genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19586644--19586682	3	13.0	3	88	0	60	61	0	2	35	1.10
19589079--19589170	26	3.6	26	82	11	102	22	31	17	28	1.97
19589186--19589218	3	11.0	3	93	0	57	33	3	0	63	1.10
19591017--19591052	17	2.1	17	100	0	72	27	27	5	38	1.79
19595493--19595527	5	6.8	5	93	6	61	82	0	0	17	0.66
19595493--19595611	11	10.3	11	76	15	73	71	1	0	26	1.01
19595543--19595601	3	20.0	3	80	16	70	67	0	0	32	0.91
19595547--19595602	14	4.0	14	86	11	71	69	0	0	30	0.89
19595495--19595601	17	6.1	17	76	17	87	69	1	0	28	1.05
19595543--19595605	8	8.4	7	84	11	65	68	0	0	31	0.90
19596192--19596279	27	3.0	30	82	12	94	56	1	6	35	1.33
19596202--19596281	27	2.8	30	84	5	103	57	1	6	35	1.32
19596169--19596353	79	2.4	77	82	7	218	58	2	6	32	1.36
19596170--19596410	24	9.2	26	71	17	128	59	2	5	33	1.32
19596346--19596401	3	18.7	3	83	7	69	64	1	0	33	1.04
19596238--19596431	72	2.7	72	76	14	179	60	2	5	30	1.33
19596319--19596424	6	14.7	7	74	19	62	64	0	3	31	1.18
19596616--19597033	42	9.9	42	85	4	497	41	20	14	24	1.89
19596616--19597038	169	2.5	165	82	6	492	40	20	14	24	1.90
19596620--19597032	127	3.3	126	83	4	494	41	20	14	23	1.89
19597032--19597066	17	2.1	17	94	0	61	31	31	11	25	1.91
19596953--19597141	101	1.9	99	83	4	245	35	21	15	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19597416--19597520	43	2.4	44	80	12	135	33	17	12	37	1.87
19598910--19598971	31	2.0	32	84	9	83	6	20	0	72	1.06
19598910--19598970	30	2.0	32	84	12	83	6	21	0	72	1.07
19598954--19599018	31	2.1	32	85	5	89	12	21	0	66	1.24
19598925--19599003	35	2.3	33	78	6	86	7	18	0	73	1.06
19602148--19602261	54	2.1	53	95	1	201	19	27	16	36	1.93
19605047--19605137	27	3.2	27	62	17	67	38	16	5	39	1.72
19604986--19605202	58	3.8	57	87	5	303	37	14	6	41	1.73
19605220--19605285	6	11.7	6	76	10	68	78	1	4	15	0.98
19605219--19605285	17	3.9	17	77	14	75	77	1	5	14	1.03
19605220--19605284	11	5.8	11	79	13	71	78	1	4	15	0.99
19605220--19605279	23	2.6	23	80	15	79	78	1	5	15	1.00
19605314--19605355	3	14.3	3	90	5	68	69	2	0	28	1.01
19606276--19606424	27	5.9	27	75	15	88	58	3	6	32	1.39
19606310--19606479	8	23.4	7	71	20	63	63	1	4	30	1.25
19606230--19606335	30	3.5	30	73	11	83	57	2	7	32	1.41
19606310--19606399	24	3.8	22	77	13	90	61	2	6	30	1.34
19606213--19606397	79	2.4	76	85	9	252	58	2	7	31	1.36
19606390--19606442	3	17.7	3	82	7	63	64	1	0	33	1.05
19606417--19606479	18	3.7	17	84	12	76	71	0	3	25	1.01
19606415--19606476	25	2.6	25	78	14	62	70	0	3	25	1.02
19612866--19613568	119	5.9	118	82	3	741	18	20	15	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19612866--19613568	239	2.9	237	82	4	813	18	20	15	45	1.85
19613693--19613781	26	3.5	26	75	7	92	17	28	22	31	1.97
19613935--19613979	22	2.0	22	95	0	81	44	26	15	13	1.83
19614660--19614706	19	2.6	18	89	3	67	12	4	2	80	0.94
19618200--19618244	24	1.9	23	86	4	63	44	2	6	46	1.42
19618268--19618316	24	2.0	24	96	0	89	22	2	8	67	1.28
19622958--19622998	9	4.4	9	84	6	55	80	0	0	19	0.71
19622968--19622998	10	3.2	10	95	4	55	80	0	0	19	0.71
19622960--19623000	17	2.5	16	84	7	55	75	0	0	24	0.80
19633721--19633782	10	5.9	10	83	10	79	87	0	9	3	0.66
19633722--19633783	14	4.5	14	85	2	81	87	0	9	3	0.66
19633722--19633782	1	61.0	1	80	0	59	88	0	8	3	0.61
19634696--19634736	21	2.0	21	90	0	64	39	7	19	34	1.80
19635168--19635479	41	7.8	41	83	6	372	20	18	16	44	1.87
19635186--19635490	157	1.9	156	87	3	443	20	18	17	43	1.88
19635659--19635691	7	4.9	7	88	7	50	27	0	0	72	0.85
19635665--19635697	13	2.5	13	95	0	57	30	3	0	66	1.06
