genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7630634--7630755	23	5.3	23	79	11	92	31	5	2	59	1.34
7631538--7631587	24	2.1	23	85	10	66	18	6	2	74	1.12
7631568--7631644	13	5.8	13	72	15	59	22	5	2	70	1.20
7631728--7631764	17	2.2	18	85	9	51	56	10	0	32	1.34
7632569--7632616	7	6.7	7	80	4	51	68	0	0	31	0.90
7632569--7632620	14	3.6	14	82	5	68	69	0	0	30	0.89
7632576--7632630	22	2.5	22	77	11	58	70	0	0	29	0.87
7632584--7632629	3	15.7	3	78	13	51	71	0	0	28	0.86
7632592--7632643	21	2.5	20	81	12	59	67	0	0	32	0.91
7632860--7632925	19	3.5	19	76	0	60	51	15	9	24	1.72
7633178--7633232	29	1.9	28	88	3	83	29	0	9	61	1.26
7635290--7635322	17	1.9	17	88	11	50	78	0	9	12	0.95
7636126--7636155	12	2.5	12	94	0	51	66	6	3	23	1.30
7635735--7636185	222	2.0	223	94	2	791	45	13	7	34	1.71
7636229--7636290	24	2.4	27	76	12	69	62	1	4	30	1.25
7636438--7636516	9	8.6	9	75	13	72	34	2	1	62	1.17
7636439--7636521	27	3.0	27	83	15	107	37	3	1	57	1.24
7636467--7636516	19	2.8	17	85	11	73	32	2	0	66	1.03
7636446--7636544	29	3.6	28	81	5	94	33	3	3	60	1.27
7636525--7636555	16	1.9	16	93	0	53	16	0	3	80	0.83
7636606--7636661	29	2.0	29	89	3	87	32	0	3	64	1.11
7637104--7637136	16	2.1	16	94	0	57	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7637783--7637836	19	2.7	19	78	13	56	42	0	5	51	1.25
7637869--7637906	8	4.6	8	84	15	51	2	21	0	76	0.91
7640229--7640327	3	34.3	3	82	8	107	29	5	2	63	1.27
7645616--7645657	15	2.7	15	75	17	50	76	0	11	11	1.03
7646848--7646972	66	1.9	66	81	3	153	18	24	12	44	1.84
7647084--7647358	122	2.3	122	82	1	318	20	21	14	43	1.87
7647776--7647849	31	2.4	31	86	6	96	36	4	4	55	1.38
7647827--7647922	3	33.3	3	77	8	101	31	6	1	61	1.27
7647801--7647922	23	5.3	23	79	11	92	31	5	2	59	1.34
7648706--7648753	18	2.6	19	90	6	73	18	4	2	75	1.07
7648700--7648749	24	2.1	23	85	10	66	18	6	2	74	1.12
7648889--7648925	17	2.2	17	90	9	58	59	10	0	29	1.31
7650003--7650068	19	3.5	19	76	0	60	51	15	9	24	1.72
7650320--7650374	29	1.9	28	88	3	83	29	0	9	61	1.26
7651902--7651954	13	4.1	12	79	11	52	41	0	0	58	0.98
7651907--7651965	20	2.8	20	80	12	66	45	0	0	54	0.99
7654954--7655031	34	2.3	34	79	2	93	60	3	5	30	1.36
7655101--7655132	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
7655255--7655303	23	2.1	23	88	0	71	46	4	6	42	1.47
7656204--7656238	18	2.0	18	88	5	54	51	14	0	34	1.42
7657487--7657589	18	5.8	17	72	18	59	19	1	32	46	1.61
7657673--7657747	18	4.1	19	78	13	68	16	0	37	46	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7657686--7657747	19	3.3	18	78	13	63	14	0	37	48	1.44
7657610--7657720	12	9.2	12	72	9	64	16	0	36	47	1.47
7657603--7657733	30	4.3	31	72	12	85	15	0	36	48	1.45
7660712--7660745	17	2.0	17	88	11	52	52	0	0	47	1.00
7673136--7673167	16	2.0	17	88	11	50	50	3	0	46	1.17
7674000--7674040	18	2.2	18	86	8	55	34	2	0	63	1.08
7678500--7678540	20	2.0	20	100	0	82	14	14	26	43	1.84
7680227--7680288	33	1.9	32	87	9	90	46	0	0	53	1.00
7681737--7681769	16	2.1	15	94	5	57	69	0	0	30	0.88
7684587--7684661	22	3.6	20	86	10	98	50	1	0	48	1.09
7684634--7684690	30	1.9	30	85	0	78	52	1	0	45	1.11
7695241--7695277	11	3.5	11	85	7	58	37	0	0	62	0.96
7700904--7700943	19	2.1	19	86	9	55	55	17	0	27	1.43
7706132--7706206	30	2.5	29	85	6	89	44	6	10	38	1.66
7706132--7706216	30	2.9	30	82	8	77	45	5	11	36	1.65
7706591--7706630	18	2.2	19	86	4	55	77	7	10	5	1.11
7711044--7711083	20	2.0	20	90	4	64	25	0	32	42	1.55
7711048--7711101	19	2.8	20	82	2	65	27	0	27	44	1.55
