genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.154.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24897131--24897180	20	2.5	21	81	15	61	56	30	0	14	1.39
24897500--24897605	3	36.7	3	76	9	87	66	6	0	25	1.21
24897559--24897596	16	2.5	16	87	8	53	73	10	0	15	1.09
24904374--24904407	16	2.1	16	88	0	50	55	2	0	41	1.15
24904467--24904542	27	2.9	27	76	9	68	55	5	3	35	1.41
24904506--24904566	26	2.2	30	85	11	85	50	4	8	36	1.54
24904793--24904882	27	3.2	28	76	7	76	32	1	6	60	1.30
24904898--24904944	11	4.5	10	80	15	51	31	2	0	65	1.04
24904898--24904952	10	5.2	10	79	12	56	30	1	1	65	1.13
24908046--24908096	24	2.2	23	82	10	59	29	1	3	64	1.22
24909691--24909794	49	2.2	48	84	5	131	45	23	8	23	1.80
24909708--24910097	49	7.8	49	78	8	335	40	20	11	27	1.87
24909709--24910105	156	2.6	149	79	9	439	40	20	11	27	1.87
24909708--24910091	99	3.8	99	80	8	377	40	20	11	27	1.87
24922133--24922174	18	2.3	18	84	8	50	30	4	0	64	1.14
24922389--24922438	22	2.2	23	78	3	57	30	4	4	62	1.32
24935649--24935691	20	2.1	21	95	4	79	27	4	30	37	1.77
24937253--24937296	12	3.8	12	81	6	54	40	0	0	59	0.98
24953539--24953662	62	2.0	62	98	0	239	49	12	7	30	1.68
24954659--24954704	20	2.3	20	80	0	56	36	2	8	52	1.45
24954793--24954821	15	1.9	15	100	0	58	37	0	0	62	0.96
24954863--24954962	42	2.3	43	83	10	123	46	1	3	50	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24955122--24955154	17	1.9	17	100	0	66	48	0	3	48	1.17
24955150--24955185	15	2.3	16	90	4	56	61	0	2	36	1.11
24955207--24955294	19	4.9	18	67	24	53	46	1	1	51	1.15
24955203--24955276	19	4.0	19	73	16	59	43	1	1	54	1.17
24955216--24955296	16	4.8	16	68	21	51	48	1	1	49	1.17
24955930--24955983	23	2.3	23	78	6	56	29	7	1	61	1.34
24955998--24956055	28	2.1	28	80	6	64	36	5	5	53	1.46
24956422--24956460	18	2.3	18	86	8	55	30	0	0	69	0.89
24956441--24956476	13	2.8	13	91	4	56	41	0	0	58	0.98
24956514--24956555	18	2.3	19	80	16	52	64	0	2	33	1.07
24959127--24959160	15	2.3	15	90	10	52	70	0	0	29	0.87
24960602--24960639	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
24965957--24965999	17	2.5	17	92	3	68	65	6	11	16	1.46
24966703--24966736	15	2.3	15	95	5	61	64	0	0	35	0.94
24969862--24969905	21	2.0	21	82	4	52	75	2	13	9	1.14
24974665--24974710	14	3.1	15	81	15	60	10	26	4	58	1.50
24978990--24979376	50	7.9	50	79	8	327	29	13	19	36	1.90
24978990--24979387	98	4.1	98	78	7	360	29	13	19	37	1.90
24978989--24979376	148	2.6	147	82	4	462	29	13	19	36	1.91
24979610--24979656	12	3.9	12	75	10	51	68	2	0	29	1.02
24980585--24980626	20	2.1	20	86	8	59	23	30	28	16	1.96
24980793--24980847	15	3.7	15	74	13	51	69	3	0	27	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24985435--24985472	3	12.7	3	94	0	67	31	2	0	65	1.06
24987149--24987188	19	2.1	19	100	0	80	12	15	0	72	1.12
24987152--24987194	19	2.3	19	91	0	68	9	13	4	72	1.26
24992604--24993090	64	7.7	64	71	11	270	36	13	13	36	1.84
24992665--24993029	128	2.9	127	75	11	350	38	14	12	35	1.84
24993963--24993998	18	2.0	18	100	0	72	33	5	38	22	1.77
24999882--24999938	30	2.0	28	83	10	71	66	3	1	28	1.18
25000718--25000774	30	1.9	29	83	16	73	28	5	0	66	1.13
25000937--25000986	23	2.1	24	89	10	77	44	2	2	52	1.24
25002457--25002496	19	2.1	19	90	4	62	55	0	0	45	0.99
25002605--25002660	28	1.9	29	85	7	78	26	3	3	66	1.25
25002759--25002808	21	2.4	21	86	3	66	68	2	0	30	1.01
25003819--25003855	3	13.3	3	88	11	53	72	0	0	27	0.84
25006688--25006735	23	2.0	25	84	8	64	20	12	18	47	1.81
25008935--25008989	22	2.5	22	93	0	92	45	14	10	29	1.79
25009172--25009203	16	2.0	16	93	0	55	37	9	6	46	1.61
