genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.141.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  141  of  190  ( 22769 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22931555--22931950	41	9.9	41	72	9	239	37	17	10	34	1.84
22931562--22931780	80	2.7	79	79	10	209	37	18	8	34	1.82
22931601--22931887	80	3.6	79	77	11	228	38	17	9	34	1.82
22932838--22932895	15	3.8	15	78	15	57	65	10	6	17	1.44
22933652--22933713	22	2.8	22	81	11	65	75	3	4	16	1.10
22933721--22933753	7	4.4	8	88	11	52	75	0	0	24	0.80
22935024--22935102	40	2.0	39	87	4	115	16	13	15	54	1.72
22938130--22938154	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
22940144--22940187	21	2.1	21	87	8	63	45	13	15	25	1.83
22948908--22948989	21	3.4	22	72	23	67	32	4	1	60	1.25
22949254--22949304	13	3.9	13	73	19	52	27	0	0	72	0.85
22949253--22949305	14	3.5	14	80	14	52	26	0	0	73	0.83
22949597--22949640	13	3.6	12	82	11	54	56	0	2	40	1.11
22950001--22950062	21	3.0	20	79	11	70	20	0	4	74	1.00
22950001--22950053	22	2.5	22	84	3	63	20	0	3	75	0.96
22949999--22950062	13	4.6	13	78	14	65	21	0	4	73	1.01
22951090--22951130	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
22951269--22951324	20	3.1	18	71	14	53	55	3	0	41	1.17
22953480--22953525	16	2.8	16	86	3	65	76	4	4	15	1.11
22953500--22953538	16	2.3	16	86	8	51	79	5	2	12	1.00
22953482--22953555	17	4.7	16	73	19	66	72	5	5	16	1.21
22959489--22959528	16	2.5	16	95	0	71	40	2	17	40	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22961431--22961508	28	2.8	29	84	7	108	37	8	17	35	1.82
22964622--22964658	16	2.3	16	95	0	65	35	0	21	43	1.53
22964671--22964703	17	1.9	17	88	11	50	24	3	18	54	1.57
22966617--22966682	27	2.5	26	77	5	69	45	6	21	27	1.75
22966740--22966907	23	7.4	23	74	12	89	42	7	7	42	1.62
22967063--22967123	32	1.9	32	83	6	79	36	16	13	34	1.87
22969486--22969522	19	1.9	19	89	10	58	59	16	0	24	1.37
22971405--22971437	16	2.1	16	100	0	66	30	12	12	45	1.78
22977074--22977114	17	2.4	17	88	8	57	75	2	2	19	1.03
22977092--22977135	13	3.3	14	79	20	58	75	2	4	18	1.09
22978410--22978448	18	2.2	17	86	4	51	28	5	0	66	1.12
22978719--22978851	16	8.2	16	65	14	58	21	2	32	43	1.65
22978731--22978765	17	2.1	17	88	0	52	28	0	34	37	1.58
22979290--22979327	12	3.0	12	92	7	58	18	0	7	73	1.06
22979290--22979330	14	3.1	14	80	20	52	19	0	7	73	1.07
22980878--22980908	14	2.1	15	94	5	55	12	6	3	77	1.08
22992181--22992277	14	7.1	14	70	8	74	50	24	5	19	1.68
22992266--22992317	19	2.7	20	84	3	79	42	26	13	17	1.86
22992307--22992344	18	2.1	19	85	5	51	47	31	0	21	1.51
22994037--22994087	24	2.1	24	82	17	61	70	3	7	17	1.27
22994071--22994109	20	2.0	20	85	10	53	82	0	2	15	0.79
22994417--22994481	30	2.2	30	91	2	105	49	21	3	26	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22994417--22994490	30	2.5	29	88	4	103	48	22	2	25	1.64
22994417--22994490	29	2.5	29	86	4	94	48	22	2	25	1.64
22994863--22994926	3	23.0	3	81	15	84	67	0	1	31	1.00
22995314--22995932	342	1.8	342	81	3	780	35	13	24	26	1.93
22995314--22996049	342	2.2	343	79	3	741	36	12	24	26	1.92
22995424--22996257	342	2.4	342	78	3	743	36	13	23	26	1.92
22995190--22996257	114	9.4	114	74	5	610	36	13	23	26	1.92
22996924--22996961	20	1.9	20	88	0	58	5	0	10	84	0.77
22997412--22997478	34	2.0	34	96	0	125	38	16	17	26	1.91
23003899--23003929	14	2.1	15	94	5	55	12	32	0	54	1.38
23007571--23007621	19	2.8	18	80	8	59	72	7	7	11	1.28
23007633--23007662	15	2.1	14	93	6	51	76	3	6	13	1.11
23007633--23007672	21	1.9	21	85	10	55	77	2	7	12	1.07
23008462--23008499	3	12.3	3	88	5	58	63	0	2	34	1.09
23008428--23008530	21	5.2	20	74	16	81	54	6	4	33	1.48
