genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.149.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24131792--24131917	62	2.0	62	98	0	243	26	22	10	41	1.85
24132098--24132135	3	12.7	3	94	0	67	28	0	2	68	1.03
24132544--24132580	19	1.9	19	94	0	65	18	5	18	56	1.60
24133031--24133072	21	2.0	21	85	0	57	21	2	7	69	1.25
24133381--24133429	25	2.0	25	84	8	64	44	6	10	38	1.63
24134112--24134148	18	2.1	18	100	0	74	32	13	27	27	1.94
24135636--24135687	26	1.9	28	88	7	81	57	7	0	34	1.27
24134822--24137256	616	4.0	609	87	5	3368	46	9	3	40	1.54
24137268--24137319	25	2.1	25	100	0	104	13	75	0	11	1.06
24144440--24144470	11	2.8	11	95	0	53	51	32	0	16	1.44
24144688--24144768	25	3.3	25	72	3	76	22	37	8	32	1.84
24144807--24144891	31	2.7	31	87	0	125	25	23	21	29	1.99
24147010--24147376	182	2.0	182	95	1	664	26	16	12	44	1.83
24147613--24147654	7	5.7	7	83	10	57	71	2	0	26	0.98
24147612--24147665	10	5.0	10	77	16	54	68	1	1	27	1.10
24151307--24151382	30	2.6	28	81	8	80	21	2	31	44	1.66
24152849--24152987	12	10.8	12	67	23	52	20	3	3	71	1.16
24152908--24152962	23	2.4	23	88	11	78	27	3	0	69	1.05
24152908--24152943	4	9.2	4	87	6	56	25	2	0	72	0.98
24152908--24152974	16	4.4	16	75	18	63	28	2	0	68	1.04
24153903--24154051	6	24.7	6	72	14	51	19	4	2	73	1.11
24153992--24154050	5	11.4	5	79	15	50	15	3	0	81	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24153999--24154048	18	2.8	17	85	14	66	16	4	0	80	0.87
24154000--24154054	18	3.1	17	84	5	65	14	5	0	80	0.89
24154103--24154140	16	2.4	16	82	4	51	42	5	2	50	1.39
24154047--24154289	58	4.2	60	84	7	304	42	4	10	41	1.60
24164729--24164775	14	3.5	13	86	13	60	82	0	10	6	0.82
24164721--24164776	7	7.9	7	75	16	53	82	0	12	5	0.83
24165823--24166181	86	4.2	84	77	9	293	24	15	20	39	1.91
24165815--24166185	44	8.7	43	79	6	337	23	15	20	39	1.91
24165815--24166089	130	2.1	128	84	3	345	23	15	20	40	1.91
24166348--24166481	5	26.0	5	74	14	89	22	2	2	73	1.06
24166418--24166480	27	2.4	25	81	7	72	28	1	0	69	0.97
24166426--24166464	19	2.1	18	90	4	60	33	2	0	64	1.08
24166494--24166594	22	4.4	22	75	14	89	31	7	1	58	1.38
24166495--24166596	24	4.2	24	75	14	95	30	7	1	59	1.37
24167454--24167480	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
24167539--24167591	5	10.4	5	76	11	54	16	1	0	81	0.79
24167542--24167599	13	4.7	13	78	8	59	15	1	1	81	0.86
24168580--24168623	22	2.0	22	86	0	61	36	20	18	25	1.95
24168702--24168784	22	3.7	22	78	12	89	33	21	21	22	1.97
24168790--24168883	36	2.6	36	81	6	102	47	18	15	18	1.82
24168917--24169455	87	6.2	87	81	5	545	40	19	18	20	1.91
24168976--24169455	174	2.8	173	85	2	642	40	20	18	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24168917--24169455	261	2.1	262	82	3	638	40	19	18	20	1.91
24169579--24169671	41	2.3	42	87	7	122	32	13	15	38	1.86
24169762--24169796	18	1.9	18	88	0	52	37	5	25	31	1.80
24169980--24170069	41	2.2	41	82	4	101	34	15	20	30	1.93
24171033--24171077	1	45.0	1	81	0	54	2	0	6	91	0.50
24171033--24171078	10	4.7	10	84	10	60	2	0	8	89	0.57
24171033--24171077	24	2.0	22	91	8	72	2	0	6	91	0.50
24171034--24171076	14	2.9	14	93	6	68	2	0	6	90	0.52
24171484--24171518	9	3.7	9	85	14	52	2	8	0	88	0.61
24171475--24171540	20	3.3	20	87	10	91	7	4	3	84	0.84
24171475--24171537	10	6.6	9	77	13	63	7	4	1	85	0.78
24172102--24172130	11	2.6	11	100	0	58	0	6	0	93	0.36
24173818--24173876	30	2.0	30	83	6	77	25	20	3	50	1.63
24178304--24178358	14	3.9	13	81	13	65	16	1	32	49	1.56
24189778--24189859	40	2.0	41	97	2	157	26	9	7	56	1.58
24189794--24189880	41	2.2	40	80	2	93	39	6	5	48	1.54
24189980--24190044	21	3.1	21	72	12	71	32	3	6	58	1.38
