genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.138.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22337129--22337153	13	1.9	13	100	0	50	16	0	4	80	0.87
22337238--22337272	17	2.0	17	88	5	52	54	14	2	28	1.54
22342546--22342571	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
22342576--22342628	3	18.0	3	96	3	99	66	0	0	33	0.92
22342786--22342825	21	1.9	22	90	10	66	45	0	0	55	0.99
22343000--22343045	24	1.9	24	81	0	56	71	4	4	19	1.20
22344589--22344636	14	3.7	13	78	15	55	41	0	2	56	1.11
22344577--22344634	25	2.3	25	80	13	66	48	0	1	50	1.11
22344578--22344644	27	2.5	27	78	14	84	47	0	1	50	1.10
22345569--22345615	13	3.4	13	78	21	51	70	6	0	23	1.10
22345779--22345817	2	19.5	2	89	0	60	46	0	2	51	1.14
22346218--22346255	9	4.3	9	90	3	51	84	7	7	0	0.79
22347022--22347060	16	2.5	15	83	4	51	79	7	7	5	1.05
22347622--22347746	62	2.0	60	83	8	155	49	3	5	41	1.42
22347920--22347970	26	1.9	27	84	4	68	43	3	1	50	1.31
22348730--22348758	11	2.5	12	94	5	51	82	0	3	13	0.79
22349155--22349204	21	2.3	22	82	6	57	46	4	22	28	1.70
22349480--22349563	39	2.2	39	97	0	159	35	13	14	36	1.85
22349548--22349818	134	2.0	134	85	1	364	27	13	18	40	1.88
22350140--22350172	15	2.2	15	89	10	50	9	3	0	87	0.63
22350145--22350196	16	3.1	16	77	5	50	3	15	0	80	0.85
22352492--22352540	6	8.3	6	82	13	66	83	12	0	4	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22352496--22352539	17	2.5	17	96	3	79	84	11	0	4	0.77
22365122--22365155	7	4.9	7	100	0	68	73	11	14	0	1.10
22366178--22366364	42	4.5	41	75	11	157	27	13	20	38	1.90
22366206--22366384	83	2.2	83	86	4	245	27	15	20	37	1.92
22366205--22366476	42	6.4	41	78	7	190	25	15	20	38	1.92
22366716--22366779	19	3.4	18	77	10	56	20	0	4	75	0.99
22366772--22366918	4	36.5	4	68	15	54	28	5	2	63	1.27
22366751--22366799	22	2.2	22	85	7	64	16	2	6	75	1.09
22366792--22366870	31	2.6	30	84	11	92	32	5	1	60	1.26
22366853--22366926	6	10.9	7	76	18	50	28	5	1	64	1.23
22366852--22366920	21	3.5	19	79	14	70	27	5	1	65	1.24
22366716--22366926	27	7.4	27	69	23	87	27	3	2	66	1.23
22366787--22366928	23	6.3	21	66	22	74	30	4	1	63	1.24
22367756--22367788	16	2.1	16	94	0	57	27	0	0	72	0.85
22368776--22369305	143	3.6	143	83	9	654	27	12	22	37	1.90
22368776--22369107	47	7.0	47	91	1	484	28	12	21	37	1.90
22369090--22369125	18	2.0	18	100	0	72	27	11	22	38	1.88
22369043--22369172	65	2.0	65	98	0	251	26	12	23	36	1.91
22369108--22369305	48	4.1	49	89	3	273	26	12	22	38	1.90
22368996--22369215	112	2.0	111	95	0	395	27	12	23	35	1.91
22369111--22369392	48	6.1	48	85	5	266	26	13	21	37	1.91
22368947--22369263	159	2.0	160	90	3	505	27	12	23	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22369128--22369441	44	6.9	44	80	8	244	27	14	20	37	1.92
22369128--22369406	95	3.1	89	81	10	264	27	13	20	37	1.91
22369842--22369890	26	1.9	26	87	4	73	63	10	14	12	1.53
22370485--22370516	16	1.9	17	93	6	57	25	40	21	12	1.88
22372798--22372855	25	2.3	25	100	0	116	31	18	8	41	1.81
22384792--22384916	64	1.9	65	85	4	173	20	12	9	56	1.64
22389551--22389605	8	6.2	9	82	18	71	78	0	10	10	0.98
22389545--22389604	17	3.5	17	90	6	86	75	0	13	11	1.06
22390867--22390920	21	2.7	21	88	5	76	33	9	18	38	1.83
22390882--22391079	79	2.5	79	84	5	254	37	10	16	34	1.83
22391023--22391145	20	5.7	21	77	11	97	38	11	15	34	1.83
22391044--22391121	22	3.5	21	84	11	86	41	11	14	33	1.81
22391067--22391146	21	3.8	21	80	5	72	38	11	17	32	1.85
22391380--22391414	16	2.1	17	89	5	54	42	14	5	37	1.69
22391624--22391789	42	4.0	41	88	4	233	23	11	20	44	1.84
22391627--22391831	42	4.8	43	85	5	172	22	12	19	45	1.83
