genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2837008--2837046	18	2.1	18	85	9	51	51	0	2	46	1.14
2838870--2838939	10	6.7	10	75	19	63	24	2	8	64	1.36
2838922--2838973	14	3.6	14	78	14	52	30	0	3	65	1.10
2838960--2839043	23	3.5	23	81	9	96	39	0	3	57	1.16
2843007--2843038	12	2.7	12	95	0	55	31	34	25	9	1.87
2847099--2847149	21	2.4	21	83	3	66	64	1	0	33	1.05
2848451--2848519	29	2.4	29	85	4	95	46	0	2	50	1.16
2848451--2848529	29	2.7	27	74	16	70	43	0	3	53	1.19
2848548--2848626	30	2.7	29	86	2	95	51	5	3	39	1.42
2849901--2849957	20	2.8	21	83	5	71	26	5	10	57	1.53
2850962--2851022	29	2.1	29	100	0	122	47	16	3	32	1.63
2853192--2853245	18	3.0	19	75	20	62	31	5	25	37	1.79
2853588--2853636	6	8.2	6	90	0	80	36	46	0	16	1.47
2868904--2868981	39	2.0	39	97	0	147	41	16	12	29	1.86
2870787--2870823	17	2.2	17	90	0	56	83	2	13	0	0.74
2871629--2871662	17	2.0	17	88	0	50	70	0	2	26	1.01
2871269--2871955	356	1.9	358	94	2	1215	48	5	3	42	1.43
2871984--2872035	24	2.1	24	82	10	61	42	0	0	57	0.98
2872868--2872907	19	2.1	19	85	4	53	45	5	2	47	1.38
2873903--2873947	23	2.0	23	82	4	56	46	0	2	51	1.13
2875044--2875099	24	2.4	23	77	19	62	37	0	0	62	0.95
2875072--2875121	13	3.8	13	82	15	66	34	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2875086--2875130	11	4.0	11	83	13	56	33	2	0	64	1.06
2875088--2875145	24	2.5	24	82	2	64	36	5	0	58	1.20
2875603--2875644	13	3.3	13	86	3	50	57	0	4	38	1.20
2875614--2875670	27	2.1	28	83	3	71	61	0	0	38	0.96
2879383--2879426	11	3.8	11	82	11	61	29	0	0	70	0.88
2879384--2879423	13	3.2	13	79	13	57	30	0	0	70	0.88
2879377--2879428	15	3.5	14	79	10	50	32	0	0	67	0.91
2886844--2886887	17	2.5	18	81	3	54	40	0	0	59	0.98
2887389--2887629	119	2.0	117	95	1	428	38	8	3	49	1.51
2887413--2887662	119	2.1	119	88	5	362	41	7	5	46	1.55
2887673--2887725	29	2.0	28	82	17	69	54	1	5	37	1.35
2889428--2889458	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
2889540--2889590	25	2.0	26	84	3	68	60	13	0	25	1.33
2889608--2889633	8	3.2	8	100	0	52	15	0	0	84	0.62
2890258--2890297	19	2.1	20	86	9	57	57	5	0	37	1.21
2890945--2890984	16	2.7	14	88	7	53	55	0	0	45	0.99
2890950--2890986	8	4.6	8	86	0	56	56	0	0	43	0.99
2890947--2890994	14	3.3	14	80	11	51	60	0	0	39	0.97
2890950--2891000	26	2.0	24	85	7	66	60	0	0	39	0.97
2891303--2891377	31	2.4	31	78	8	82	25	4	4	66	1.26
2901147--2901188	18	2.4	18	80	4	50	40	7	4	47	1.52
2904023--2904114	28	3.1	29	73	10	80	58	2	2	36	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2906971--2907006	13	2.8	13	95	0	63	52	8	8	30	1.61
2907894--2907927	14	2.4	14	90	0	50	47	0	0	52	1.00
2921414--2921534	62	2.0	62	91	0	197	45	11	15	27	1.81
2925555--2925581	14	1.9	14	100	0	54	59	0	11	29	1.32
2926689--2926734	22	2.1	22	84	8	58	54	4	0	41	1.20
2937668--2937871	101	2.0	101	96	0	372	31	11	17	39	1.85
2937929--2937971	17	2.5	17	88	0	59	74	4	16	4	1.16
2939236--2939277	21	2.0	20	86	4	57	59	0	0	40	0.97
2947740--2947782	22	1.9	23	85	4	61	55	6	2	34	1.39
2956440--2956509	31	2.3	31	78	16	83	55	14	15	14	1.69
2956448--2956509	29	2.1	30	85	8	83	54	16	14	14	1.71
2956752--2956776	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2957406--2957448	20	2.1	21	86	4	61	6	18	0	74	1.04
2957406--2957460	22	2.6	21	82	8	58	9	18	0	72	1.10
2958975--2959012	19	2.0	19	94	0	67	28	5	13	52	1.61
2964219--2964318	48	2.1	47	86	1	137	29	10	7	54	1.60
2964744--2964797	26	2.1	26	85	0	72	48	7	0	44	1.31
