genome.fa.s223.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168048.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_3, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  33276047

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8331353--8331416	22	2.9	22	85	0	83	51	7	3	37	1.47
8331360--8331530	11	15.4	11	65	8	78	52	4	5	36	1.46
8331334--8331520	44	4.3	44	79	8	168	51	5	6	36	1.50
8331361--8331520	22	7.3	22	79	13	127	52	5	6	36	1.48
8331500--8331607	44	2.5	43	83	1	126	50	8	8	33	1.63
8331648--8331695	22	2.2	22	84	0	60	50	2	8	39	1.44
8331702--8331777	39	1.9	39	86	0	107	48	2	11	36	1.54
8331741--8331782	22	1.9	22	90	0	66	50	2	9	38	1.48
8331824--8331876	22	2.4	22	87	6	72	41	0	13	45	1.43
8331972--8332025	20	2.8	19	82	2	63	51	1	5	40	1.36
8332103--8332287	22	8.4	22	74	8	117	49	8	4	37	1.54
8332092--8332217	66	1.9	66	83	3	164	50	7	3	38	1.47
8332249--8332311	22	3.0	22	81	4	67	46	6	11	36	1.65
8332461--8332487	13	2.1	13	100	0	54	59	0	0	40	0.98
8332652--8332761	22	5.0	22	71	12	73	46	6	7	40	1.57
8332822--8332876	22	2.5	22	76	2	67	52	7	7	32	1.56
8332981--8333028	22	2.2	22	88	0	69	47	2	8	41	1.45
8332990--8333039	22	2.3	22	89	0	73	44	4	12	40	1.60
8332968--8333324	44	7.9	43	67	16	132	45	6	8	38	1.61
8333157--8333208	22	2.4	22	80	0	59	50	5	7	36	1.55
8333189--8333324	22	6.2	22	76	0	119	45	5	8	40	1.58
8333179--8333308	66	2.0	66	81	0	152	47	6	6	39	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8333653--8333705	21	2.5	21	81	0	61	45	11	7	35	1.69
8333666--8333710	21	2.1	21	87	0	63	42	6	8	42	1.62
8333838--8333870	3	11.3	3	87	6	50	33	0	3	63	1.10
8335350--8335574	21	10.8	21	67	7	100	50	9	5	33	1.59
8335354--8335468	43	2.7	41	78	6	113	52	10	5	32	1.58
8335398--8335526	63	2.0	63	82	5	154	49	8	3	37	1.52
8335557--8335587	15	2.0	16	93	6	55	58	12	3	25	1.50
8336464--8336509	23	2.0	23	95	0	83	50	10	8	30	1.68
8338286--8338329	22	2.0	22	86	0	61	65	6	0	27	1.17
8338334--8338394	24	2.5	25	84	7	72	60	1	0	37	1.07
8340225--8340261	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
8344313--8344469	30	5.3	30	78	9	144	38	3	1	57	1.23
8344492--8344587	28	3.2	30	81	10	117	64	1	1	33	1.07
8344533--8344585	22	2.3	24	81	12	67	64	1	0	33	1.05
8351349--8351632	63	4.4	63	76	10	222	41	11	11	35	1.78
8351356--8351637	129	2.2	128	79	11	292	41	11	10	35	1.77
8357980--8358125	62	2.4	62	82	9	165	38	13	15	32	1.86
8358048--8358485	186	2.4	179	76	11	427	38	12	13	35	1.83
8359451--8359507	19	3.1	19	75	14	73	29	0	12	57	1.35
8359674--8359753	11	8.3	10	68	18	62	31	1	8	58	1.36
8359678--8359758	37	2.2	37	95	0	144	28	1	9	60	1.36
8359684--8359753	19	3.7	19	81	12	90	31	1	8	58	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8359332--8359837	242	2.1	240	88	2	728	35	6	12	45	1.68
8360394--8360450	3	18.7	3	96	3	105	31	0	1	66	1.02
8367479--8367514	15	2.4	15	95	0	63	13	8	13	63	1.50
8367817--8367933	54	2.1	56	82	4	141	44	17	7	30	1.76
8369808--8369832	13	1.9	13	100	0	50	24	0	12	64	1.27
8369827--8369872	24	2.0	22	83	8	56	30	2	13	54	1.50
8370025--8370059	14	2.5	14	95	0	61	68	2	0	28	1.04
8376326--8376364	18	2.2	18	85	0	51	76	12	7	2	1.09
8376930--8376970	18	2.2	18	86	4	55	68	4	2	24	1.22
8378080--8378256	26	7.1	25	72	16	111	19	0	34	45	1.55
8378077--8378301	7	34.7	7	72	14	128	18	0	34	45	1.56
8378135--8378238	46	2.3	46	84	0	136	16	0	34	48	1.53
8378223--8378276	19	2.8	19	82	0	72	16	1	37	44	1.59
8378077--8378301	32	6.9	33	72	17	145	18	0	34	45	1.56
8382498--8382548	24	2.1	25	88	3	77	47	1	3	47	1.32