24189978--24190045	20	3.3	20	73	4	73	35	2	5	55	1.39
24190150--24190214	20	3.1	21	71	4	60	29	3	16	50	1.60
24190189--24190241	21	2.5	22	81	9	65	41	1	3	52	1.30
24190330--24190367	20	1.9	20	88	0	58	36	7	15	39	1.77
24190335--24190383	20	2.4	20	82	3	53	34	6	12	46	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24190502--24190535	17	2.0	17	94	0	59	38	5	5	50	1.51
24190642--24190712	11	6.5	11	71	9	56	35	4	11	49	1.58
24190647--24191770	21	53.0	20	66	15	193	34	6	11	48	1.64
24190748--24190808	20	3.0	19	77	20	61	34	11	8	45	1.70
24191335--24191394	22	2.8	20	75	7	57	36	3	8	51	1.49
24193096--24193136	21	2.0	21	85	9	57	36	0	14	48	1.44
24193108--24193183	21	3.7	21	70	20	52	28	3	9	57	1.48
24207414--24207440	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24211864--24211914	25	2.0	25	96	0	93	31	17	15	35	1.92
24211984--24212020	14	2.7	14	88	12	51	16	0	0	83	0.64
24211978--24212021	15	3.0	15	83	3	54	15	2	0	81	0.78
24211983--24212024	22	2.0	21	85	4	57	14	0	0	85	0.59
24216015--24216102	42	2.1	42	82	4	106	14	23	5	55	1.61
24218145--24218169	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
24230783--24230824	11	3.8	11	87	12	68	21	0	28	50	1.49
24230850--24231003	52	3.0	52	83	7	179	42	7	21	28	1.79
24231556--24231663	25	4.4	25	68	15	80	41	6	30	21	1.78
24231948--24232103	52	3.0	51	85	3	204	45	7	19	27	1.77
24234498--24234560	28	2.3	26	80	15	74	46	0	1	52	1.10
24235391--24235427	19	1.9	19	94	0	65	43	0	5	51	1.24
24242054--24242119	31	2.1	31	81	13	73	51	4	13	30	1.61
24242648--24242678	12	2.6	12	94	0	53	38	3	16	41	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24247598--24247639	21	2.0	22	85	4	59	14	21	0	64	1.29
24250586--24250620	10	3.5	10	100	0	70	62	0	20	17	1.32
24257995--24258024	12	2.5	12	94	0	51	16	0	13	70	1.18
24258697--24258830	25	5.6	24	77	14	125	30	2	10	55	1.48
24258698--24258830	69	1.9	67	85	8	178	30	3	10	55	1.49
24258814--24258880	32	2.1	32	91	0	107	26	5	13	53	1.62
24258805--24259015	115	1.8	117	88	5	313	29	5	12	52	1.61
24258880--24258943	31	2.1	31	93	0	110	28	6	12	53	1.62
24258930--24259219	32	8.9	32	70	20	178	28	6	11	53	1.61
24258847--24259093	87	3.0	84	79	13	266	28	6	11	53	1.60
24259152--24259193	21	2.0	20	86	4	57	28	2	11	57	1.47
24259029--24259288	137	1.8	141	88	6	402	29	5	10	54	1.56
24258910--24259245	20	18.6	20	63	26	85	29	6	11	53	1.61
24259318--24259379	24	2.6	24	87	7	90	37	1	6	54	1.36
24259478--24259573	18	5.2	18	71	12	52	30	5	14	50	1.65
24264782--24264893	34	3.3	34	70	5	91	33	12	16	37	1.87
24269068--24269131	32	2.0	32	87	0	92	46	0	4	48	1.23
24271620--24271644	8	3.1	8	100	0	50	84	0	16	0	0.63
24273117--24273172	21	2.8	19	74	17	51	23	10	1	64	1.35
24279004--24279050	15	3.1	15	75	22	53	70	6	0	23	1.10
24280376--24280564	43	4.4	43	78	6	175	42	11	13	32	1.80
24280641--24280703	21	3.3	21	64	32	59	38	15	9	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24280618--24280711	36	2.6	36	98	0	179	39	17	11	31	1.85
24280872--24280939	34	2.0	34	85	0	91	38	20	13	27	1.90
24281323--24281397	38	2.0	38	97	0	141	38	16	20	25	1.92
24281481--24281878	59	6.7	59	86	6	536	34	13	6	46	1.67
24281479--24281879	182	2.2	178	88	4	576	34	12	6	46	1.68
24281894--24281935	22	1.9	22	90	9	68	71	0	11	16	1.14
24281917--24282029	17	6.8	16	67	15	52	71	3	5	19	1.20
24281895--24281980	21	3.9	21	68	27	54	74	1	9	15	1.12
24282375--24282411	19	1.9	19	88	0	56	16	21	27	35	1.94
24282959--24283067	28	3.8	28	73	11	96	70	2	0	25	1.06

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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