genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.153.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24712097--24712137	13	3.1	13	86	6	64	29	0	0	70	0.87
24712082--24712144	21	2.9	21	83	4	72	28	1	0	69	0.97
24713290--24713331	10	4.1	10	79	14	50	76	14	0	9	1.02
24720032--24720080	23	2.1	23	96	0	89	46	12	10	30	1.74
24725080--24725416	103	3.3	101	82	7	391	37	10	7	44	1.67
24725070--24725416	101	3.4	100	82	8	382	37	10	7	44	1.67
24726069--24726137	27	2.6	26	80	13	77	69	2	8	18	1.27
24726092--24726126	9	4.0	9	85	7	54	68	2	8	20	1.29
24728248--24728285	19	1.9	19	89	5	58	78	0	10	10	0.95
24728570--24728625	18	3.1	17	80	19	69	71	0	17	10	1.14
24728567--24728625	9	6.3	9	71	21	50	71	0	18	10	1.14
24729679--24729972	44	6.6	47	72	12	201	35	8	13	42	1.75
24729741--24729863	45	2.8	44	81	7	124	34	9	13	42	1.77
24729796--24729865	23	3.0	23	66	14	54	35	11	11	41	1.77
24730106--24730172	18	3.6	18	80	11	71	28	13	8	49	1.72
24730136--24730222	18	4.9	18	80	8	83	31	16	11	41	1.83
24730225--24730269	22	2.0	22	87	8	65	37	13	11	37	1.80
24730237--24730278	22	1.9	22	90	0	66	33	11	19	35	1.88
24731095--24731201	24	4.5	24	70	19	80	21	6	11	60	1.52
24731224--24731282	26	2.2	27	79	14	68	28	3	8	59	1.43
24734036--24734060	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
24737770--24737795	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24748273--24748305	14	2.4	14	100	0	66	48	0	0	51	1.00
24750812--24750894	34	2.4	34	81	0	103	46	9	3	39	1.54
24751449--24751503	15	4.4	13	72	22	55	43	0	0	56	0.99
24753278--24753339	27	2.2	28	75	16	67	40	0	0	59	0.97
24756351--24756377	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24767145--24767180	18	2.0	18	100	0	72	22	5	38	33	1.77
24773639--24773709	29	2.5	29	86	6	92	38	5	1	54	1.33
24773810--24773867	24	2.4	25	82	2	73	60	1	5	32	1.29
24773810--24773867	25	2.4	24	80	8	64	60	1	5	32	1.29
24774268--24774315	24	2.0	24	88	8	71	43	0	0	56	0.99
24774326--24774357	10	3.1	10	91	8	55	28	0	0	71	0.86
24774325--24774360	11	3.4	11	92	7	65	27	0	0	72	0.85
24775590--24775646	24	2.4	25	79	8	64	45	22	1	29	1.63
24776270--24776314	20	2.2	20	84	7	56	68	2	4	24	1.19
24776285--24776323	20	2.0	20	90	10	62	64	2	5	28	1.28
24788179--24788212	13	2.5	14	90	4	52	61	0	0	38	0.96
24789228--24789258	11	2.8	11	100	0	62	19	0	29	51	1.47
24789314--24789438	52	2.4	52	87	1	171	37	8	24	29	1.84
24790020--24790096	25	3.1	25	85	9	104	36	6	36	20	1.79
24790007--24790096	25	3.6	25	80	8	94	37	6	33	22	1.80
24790339--24790380	11	3.8	11	83	0	57	26	0	23	50	1.50
24790405--24790508	51	2.0	51	85	5	138	38	9	25	25	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24794947--24795036	32	2.8	31	73	9	83	46	1	2	50	1.21
24796620--24796691	20	3.7	19	75	3	63	50	2	2	44	1.31
24797119--24797171	28	1.9	27	85	11	72	32	0	7	60	1.25
24797234--24797267	17	1.9	17	88	5	50	32	0	5	61	1.20
24797221--24797259	17	2.2	17	90	4	60	28	0	2	69	1.02
24797316--24797430	19	6.2	18	67	15	56	33	0	2	64	1.07
24797324--24797399	28	2.8	26	79	18	93	34	0	0	65	0.93
24797356--24797418	18	3.4	18	77	12	74	31	0	3	65	1.09
24806880--24806927	24	2.0	24	95	0	87	20	27	12	39	1.89
24810692--24810752	30	2.1	29	81	6	79	65	3	3	27	1.24
24810698--24810753	14	3.9	14	80	15	69	64	1	3	30	1.21
24811253--24811291	20	1.9	21	84	5	53	74	10	0	15	1.07
24812786--24812833	17	2.8	17	84	9	62	77	0	0	22	0.78
24812784--24812833	9	5.8	9	81	9	59	76	0	0	24	0.80
24812784--24812828	13	3.4	14	85	14	53	75	0	0	24	0.80
24814750--24814836	44	2.0	44	90	0	138	58	2	20	18	1.50
