genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25448438--25448487	27	1.9	26	84	8	66	40	4	14	42	1.64
25448925--25448950	13	2.0	13	100	0	52	15	0	23	61	1.33
25451617--25451653	18	2.0	20	89	10	60	13	8	0	78	0.96
25456895--25456939	22	2.1	22	84	8	58	46	2	0	51	1.13
25469178--25469233	27	2.1	27	93	0	94	48	0	14	37	1.44
25480333--25480484	54	2.8	53	78	7	146	25	13	8	52	1.69
25480963--25481004	21	2.0	21	81	9	50	35	19	21	23	1.96
25481353--25481384	13	2.5	13	94	0	55	25	0	0	75	0.81
25481582--25481780	41	4.7	41	77	5	164	45	18	9	26	1.80
25481630--25481774	41	3.4	41	81	4	173	47	16	9	26	1.77
25482006--25482075	22	3.3	21	69	13	54	38	14	8	38	1.77
25482067--25482258	79	2.5	78	87	4	264	32	16	14	36	1.89
25482184--25482239	21	2.7	21	88	2	78	35	14	10	39	1.81
25482204--25482307	51	2.0	51	96	0	190	32	11	14	41	1.82
25482314--25482411	21	4.7	21	75	6	92	37	15	9	37	1.79
25482745--25482788	23	1.9	23	90	0	70	27	22	4	45	1.72
25483520--25483570	9	5.3	9	77	17	50	9	13	0	76	1.02
25483527--25483560	17	2.1	17	88	5	52	8	14	0	76	1.01
25483566--25483603	17	2.2	18	90	4	60	2	5	7	84	0.86
25487824--25487974	58	2.5	59	92	4	241	35	15	8	41	1.78
25489880--25489907	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
25493525--25493821	58	5.1	57	75	11	253	33	7	9	49	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25493525--25493796	118	2.3	116	79	6	293	32	6	9	50	1.62
25494373--25494569	57	3.6	54	73	13	170	33	8	7	50	1.60
25494356--25494551	107	1.8	105	84	4	268	33	6	8	52	1.56
25494689--25494724	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
25494977--25495129	71	2.2	71	87	2	218	53	10	9	26	1.66
25495778--25495825	3	15.7	3	91	4	78	31	0	0	68	0.90
25496059--25496103	21	2.1	21	83	0	54	66	4	2	26	1.22
25507855--25507974	62	1.9	62	91	0	195	29	12	20	37	1.90
25507910--25508298	99	4.0	97	78	11	379	30	12	18	38	1.88
25507915--25508298	49	7.9	48	77	11	320	30	12	18	38	1.88
25507913--25508298	147	2.7	145	83	6	460	30	12	18	38	1.88
25516859--25516894	19	1.9	18	88	5	54	5	22	0	72	1.05
25519757--25519807	25	2.0	25	96	0	93	25	7	3	62	1.40
25520253--25520278	8	3.2	8	100	0	52	76	0	0	23	0.78
25520965--25521018	28	2.0	27	85	3	72	38	0	1	59	1.08
25521007--25521046	12	3.2	12	83	13	53	60	0	0	40	0.97
25521011--25521038	14	2.0	14	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25521153--25521229	7	11.1	7	76	9	52	70	0	1	28	0.96
25521136--25521218	41	2.0	42	90	2	132	60	0	4	34	1.18
25521157--25521229	14	5.4	14	73	4	69	69	0	1	28	0.96
25521522--25521575	26	2.1	25	86	3	72	12	22	9	55	1.65
25529004--25529037	16	2.1	17	88	5	52	26	11	14	47	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25530117--25530148	16	2.0	16	93	0	55	25	3	25	46	1.67
25530637--25530682	12	3.8	12	88	5	56	19	0	8	71	1.11
25530629--25530682	25	2.2	25	82	0	63	16	1	7	74	1.14
25530755--25530812	8	7.4	8	79	9	66	37	1	3	56	1.26
25531816--25531860	15	3.1	14	90	9	72	35	2	0	62	1.08
25534963--25535024	26	2.5	24	82	12	79	51	0	3	45	1.17
25535021--25535070	23	2.1	24	85	3	66	58	6	0	36	1.23
25535446--25535503	15	3.8	15	76	13	55	62	1	1	34	1.16
25536546--25536587	23	1.9	22	85	9	59	52	2	4	40	1.35
25537387--25537435	18	2.7	18	90	0	71	48	4	12	34	1.59
25538980--25539032	12	4.2	12	76	9	52	39	0	1	58	1.09
25538980--25539033	14	4.1	14	74	13	51	38	0	1	59	1.08
25540520--25540584	28	2.2	28	83	10	76	60	3	3	33	1.28
25541483--25541511	2	14.5	2	100	0	58	0	51	0	48	1.00
25542718--25542774	26	2.2	26	100	0	114	40	14	3	42	1.62
25542893--25542936	22	2.0	22	100	0	88	31	9	4	54	1.52
25545972--25546072	50	2.0	50	96	3	186	42	13	10	32	1.80