8382576--8382612	17	2.1	18	90	5	58	43	0	0	56	0.99
8383291--8383325	18	1.9	18	94	0	61	57	0	0	42	0.99
8383419--8383452	13	2.7	13	90	4	52	82	2	2	11	0.89
8385033--8385808	308	2.6	301	82	4	864	41	19	6	32	1.77
8385513--8386113	158	3.9	159	75	9	567	41	21	6	31	1.78
8385762--8386041	145	1.9	144	81	3	330	39	20	7	32	1.81
8390083--8390168	39	2.2	40	79	10	97	32	17	17	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8394273--8394297	13	1.9	13	100	0	50	32	0	16	52	1.44
8395916--8395983	26	2.6	25	93	4	100	41	5	0	52	1.25
8397511--8397565	25	2.2	24	93	3	92	58	0	7	34	1.26
8398217--8398251	17	2.1	17	89	5	54	40	0	0	60	0.97
8398813--8398839	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8400043--8400399	184	1.9	183	92	1	599	28	5	17	48	1.70
8404760--8404799	19	2.2	17	86	8	53	77	2	5	15	1.04
8405616--8405649	16	2.1	16	89	10	52	82	0	5	11	0.83
8405613--8405655	13	3.1	14	80	6	52	79	0	6	13	0.93
8405643--8405722	38	2.1	38	84	6	101	62	7	3	26	1.39
8406065--8406361	119	2.5	119	78	5	305	44	12	21	20	1.85
8407610--8407654	6	6.8	6	81	18	54	2	15	0	82	0.77
8407610--8407662	14	3.8	14	87	9	72	3	13	0	83	0.79
8407609--8407655	14	3.5	13	91	8	76	2	14	0	82	0.75
8407610--8407654	20	2.2	20	88	7	65	2	15	0	82	0.77
8407658--8407723	24	2.7	25	72	9	64	18	4	4	72	1.19
8407974--8408076	52	2.0	52	83	11	131	19	19	8	52	1.71
8408060--8408089	14	2.2	14	94	5	53	13	13	0	73	1.10
8412454--8412528	16	4.2	19	75	16	72	73	2	1	22	1.04
8412503--8412547	22	2.0	23	86	4	65	75	0	4	20	0.97
8412504--8412547	5	8.0	5	85	14	52	75	0	4	20	0.98
8412504--8412547	16	2.6	17	89	7	63	75	0	4	20	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8413399--8413442	3	15.7	3	78	21	51	61	0	0	38	0.96
8413399--8413442	14	3.1	15	75	24	51	61	0	0	38	0.96
8413401--8413442	5	8.2	5	92	7	59	61	0	0	38	0.96
8421902--8421959	18	3.1	18	78	14	64	51	1	1	44	1.21
8423356--8423411	27	2.0	27	86	10	78	3	33	0	62	1.12
8423909--8424034	46	2.8	46	86	1	155	46	11	6	34	1.66
8424003--8424203	46	4.4	44	77	6	186	43	10	11	34	1.76
8423957--8424200	92	2.7	91	77	5	231	43	11	10	35	1.75
8424410--8424615	31	6.3	33	69	13	106	32	16	16	33	1.92
8424926--8424999	34	2.1	36	82	12	100	1	22	1	74	0.97
8425768--8425807	21	2.0	21	85	5	55	22	10	2	65	1.35
8426888--8426935	25	1.9	26	87	8	73	4	27	0	68	1.07
8426898--8426973	33	2.3	33	82	10	86	6	25	0	68	1.13
8426887--8426941	25	2.2	25	80	6	67	5	23	0	70	1.07
8427473--8427553	19	4.1	19	78	13	83	3	17	1	77	0.97
8427473--8427565	24	3.9	23	74	13	82	4	16	1	78	0.96
8427489--8427562	28	2.6	28	81	8	87	5	14	1	78	1.00
8429289--8429326	20	2.0	20	89	5	60	2	21	0	76	0.91
8429286--8429330	16	2.8	16	80	6	56	2	17	0	80	0.82
8429463--8429521	31	1.9	30	82	3	73	5	16	1	76	1.05
8430934--8431239	151	2.0	150	83	5	386	41	16	10	31	1.83
8431254--8431370	58	2.0	60	88	6	175	29	11	12	47	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8431254--8431393	58	2.4	59	84	6	167	32	11	12	44	1.77
8438455--8438519	26	2.4	28	80	15	73	58	0	4	36	1.19
8438614--8438654	21	1.9	22	90	5	66	48	0	0	51	1.00
8439844--8440107	101	2.6	101	79	2	262	31	10	20	37	1.87
8439804--8440087	150	1.9	152	81	2	349	30	11	20	36	1.88
8439792--8440111	51	6.4	50	77	4	268	30	10	20	38	1.86
8440180--8440322	28	5.1	28	71	7	94	22	12	19	45	1.84
8442165--8442207	21	1.9	24	86	13	65	41	0	2	55	1.12
8442264--8442292	14	2.1	14	100	0	58	51	6	6	34	1.55
8442932--8442974	21	2.0	22	82	13	54	39	11	0	48	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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