7711070--7711150	7	12.4	7	65	19	50	28	1	25	44	1.62
7711070--7711141	19	3.7	19	72	10	58	29	1	25	44	1.62
7711549--7711595	21	2.2	21	85	7	60	36	10	10	42	1.74
7711625--7711692	33	2.1	33	86	5	93	38	11	11	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7711705--7711765	21	2.9	21	82	4	70	32	6	11	49	1.65
7712034--7712276	22	11.0	22	71	6	125	36	6	8	48	1.60
7712015--7712276	44	6.0	44	69	5	152	37	7	8	46	1.63
7717656--7717731	9	8.1	9	82	8	66	82	0	14	2	0.77
7717654--7717729	11	6.4	11	77	16	80	84	0	13	2	0.73
7717652--7717729	41	1.9	41	84	5	104	83	0	14	2	0.75
7718945--7719199	46	5.4	46	80	7	271	40	7	14	38	1.74
7718953--7719063	21	4.9	21	76	13	105	39	7	14	38	1.74
7719077--7719199	21	5.5	21	73	20	88	41	5	14	38	1.70
7718977--7719160	97	1.9	97	88	2	280	40	7	14	36	1.75
7719415--7719464	14	3.4	14	76	15	55	38	8	14	40	1.75
7719592--7719757	41	4.1	41	77	8	142	27	12	18	42	1.86
7719602--7719754	80	1.9	81	81	6	186	27	11	16	44	1.82
7720705--7720808	49	2.1	49	81	0	118	54	8	11	25	1.64
7721340--7721386	22	2.1	22	84	7	60	42	8	4	44	1.54
7721350--7721392	22	2.0	22	86	9	61	41	9	4	44	1.57
7721406--7721487	22	3.8	21	81	9	85	37	6	6	50	1.52
7721548--7721642	22	4.3	23	75	9	81	40	4	6	49	1.48
7721560--7721642	11	7.5	11	69	8	51	40	4	6	48	1.49
7721944--7722528	22	26.4	22	69	13	155	38	8	5	47	1.57
7721943--7722552	66	9.2	66	74	7	304	37	9	5	47	1.58
7721982--7722519	44	12.1	43	74	9	226	38	8	5	47	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7722584--7722628	22	2.0	22	82	0	54	42	4	2	51	1.34
7722590--7722642	22	2.4	22	83	0	70	39	7	1	50	1.41
7722664--7722723	20	3.0	21	70	7	61	35	6	10	48	1.63
7722633--7722742	41	2.6	41	76	11	116	32	9	10	48	1.68
7722707--7722746	19	2.0	21	85	9	57	35	10	7	47	1.65
7723555--7723605	20	2.7	19	81	6	59	35	3	13	47	1.62
7723686--7723729	22	2.0	23	90	4	72	75	4	6	13	1.17
7725345--7725433	24	4.1	21	72	19	67	67	5	2	24	1.24
7726399--7726445	22	2.1	22	84	4	58	61	4	6	27	1.39
7726766--7726953	40	4.5	39	74	12	160	43	19	12	24	1.85
7727495--7727546	21	2.5	21	96	0	95	17	26	3	51	1.62
7727651--7727688	19	2.0	19	94	0	67	52	5	23	18	1.65
7728071--7728136	14	4.5	14	75	17	62	6	12	0	81	0.85
7741714--7741765	26	2.0	26	88	0	77	28	9	19	42	1.82
7742274--7742328	20	2.7	20	76	18	60	29	32	18	20	1.96
7749248--7749321	32	2.4	30	76	14	78	62	5	1	31	1.26
7749250--7749344	15	6.2	16	73	16	60	65	7	1	26	1.26
7753189--7753258	33	2.1	33	100	0	140	38	5	11	44	1.64
7759558--7760178	316	2.0	304	82	7	754	44	12	9	33	1.75
7763137--7763169	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
7764903--7764948	21	2.1	23	84	15	62	39	0	2	58	1.10
7772694--7772725	16	2.0	16	100	0	64	50	12	0	37	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7774829--7774907	23	3.4	23	71	3	68	37	6	3	51	1.45
7775900--7775927	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
7783724--7783772	23	2.1	24	85	11	66	57	4	2	36	1.30
7783837--7783861	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
7785973--7786078	30	3.5	30	78	16	105	39	13	0	47	1.43
7787004--7787038	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
7787038--7787064	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
7798399--7798447	12	4.2	12	80	15	57	61	8	0	30	1.25
7799138--7799173	16	2.2	17	90	9	58	50	0	0	50	1.00
7799153--7799207	24	2.4	23	81	6	76	45	1	1	50	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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