25551012--25551292	141	2.0	142	89	0	429	30	15	21	32	1.94
25553550--25553809	49	5.3	48	74	12	183	52	5	16	26	1.64
25553795--25553875	37	2.2	38	93	2	137	51	0	14	33	1.43
25554823--25554864	22	1.9	22	95	0	75	40	2	19	38	1.64
25554828--25554880	22	2.4	22	83	3	61	49	3	13	33	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25559770--25560058	49	5.9	49	75	6	239	49	5	16	28	1.67
25559849--25560060	98	2.2	97	86	6	286	50	5	15	27	1.66
25560061--25560137	35	2.2	36	88	2	111	53	6	18	22	1.67
25560061--25560137	36	2.2	35	86	6	102	53	6	18	22	1.67
25560118--25560199	35	2.4	35	79	6	87	59	7	8	24	1.52
25568156--25568200	22	2.0	22	100	0	90	40	17	8	33	1.81
25572990--25573271	144	2.0	143	78	3	298	31	13	14	41	1.84
25573236--25573364	66	2.0	66	93	3	224	37	6	14	40	1.73
25573344--25573379	15	2.4	15	95	0	63	61	5	13	19	1.52
25573278--25573445	81	2.1	81	98	0	327	42	7	14	35	1.74
25575119--25575266	7	21.3	7	70	20	71	45	33	2	18	1.61
25575145--25575219	13	5.6	13	72	17	64	45	34	1	18	1.58
25582962--25582999	19	2.1	19	90	5	60	26	15	10	47	1.78
25588131--25588221	45	2.0	46	84	2	121	29	14	10	45	1.79
25588024--25588504	192	2.5	186	80	8	499	31	12	12	43	1.80
25588325--25588489	47	3.5	46	84	4	186	32	13	10	43	1.77
25588024--25588487	94	4.9	93	72	11	329	31	12	12	43	1.80
25588427--25588576	74	2.0	75	84	3	196	28	13	14	44	1.82
25589150--25589471	144	2.3	143	81	6	350	33	13	10	41	1.80
25589237--25589546	143	2.2	143	79	4	331	33	13	10	42	1.78
25591169--25591222	19	2.8	19	78	8	65	44	35	3	16	1.66
25591192--25591297	19	5.6	19	70	6	63	42	39	2	15	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25591168--25591309	19	7.5	19	66	17	62	42	37	4	16	1.67
25591173--25591317	57	2.5	55	78	10	148	43	37	3	15	1.64
25591322--25591355	16	2.1	17	88	5	52	41	44	0	14	1.45
25591312--25591400	7	12.7	7	71	19	53	42	38	2	16	1.61
25591924--25591983	24	2.6	23	82	10	68	50	15	10	25	1.74
25593097--25593147	17	2.8	18	76	11	50	47	1	0	50	1.12
25593838--25593905	32	2.1	33	83	8	86	39	0	0	60	0.97
25594502--25594572	30	2.4	29	84	13	92	57	4	1	36	1.27
25594502--25594564	26	2.3	28	86	8	85	58	4	1	34	1.29
25596000--25596041	22	1.9	22	100	0	84	50	0	0	50	1.00
25596044--25596077	8	4.2	8	88	0	50	55	0	0	44	0.99
25613725--25613752	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25613808--25613868	27	2.3	27	85	0	77	42	0	37	19	1.52
25617090--25617455	132	2.9	122	83	5	403	48	13	9	29	1.73
25617264--25617684	138	3.1	134	79	9	425	50	11	11	26	1.73
25617840--25617910	20	3.5	20	92	0	115	36	9	22	30	1.87
25618011--25618071	23	2.7	23	92	2	97	59	11	4	24	1.52
25619157--25619220	18	3.6	18	86	0	92	51	10	3	34	1.53
25619510--25619561	24	2.3	23	81	15	65	51	11	5	30	1.61
25619510--25619699	44	4.3	43	73	16	158	53	12	5	28	1.59
25619598--25619696	22	4.6	21	78	14	103	54	11	5	29	1.57
25619607--25619696	23	4.0	22	77	12	85	56	8	4	30	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25619663--25619726	32	1.9	32	84	9	83	56	10	6	26	1.57
25619636--25619855	55	4.0	55	84	1	307	54	12	5	28	1.58
25619598--25619746	20	7.3	20	71	14	92	53	11	5	30	1.59
25619707--25619749	23	1.9	22	90	4	68	53	11	4	30	1.57
25619801--25619856	22	2.6	21	83	10	69	53	10	5	30	1.58
25619801--25619855	23	2.6	22	83	13	71	54	10	5	29	1.57
25619597--25619887	109	2.8	105	82	8	351	53	12	5	28	1.59
25619642--25619887	55	4.5	53	82	4	271	53	12	5	28	1.60
25619823--25619886	31	2.1	31	93	0	110	53	12	6	28	1.62
25621307--25621357	27	1.9	27	84	4	68	37	1	3	56	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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