genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.140.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  140  of  190  ( 22769 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22794514--22794561	20	2.4	21	86	10	73	56	4	0	39	1.19
22794697--22794751	23	2.3	25	78	15	62	67	7	1	23	1.26
22794902--22794944	22	2.0	21	90	4	68	69	2	2	25	1.12
22795025--22795075	10	4.8	11	79	13	54	43	3	0	52	1.19
22795025--22795076	21	2.5	21	87	6	70	42	3	0	53	1.19
22795134--22795177	17	2.6	17	88	0	61	34	0	2	63	1.07
22795140--22795191	17	2.8	18	75	24	54	36	1	3	57	1.28
22796153--22796205	21	2.4	22	93	6	90	49	0	0	50	1.00
22800008--22800121	59	1.9	59	82	8	142	22	1	25	50	1.59
22799881--22800085	82	2.5	82	80	5	211	21	1	28	48	1.59
22799993--22800142	30	5.1	29	75	5	124	20	1	28	50	1.57
22800530--22800583	3	17.7	3	84	3	63	29	1	3	64	1.21
22802348--22802395	23	2.1	23	88	7	71	41	16	12	29	1.85
22802327--22802442	22	5.2	21	73	13	83	37	17	17	28	1.92
22802639--22802709	22	3.2	20	81	16	79	30	14	23	30	1.94
22803195--22803233	6	6.0	6	83	16	51	46	15	20	17	1.84
22804735--22804797	25	2.6	25	76	20	62	9	7	3	79	1.04
22811472--22811584	14	7.8	14	71	17	88	16	0	30	51	1.51
22811421--22811600	30	5.9	30	77	12	177	19	0	31	48	1.53
22811503--22811629	7	17.4	7	68	13	60	16	0	34	48	1.46
22811503--22811688	16	12.7	14	72	18	96	17	0	33	48	1.48
22811591--22811688	29	3.3	29	84	5	135	19	0	31	48	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22811547--22811641	45	2.1	44	84	9	122	18	0	36	44	1.51
22811517--22811671	75	2.1	74	84	10	201	18	0	34	47	1.49
22812181--22812225	3	14.3	3	81	9	54	33	4	2	60	1.29
22812181--22812225	13	3.6	12	90	3	63	33	4	2	60	1.29
22812181--22812213	16	2.1	16	88	5	50	33	3	0	63	1.10
22813167--22813242	6	13.2	6	90	6	106	80	0	2	17	0.83
22813167--22813327	12	13.7	11	76	13	110	71	2	1	24	1.08
22813268--22813323	3	18.7	3	87	7	78	67	1	1	28	1.10
22813170--22813323	9	17.2	9	68	15	88	70	2	1	24	1.10
22813166--22813324	21	8.1	20	66	17	93	71	2	1	23	1.08
22813585--22813619	15	2.3	15	100	0	70	0	51	5	42	1.25
22813585--22813629	15	2.9	15	90	6	54	2	48	6	42	1.41
22819999--22820061	17	3.8	16	77	14	65	77	4	1	15	1.01
22820006--22820057	5	9.8	5	80	12	59	78	3	1	15	0.98
22820086--22820158	3	24.7	3	89	8	105	67	1	1	30	1.08
22820058--22820131	9	8.4	9	81	15	66	60	5	0	33	1.19
22823196--22823255	20	3.1	19	77	17	61	61	8	0	30	1.25
22831273--22831316	22	2.0	22	100	0	88	40	18	4	36	1.71
22831753--22831812	22	2.7	22	84	0	66	28	25	16	30	1.97
22833533--22833586	27	2.0	27	96	0	99	35	0	0	64	0.94
22833528--22833587	21	3.1	19	76	23	63	33	0	0	66	0.92
22834904--22834933	15	1.9	15	93	6	51	30	0	3	66	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22834749--22835057	122	2.5	120	82	8	363	37	6	4	51	1.48
22834754--22835051	60	4.9	60	80	9	295	36	7	4	52	1.48
22834754--22835051	61	4.9	60	81	8	293	36	7	4	52	1.48
22834970--22835136	84	2.0	85	87	5	241	36	7	3	52	1.46
22835783--22835832	21	2.4	22	80	16	61	60	16	4	20	1.52
22835710--22835880	85	2.0	85	95	0	306	50	19	6	23	1.71
22836480--22836902	86	5.1	86	72	17	225	46	15	17	20	1.84
22836658--22837071	86	4.8	86	78	5	408	47	13	17	21	1.82
22836658--22837071	172	2.4	171	83	4	469	47	13	17	21	1.82
22837985--22838146	63	2.5	66	82	6	188	16	14	10	58	1.62
22848197--22848239	23	1.9	22	85	4	59	46	6	4	41	1.51
22848440--22848513	15	4.9	15	70	15	53	35	2	4	58	1.31
22848278--22848480	59	3.4	58	89	3	289	33	8	6	51	1.60
22848380--22848708	107	3.1	103	77	11	331	35	8	6	49	1.58
22848451--22848550	46	2.2	45	78	7	103	37	8	6	49	1.57
