genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1875203--1875261	21	2.8	21	81	2	64	38	6	5	49	1.52
1875464--1875559	21	4.6	21	79	8	99	34	9	12	43	1.75
1875973--1876141	22	7.7	22	75	5	128	40	5	5	47	1.52
1875973--1876130	66	2.4	67	77	5	153	40	5	5	48	1.51
1876429--1876479	22	2.3	22	87	12	77	31	3	5	58	1.40
1876432--1876490	22	2.8	21	85	12	68	33	5	5	55	1.43
1876777--1876856	22	3.6	21	80	6	70	38	12	2	46	1.55
1879769--1879963	95	2.0	96	89	7	293	40	8	9	42	1.68
1880098--1880188	21	4.4	21	77	5	87	34	7	8	49	1.62
1880146--1880214	11	6.5	10	77	9	57	39	5	7	47	1.55
1880152--1880210	21	2.8	21	81	2	64	38	6	5	49	1.52
1880413--1880508	21	4.6	21	79	8	99	34	9	12	43	1.75
1880922--1881092	22	7.7	22	73	8	114	40	5	5	47	1.52
1881380--1881430	22	2.3	22	87	12	77	31	3	5	58	1.40
1881383--1881441	22	2.8	21	85	12	68	33	5	5	55	1.43
1881733--1881812	22	3.6	21	80	6	70	38	12	2	46	1.55
1884981--1885030	21	2.5	20	83	9	57	32	8	12	48	1.69
1884995--1885046	21	2.5	21	81	6	61	32	7	11	48	1.68
1885209--1885263	3	18.0	3	92	3	92	65	1	0	32	1.03
1885306--1885401	21	4.6	21	78	8	99	33	8	13	44	1.74
1885819--1885866	22	2.2	22	84	0	60	33	6	8	52	1.57
1885863--1885920	22	2.6	22	86	0	71	36	1	10	51	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1885928--1885970	22	2.0	22	85	0	59	44	9	2	44	1.49
1886068--1886130	6	10.2	6	83	10	65	20	1	1	76	0.96
1886052--1886137	26	3.3	25	80	16	79	20	3	1	74	1.03
1886056--1886181	9	15.5	8	70	20	50	21	3	1	73	1.09
1886070--1886178	12	8.7	12	71	20	64	22	2	1	73	1.06
1886269--1886362	20	4.3	20	72	17	64	18	6	5	70	1.28
1887186--1887301	14	8.9	13	68	23	50	20	3	4	71	1.18
1887186--1887219	17	1.9	17	94	5	59	26	0	0	73	0.83
1887242--1887320	11	6.7	11	72	23	54	13	6	2	77	1.07
1887248--1887323	25	3.2	24	77	18	81	14	5	2	77	1.05
1887248--1887333	24	3.6	22	76	17	84	15	5	2	76	1.07
1887249--1887333	25	3.5	24	72	23	79	15	5	2	76	1.08
1887348--1887630	60	4.8	56	86	11	359	45	7	12	34	1.70
1887348--1887630	120	2.4	117	91	5	435	45	7	12	34	1.70
1891568--1891610	16	2.9	15	90	10	70	69	0	16	13	1.19
1891564--1891637	13	5.4	12	75	21	58	72	0	16	10	1.10
1892868--1893457	42	14.0	42	89	2	684	24	16	21	36	1.94
1892868--1893457	126	4.7	125	88	3	772	24	16	21	36	1.94
1893648--1893711	18	3.7	18	78	18	64	14	6	0	79	0.91
1893675--1893733	5	11.2	5	73	22	50	20	1	0	77	0.85
1893652--1893733	21	3.8	21	75	13	60	17	4	0	78	0.93
1893663--1893726	6	11.2	6	73	21	57	17	3	0	79	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1893864--1893912	20	2.3	21	86	6	64	22	6	8	63	1.44
1893873--1893921	20	2.5	20	74	12	55	24	4	6	65	1.33
1894213--1894264	25	2.2	23	86	10	70	30	1	15	51	1.54
1894787--1894887	4	24.0	4	70	22	57	21	2	3	71	1.16
1894782--1894913	8	14.9	9	70	15	71	21	3	3	71	1.18
1894778--1894820	14	3.2	13	86	6	59	20	0	0	79	0.74
1894918--1895061	55	2.7	55	79	10	151	52	4	13	29	1.60
1895048--1895075	14	2.0	14	100	0	56	42	0	35	21	1.53
1896181--1896254	22	3.4	22	86	0	94	36	10	4	48	1.57
1896192--1896228	11	3.4	11	84	0	56	35	2	5	56	1.36
1896542--1896602	22	2.8	22	87	0	86	36	9	6	47	1.63
1896613--1896715	22	4.7	21	81	9	109	36	3	10	48	1.56
1896617--1896724	43	2.5	43	86	4	146	38	3	10	47	1.55
1896617--1896732	22	5.3	21	80	6	92	38	3	10	47	1.55
1896686--1896789	52	2.0	52	84	3	138	41	8	4	45	1.56
1896738--1896833	22	4.4	22	81	5	104	38	11	5	44	1.63
1896555--1897195	183	3.5	184	74	7	546	37	7	8	46	1.63
