genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.132.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21212934--21213006	13	5.4	13	76	13	67	1	19	2	76	0.98
21212938--21213006	21	3.2	21	80	11	77	1	20	2	75	1.01
21212934--21213006	30	2.6	27	79	12	85	1	19	2	76	0.98
21216534--21216622	37	2.4	37	84	0	124	30	16	14	38	1.89
21216862--21216942	17	4.5	17	68	17	56	37	2	6	54	1.39
21216954--21216996	22	2.0	22	81	9	52	27	6	4	60	1.43
21217059--21217132	17	4.6	16	76	18	57	77	2	2	17	1.01
21217054--21217131	21	3.4	23	80	17	83	76	2	2	17	1.01
21217053--21217131	24	3.2	25	75	10	83	75	2	2	18	1.03
21217092--21217133	18	2.3	18	87	4	57	78	0	2	19	0.86
21218993--21219089	52	1.9	50	82	4	122	26	15	15	42	1.87
21218993--21219352	49	7.1	50	74	11	213	29	13	15	41	1.86
21221561--21222303	370	2.0	373	89	1	1152	31	16	13	37	1.88
21227186--21227219	12	2.7	12	90	9	50	88	2	8	0	0.62
21229328--21229409	22	3.8	21	77	6	65	36	23	9	30	1.87
21229484--21229578	22	4.4	22	82	2	111	34	24	13	27	1.93
21232746--21232796	23	2.1	25	85	7	70	13	13	9	62	1.54
21239493--21239545	23	2.2	25	86	6	74	16	16	5	60	1.54
21250583--21250644	29	2.1	30	82	14	76	45	0	1	53	1.10
21251654--21251719	6	9.6	7	84	12	52	7	16	0	75	1.02
21251660--21251694	8	4.5	8	96	3	63	11	20	0	68	1.20
21251689--21251750	14	4.5	14	76	15	58	1	8	8	82	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21251682--21251734	25	2.1	25	82	0	61	1	9	5	83	0.89
21251690--21251732	18	2.3	18	88	4	59	0	6	6	86	0.72
21257801--21257850	25	2.0	25	100	0	100	32	20	24	24	1.98
21259684--21259757	32	2.4	31	88	8	114	52	5	0	41	1.24
21259636--21259757	32	3.9	30	76	14	113	51	6	4	37	1.47
21259636--21259757	63	2.0	62	81	4	147	51	6	4	37	1.47
21263842--21263911	27	2.6	27	90	0	104	22	12	12	51	1.74
21271652--21271908	104	2.5	102	82	5	284	36	13	8	41	1.75
21274112--21274191	28	3.0	26	78	7	88	46	11	2	40	1.53
21275211--21275246	18	2.0	18	100	0	72	50	11	11	27	1.72
21282101--21282142	19	2.1	21	86	8	61	45	16	14	23	1.84
21285449--21285504	18	3.2	18	75	10	62	26	10	8	53	1.65
21285572--21285644	3	24.3	3	95	0	128	64	1	1	32	1.11
21285735--21285783	12	3.8	13	76	23	50	75	2	2	20	1.00
21285784--21285814	3	10.3	3	92	0	53	35	0	32	32	1.58
21285901--21285938	13	3.0	13	88	3	51	55	23	0	21	1.44
21285915--21285965	20	2.6	20	84	3	68	52	31	3	11	1.56
21286022--21286107	18	4.6	18	69	17	59	50	24	4	20	1.67
21285986--21286117	58	2.3	59	88	5	189	49	24	5	21	1.70
21287309--21287353	18	2.6	17	76	10	56	66	2	4	26	1.22
21289830--21289873	19	2.2	20	88	4	63	31	11	6	50	1.65
21289937--21289983	13	3.6	14	80	16	55	31	6	17	44	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21290168--21290217	20	2.6	19	84	9	57	4	2	12	82	0.90
21290183--21290222	20	2.0	21	90	5	64	2	0	12	85	0.71
21290368--21290523	36	4.3	36	71	13	106	53	12	14	19	1.72
21290385--21290561	72	2.4	72	80	6	171	53	12	15	18	1.72
21290585--21290664	35	2.3	35	86	4	108	52	11	17	18	1.74
21291070--21291235	3	56.3	3	65	16	53	34	6	1	57	1.31
21291152--21291215	17	3.3	19	85	12	78	37	7	0	54	1.29
21293049--21293121	35	2.1	35	92	0	119	20	10	6	61	1.51
21296332--21296424	45	2.1	45	87	4	134	43	13	17	25	1.86
21301392--21301443	20	2.6	20	76	11	61	71	1	17	9	1.22
21303432--21303474	21	2.0	21	86	0	59	23	13	9	53	1.69
21304838--21304862	13	1.9	13	100	0	50	32	16	24	28	1.96
21305183--21305211	10	2.9	10	100	0	58	20	0	0	79	0.74
21305640--21305684	23	1.9	24	81	4	56	26	0	20	53	1.46
21305722--21305789	31	2.2	31	86	0	91	35	7	23	33	1.83
21306090--21306155	13	4.8	13	74	22	55	21	3	3	72	1.11
