genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8744095--8744125	3	10.3	3	92	0	53	29	0	0	70	0.87
8745295--8745358	31	2.1	31	84	0	83	21	7	18	51	1.71
8750312--8750353	22	1.9	22	90	0	66	71	0	21	7	1.09
8750328--8750424	8	11.4	9	80	13	84	78	0	11	10	0.97
8750319--8750424	25	4.3	25	77	11	101	77	0	12	10	1.00
8750324--8750394	17	4.2	17	78	8	74	84	0	7	8	0.78
8750983--8751200	79	2.8	78	78	2	220	37	9	20	32	1.84
8751518--8751578	22	2.8	22	85	7	88	36	6	18	39	1.76
8751710--8751801	43	2.1	43	93	0	157	36	11	19	31	1.88
8751990--8752040	20	2.7	19	82	8	59	33	11	19	35	1.88
8752160--8752427	81	3.3	81	81	5	272	26	14	17	41	1.88
8752148--8752427	41	6.9	41	77	6	239	26	13	16	42	1.86
8753023--8753083	31	2.0	31	86	0	86	19	8	19	52	1.71
8753631--8753691	24	2.5	24	100	0	122	44	3	6	45	1.46
8754643--8754687	14	3.2	13	82	17	54	80	2	6	11	0.99
8754628--8754711	37	2.3	37	82	12	93	79	5	5	8	1.04
8754654--8754715	23	2.7	23	75	12	63	80	4	4	9	1.00
8754711--8754747	17	2.2	18	85	9	51	56	8	0	35	1.29
8758112--8758153	5	8.6	5	94	2	68	14	21	0	64	1.29
8759496--8759541	24	1.9	24	86	0	65	43	6	4	45	1.49
8760047--8760208	54	3.1	52	74	15	161	49	6	11	32	1.65
8760033--8760217	53	3.4	53	80	8	221	49	6	10	32	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8760265--8760405	73	1.9	73	91	0	228	29	17	12	41	1.85
8760987--8761025	15	2.8	14	85	11	53	66	5	0	28	1.12
8760987--8761020	15	2.3	15	94	0	59	67	5	0	26	1.13
8761768--8761801	18	1.9	17	94	5	59	44	0	5	50	1.26
8763572--8763651	39	2.0	40	90	2	126	26	10	16	47	1.77
8767143--8767189	24	2.0	24	100	0	94	29	6	12	51	1.65
8771631--8771772	63	2.3	62	84	6	171	42	9	15	32	1.80
8782959--8782989	16	2.0	15	93	6	53	77	0	12	9	0.99
8783041--8783498	58	7.8	58	86	2	614	38	12	6	42	1.69
8783316--8783345	15	1.9	16	93	6	53	50	0	3	46	1.18
8783046--8783493	176	2.6	174	87	3	657	38	12	6	43	1.68
8783046--8783497	234	1.9	232	89	2	692	38	12	6	42	1.69
8785737--8785788	27	1.9	27	88	7	79	48	3	0	48	1.20
8785807--8785855	17	2.9	17	82	11	57	55	6	0	38	1.25
8785919--8785977	12	4.6	13	72	15	52	50	0	1	47	1.11
8803037--8803066	3	10.0	3	92	0	51	33	0	3	63	1.11
8803216--8803258	15	2.8	15	80	16	52	20	2	0	76	0.89
8803224--8803273	23	2.2	23	82	7	57	26	4	0	70	1.05
8807009--8807633	57	10.8	56	73	16	297	34	11	5	48	1.63
8807179--8807724	57	9.2	58	77	9	417	32	10	6	50	1.62
8807759--8807844	26	3.5	25	73	13	97	58	8	2	31	1.40
8807785--8807868	4	19.5	4	75	13	60	65	5	2	26	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8807757--8807865	48	2.3	48	96	0	200	60	7	2	29	1.38
8807785--8807867	22	3.6	22	73	12	85	65	6	2	26	1.28
8808589--8808686	50	1.9	51	89	2	153	32	8	9	50	1.64
8808655--8808826	59	2.9	57	84	6	211	38	15	5	41	1.69
8810806--8810833	10	2.8	10	100	0	56	21	0	7	71	1.09
8811011--8811374	197	1.8	198	82	5	470	41	7	12	38	1.71
8812367--8812627	85	3.1	84	77	5	267	45	17	17	19	1.85
8812415--8812671	85	3.0	85	77	4	180	46	16	17	19	1.85
8813413--8813615	52	3.8	51	85	5	237	19	17	11	51	1.75
8820757--8820790	15	2.3	15	94	0	59	55	2	17	23	1.55
8823976--8824355	59	6.7	56	72	13	253	34	11	7	46	1.67
8824333--8824374	15	2.7	16	85	7	59	35	2	0	61	1.09
8826600--8826643	22	2.0	22	91	4	72	56	0	2	40	1.11
8827701--8827749	22	2.1	24	85	7	66	30	6	4	59	1.41
8828582--8828696	31	3.8	30	75	11	83	37	4	7	50	1.51
8828950--8828987	20	1.9	19	85	15	51	44	2	5	47	1.39
8829946--8829976	15	2.0	16	93	6	55	83	0	9	6	0.79