22848487--22848739	61	4.4	59	77	13	226	35	9	6	48	1.60
22848446--22848639	50	3.8	49	75	15	153	36	6	7	50	1.55
22848658--22848824	84	2.0	85	88	3	248	35	8	4	50	1.53
22850448--22850652	7	28.3	7	66	23	61	51	1	2	44	1.23
22850490--22850545	29	1.9	30	85	3	78	53	1	0	44	1.11
22850603--22850672	34	2.0	36	86	5	99	54	1	1	42	1.18
22857158--22857299	73	1.9	74	87	4	207	33	19	17	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22859294--22859372	42	2.0	41	85	9	110	32	5	16	45	1.69
22861879--22861926	2	24.0	2	86	0	69	50	4	2	43	1.33
22870323--22870430	27	4.0	27	77	12	89	51	0	0	47	1.07
22870376--22870430	29	1.9	28	88	3	83	52	0	1	45	1.11
22871025--22871061	18	2.1	18	94	0	65	21	0	32	45	1.52
22871523--22871618	22	4.6	22	72	15	87	44	11	4	39	1.60
22871522--22871578	11	5.3	11	75	10	55	43	8	3	43	1.52
22871532--22871609	38	2.1	38	95	0	138	47	10	2	39	1.51
22871532--22871588	16	3.2	16	70	25	51	47	8	1	42	1.45
22872704--22872773	11	6.3	11	76	13	56	75	2	8	12	1.13
22872848--22873391	274	2.0	272	94	1	964	31	22	10	35	1.88
22874488--22874592	43	2.5	42	88	1	147	40	15	13	31	1.85
22874488--22874616	43	3.0	42	85	2	116	38	14	15	31	1.88
22874762--22874825	33	1.9	34	83	3	85	42	18	12	26	1.86
22886714--22886746	14	2.4	14	90	5	50	18	0	3	78	0.87
22886738--22886767	11	2.7	11	100	0	60	26	6	0	66	1.16
22887335--22887392	19	3.1	18	81	16	64	72	1	0	25	0.94
22887337--22887380	11	4.4	9	83	16	52	77	2	0	20	0.88
22887349--22887392	19	2.2	20	88	11	65	75	0	0	25	0.81
22887356--22887399	19	2.3	19	84	7	54	75	0	4	20	0.98
22891890--22891964	29	2.6	30	83	8	84	58	0	4	37	1.17
22892385--22892440	22	2.5	22	73	2	67	30	10	5	53	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22892526--22892622	37	2.6	37	82	8	108	29	3	3	63	1.24
22892591--22892653	19	3.3	19	86	2	72	36	0	1	61	1.05
22892591--22892653	10	6.5	10	74	5	58	36	0	1	61	1.05
22894127--22894274	73	2.0	74	92	1	244	33	14	14	36	1.88
22896962--22897009	22	2.2	22	92	0	78	29	4	12	54	1.56
22899710--22899774	27	2.5	26	72	18	62	12	4	10	72	1.26
22899739--22899772	17	1.9	18	88	5	52	8	2	8	79	1.03
22899855--22899992	46	2.9	46	83	5	143	43	19	5	31	1.75
22899904--22900085	48	3.8	48	78	9	199	45	18	6	30	1.74
22900843--22901005	60	2.7	60	76	0	173	33	13	17	34	1.89
22900877--22900975	31	3.3	31	74	5	94	33	12	17	37	1.86
22901350--22901388	14	2.7	14	88	4	51	0	10	2	87	0.65
22901350--22901388	17	2.2	18	86	13	55	0	10	2	87	0.65
22906099--22906127	14	2.0	15	93	6	51	48	0	6	44	1.29
22906465--22906744	139	2.0	138	96	2	515	44	10	17	27	1.81
22909436--22909702	134	2.0	134	94	1	464	19	7	38	35	1.79
22911870--22911902	10	3.3	10	95	0	57	78	0	0	21	0.75
22913880--22913936	21	2.7	21	88	0	87	15	29	26	28	1.96
22924073--22924128	17	3.2	17	75	22	62	76	0	3	19	0.93
22924083--22924157	15	4.7	15	73	17	55	72	0	4	24	1.02
22924097--22924157	29	2.1	29	82	11	72	73	0	1	24	0.92
22924275--22924360	19	4.5	20	74	8	81	41	26	11	19	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22926132--22926194	3	21.3	3	93	3	110	68	0	0	31	0.90
22929405--22929569	15	10.6	15	67	20	72	76	0	18	4	1.00
22929455--22929505	20	2.6	19	82	14	59	80	1	15	1	0.89
22929455--22929570	16	6.7	16	70	27	62	76	0	18	4	0.99
22929911--22929980	12	6.1	11	83	9	77	78	1	14	5	1.00
22929910--22929980	23	3.0	23	87	2	97	78	1	14	5	0.99
22929908--22929992	15	5.6	14	72	14	53	77	1	15	5	1.01
22929910--22929989	23	3.3	23	85	5	88	77	1	15	6	1.02
22931415--22931461	23	2.1	23	84	4	60	46	4	10	38	1.58
22931582--22931780	40	5.0	40	74	14	169	38	18	8	35	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190