25016322--25016383	21	3.0	21	100	0	124	56	0	0	43	0.99
25022129--25022165	10	3.8	10	89	7	58	70	8	2	18	1.25
25022413--25022459	21	2.2	21	88	0	67	57	4	2	36	1.30
25022591--25022619	9	3.0	10	90	10	51	20	0	0	79	0.74
25022595--25022621	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
25023736--25023784	24	2.1	22	85	7	62	65	0	6	28	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25025718--25025747	10	3.1	10	95	4	53	36	0	0	63	0.95
25025720--25025749	9	3.2	9	95	4	51	36	0	0	63	0.95
25026447--25026482	12	3.0	12	91	0	54	36	25	13	25	1.93
25026952--25027041	19	4.3	20	71	16	58	20	2	2	75	1.01
25026951--25027033	34	2.5	35	84	11	95	20	2	2	74	1.04
25026971--25027018	20	2.3	21	86	10	64	18	4	4	72	1.17
25026952--25027038	13	7.1	12	75	19	74	19	2	2	75	1.01
25029244--25029279	17	2.1	17	94	0	63	22	13	38	25	1.91
25038892--25038941	22	2.3	22	79	6	66	76	4	2	18	1.04
25038894--25038935	7	5.7	7	91	8	66	83	0	2	14	0.75
25039663--25039730	33	2.1	33	85	0	91	25	8	22	44	1.81
25039958--25040453	43	11.5	43	84	3	557	26	10	15	47	1.77
25040505--25040540	18	1.9	19	88	5	56	88	5	2	2	0.67
25040712--25040814	4	25.5	4	74	18	81	20	3	0	74	1.03
25040731--25040771	21	2.0	21	85	9	57	17	4	2	75	1.08
25040712--25040824	9	12.2	9	74	20	76	20	3	1	74	1.06
25040715--25040824	38	2.9	38	83	11	122	20	3	1	74	1.06
25040712--25040823	47	2.3	50	80	12	124	20	3	1	74	1.06
25040744--25040815	5	14.6	5	74	20	55	19	2	1	76	0.99
25041128--25041167	11	3.2	13	80	20	50	22	2	12	62	1.42
25041142--25041167	11	2.4	11	100	0	52	23	0	15	61	1.33
25041593--25041624	4	7.8	4	93	6	55	21	0	0	78	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25041593--25041627	13	2.8	13	95	4	63	22	0	0	77	0.78
25041592--25041624	17	1.9	17	100	0	66	21	0	0	78	0.75
25041717--25041763	24	1.9	24	86	4	67	42	2	10	44	1.51
25051765--25051861	51	1.9	51	95	0	176	31	7	19	41	1.79
25060853--25060949	51	1.9	51	95	0	176	31	7	19	41	1.79
25063868--25063899	16	2.0	16	93	0	55	31	15	12	40	1.85
25064279--25064320	22	2.0	21	85	4	57	38	7	21	33	1.81
25065419--25065465	20	2.3	20	96	0	85	29	2	29	38	1.69
25067239--25067288	22	2.3	21	82	6	55	22	2	26	50	1.60
25067247--25067290	22	2.0	23	86	8	65	20	2	31	45	1.64
25067307--25067404	14	6.6	14	67	17	56	20	0	27	52	1.47
25067313--25067407	15	6.3	15	78	16	90	21	0	27	51	1.48
25067284--25067404	44	2.7	43	84	12	156	19	1	27	52	1.55
25068861--25068915	25	2.2	26	86	3	76	0	5	10	83	0.79
25068871--25068917	20	2.4	19	86	10	67	0	2	12	85	0.70
25068861--25068926	25	2.7	25	81	9	64	3	4	9	83	0.89
25074989--25075014	11	2.4	11	100	0	52	26	7	19	46	1.77
25075148--25075226	21	3.7	21	91	1	122	31	16	16	35	1.91
25075143--25075237	42	2.3	42	81	3	120	35	16	14	32	1.90
25076533--25076561	12	2.3	13	94	5	51	24	0	44	31	1.54
25080645--25080687	21	2.0	21	90	0	68	11	4	4	79	1.04
25081995--25082023	15	1.9	15	100	0	58	31	0	0	68	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25085731--25085767	15	2.5	15	90	0	65	37	16	29	16	1.90
25089607--25089644	13	2.9	13	88	0	58	23	7	7	60	1.51
25090812--25091744	161	5.8	160	81	3	886	31	10	15	43	1.80
25090830--25091723	323	2.8	324	81	4	971	30	10	15	43	1.80
25094998--25095039	15	2.8	15	79	13	50	52	7	2	38	1.42
25102626--25102821	100	2.0	100	87	0	284	53	13	17	15	1.73
25108125--25108321	97	2.0	98	93	1	333	38	5	23	32	1.77
25112089--25112396	145	2.1	142	79	6	334	30	12	13	43	1.81
25112089--25112407	144	2.2	142	77	7	331	30	12	13	43	1.81
25113765--25114090	94	3.4	97	77	5	297	40	40	0	18	1.55

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