genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.41.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7038706--7038750	16	2.8	16	86	0	63	66	2	4	26	1.22
7039137--7039179	16	2.6	16	85	3	50	69	4	4	20	1.25
7039909--7039951	19	2.3	19	84	4	52	48	0	0	51	1.00
7040127--7040175	15	3.4	14	78	13	55	69	2	2	26	1.10
7040124--7040176	9	5.6	9	76	12	52	69	1	1	26	1.09
7040169--7040213	18	2.5	17	82	10	54	82	4	2	11	0.91
7040942--7041110	84	2.0	84	95	0	302	28	15	12	42	1.84
7041689--7041731	12	3.2	14	78	21	56	23	6	0	69	1.12
7043308--7043432	63	2.0	62	83	7	155	35	16	8	40	1.78
7043729--7043863	61	2.2	59	78	10	155	40	11	12	34	1.80
7044819--7044856	18	2.1	18	85	9	51	76	0	0	23	0.79
7045851--7045901	25	2.1	24	85	7	68	66	1	5	25	1.24
7050102--7050128	13	2.1	13	100	0	54	59	7	0	33	1.25
7059429--7059461	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
7061166--7061192	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
7061365--7061390	13	2.0	13	100	0	52	61	7	0	30	1.24
7061741--7061790	22	2.3	22	80	12	59	62	10	0	28	1.27
7065671--7065700	6	5.0	6	100	0	60	50	0	50	0	1.00
7066804--7066843	12	3.2	12	80	13	53	45	17	0	37	1.49
7067467--7067500	15	2.3	15	89	0	50	50	0	0	50	1.00
7068349--7068396	20	2.4	20	75	0	51	52	4	0	43	1.20
7069950--7070001	22	2.4	21	81	9	59	48	13	7	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7070036--7070075	20	2.0	20	90	0	62	45	15	15	25	1.84
7070116--7070248	36	3.7	36	78	2	115	44	15	18	21	1.87
7070106--7070364	18	14.5	18	69	6	87	45	13	16	24	1.84
7070207--7070346	52	2.7	52	75	2	127	48	12	15	23	1.79
7070355--7070537	57	3.2	56	80	7	208	45	12	7	34	1.69
7070728--7070837	21	5.0	21	72	16	89	45	10	7	36	1.67
7070700--7070843	46	3.3	42	80	8	153	48	11	5	34	1.63
7070768--7070830	22	2.9	22	81	11	76	47	7	7	36	1.62
7073720--7073754	13	2.7	13	95	0	61	20	22	8	48	1.76
7073985--7074052	33	2.1	33	91	0	109	23	10	20	45	1.81
7077369--7077407	21	1.9	20	89	5	60	30	2	2	64	1.21
7077776--7077813	3	13.0	3	91	5	60	34	2	0	63	1.09
7077873--7077899	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
7079677--7079747	37	1.9	37	85	5	99	15	8	7	69	1.36
7082362--7082405	23	1.9	23	81	9	54	27	18	4	50	1.66
7090211--7090616	114	3.6	113	77	10	357	20	22	13	42	1.88
7090261--7090556	109	2.7	109	79	8	276	21	21	12	44	1.85
7091679--7091710	14	2.4	13	94	5	55	15	0	3	81	0.82
7091769--7091816	24	2.0	24	95	0	87	60	10	0	29	1.30
7091845--7091884	18	2.4	17	84	12	55	80	0	5	15	0.88
7091973--7091999	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
7094540--7094566	12	2.2	12	100	0	54	33	7	25	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7096869--7096910	18	2.3	19	87	4	59	26	0	14	59	1.35
7096864--7096909	17	2.6	18	77	12	51	30	0	17	52	1.45
7097095--7097149	18	2.8	19	75	10	58	78	0	1	20	0.85
7097818--7098067	121	2.1	120	79	5	263	48	13	19	18	1.81
7098207--7098338	69	1.9	69	82	3	167	38	9	15	36	1.80
7099431--7099483	14	3.9	14	81	18	67	5	5	5	83	0.93
7103141--7103169	10	2.7	11	89	10	51	24	0	0	75	0.80
7103147--7103171	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
7103285--7103331	17	2.5	19	83	16	62	31	0	8	59	1.27
7103470--7103512	19	2.4	17	81	11	50	65	4	4	25	1.32
7103480--7103545	24	2.7	24	86	6	80	69	3	3	24	1.16
7105431--7105455	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
7107980--7108015	2	18.0	2	88	0	54	55	0	0	44	0.99
7107980--7108015	10	3.6	10	96	0	63	55	0	0	44	0.99
7109817--7109876	29	2.1	29	90	0	93	40	10	5	45	1.60
7113245--7113527	58	4.8	58	79	8	304	43	5	10	40	1.63
