genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5918067--5918166	42	2.4	42	86	1	137	34	4	2	60	1.27
5918056--5918236	42	4.2	40	76	10	130	30	3	3	62	1.27
5919131--5919188	6	9.7	6	82	14	75	17	1	1	79	0.90
5919205--5919476	58	4.7	57	84	8	345	43	7	13	35	1.72
5919193--5919476	117	2.5	115	83	10	373	44	7	13	35	1.71
5921200--5921272	30	2.4	30	84	4	94	39	10	8	41	1.70
5921725--5921799	7	10.7	7	75	11	73	17	1	33	48	1.56
5921736--5921799	22	2.9	22	84	6	76	18	1	32	46	1.59
5921752--5921798	15	3.1	15	87	0	76	14	0	34	51	1.43
5927438--5927525	44	2.0	45	90	2	142	42	2	3	52	1.31
5928308--5928631	144	2.2	145	77	6	329	30	12	14	43	1.81
5929919--5929952	11	3.2	11	95	4	61	38	0	8	52	1.33
5930126--5930169	13	3.4	13	80	0	52	47	38	0	13	1.43
5930126--5930177	26	2.0	26	88	0	77	46	40	0	13	1.43
5930137--5930178	20	2.1	20	86	8	59	42	45	0	11	1.41
5930146--5930188	20	2.2	19	83	4	50	44	41	2	11	1.53
5930157--5930246	39	2.3	38	78	1	99	44	35	3	16	1.64
5931968--5932021	25	2.2	23	84	15	65	77	3	14	3	1.04
5932005--5932029	12	2.1	12	100	0	50	84	0	8	8	0.79
5931991--5932040	21	2.4	21	83	9	59	80	4	10	6	1.02
5948720--5948760	17	2.4	18	80	12	50	41	4	12	41	1.64
5948834--5948884	22	2.5	19	81	15	57	35	0	3	60	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5948831--5948881	20	2.4	21	81	15	61	37	0	3	58	1.16
5948986--5949022	12	3.0	13	84	11	51	72	5	0	21	1.04
5951322--5951356	18	1.9	18	94	0	61	34	5	28	31	1.81
5953145--5953221	11	6.8	11	72	15	50	53	0	2	44	1.14
5953146--5953213	12	5.8	12	76	8	50	54	0	1	44	1.09
5953178--5953224	21	2.2	21	81	7	60	53	0	2	44	1.12
5953164--5953223	10	5.5	11	75	15	61	53	0	1	45	1.10
5956604--5956645	16	2.5	17	76	11	50	57	2	0	40	1.12
5959833--5959872	20	2.0	20	85	9	55	67	2	0	30	1.04
5960239--5960295	24	2.4	23	82	11	62	61	0	0	38	0.96
5960585--5960628	17	2.6	16	89	7	61	68	0	2	29	1.02
5978399--5978437	21	1.9	20	84	5	51	25	23	20	30	1.98
5979419--5979540	65	1.9	65	89	3	192	20	16	13	50	1.78
5987566--5987610	14	3.2	14	83	0	63	44	11	8	35	1.71
5990319--5990569	125	2.0	125	96	0	457	36	15	12	34	1.86
5996203--5996239	16	2.3	16	100	0	74	16	18	16	48	1.81
5998867--5998935	35	2.0	35	91	2	113	36	5	1	56	1.32
6000840--6000878	19	2.1	19	95	0	69	38	28	10	23	1.87
6002485--6002530	23	1.9	25	86	8	69	15	10	17	56	1.67
6003759--6004561	400	2.0	400	99	0	1588	33	12	20	33	1.90
6008974--6009023	25	2.0	25	92	3	84	62	0	8	30	1.24
6012561--6012717	49	3.1	49	82	5	143	26	15	8	49	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6012587--6012741	49	3.2	49	85	2	186	25	14	7	52	1.67
6014647--6014926	43	6.4	43	80	7	262	47	15	10	26	1.77
6014639--6014926	86	3.3	86	80	7	307	46	15	10	26	1.79
6015104--6015336	93	2.5	93	89	0	358	38	16	10	35	1.83
6015329--6015427	45	2.2	45	85	1	126	36	18	7	38	1.78
6015397--6015470	35	2.1	35	92	0	121	29	17	14	37	1.90
6015453--6015563	21	4.8	24	68	15	81	32	13	13	40	1.84
6015454--6015562	46	2.4	46	88	0	164	33	12	12	41	1.82
6017568--6017602	12	3.0	12	87	8	54	20	0	0	80	0.72
6018229--6018254	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
6018428--6018911	42	11.9	41	79	12	334	45	16	13	25	1.84
6018452--6018925	84	5.8	81	80	10	443	45	15	13	25	1.82
6018606--6018755	36	4.0	36	77	13	158	44	12	18	25	1.85
6018607--6018911	78	3.8	78	83	8	265	45	14	14	25	1.83
6018454--6018882	120	3.5	120	77	14	355	45	15	13	26	1.83
6019270--6019316	21	2.2	21	92	0	76	38	17	10	34	1.84
6019283--6019329	21	2.2	21	92	0	76	36	12	10	40	1.78
