genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8020624--8020677	28	1.9	28	92	0	90	44	24	5	25	1.75
8023420--8023465	23	2.0	23	91	0	74	19	28	10	41	1.85
8024203--8024232	6	4.8	6	92	8	51	86	0	0	13	0.57
8024203--8024232	13	2.4	12	94	5	51	86	0	0	13	0.57
8024526--8024560	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
8029734--8029761	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
8029993--8030081	46	1.9	46	95	0	160	53	1	6	38	1.35
8029995--8030085	23	4.0	22	77	9	94	54	1	7	36	1.36
8030886--8030926	20	2.0	21	95	4	75	60	0	0	39	0.96
8030917--8030945	12	2.5	12	94	5	51	58	0	6	34	1.25
8032111--8032145	17	2.1	17	88	0	52	31	0	0	68	0.90
8033500--8033553	18	2.9	19	74	17	60	75	1	12	9	1.11
8034200--8034239	20	2.0	20	85	5	53	32	0	5	62	1.17
8042273--8042509	129	1.8	129	83	1	314	31	27	12	28	1.93
8042274--8042547	129	2.1	129	80	4	293	31	27	12	28	1.92
8047325--8047378	22	2.4	21	84	9	63	77	0	16	5	0.94
8047661--8047733	24	3.0	24	84	9	103	39	41	0	19	1.51
8047661--8047733	6	12.0	6	84	8	76	39	41	0	19	1.51
8047873--8047921	24	2.0	24	84	7	64	32	12	0	55	1.37
8055428--8055457	13	2.3	13	94	0	51	73	0	26	0	0.84
8056581--8056637	27	2.3	26	80	14	66	49	0	1	49	1.11
8056594--8056646	27	2.0	26	89	10	81	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8056764--8056807	21	2.1	21	82	0	52	36	27	6	29	1.83
8064076--8064136	25	2.4	25	76	10	63	19	11	16	52	1.74
8065519--8065571	14	3.6	13	79	20	52	16	1	15	66	1.35
8065670--8065705	18	1.9	19	88	5	56	19	2	11	66	1.35
8067878--8067946	28	2.4	31	81	13	76	39	4	2	53	1.36
8067956--8068082	48	2.6	48	82	13	145	44	0	3	50	1.26
8068082--8068124	16	2.7	15	82	10	59	51	6	0	41	1.29
8070725--8070768	21	2.1	21	91	0	70	50	31	0	18	1.47
8070815--8070854	13	3.1	13	85	0	53	40	35	2	22	1.68
8071971--8072050	25	3.2	25	90	0	124	26	7	8	57	1.55
8072010--8072055	12	3.7	13	75	18	53	26	6	8	58	1.52
8071984--8072058	25	3.0	25	77	14	75	26	5	9	58	1.50
8073082--8073166	37	2.4	37	88	4	120	31	22	12	32	1.92
8077326--8077413	32	2.8	30	81	13	90	73	0	20	5	1.03
8079032--8079225	41	4.7	41	78	3	147	27	20	11	40	1.87
8079094--8079256	41	4.0	41	78	3	148	27	19	11	41	1.86
8079427--8079498	31	2.4	31	83	2	101	33	12	18	36	1.88
8079540--8079709	50	3.4	52	80	5	206	30	20	14	34	1.93
8079488--8079689	50	4.0	51	80	4	194	27	20	18	33	1.96
8079586--8079885	163	1.8	162	82	5	381	31	20	15	34	1.93
8080673--8080951	144	1.9	143	82	6	350	35	13	13	38	1.83
8082262--8082291	5	5.8	5	96	4	51	83	0	0	16	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8082436--8082508	6	11.3	6	75	10	56	39	35	1	23	1.63
8082436--8082537	20	5.3	19	77	14	93	41	35	1	21	1.65
8082436--8082511	39	1.9	39	86	5	109	39	35	1	23	1.63
8082452--8082534	7	12.4	7	72	19	61	40	37	2	19	1.65
8084194--8084232	20	2.0	20	89	0	60	35	35	5	23	1.77
8084210--8084338	13	10.1	12	69	11	62	41	37	2	19	1.64
8084240--8084310	12	5.7	13	71	15	53	47	33	0	18	1.49
8086093--8086127	16	2.2	16	89	0	52	77	0	20	2	0.90
8089507--8089544	19	2.0	19	89	0	58	39	23	13	23	1.90
8096920--8097314	137	2.8	140	82	5	485	34	16	10	38	1.83
8100126--8100170	23	1.9	23	86	4	63	57	0	6	35	1.25
8100585--8100610	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
8100609--8100666	3	19.3	3	100	0	116	65	0	0	34	0.93
8106147--8106176	10	2.9	10	95	5	51	40	0	40	20	1.52
8106480--8106522	20	2.2	20	86	0	59	58	4	11	25	1.52
8106558--8106730	49	3.5	49	75	7	179	26	15	10	47	1.78
8113260--8113298	19	2.1	19	85	9	53	23	10	15	51	1.73