8830905--8830976	36	2.0	37	88	2	110	43	9	16	30	1.80
8835023--8835132	8	14.0	8	79	13	122	83	0	5	10	0.84
8835049--8835145	13	7.5	13	75	19	62	84	0	6	9	0.77
8835023--8835132	39	2.8	39	87	8	152	83	0	5	10	0.84
8835023--8835146	16	8.5	15	81	12	91	83	0	7	8	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8835034--8835131	1	98.0	1	74	0	70	85	1	4	9	0.76
8835739--8835936	80	2.5	79	80	5	229	36	6	23	33	1.81
8835924--8836105	90	2.0	90	98	0	355	35	10	22	30	1.89
8836776--8837296	43	12.1	43	75	9	330	25	12	16	44	1.83
8836780--8837293	86	6.0	85	78	7	439	25	12	16	45	1.82
8836792--8837263	168	2.8	169	80	6	463	26	12	15	45	1.82
8837322--8837352	8	3.9	8	91	0	53	90	6	0	3	0.55
8837322--8837353	16	2.0	16	100	0	64	87	6	0	6	0.67
8837477--8837506	9	3.2	9	95	4	51	86	0	3	10	0.67
8837860--8837911	26	2.0	26	92	0	86	23	26	15	34	1.94
8852348--8852488	63	2.3	61	79	9	153	38	12	13	35	1.83
8852928--8853054	61	2.1	61	82	7	150	47	11	10	30	1.73
8853398--8853517	61	2.0	61	85	6	163	35	13	11	40	1.81
8853557--8853709	67	2.3	66	80	4	157	45	14	7	32	1.74
8853733--8853916	63	2.9	63	76	7	162	38	13	13	34	1.84
8860750--8861980	357	3.5	340	81	6	1245	34	11	16	37	1.85
8864714--8864783	35	2.0	35	100	0	140	22	37	8	31	1.85
8865117--8865161	20	2.2	20	84	7	56	77	4	13	4	1.07
8873132--8873205	37	2.0	37	97	0	139	41	21	9	27	1.84
8874025--8874063	8	5.1	8	81	12	55	15	0	0	84	0.62
8874025--8874063	7	5.3	7	84	9	51	15	0	0	84	0.62
8874025--8874063	15	2.6	15	95	0	69	15	0	0	84	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8875226--8875267	20	2.2	19	86	4	57	42	4	2	50	1.36
8876123--8876189	26	2.6	26	76	4	64	49	11	2	35	1.55
8876263--8876562	126	2.4	125	80	8	340	43	11	4	40	1.62
8877488--8877520	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
8878327--8878382	27	2.0	28	86	3	78	39	3	17	39	1.67
8878682--8878767	5	16.0	5	73	17	66	18	2	4	74	1.10
8878674--8878766	12	7.2	12	71	20	64	16	3	4	76	1.08
8885119--8885165	13	3.1	15	82	11	53	65	10	0	23	1.23
8888794--8888941	51	2.9	51	93	0	242	42	6	21	29	1.78
8897023--8897235	66	3.2	66	77	6	209	20	18	11	49	1.78
8897154--8897332	66	2.7	64	74	10	166	20	20	12	45	1.84
8899156--8899193	19	2.0	20	89	5	60	21	5	50	23	1.69
8900148--8900338	86	2.2	86	80	0	229	38	11	16	34	1.84
8908294--8908808	263	1.9	267	85	5	704	43	9	6	40	1.63
8909863--8909967	53	2.0	53	84	3	140	23	14	15	46	1.82
8914207--8914250	23	1.9	23	100	0	88	54	9	6	29	1.58
8916559--8916722	62	2.6	63	78	10	194	37	12	14	34	1.85
8917757--8917838	40	2.0	42	90	4	132	47	17	10	24	1.79
8919444--8919480	19	2.0	19	89	5	58	43	0	0	56	0.99
8920991--8921128	73	1.9	73	90	0	222	42	12	15	30	1.83
8921177--8921412	53	4.4	53	76	7	226	33	11	7	47	1.66
8921904--8921949	24	1.9	24	86	0	65	45	4	6	43	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8926662--8926703	15	2.7	15	82	13	50	35	0	7	57	1.26
8926665--8926703	16	2.5	16	88	12	55	30	0	7	61	1.24
8926695--8926786	26	3.5	25	76	14	71	8	6	4	80	1.01
8926707--8926752	21	2.3	20	82	10	58	8	2	4	84	0.83
8926696--8926763	35	1.9	35	85	5	93	8	4	2	83	0.87
8926729--8926764	14	2.6	14	87	12	56	11	5	0	83	0.80
8928909--8928938	8	3.8	8	90	0	51	3	0	6	90	0.56
8928989--8929260	41	6.7	40	79	8	264	42	18	13	25	1.86
8928981--8929260	81	3.4	79	80	11	298	42	18	13	25	1.87
8930150--8930380	79	2.9	78	75	2	201	32	21	9	36	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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