genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  14  of  190  ( 22769 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1988362--1988453	21	4.5	21	75	15	77	46	8	7	36	1.63
1988573--1988767	95	2.0	96	89	7	293	42	9	8	39	1.69
1991678--1991751	22	3.4	22	82	0	85	47	2	12	37	1.55
1991702--1991757	22	2.5	21	85	5	67	48	1	10	39	1.49
1992047--1992109	23	2.7	23	87	4	83	53	4	6	34	1.47
1992047--1992112	22	3.0	21	84	10	78	54	4	6	34	1.45
1992408--1992534	22	5.8	21	74	8	101	49	4	5	40	1.47
1992400--1992538	44	3.2	44	76	9	149	48	5	5	39	1.51
1992479--1992539	11	5.5	11	71	7	52	52	4	4	37	1.45
1992576--1992640	22	2.9	23	81	4	71	52	4	4	38	1.43
1992973--1993079	42	2.6	40	76	10	99	43	12	10	33	1.76
1992973--1993068	21	4.6	21	78	8	99	43	12	9	34	1.75
1993267--1993394	11	12.3	10	67	10	53	46	7	7	38	1.62
1993298--1993389	21	4.5	21	77	12	84	46	9	7	35	1.65
1993293--1993383	42	2.2	42	80	5	105	48	9	7	34	1.65
1992997--1993564	298	1.9	304	87	4	844	44	7	7	40	1.63
1996525--1996569	14	3.1	14	78	6	54	2	22	2	73	1.05
1999299--1999344	23	1.9	25	86	8	69	56	17	10	15	1.67
1999493--1999530	12	3.2	12	96	0	67	60	13	15	10	1.59
2000775--2000801	7	3.9	7	100	0	54	55	14	0	29	1.40
2003608--2003650	16	2.6	16	81	3	50	4	16	2	76	1.05
2008123--2008149	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2011195--2011249	18	3.2	18	70	10	53	63	5	30	0	1.17
2014405--2014439	17	2.1	17	94	0	61	25	5	5	62	1.40
2019103--2019147	20	2.2	20	84	0	54	46	2	6	44	1.42
2019776--2019930	3	47.7	3	69	21	66	32	5	0	61	1.19
2019814--2019912	8	12.5	8	67	25	50	31	7	0	61	1.23
2019783--2019915	49	2.7	46	82	13	153	32	5	0	62	1.17
2019783--2019893	27	4.1	27	82	13	131	33	4	0	62	1.16
2019852--2019931	43	1.9	40	85	12	108	30	6	0	63	1.19
2019834--2019930	14	7.6	13	73	21	73	30	6	0	62	1.19
2020769--2020899	63	2.1	63	82	4	158	48	5	9	35	1.59
2020792--2020911	63	1.9	63	84	3	161	48	5	10	35	1.62
2020938--2021074	53	2.4	58	83	8	176	46	7	11	34	1.68
2026341--2026477	24	5.5	24	73	18	104	35	5	0	59	1.20
2026409--2026503	20	4.5	21	81	13	99	30	6	1	62	1.27
2026339--2026473	49	2.7	50	88	5	184	35	5	0	59	1.20
2026390--2026501	21	5.0	22	77	16	88	32	6	0	60	1.27
2027278--2027330	4	13.2	4	79	15	56	30	0	0	69	0.88
2027414--2027549	62	2.2	61	80	12	154	50	4	7	38	1.51
2028398--2028440	22	2.0	22	86	9	61	46	4	6	41	1.51
2028409--2028490	22	3.7	22	83	3	94	46	1	8	43	1.42
2037653--2037698	22	2.0	23	87	4	67	21	4	10	63	1.44
2037670--2037833	32	5.6	31	66	26	99	29	2	7	59	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2037649--2037767	23	6.1	20	68	25	76	27	3	8	60	1.42
2037653--2037829	55	3.2	55	88	7	252	28	2	8	59	1.41
2037667--2037897	111	2.1	112	80	11	262	30	2	8	58	1.42
2038138--2038207	16	4.1	17	71	12	54	34	4	11	50	1.58
2041380--2041404	8	3.1	8	100	0	50	24	24	12	40	1.88
2042080--2042135	12	5.0	11	77	16	53	21	1	1	75	0.99
2042108--2042180	20	3.7	20	73	20	55	23	4	1	71	1.11
2042248--2042358	22	5.1	21	73	17	66	21	4	6	67	1.31
2042598--2042646	24	2.0	25	84	4	64	18	0	18	63	1.32
2042656--2042694	19	2.0	20	85	5	53	33	10	17	38	1.84
2042756--2042789	12	2.9	12	86	4	52	23	32	11	32	1.91
2043241--2043274	17	2.0	17	88	0	50	14	2	2	79	0.97
2043242--2043316	11	6.6	11	73	15	55	14	8	1	76	1.08
2043253--2043306	18	3.1	18	78	2	65	12	5	1	79	0.98
2043322--2043945	115	5.4	113	87	6	840	44	7	13	34	1.72
2043322--2043946	59	10.8	56	84	7	729	44	7	13	34	1.72