8113589--8113649	25	2.5	24	77	17	63	21	14	16	47	1.82
8115352--8115545	50	4.0	49	76	12	166	29	10	13	46	1.76
8115356--8115561	99	2.1	97	81	6	227	30	10	14	44	1.79
8115669--8115721	24	2.2	24	82	0	70	83	13	1	1	0.82
8115952--8116013	30	2.1	30	81	6	72	54	8	9	27	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8116370--8116657	143	2.0	142	81	6	332	35	13	9	40	1.78
8119241--8119308	33	2.1	33	100	0	136	35	16	27	20	1.94
8122110--8122144	16	2.2	16	94	0	61	31	14	11	42	1.81
8126745--8126955	7	31.7	7	70	21	64	44	35	0	20	1.52
8126744--8127050	13	23.5	13	67	19	51	44	34	0	20	1.56
8126744--8127050	20	15.3	21	70	15	150	44	34	0	20	1.56
8126744--8127036	27	11.0	25	75	14	198	44	34	0	20	1.54
8126874--8127060	34	5.5	34	78	12	181	45	35	1	18	1.56
8126860--8127029	7	25.1	7	70	19	94	45	34	0	20	1.55
8126947--8127050	27	3.9	27	78	12	106	46	32	1	19	1.61
8128919--8129180	74	3.6	73	75	8	219	46	6	10	36	1.65
8130056--8130093	19	2.0	19	89	0	58	65	5	0	28	1.14
8130423--8130467	23	2.0	23	95	0	81	40	6	15	37	1.74
8134549--8134604	27	2.1	27	89	0	85	35	5	16	42	1.70
8142906--8142943	20	1.9	20	84	10	51	57	10	5	26	1.53
8145184--8145226	19	2.4	17	80	7	50	16	4	9	69	1.31
8145238--8145325	44	2.0	44	84	4	113	40	18	6	34	1.77
8145849--8145933	42	2.0	42	90	4	136	40	20	10	29	1.86
8147639--8147709	30	2.4	28	74	19	65	5	19	2	71	1.18
8147658--8147714	27	2.2	26	84	9	71	3	19	3	73	1.12
8153224--8153265	22	1.9	22	85	0	57	28	0	4	66	1.12
8154151--8154227	17	4.8	17	71	18	65	35	20	9	35	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8154199--8154224	13	2.0	13	100	0	52	30	23	7	38	1.83
8154474--8154500	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
8155204--8155258	24	2.3	23	78	6	74	45	3	10	40	1.57
8157034--8157067	14	2.4	14	90	5	50	17	32	0	50	1.47
8158734--8158888	70	2.2	71	81	3	170	50	11	18	19	1.77
8159006--8159064	24	2.5	24	86	5	84	44	30	11	13	1.80
8159106--8159168	30	2.1	30	91	5	101	47	15	11	25	1.79
8159488--8159977	61	7.9	60	70	10	236	34	17	16	32	1.92
8159488--8159941	32	14.6	31	69	9	122	34	17	15	31	1.92
8159735--8159981	60	4.0	60	75	10	196	33	17	17	31	1.94
8160836--8160890	24	2.4	23	80	11	69	3	20	1	74	1.06
8160830--8160885	19	2.9	19	79	7	62	3	17	1	76	1.01
8160896--8160943	23	2.1	22	88	11	71	4	18	0	77	0.93
8160906--8160944	17	2.2	18	86	4	53	2	20	0	76	0.90
8166707--8166738	12	2.6	13	85	14	50	18	6	0	75	1.01
8167042--8167078	17	2.2	16	90	4	56	18	2	0	78	0.87
8169439--8169558	46	2.6	46	82	10	147	43	18	11	26	1.84
8170548--8170575	14	2.0	14	100	0	56	0	21	0	78	0.75
8170659--8170702	22	2.0	23	86	4	63	36	13	4	45	1.64
8171768--8171817	24	2.1	24	88	3	75	4	18	0	78	0.91
8171687--8171801	41	2.9	40	82	11	114	6	20	0	73	1.10
8177407--8177476	19	3.7	19	77	5	70	40	30	5	24	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8182115--8182162	24	2.0	24	91	0	78	41	4	2	52	1.32
8188006--8188107	52	2.0	52	82	0	123	42	23	10	23	1.85
8187875--8188081	80	2.6	80	89	0	315	41	25	9	23	1.85
8188017--8188133	52	2.2	52	86	0	153	40	25	10	23	1.86
8187937--8188175	132	1.8	131	88	0	370	42	25	10	21	1.84
8188017--8188147	52	2.5	52	82	0	127	40	25	9	23	1.86
8198026--8198386	135	2.7	134	83	2	436	37	19	13	28	1.91
8200491--8200531	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
8208349--8208385	18	2.1	18	100	0	74	21	10	27	40	1.86
8211728--8211798	30	2.4	30	88	4	108	32	15	14	38	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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