genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   

This is table  156  of  190  ( 22769 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25284057--25284219	22	8.4	20	63	23	57	53	11	5	28	1.59
25283967--25284135	88	1.9	86	82	9	209	53	11	5	28	1.59
25284121--25284166	22	2.0	23	87	4	67	60	6	4	28	1.40
25284041--25284216	55	3.2	55	83	5	221	53	11	5	29	1.59
25284192--25284239	14	3.2	14	75	16	51	56	8	4	31	1.48
25284794--25284829	12	2.8	13	87	4	56	72	5	0	22	1.05
25285992--25286021	4	7.5	4	92	0	51	76	3	0	20	0.92
25286561--25286599	16	2.4	16	82	0	51	64	0	0	35	0.94
25286557--25286619	22	2.9	22	73	7	65	63	0	0	36	0.95
25286564--25286626	12	5.1	13	82	17	73	63	0	0	36	0.95
25286944--25286973	1	30.0	1	93	0	51	0	3	0	96	0.21
25288427--25288471	21	2.1	21	83	0	54	13	4	2	80	0.97
25295474--25295511	19	1.9	21	89	10	62	34	13	15	36	1.87
25306449--25306537	44	2.0	44	93	0	151	47	14	12	25	1.79
25315068--25315162	48	2.0	48	87	4	138	53	8	1	36	1.38
25315145--25315181	17	2.2	17	90	0	56	54	18	2	24	1.57
25316552--25316592	21	2.0	21	85	0	55	36	2	0	60	1.10
25326496--25326535	16	2.4	16	87	4	53	57	0	42	0	0.98
25326908--25327081	60	2.9	58	86	5	240	52	4	6	36	1.49
25326926--25327081	58	2.6	59	89	2	233	51	4	7	36	1.49
25329150--25329215	34	1.9	34	81	9	80	9	9	3	78	1.05
25329196--25329227	1	32.0	1	93	0	55	0	0	3	96	0.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25329161--25329229	17	4.1	17	76	0	75	2	7	4	85	0.81
25329306--25329467	84	1.9	84	82	5	202	43	15	14	26	1.85
25329554--25329821	107	2.5	105	83	3	331	37	12	13	36	1.83
25329681--25329948	127	2.1	128	82	2	315	35	12	14	36	1.84
25329570--25330008	234	1.9	234	82	3	562	37	12	13	36	1.83
25330768--25330872	42	2.5	42	80	8	108	34	11	15	39	1.83
25331147--25331321	68	2.6	68	80	1	172	31	16	19	33	1.94
25331333--25331507	34	5.2	34	73	10	110	34	13	19	32	1.90
25331377--25331583	34	6.2	33	70	8	141	35	14	17	31	1.91
25331563--25331609	22	2.1	22	84	7	60	29	17	23	29	1.97
25331576--25331618	22	2.0	22	90	0	68	23	16	25	34	1.95
25333242--25333384	75	1.9	72	83	10	182	33	16	23	26	1.95
25341565--25341614	24	2.1	24	100	0	100	58	14	4	24	1.53
25341831--25341871	19	2.2	19	86	4	57	63	4	29	2	1.28
25343923--25343965	19	2.1	21	87	12	63	32	2	11	53	1.50
25344976--25345010	14	2.5	14	80	0	52	74	2	0	22	0.95
25345004--25345047	12	3.8	12	90	6	72	77	9	4	9	1.12
25345130--25345175	12	3.5	13	77	17	51	65	0	0	34	0.93
25345511--25345535	13	1.9	13	100	0	50	80	0	20	0	0.72
25347256--25347446	97	2.0	95	94	2	337	56	4	5	33	1.44
25348251--25348301	26	2.0	26	88	0	75	74	0	1	23	0.92
25348932--25348998	8	8.2	8	73	18	50	68	1	0	29	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25348966--25349007	21	2.0	21	86	9	59	69	0	0	30	0.89
25349658--25349699	14	3.1	14	80	16	52	45	0	2	52	1.13
25349861--25349915	23	2.4	23	76	11	60	45	5	1	47	1.36
25363870--25363921	18	3.1	16	78	18	52	46	0	0	53	1.00
25363870--25363911	17	2.5	17	78	17	52	45	0	0	54	0.99
25364477--25364527	22	2.3	22	79	0	57	56	0	3	39	1.18
25364637--25364683	3	15.7	3	90	0	76	29	2	2	65	1.15
25365494--25365539	13	3.3	14	82	14	51	8	8	0	82	0.84
25365494--25365572	15	5.3	14	72	15	52	12	7	0	79	0.92
25365531--25365573	5	8.0	5	80	14	50	18	4	0	76	0.95
25365494--25365572	23	3.4	23	79	17	76	12	7	0	79	0.92
25365495--25365559	14	5.1	13	74	20	57	12	7	0	80	0.91
25365536--25365572	18	2.1	17	90	5	56	16	5	0	78	0.93
25367374--25367439	31	2.2	30	83	8	80	50	18	12	19	1.78
25367382--25367443	30	2.0	31	90	3	99	46	16	14	22	1.83
25367937--25368018	36	2.3	36	89	0	119	21	20	28	29	1.98