21306721--21306773	25	2.1	25	86	6	72	66	0	1	32	1.03
21309623--21309705	22	3.8	22	70	10	62	69	3	1	25	1.11
21309657--21309721	19	3.3	19	75	12	51	66	6	1	26	1.24
21312020--21312097	12	6.3	12	72	12	61	55	14	7	23	1.64
21312005--21312097	38	2.5	38	84	5	109	52	15	8	23	1.69
21312011--21312092	26	3.2	25	78	11	78	51	14	8	25	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21312076--21312667	305	1.9	304	85	5	822	41	13	11	33	1.81
21312831--21312868	20	1.9	19	89	5	58	34	0	5	60	1.19
21316470--21316511	3	14.0	3	89	0	66	64	2	2	30	1.19
21319686--21319759	37	2.0	37	100	0	148	37	10	24	27	1.88
21324905--21324974	19	3.7	19	77	7	70	21	2	34	41	1.68
21325013--21325068	20	2.8	19	81	10	67	16	0	30	53	1.43
21325038--21325094	26	2.2	26	93	0	96	19	1	26	52	1.55
21325038--21325102	26	2.5	26	89	0	85	20	3	24	52	1.61
21325110--21325154	20	2.2	20	88	0	63	22	4	28	44	1.72
21328050--21328257	33	6.3	33	75	8	154	40	16	18	24	1.90
21328050--21328339	66	4.4	66	77	1	222	41	16	18	23	1.89
21328050--21328332	133	2.1	132	82	1	325	41	16	18	23	1.90
21328078--21328467	33	12.0	32	71	10	193	42	17	17	22	1.89
21329015--21329076	21	3.0	21	76	7	63	37	14	17	30	1.90
21329117--21329297	44	4.1	44	82	4	208	37	13	13	35	1.85
21329224--21329606	66	5.8	66	72	10	205	35	11	13	39	1.81
21329283--21329496	44	4.9	44	77	8	168	35	9	14	39	1.79
21329188--21329605	154	2.7	154	79	10	424	35	11	13	38	1.82
21329310--21329496	88	2.1	88	80	7	211	35	9	14	41	1.78
21329483--21329608	44	2.9	44	85	2	137	34	12	11	40	1.80
21335111--21335154	21	2.1	21	82	0	52	65	4	20	9	1.38
21339154--21339295	40	3.6	40	74	7	137	18	8	24	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21339154--21339301	20	7.4	20	75	1	118	17	8	25	48	1.74
21340390--21340436	20	2.3	20	88	0	67	23	23	4	48	1.68
21340398--21340437	20	2.0	20	95	0	71	25	27	5	42	1.75
21342342--21342383	16	2.7	15	82	10	57	52	7	19	21	1.69
21346015--21346094	33	2.5	33	83	6	92	28	13	10	47	1.75
21346344--21346392	24	2.0	25	88	4	73	36	0	2	61	1.08
21346392--21346426	16	2.2	16	89	0	52	48	2	0	48	1.16
21346483--21346512	13	2.3	13	94	0	51	90	6	3	0	0.56
21346690--21346728	11	3.5	11	85	0	60	43	0	0	56	0.99
21346730--21346766	19	2.0	18	89	5	56	51	0	0	48	1.00
21347265--21347322	8	7.0	8	79	13	55	34	0	6	58	1.25
21347938--21347980	22	2.0	22	81	9	52	46	6	2	44	1.43
21348358--21348479	63	1.9	64	84	1	165	40	12	16	31	1.85
21348841--21348934	46	2.0	46	86	8	129	38	7	14	39	1.75
21350840--21350894	21	2.6	22	82	8	69	18	20	16	45	1.86
21352290--21352342	12	4.3	12	78	4	61	41	30	9	18	1.82
21352327--21352404	28	2.7	28	88	4	111	47	24	3	24	1.68
21353089--21353196	49	2.3	47	80	9	121	40	16	10	32	1.82
21358299--21358335	13	2.8	13	87	0	56	24	8	5	62	1.44
21359454--21360376	160	5.8	161	80	4	902	32	9	15	42	1.79
21360907--21360955	19	2.6	19	96	3	91	10	20	42	26	1.84
21363456--21363544	46	1.9	46	95	0	160	33	35	5	24	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21365252--21365561	55	5.8	54	72	16	184	51	7	6	34	1.56
21365664--21365824	51	3.1	49	73	20	146	50	7	6	36	1.56
21365606--21365824	108	2.0	108	87	5	318	48	6	8	36	1.61
21365593--21365869	108	2.5	109	80	10	289	46	6	9	37	1.60
21365452--21365869	57	7.6	54	72	15	284	46	5	10	36	1.62
21372610--21372660	12	4.7	11	75	20	54	60	0	1	37	1.08
21372622--21372661	12	3.3	12	86	6	55	65	0	2	32	1.06
21372652--21372695	22	2.0	21	86	4	61	72	0	4	22	1.02
21372652--21372695	7	6.1	7	84	5	61	72	0	4	22	1.02
21375139--21375199	3	20.3	3	100	0	122	67	0	0	32	0.91

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