6020502--6020560	21	2.8	20	87	7	91	0	16	0	83	0.66
6020502--6020559	22	2.8	21	92	5	91	0	15	0	84	0.62
6021451--6021494	23	2.0	23	90	4	72	47	15	11	25	1.79
6023487--6023542	23	2.5	23	85	8	71	48	3	19	28	1.66
6025049--6025083	12	3.0	12	87	8	54	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6025106--6025162	29	1.9	30	85	3	80	63	10	7	19	1.49
6030679--6030760	43	1.9	44	82	9	107	68	4	7	19	1.32
6031082--6031169	2	45.5	2	74	10	76	44	2	5	47	1.39
6039426--6039464	13	2.9	13	80	3	51	79	0	2	17	0.84
6041641--6041665	13	1.9	13	100	0	50	0	8	8	84	0.79
6043835--6043864	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
6046870--6046894	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
6048520--6048568	20	2.5	20	93	0	80	20	20	8	51	1.73
6048514--6048573	20	2.7	23	77	17	72	21	21	6	50	1.72
6048536--6048586	24	2.1	24	88	0	75	23	19	5	50	1.69
6050235--6050285	10	5.1	10	79	9	50	82	5	11	0	0.83
6050814--6050864	25	2.0	25	84	0	66	21	27	3	47	1.68
6050970--6051008	14	2.7	14	80	4	51	87	2	7	2	0.73
6052852--6053030	33	5.5	33	71	11	127	31	20	14	33	1.92
6052812--6053030	66	3.3	65	82	9	248	33	20	14	31	1.92
6052784--6053030	66	3.8	66	80	8	247	33	20	14	31	1.92
6052787--6053030	133	1.9	131	83	5	323	32	20	14	32	1.93
6053593--6053626	12	2.8	12	86	0	50	32	20	8	38	1.84
6053821--6054101	129	2.2	128	84	5	363	32	14	16	36	1.89
6054206--6054337	36	3.6	36	78	3	120	21	18	13	46	1.84
6054293--6054560	88	3.0	88	80	2	288	21	18	16	43	1.88
6054455--6054799	111	3.1	109	76	6	327	22	17	18	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6054928--6055064	36	3.8	36	80	0	148	18	18	16	45	1.86
6054928--6055064	72	1.9	72	83	0	175	18	18	16	45	1.86
6055276--6055307	15	2.1	15	94	0	55	56	3	0	40	1.15
6056399--6056449	18	2.8	18	80	11	59	21	0	5	72	1.05
6056400--6056452	19	2.8	18	76	18	63	20	0	5	73	1.03
6056929--6057059	29	4.6	28	78	9	106	48	30	1	19	1.58
6057015--6057066	16	3.6	14	75	12	52	51	26	0	21	1.47
6056986--6057066	28	2.8	29	85	7	94	48	32	1	18	1.56
6057065--6057205	14	9.1	14	69	19	77	49	29	0	20	1.54
6057065--6057206	15	9.1	15	70	16	58	50	28	0	20	1.54
6057065--6057198	29	4.8	29	70	19	106	49	29	0	20	1.55
6057092--6057207	52	2.3	50	79	11	119	50	28	0	19	1.53
6062170--6062215	23	2.0	23	91	0	74	47	17	10	23	1.79
6063870--6063920	19	2.7	19	87	0	66	23	15	9	50	1.73
6079047--6079085	19	2.1	19	95	0	69	25	10	7	56	1.59
6079222--6079291	30	2.3	30	90	5	104	38	8	4	48	1.53
6088407--6088561	77	2.0	77	85	7	208	31	12	20	36	1.89
6088958--6089426	43	10.9	43	72	3	224	25	18	13	42	1.86
6089027--6089428	43	9.3	43	73	6	249	25	18	12	42	1.86
6090012--6090173	78	2.1	76	86	5	218	33	15	14	36	1.88
6092938--6092962	11	2.3	11	100	0	50	16	0	8	76	1.02
6093966--6094002	17	2.2	17	90	4	58	8	2	10	78	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6093973--6094016	17	2.6	17	85	0	52	15	2	6	75	1.12
6107461--6107498	17	2.2	17	95	0	67	5	0	13	81	0.85
6107797--6107839	23	1.9	22	90	4	68	37	0	2	60	1.10
6107795--6107852	23	2.5	23	77	5	64	41	0	5	53	1.23
6113192--6113241	25	2.0	26	84	11	68	34	2	4	60	1.27
6116165--6116254	47	2.0	46	83	14	118	50	10	16	23	1.75
6117012--6117078	19	3.5	19	82	11	75	49	13	7	29	1.69
6117090--6117136	19	2.4	19	89	3	67	57	8	4	29	1.48
6118415--6118472	22	2.6	22	86	2	80	8	15	25	50	1.73
6118415--6118472	11	5.2	11	76	2	62	8	15	25	50	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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