2964494--2964853	180	2.0	180	80	6	408	37	8	6	48	1.58
2968195--2968233	2	19.5	2	94	0	69	51	2	0	46	1.14
2971622--2971670	2	24.5	2	100	0	98	48	0	51	0	1.00
2974313--2974343	15	2.1	15	94	5	55	12	19	19	48	1.81
2974883--2974917	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2975102--2975776	49	13.8	50	80	5	623	36	20	12	29	1.90
2987655--2988046	207	1.9	209	80	8	460	33	14	8	43	1.76
2988029--2988063	14	2.6	13	86	8	52	22	0	2	74	0.95
2989575--2989613	17	2.4	17	82	4	53	41	0	0	58	0.98
2990795--2990855	13	4.5	14	78	13	65	81	6	3	8	0.95
2990815--2990855	9	4.7	9	85	11	50	87	2	2	7	0.70
2992157--2992194	20	1.9	19	89	5	58	50	21	0	28	1.49
2992160--2992403	28	8.5	28	73	9	136	48	29	0	21	1.50
2992203--2992402	14	13.8	15	72	15	102	50	31	0	18	1.48
2992204--2992407	88	2.4	86	85	4	284	50	30	0	18	1.47
2992204--2992408	28	7.1	28	77	6	162	51	30	0	18	1.46
2999065--2999146	38	2.2	37	93	2	137	76	8	7	7	1.15
3000967--3001298	129	2.6	128	79	5	325	33	15	14	36	1.88
3001279--3001493	108	2.0	109	86	4	301	24	18	16	40	1.90
3001412--3001585	88	2.0	87	84	3	224	21	17	18	42	1.89
3001499--3001922	110	3.8	110	78	2	386	26	17	15	41	1.88
3001994--3002043	22	2.3	22	86	6	66	28	24	20	28	1.99
3002066--3002149	37	2.3	37	87	0	123	15	13	17	53	1.73
3002082--3002161	37	2.2	37	83	0	97	17	16	15	51	1.77
3001951--3002267	169	1.9	168	81	5	381	22	17	17	41	1.90
3002093--3002381	132	2.2	132	95	1	517	24	19	16	39	1.92
3002688--3002742	27	2.2	25	80	9	58	74	3	1	20	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3003829--3003924	12	7.9	12	74	11	61	65	2	4	28	1.22
3003893--3003928	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
3004176--3004271	28	3.4	28	86	1	120	47	28	0	23	1.52
3004348--3004409	28	2.2	27	80	5	70	51	32	1	14	1.52
3005956--3006026	32	2.1	35	82	7	85	25	1	5	67	1.20
3006040--3006083	17	2.6	17	88	0	61	31	4	2	61	1.28
3006051--3006083	11	2.8	12	90	9	59	33	6	0	60	1.21
3006982--3007030	24	2.1	23	84	3	62	16	2	2	79	0.92
3007160--3007668	57	8.7	57	89	6	731	45	7	12	34	1.69
3007160--3007668	117	4.4	116	90	7	766	45	7	12	34	1.69
3007703--3007731	6	4.8	6	100	0	58	17	0	13	68	1.20
3012363--3012390	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
3018791--3018832	12	3.5	12	84	15	52	23	0	4	71	1.05
3018927--3019284	60	6.0	59	78	12	365	51	3	7	36	1.48
3018927--3019284	121	3.0	117	84	6	461	51	3	7	36	1.48
3019230--3019262	14	2.4	14	90	10	50	63	0	6	30	1.18
3024589--3024678	17	5.4	17	75	2	74	24	17	12	45	1.83
3024964--3025015	25	2.1	25	96	0	95	26	17	7	48	1.74
3024878--3025100	110	2.0	110	85	1	304	24	19	12	44	1.84
3024987--3025305	85	3.8	86	75	8	273	22	18	13	45	1.85
3025029--3025380	166	2.1	165	81	8	412	21	17	14	45	1.84
3030028--3030104	21	3.7	21	89	0	109	33	24	23	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3031210--3031244	17	2.1	17	89	5	54	51	14	11	22	1.74
3032565--3033015	61	7.4	60	77	12	388	52	5	7	33	1.53
3032585--3033014	183	2.4	182	83	9	526	52	5	8	33	1.54
3032585--3033014	122	3.6	121	78	11	434	52	5	8	33	1.54
3032981--3033028	15	3.3	15	94	5	82	62	0	6	31	1.20
3034042--3034100	23	2.4	25	75	10	61	47	11	10	30	1.73
3034165--3034196	3	10.7	3	93	0	55	68	28	0	3	1.04
3034163--3034193	15	2.1	15	100	0	62	67	25	0	6	1.14
3037848--3037901	25	2.2	25	93	0	90	35	9	16	38	1.81
3038092--3038126	17	2.1	17	100	0	70	17	17	31	34	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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