--7878259	132	2.0	133	90	2	419	30	13	10	45	1.78
7878227--7878257	14	2.3	14	94	5	55	9	0	0	90	0.46
7878220--7878259	19	2.0	20	86	13	57	10	0	2	87	0.63
7878220--7878259	10	4.1	10	90	3	55	10	0	2	87	0.63
7878107--7878323	111	2.0	113	81	5	257	30	15	11	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7878264--7878892	42	15.1	42	89	3	943	35	22	17	24	1.95
7879159--7879240	43	1.9	42	87	7	121	35	15	10	37	1.83
7879424--7879482	22	2.7	22	84	7	75	33	18	8	38	1.81
7880570--7880608	19	2.1	18	86	13	53	7	15	0	76	0.99
7880940--7880965	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
7884535--7884565	16	1.9	16	93	0	53	25	0	3	70	1.02
7884504--7884729	122	1.9	121	87	6	341	35	11	7	44	1.71
7888950--7888981	15	2.0	17	88	11	50	46	6	3	43	1.44
7890293--7890480	96	2.0	96	85	6	256	42	13	8	35	1.75
7890860--7891021	44	3.7	44	75	9	118	50	4	7	37	1.52
7890859--7891008	66	2.3	65	80	9	162	50	4	8	36	1.53
7890860--7891021	22	7.4	21	72	10	92	50	4	7	37	1.52
7890970--7891017	11	4.4	10	80	15	51	62	6	2	29	1.31
7890896--7891035	66	2.1	67	81	9	171	50	5	6	37	1.52
7891240--7891555	22	14.5	21	69	16	117	48	3	10	37	1.54
7891305--7891555	44	5.7	43	72	13	142	48	3	9	38	1.52
7891589--7891631	22	2.0	22	90	0	68	39	2	16	41	1.61
7891675--7891776	22	4.6	22	76	9	100	46	9	7	36	1.66
7891663--7891776	44	2.6	43	80	8	122	46	9	7	36	1.64
7891984--7892008	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
7892245--7892338	22	4.3	22	69	16	79	51	6	7	35	1.56
7892166--7892339	44	4.0	44	74	12	133	48	8	6	36	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7892624--7892717	22	4.3	22	75	10	84	47	3	7	41	1.47
7892624--7892715	44	2.1	44	87	4	132	46	3	7	42	1.48
7892637--7892734	22	4.5	22	74	5	63	46	4	6	42	1.47
7892681--7892744	22	2.9	22	80	0	56	43	4	7	43	1.54
7892743--7892787	22	2.0	22	100	0	90	42	8	8	40	1.67
7892780--7892854	22	3.5	22	68	15	57	49	5	9	36	1.58
7893139--7893188	22	2.2	22	82	3	55	50	14	10	26	1.73
7893531--7893574	21	2.1	21	86	0	61	47	13	9	29	1.74
7895783--7895897	20	5.8	20	70	18	80	49	12	5	33	1.62
7896050--7896091	8	5.2	8	80	11	50	69	0	2	28	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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