25368175--25368675	43	11.7	43	75	10	242	46	15	14	23	1.82
25368392--25368672	83	3.4	83	83	5	347	46	15	14	23	1.82
25368399--25368694	43	7.1	42	79	10	265	45	15	15	23	1.84
25368371--25368694	126	2.6	124	79	8	368	45	16	15	23	1.85
25369025--25369077	22	2.4	22	90	3	79	37	16	15	30	1.90
25370161--25370238	37	2.1	36	81	11	88	10	16	2	70	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25370175--25370256	29	2.9	27	78	10	74	6	18	0	75	1.00
25370233--25370307	1	75.0	1	70	0	51	6	5	2	85	0.82
25370211--25370308	9	10.6	9	75	12	65	5	11	2	81	0.93
25370212--25370308	27	3.5	27	79	8	79	5	11	2	81	0.93
25370227--25370307	21	3.8	20	81	15	83	6	7	2	83	0.87
25370261--25370305	12	3.8	12	85	8	65	8	0	4	86	0.69
25370264--25370306	13	3.4	13	81	18	63	9	0	4	86	0.71
25371622--25371689	31	2.2	31	86	5	93	57	13	4	25	1.54
25372152--25372229	35	2.2	35	83	2	93	26	25	25	21	2.00
25372168--25372254	35	2.4	36	83	7	106	22	26	27	22	2.00
25382820--25382933	3	37.7	3	83	1	129	26	3	4	65	1.27
25383740--25383796	14	4.0	14	78	13	62	14	3	1	80	0.92
25383748--25383793	21	2.2	20	88	3	65	13	2	2	82	0.85
25392679--25392845	49	3.4	48	78	8	167	35	7	9	47	1.64
25392777--25392895	49	2.4	49	84	8	145	37	9	8	44	1.67
25392679--25392894	98	2.2	97	79	8	222	36	7	9	46	1.65
25393733--25393760	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25394941--25394967	7	3.9	7	100	0	54	59	0	11	29	1.32
25397077--25397112	18	2.0	18	88	0	54	50	0	2	47	1.15
25398806--25398848	20	2.2	20	86	0	59	20	16	11	51	1.75
25401273--25401311	11	3.4	12	79	13	55	58	0	0	41	0.98
25410756--25410794	15	2.6	15	87	0	60	15	0	5	79	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25410878--25410915	13	2.9	14	84	11	53	71	2	5	21	1.19
25411746--25411889	3	48.7	3	82	8	125	64	6	2	27	1.28
25412571--25412604	17	1.9	18	88	5	52	26	8	17	47	1.77
25412486--25412762	86	3.2	86	78	4	245	34	9	19	36	1.85
25413810--25413851	9	4.7	9	82	11	50	0	14	2	83	0.75
25413812--25413862	11	4.5	11	76	16	50	1	11	1	84	0.79
25413812--25413862	20	2.3	23	83	9	63	1	11	1	84	0.79
25413810--25413881	22	3.6	19	75	17	56	5	11	1	81	0.90
25413812--25413877	26	2.5	27	78	9	73	6	10	1	81	0.92
25418111--25418160	19	2.5	21	81	12	61	78	0	10	12	0.98
25418046--25418144	13	7.6	13	67	11	51	71	2	6	20	1.17
25418967--25419027	3	20.7	3	80	9	63	60	3	3	32	1.29
25421994--25422058	26	2.4	27	85	7	80	52	0	0	47	1.00
25421989--25422035	14	3.4	14	76	2	51	55	0	0	44	0.99
25421990--25422058	27	2.6	27	82	8	88	52	0	0	47	1.00
25422461--25422488	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
25431381--25431418	20	1.9	20	100	0	76	47	5	5	42	1.48
25432321--25432390	36	1.9	37	88	2	106	41	18	12	27	1.87
25438699--25438754	12	4.5	12	76	14	51	12	7	1	78	1.02
25441181--25441230	10	5.2	10	88	4	68	42	0	10	48	1.37
25441181--25441234	15	3.8	14	83	9	65	40	0	9	50	1.35
25441184--25441273	5	17.6	5	75	13	58	35	0	11	53	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25442118--25442190	28	2.7	27	77	10	69	26	0	5	68	1.11
25442131--25442192	22	2.8	22	83	9	65	25	0	4	69	1.08
25442165--25442224	21	2.9	21	75	7	61	25	3	5	66	1.27
25446549--25446598	22	2.3	22	93	3	84	78	0	16	6	0.95
25446890--25446920	12	2.6	12	100	0	62	83	0	6	9	0.79
25447874--25448004	65	2.0	64	81	7	149	19	19	12	48	1.79
25448297--25448333	5	7.2	5	87	6	56	35	0	2	62	1.10
25448297--25448361	15	4.4	16	77	16	61	32	0	3	64	1.09
25448307--25448362	3	20.3	3	77	17	59	32	0	1	66	1.03
25448250--25448361	13	8.2	13	66	28	56	30	0	8	60	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190