23008490--23008528	16	2.4	17	86	4	53	53	7	5	33	1.51
23010603--23010645	15	2.9	15	80	13	52	6	18	0	74	1.04
23015239--23015369	41	3.1	42	70	14	115	48	32	0	19	1.49
23015227--23015300	13	5.6	13	73	7	51	48	27	0	24	1.51
23015244--23015390	27	5.2	27	71	17	111	48	34	0	16	1.46
23015304--23015428	7	18.6	7	67	17	50	48	37	0	12	1.47
23015245--23015411	87	1.9	87	86	4	239	49	34	0	16	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23015245--23015388	13	11.2	13	73	13	111	48	34	0	16	1.47
23016521--23016725	25	8.2	25	81	6	186	31	12	8	47	1.71
23016619--23016679	24	2.5	24	100	0	122	34	13	13	39	1.83
23017245--23017274	9	3.2	9	95	4	51	76	0	13	10	1.01
23022878--23022911	16	2.1	16	94	0	59	47	0	0	52	1.00
23022912--23022964	16	3.3	17	82	7	58	81	3	13	1	0.92
23023786--23023822	19	1.9	19	89	10	58	51	0	0	48	1.00
23023804--23023857	28	2.0	26	82	17	65	53	1	1	42	1.22
23025858--23025887	13	2.4	13	94	5	53	63	6	13	16	1.50
23026995--23027081	2	44.0	2	82	2	77	39	1	9	50	1.42
23031221--23031526	144	2.1	144	80	5	343	33	15	11	40	1.82
23034094--23034135	11	3.6	12	84	12	52	26	0	4	69	1.08
23034499--23034541	22	1.9	23	90	4	70	23	4	9	62	1.44
23034966--23035004	5	7.6	5	86	13	53	15	0	2	82	0.79
23035456--23035569	50	2.4	46	76	15	122	56	10	8	24	1.61
23036897--23037066	89	1.9	89	96	0	313	30	15	14	39	1.87
23047077--23047517	44	9.9	45	76	8	361	24	13	16	45	1.84
23047066--23047556	89	5.5	87	76	9	300	25	13	16	45	1.83
23047120--23047529	45	9.1	45	72	11	200	25	12	16	45	1.82
23047794--23047832	4	9.8	4	83	10	53	23	0	2	74	0.94
23048894--23048937	21	2.1	21	95	0	79	75	6	0	18	1.02
23048900--23048937	7	5.4	7	81	12	51	73	5	0	21	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23049862--23049932	21	3.6	21	81	17	73	40	0	0	59	0.98
23054444--23054504	27	2.2	28	88	5	90	59	3	8	29	1.43
23054633--23054676	21	2.0	22	86	4	63	31	11	25	31	1.91
23054666--23054770	55	1.9	55	82	3	131	35	10	26	27	1.89
23057402--23057449	26	2.0	23	84	12	60	50	18	6	25	1.70
23057859--23057926	11	6.1	11	70	14	50	11	1	22	64	1.34
23063772--23063869	48	2.0	49	90	2	153	53	5	10	31	1.57
23071901--23071959	29	2.1	29	83	3	75	54	0	6	38	1.27
23071901--23071968	28	2.5	26	78	9	64	51	0	7	41	1.30
23074365--23074446	30	2.8	29	80	10	87	35	0	0	64	0.94
23078895--23078943	21	2.3	21	85	3	62	12	8	30	48	1.69
23079244--23079300	29	2.0	28	89	6	87	66	3	1	28	1.18
23081888--23081921	15	2.2	16	89	5	52	61	0	0	38	0.96
23082356--23082388	16	2.0	17	88	5	50	60	0	0	39	0.97
23082957--23083006	1	50.0	1	79	0	55	90	10	0	0	0.47
23082960--23083006	8	5.6	8	85	9	67	89	10	0	0	0.49
23082957--23083006	13	3.7	13	87	12	66	90	10	0	0	0.47
23082957--23083006	17	3.0	16	85	8	73	90	10	0	0	0.47
23082957--23083006	16	2.9	17	88	5	75	90	10	0	0	0.47
23082957--23083006	21	2.4	20	87	9	73	90	10	0	0	0.47
23085098--23085177	38	2.1	38	93	2	135	31	15	22	31	1.94
23085967--23086429	33	14.4	33	68	13	205	50	12	14	22	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23085967--23086427	66	7.2	65	72	11	297	50	12	14	22	1.76
23086186--23086298	58	1.9	58	87	3	165	48	10	15	25	1.76
23086125--23086348	124	1.8	124	82	1	288	49	12	15	23	1.77
23086079--23086427	190	1.9	186	82	3	448	50	12	14	22	1.77
23086245--23086526	33	8.6	33	75	8	218	48	12	15	23	1.78
23086245--23086526	99	2.9	97	77	7	273	48	12	15	23	1.78
23086402--23086525	65	1.9	66	85	8	173	50	11	13	24	1.74
23086597--23086635	18	2.0	20	85	14	55	33	2	7	56	1.41
23089384--23089436	27	2.0	27	84	0	70	45	26	0	28	1.54
23089392--23089429	20	1.9	20	88	0	58	47	21	0	31	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190