24816003--24816039	15	2.5	15	100	0	74	40	18	8	32	1.80
24825910--24826268	96	3.8	94	82	5	411	36	8	10	44	1.69
24830283--24830341	20	2.8	21	79	7	66	71	0	0	28	0.87
24833351--24833429	23	3.4	23	78	0	95	25	7	34	32	1.84
24833351--24833454	46	2.3	46	89	3	156	26	8	32	31	1.87
24833937--24833980	21	2.1	22	79	12	56	77	0	0	22	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24834104--24834162	5	11.4	5	75	15	50	71	1	0	27	0.96
24834106--24834163	3	21.0	3	80	16	72	68	1	0	29	0.99
24834106--24834163	11	5.3	11	87	6	73	68	1	0	29	0.99
24834106--24834159	20	2.8	19	86	8	74	70	1	0	27	0.98
24834106--24834163	14	4.2	15	83	14	72	68	1	0	29	0.99
24834308--24834353	19	2.4	19	88	0	65	41	21	10	26	1.86
24835613--24835642	10	3.0	10	100	0	60	20	20	10	50	1.76
24838311--24838349	3	13.0	3	100	0	78	66	0	0	33	0.92
24842531--24842708	95	1.9	95	83	2	232	34	15	14	36	1.87
24842725--24842813	22	4.0	22	68	0	61	34	17	16	30	1.93
24842794--24842865	22	3.3	22	75	7	65	34	20	12	31	1.90
24843068--24843164	33	2.9	32	71	18	88	39	23	11	25	1.88
24843470--24843521	1	52.0	1	76	0	50	88	1	1	7	0.66
24843469--24843521	12	4.5	12	79	9	56	86	1	1	9	0.71
24845432--24845480	23	2.1	23	88	0	71	18	10	42	28	1.83
24845931--24845969	17	2.4	17	86	4	53	30	7	0	61	1.24
24845979--24846034	14	3.9	14	76	17	53	71	0	3	25	1.02
24846327--24846370	19	2.3	20	84	11	65	38	22	13	25	1.91
24855363--24855394	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
24856225--24856268	2	22.0	2	90	0	70	50	0	2	47	1.13
24857123--24857166	16	2.8	16	85	0	61	68	4	0	27	1.09
24857277--24857306	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24857846--24857872	13	2.1	13	100	0	54	37	29	0	33	1.58
24857985--24858017	16	2.1	16	88	5	50	36	0	0	63	0.95
24858183--24858225	15	2.9	15	75	0	50	30	44	9	16	1.79
24859775--24859799	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
24859873--24859918	13	3.3	15	76	17	53	71	2	0	26	0.97
24859874--24859917	20	2.1	21	87	4	63	70	2	0	27	0.99
24860614--24860678	31	2.1	31	88	0	94	32	13	13	40	1.85
24862211--24862959	160	4.7	162	82	4	847	41	14	10	33	1.80
24864149--24864182	13	2.6	13	85	0	50	61	5	5	26	1.42
24868509--24868541	17	1.9	17	88	11	50	39	0	30	30	1.57
24869021--24869157	69	2.0	68	80	12	156	47	10	8	33	1.68
24869354--24869713	128	2.9	125	79	6	395	36	10	12	39	1.78
24871939--24871983	21	2.1	21	84	8	56	22	0	8	68	1.16
24872342--24872424	40	2.1	40	88	0	121	28	14	16	39	1.88
24887184--24887277	8	12.0	8	74	21	60	72	1	3	23	1.06
24887185--24887284	24	4.3	23	76	20	102	72	1	3	24	1.05
24888079--24888198	3	43.7	3	68	18	66	62	4	1	31	1.24
24888089--24888143	21	2.6	21	91	5	85	58	3	0	38	1.16
24888083--24888143	26	2.3	26	88	8	88	59	3	0	37	1.14
24888132--24888161	13	2.2	14	94	5	53	53	3	6	36	1.44
24888083--24888143	5	11.6	5	87	8	86	59	3	0	37	1.14
24888473--24888605	55	2.4	55	83	0	149	40	14	21	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24888527--24888738	55	3.8	55	73	11	173	40	12	23	24	1.89
24888473--24888737	111	2.4	111	81	6	290	40	13	23	23	1.90
24889518--24889569	27	1.9	27	84	7	70	5	5	5	82	0.94
24894380--24894783	221	1.8	221	83	7	543	33	14	5	47	1.67
24895888--24895956	18	3.9	18	73	17	56	14	2	8	73	1.18
24895913--24895968	22	2.5	22	88	2	85	14	3	3	78	1.02
24896642--24896719	24	3.2	24	77	10	79	73	1	1	24	0.99
24896642--24896717	13	6.2	12	73	19	68	73	1	1	23	0.98
24896649--24896719	35	2.0	35	86	10	101	71	1	1	25	1.02
24896694--24896729	18	1.9	19	88	5	56	75	0	5	19	1.00

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