1896909--1897054	22	6.6	22	76	3	114	37	6	9	45	1.64
1896928--1897071	66	2.2	66	82	5	166	36	5	9	47	1.60
1897112--1897194	22	3.8	22	80	0	94	38	7	6	48	1.56
1897108--1897185	11	7.1	11	70	0	57	39	8	5	46	1.58
1897718--1897914	57	3.7	57	78	15	220	37	13	6	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1897758--1897849	45	2.0	45	95	0	166	38	16	7	38	1.77
1897718--1897907	102	1.9	102	89	0	299	37	14	6	41	1.72
1897932--1897986	5	10.8	5	81	18	69	80	0	1	18	0.81
1897932--1897985	9	5.9	9	78	10	56	79	0	1	18	0.82
1897932--1897986	16	3.5	15	80	11	58	80	0	1	18	0.81
1897932--1897987	27	2.2	25	90	6	85	80	0	1	17	0.80
1897938--1898079	9	14.4	10	71	22	72	68	2	2	26	1.17
1898012--1898077	15	4.6	14	83	14	66	69	0	3	27	1.03
1898012--1898079	4	18.8	4	87	6	69	69	0	2	27	1.03
1898886--1898979	20	4.6	20	78	6	89	63	1	5	29	1.23
1898935--1899058	34	3.8	33	73	17	114	62	3	3	30	1.26
1898924--1899058	20	6.7	20	75	14	107	63	2	2	30	1.24
1898924--1899066	54	2.6	54	75	11	132	63	3	2	30	1.25
1899040--1899130	7	14.2	6	78	16	62	75	2	3	18	1.04
1899040--1899131	13	7.2	12	70	14	51	75	2	3	19	1.05
1899088--1899130	19	2.2	20	95	4	79	79	2	0	18	0.85
1899310--1899698	42	9.4	42	87	4	481	41	21	12	25	1.87
1899310--1899708	82	4.8	81	86	5	471	41	21	11	25	1.87
1899310--1899714	124	3.3	122	85	4	508	42	20	11	25	1.86
1900735--1900773	7	5.7	7	81	6	53	7	15	0	76	0.99
1900735--1900773	13	2.9	14	88	7	62	7	15	0	76	0.99
1900736--1900773	20	1.9	20	88	0	58	7	15	0	76	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1911349--1911439	30	3.0	30	64	28	75	35	9	7	47	1.66
1911240--1911578	57	5.8	59	87	3	449	36	11	7	44	1.68
1911240--1911583	176	2.0	173	87	2	492	36	11	6	44	1.68
1911240--1911578	116	2.9	115	87	5	477	36	11	7	44	1.68
1911589--1911650	5	11.8	5	80	16	65	79	0	3	17	0.87
1911972--1912016	22	2.0	22	82	0	54	2	46	0	51	1.13
1912549--1912724	4	45.5	4	71	16	90	65	2	2	29	1.19
1912513--1912724	42	5.2	40	71	13	132	65	2	3	28	1.23
1912549--1912724	14	12.7	13	70	20	101	65	2	2	29	1.19
1912655--1912712	31	1.9	30	92	3	98	68	0	1	29	0.99
1912721--1912780	28	2.3	25	82	8	66	76	3	5	15	1.08
1912694--1912779	14	6.0	13	72	20	57	75	3	3	17	1.08
1912848--1913275	22	19.9	22	69	9	184	37	9	4	47	1.57
1912841--1913184	66	5.3	65	71	6	209	36	9	4	49	1.56
1913208--1913357	66	2.3	66	77	4	160	34	10	6	48	1.63
1913415--1913472	22	2.6	22	86	0	80	36	15	5	43	1.69
1913401--1913492	44	2.1	43	82	9	107	35	10	7	45	1.68
1914664--1914695	16	2.0	16	93	0	55	53	15	0	31	1.43
1916831--1916862	16	1.9	17	93	6	57	56	3	9	31	1.47
1923328--1923363	17	2.2	17	90	5	56	69	0	0	30	0.89
1925822--1925871	22	2.3	22	89	3	75	48	6	10	36	1.61
1926315--1926704	193	2.0	195	90	2	615	36	14	12	36	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1926758--1926788	12	2.6	12	94	0	53	22	0	3	74	0.96
1929411--1929436	12	2.2	12	100	0	52	61	0	0	38	0.96
1934483--1934629	21	7.1	20	72	12	84	36	7	9	46	1.65
1934485--1934578	41	2.3	42	81	5	111	37	6	11	44	1.67
1934833--1934919	21	4.2	22	76	12	78	32	6	14	45	1.72
1934808--1934919	42	2.7	43	78	9	99	35	6	13	44	1.69
1934305--1934954	325	2.0	326	88	1	982	38	8	9	43	1.67
1934886--1934963	21	3.7	21	77	8	77	35	10	7	46	1.67
1935126--1935150	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
1935335--1935485	22	6.9	21	77	8	115	39	5	6	48	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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