2043833--2043859	14	1.9	14	100	0	54	59	11	0	29	1.32
2047818--2047889	26	2.6	29	77	18	82	70	0	18	11	1.15
2047829--2047881	22	2.4	22	81	9	63	75	0	15	9	1.04
2049185--2049221	18	2.1	18	100	0	74	16	24	27	32	1.96
2049208--2049484	41	6.7	40	85	4	272	23	16	22	37	1.94
2049203--2049484	83	3.4	81	84	5	325	23	17	21	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2049494--2049562	1	69.0	1	77	0	66	88	10	1	0	0.58
2049496--2049553	6	9.8	6	85	14	77	87	10	1	0	0.60
2049494--2049562	16	4.3	16	83	7	86	88	10	1	0	0.58
2049494--2049562	23	2.9	23	93	4	111	88	10	1	0	0.58
2049718--2049776	6	9.3	6	77	17	57	16	1	3	77	0.98
2049887--2049964	22	3.6	21	78	16	70	24	5	6	64	1.38
2050393--2050422	11	2.6	12	89	10	53	20	36	13	30	1.90
2050817--2050855	4	9.5	4	83	5	51	20	0	5	74	1.01
2050878--2050911	17	2.0	17	88	0	50	14	2	2	79	0.97
2050879--2050953	11	6.6	11	73	15	55	14	8	1	76	1.08
2050890--2050943	18	3.1	18	78	2	65	12	5	1	79	0.98
2050959--2051640	59	11.7	58	85	6	900	45	6	13	34	1.70
2050959--2051642	115	5.9	116	90	4	990	44	7	13	34	1.71
2052852--2052906	27	2.0	27	100	0	110	58	7	21	12	1.59
2054052--2054089	19	2.0	19	89	0	58	84	10	5	0	0.77
2055363--2055451	42	2.1	42	85	4	117	30	12	15	41	1.84
2055859--2055899	18	2.3	18	91	0	64	24	19	14	41	1.89
2056409--2056519	32	3.5	32	73	9	118	27	5	12	54	1.60
2056384--2056562	20	8.9	20	65	24	76	28	5	12	53	1.60
2056628--2056667	19	2.1	19	90	0	62	30	5	10	55	1.54
2056638--2056690	25	2.1	25	86	6	72	32	1	9	56	1.42
2061834--2061883	25	2.1	24	82	10	59	42	2	12	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2067556--2067612	22	2.6	22	83	2	71	45	3	10	40	1.56
2067556--2067645	22	4.1	21	75	12	65	45	4	12	37	1.62
2067752--2067858	22	4.9	22	87	0	124	48	1	11	38	1.50
2067752--2068268	44	12.0	44	71	8	204	47	4	10	37	1.58
2067905--2067950	22	2.1	22	84	8	58	54	4	8	32	1.51
2067913--2067955	22	2.0	22	86	9	61	51	2	11	34	1.51
2067974--2068066	22	4.3	22	78	9	93	45	6	10	37	1.65
2068152--2068275	22	5.8	22	71	9	103	54	4	6	34	1.45
2068205--2068272	19	3.4	19	76	11	73	51	4	7	36	1.50
2068228--2068281	22	2.5	22	81	0	72	50	7	7	35	1.59
2068390--2068473	22	3.8	22	82	0	96	48	5	11	33	1.64
2068390--2068473	44	1.9	44	85	0	114	48	5	11	33	1.64
2068794--2068855	22	2.9	22	87	2	81	46	4	9	38	1.58
2068871--2068916	23	2.0	23	87	4	67	52	4	8	34	1.52
2068871--2068931	22	2.7	21	80	16	61	55	4	8	31	1.50
2068982--2069029	22	2.2	22	88	7	71	45	12	6	35	1.67
2068994--2069076	22	3.9	21	79	9	69	50	6	6	37	1.52
2069113--2069220	22	4.9	21	71	10	74	50	3	8	37	1.50
2069128--2069220	44	2.1	45	86	6	127	48	4	8	38	1.54
2069223--2069325	22	4.7	22	75	4	91	49	4	2	42	1.39
2069244--2069473	22	10.5	22	75	2	140	49	6	5	38	1.52
2069288--2069473	44	4.2	44	77	5	169	48	6	5	38	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2069722--2069761	21	1.9	22	85	10	57	52	17	2	27	1.57
2069810--2069850	21	2.0	21	95	0	73	41	7	9	41	1.66
2069950--2070012	3	20.7	3	93	3	108	33	0	1	65	1.03
2070137--2070240	21	4.9	21	83	1	100	49	10	3	36	1.56
2070144--2070243	42	2.4	42	84	3	121	47	10	5	38	1.59
2070146--2070240	10	9.1	10	68	16	50	47	10	3	38	1.54
2074336--2074361	12	2.2	12	100	0	52	38	0	0	61	0.96
2075490--2075539	22	2.3	22	93	3	84	38	10	4	48	1.56
2083003--2083033	11	2.8	11	90	0	53	16	0	32	51	1.44
2083797--2083852	24	2.3	24	90	3	85	37	8	32	21	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190