7113401--7113447	15	3.0	15	84	6	58	44	2	4	48	1.34
7113245--7113527	117	2.4	116	84	6	340	43	5	10	40	1.63
7119832--7119878	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
7122470--7122640	84	2.0	84	82	4	202	45	13	23	16	1.83
7124626--7124667	16	2.6	16	88	11	59	69	2	0	28	1.01
7124666--7124706	16	2.6	16	84	0	55	21	2	4	70	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7128334--7128439	52	2.0	52	94	0	185	35	15	12	36	1.84
7128597--7128670	36	2.1	36	89	2	114	28	17	18	35	1.94
7129013--7129078	30	2.2	30	88	0	96	33	18	10	37	1.85
7129228--7129292	15	4.3	15	78	3	67	49	7	4	38	1.52
7129239--7129298	15	3.9	16	80	6	70	48	10	5	36	1.59
7129189--7129298	31	3.5	31	76	3	96	43	10	7	39	1.66
7129285--7129322	16	2.4	16	91	8	60	52	10	0	36	1.36
7132668--7132692	12	2.1	12	100	0	50	76	0	0	24	0.80
7150975--7151017	18	2.4	18	80	3	52	25	2	2	69	1.12
7150958--7151020	26	2.4	27	82	12	78	23	4	1	69	1.16
7159695--7160283	187	3.2	185	79	8	638	34	12	11	40	1.80
7160131--7160402	124	2.2	123	84	3	343	35	10	11	43	1.75
7160203--7160402	62	3.2	62	73	12	185	34	10	12	43	1.76
7159991--7160581	311	1.9	311	84	4	807	36	10	11	40	1.77
7160263--7160751	187	2.6	186	82	5	551	36	11	11	40	1.77
7161575--7161645	25	2.8	24	81	8	88	19	8	28	43	1.80
7166145--7166175	14	2.2	14	94	0	53	54	0	9	35	1.33
7167874--7167913	9	4.2	9	87	9	53	2	2	30	65	1.19
7168202--7168253	20	2.6	19	84	6	68	21	11	23	44	1.84
7168702--7168738	19	1.9	19	88	0	56	27	5	0	67	1.12
7172815--7172858	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
7185913--7186006	49	1.9	48	89	2	143	32	10	18	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7187541--7187592	20	2.4	21	84	9	61	67	0	3	28	1.08
7189823--7189954	44	3.0	45	84	6	159	35	11	11	41	1.77
7189839--7189956	22	5.4	21	71	8	76	33	11	12	42	1.78
7189865--7190085	46	4.8	47	78	10	156	37	8	12	41	1.74
7190061--7190122	23	2.8	22	76	16	65	29	1	14	54	1.49
7190061--7190131	22	3.2	23	75	11	67	29	1	15	53	1.51
7190155--7190237	37	2.3	35	80	15	82	38	7	13	40	1.72
7190201--7190278	21	3.6	21	73	5	66	35	6	15	42	1.73
7191072--7191194	65	1.9	65	83	6	160	19	23	13	43	1.86
7191188--7191240	25	2.1	25	96	0	97	16	20	16	45	1.86
7192878--7192929	24	2.2	25	86	6	72	15	3	11	69	1.32
7192887--7192935	24	2.1	23	84	3	62	18	2	12	67	1.32
7192938--7192979	19	2.4	19	88	11	63	23	4	0	71	1.05
7192935--7192977	22	2.0	22	90	0	68	23	4	0	72	1.04
7201050--7201122	36	2.0	36	91	0	119	42	24	12	20	1.86
7206604--7206641	18	2.1	19	85	14	53	15	10	2	71	1.25
7207502--7207539	16	2.4	16	79	12	51	10	0	7	81	0.87
7207496--7207539	23	2.0	22	86	4	61	11	2	6	79	1.01
7209324--7209487	8	20.5	8	77	19	109	25	0	4	70	1.07
7209317--7209485	32	4.9	35	71	23	128	24	0	5	69	1.09
7209305--7209485	45	4.1	46	80	14	202	23	0	5	70	1.12
7209495--7209548	17	3.1	18	82	15	69	48	1	0	50	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7209618--7209699	19	4.3	19	83	6	69	67	2	4	25	1.23
7209627--7209713	19	4.5	19	84	2	95	64	2	6	26	1.31
7209708--7209741	17	2.0	17	94	0	59	61	8	0	29	1.26
7209740--7209789	15	3.1	15	84	15	73	60	8	0	32	1.26
7209743--7209780	18	2.1	18	100	0	76	63	10	0	26	1.27
7209874--7209925	25	2.1	25	96	0	95	50	15	13	21	1.78
7209963--7210012	16	2.9	17	85	14	59	76	2	6	16	1.08
7209980--7210004	13	1.9	13	100	0	50	80	0	4	16	0.87
7209964--7210007	18	2.4	19	85	11	56	79	2	4	13	0.98
7210174--7210234	26	2.3	27	81	16	74	40	6	0	52	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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