22391972--22391997	7	3.7	7	100	0	52	76	0	0	23	0.78
22394236--22394282	23	2.0	25	87	8	71	74	4	19	2	1.09
22394237--22394291	24	2.3	23	82	14	60	74	1	20	3	1.06
22395693--22395838	67	2.2	65	79	6	161	37	12	14	35	1.84
22396655--22396696	21	2.0	21	100	0	84	28	28	9	33	1.88
22397351--22398108	161	4.7	161	83	2	817	42	14	11	31	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22397329--22398086	321	2.4	320	80	4	862	42	14	10	32	1.81
22403634--22403668	3	11.7	3	88	11	54	31	0	0	68	0.90
22403632--22403670	9	4.5	8	90	9	51	28	0	0	71	0.86
22403668--22403719	8	7.0	7	84	4	50	7	13	0	78	0.94
22403659--22403738	38	2.1	37	83	2	97	11	13	0	75	1.06
22403863--22403911	23	2.1	23	88	0	71	44	16	16	22	1.86
22404826--22404876	21	2.3	23	87	12	72	70	5	0	23	1.09
22415040--22415081	18	2.3	19	87	4	59	80	2	11	4	0.95
22415876--22416456	50	11.8	50	78	9	459	27	12	20	39	1.89
22415880--22416365	201	2.4	199	83	4	609	28	12	21	38	1.89
22416052--22416324	151	1.8	152	85	4	390	29	13	20	36	1.91
22416331--22416511	44	4.1	44	78	12	174	26	14	19	39	1.90
22416284--22416470	91	2.1	91	88	2	277	27	13	18	39	1.89
22416310--22416497	91	2.1	91	87	6	265	25	14	19	39	1.90
22416684--22416713	4	7.8	4	92	7	53	0	23	0	76	0.78
22416684--22416722	19	2.1	18	90	4	60	0	25	0	74	0.82
22416992--22417049	24	2.5	22	76	10	62	62	12	6	18	1.52
22417828--22417877	20	2.3	22	86	10	68	70	6	0	24	1.10
22418538--22418584	22	2.1	22	84	0	58	70	6	2	21	1.20
22419476--22420331	63	13.5	63	67	13	283	35	13	13	37	1.84
22419283--22420332	125	8.3	124	77	7	777	35	13	12	38	1.83
22419868--22420080	66	3.3	64	70	13	177	38	14	10	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22423336--22423514	63	2.9	61	74	14	154	34	16	11	37	1.85
22431161--22431193	9	3.8	9	88	8	50	72	9	0	18	1.10
22431160--22431194	17	2.1	17	83	0	52	74	8	0	17	1.06
22434623--22434715	8	10.9	8	75	17	80	23	2	5	68	1.21
22434622--22434714	9	10.7	9	71	13	61	22	2	5	69	1.19
22434623--22434713	26	3.5	25	79	10	85	23	2	5	69	1.21
22434969--22435004	18	2.0	18	88	0	54	58	2	0	38	1.13
22439032--22439064	17	1.9	17	88	11	50	69	3	15	12	1.30
22440407--22440437	12	2.6	12	94	0	53	22	0	3	74	0.96
22440555--22440585	12	2.6	12	94	0	53	74	3	0	22	0.96
22452320--22452654	50	6.8	48	77	6	165	31	14	17	36	1.90
22452464--22452654	50	3.8	50	79	4	213	35	14	15	35	1.88
22452882--22452920	12	3.6	11	90	10	55	5	17	0	76	0.96
22456175--22456207	2	16.5	2	93	0	57	51	0	48	0	1.00
22462961--22462994	10	3.3	10	87	4	50	26	0	0	73	0.83
22462966--22462995	14	2.1	14	93	0	51	23	0	0	76	0.78
22463093--22463120	11	2.5	11	100	0	56	39	0	0	60	0.97
22463179--22463224	18	2.5	18	78	3	56	36	2	0	60	1.09
22463179--22463232	18	2.9	17	76	13	54	35	1	0	62	1.06
22464585--22464614	14	2.1	14	93	0	51	30	6	13	50	1.67
22465631--22465709	39	2.0	39	100	0	158	25	26	25	22	2.00
22469890--22469951	22	2.8	22	95	2	106	24	16	14	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22470437--22470472	5	7.6	5	87	12	58	83	0	0	16	0.65
22470420--22470473	9	5.7	9	79	12	63	79	1	3	14	0.95
22473107--22473151	16	2.8	16	86	6	56	33	13	6	46	1.69
22475466--22475524	17	3.5	17	79	4	66	30	6	5	57	1.46
22476664--22476704	21	2.0	21	90	0	64	19	26	7	46	1.76
22477370--22477645	130	2.1	130	87	2	403	44	15	8	31	1.77
22477517--22478765	161	7.8	159	79	6	1112	43	16	8	31	1.77
22477505--22478702	322	3.7	322	81	4	1289	43	16	8	31	1.78
22477505--22478761	643	2.0	641	82	4	1555	43	16	8	31	1.77
22482125--22482165	21	2.0	21	90	0	64	39	24	9	26	1.86

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