19643335--19643626	151	1.9	149	85	2	397	37	9	10	42	1.72
19643488--19644365	239	3.7	239	80	6	1015	35	11	12	40	1.79
19645176--19645253	28	2.8	27	77	11	77	24	3	24	47	1.68
19645236--19645342	12	8.8	12	73	4	79	17	10	31	40	1.83
19645279--19645322	13	3.5	13	81	6	63	18	9	31	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19645243--19645322	25	3.2	25	80	7	92	18	10	32	38	1.84
19645276--19645332	25	2.3	25	87	0	78	19	10	29	40	1.85
19647729--19647779	20	2.5	20	79	14	61	25	5	5	62	1.41
19651948--19652021	37	2.0	37	84	10	98	47	4	1	47	1.29
19651972--19652013	22	2.0	21	85	4	57	52	4	0	42	1.22
19654475--19654626	78	1.9	78	97	0	286	24	16	15	44	1.86
19656579--19656618	18	2.2	18	86	8	55	42	7	27	22	1.80
19656791--19656825	3	11.7	3	87	0	52	5	0	31	62	1.18
19656792--19656825	9	3.8	9	96	0	59	5	0	32	61	1.20
19659984--19660021	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
19662846--19662874	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
19663722--19663774	20	2.6	21	85	8	65	35	0	1	62	1.06
19672871--19672972	52	2.0	52	88	0	150	39	12	9	38	1.77
19672921--19673385	63	7.5	63	65	15	209	42	12	9	35	1.75
19672989--19673337	187	1.9	187	84	4	481	42	11	8	36	1.73
19672926--19673289	126	2.9	125	74	8	328	42	12	9	35	1.75
19673349--19673427	42	1.9	42	84	7	108	53	16	7	22	1.68
19677635--19677668	15	2.3	15	94	0	59	64	0	35	0	0.94
19688811--19688866	22	2.5	22	85	5	69	53	1	0	44	1.11
19688930--19688961	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
19702709--19703576	472	1.8	472	78	4	964	24	25	17	31	1.97
19713245--19713291	24	2.0	23	84	8	60	17	34	23	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19729762--19729816	24	2.3	25	84	12	71	49	16	3	30	1.63
19730204--19730244	21	1.9	22	90	5	66	53	12	4	29	1.58
19730188--19730250	20	3.1	20	80	11	74	52	11	6	30	1.61
19730228--19730328	32	3.1	32	90	7	159	47	12	5	33	1.66
19730437--19730490	17	3.1	18	81	5	65	70	12	3	12	1.30
19730460--19730512	21	2.4	22	84	9	72	69	18	1	9	1.25
19730516--19730553	14	2.6	15	91	4	60	71	7	0	21	1.11
19731483--19731559	12	6.6	12	77	15	65	66	9	0	24	1.21
19731805--19731941	42	3.2	41	74	8	114	42	17	15	24	1.88
19731804--19731943	43	3.3	42	79	4	147	42	17	15	25	1.88
19732116--19732140	13	1.9	13	100	0	50	40	12	24	24	1.88
19740290--19740330	16	2.6	16	96	0	73	36	2	29	31	1.71
19743681--19743883	101	2.0	101	100	0	406	45	16	5	31	1.71
19743981--19744043	21	3.0	21	73	11	58	52	12	9	25	1.69
19749802--19749867	28	2.3	29	92	2	107	30	10	22	36	1.88
19749802--19749880	28	2.8	28	86	5	97	29	10	22	37	1.87
19750020--19750062	20	2.2	20	83	8	52	20	9	32	37	1.85
19752464--19752505	19	2.3	19	84	8	52	16	4	19	59	1.54
19755132--19755248	6	19.0	6	71	22	66	34	0	47	17	1.53
19755132--19755257	12	10.2	12	72	19	73	34	0	46	18	1.55
19755202--19755318	19	5.8	20	69	16	55	34	0	44	21	1.53
19755460--19755519	6	10.0	6	81	0	66	25	1	56	16	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19755493--19755706	97	2.2	97	90	1	331	26	0	46	27	1.53
19755925--19755991	24	2.8	24	76	13	66	17	0	59	22	1.37
19756293--19756583	12	25.3	12	67	17	88	21	1	56	20	1.52
19756334--19756367	17	1.9	18	94	5	61	26	0	52	20	1.46
19756444--19756882	18	24.2	18	66	17	124	22	1	53	22	1.55
19756522--19756583	6	10.7	6	83	10	67	20	0	61	17	1.35
19756511--19756595	12	7.2	12	75	7	59	23	1	56	18	1.49
19756679--19756740	12	5.2	12	76	3	63	27	1	50	20	1.58
19756774--19756882	6	17.8	6	75	12	89	20	2	56	20	1.54
19756978--19757021	22	2.0	22	86	0	61	13	4	61	20	1.50

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